2020年10月28日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 3.12，由1974个软件包、398个实验数据包、968个注释包和28个工作流组成。

有125个新的软件包，9个新的数据实验包，2个新的注释包，1个新的工作流，2本在线书籍，以及对现有软件包的许多更新和改进;Bioconductor 3.12兼容R 4.0.3，支持Linux、32位和64位Windows以及macOS 10.14.6 Mojave或更高版本。此版本将包括更新的Bioconductor亚马逊机器图像而且码头工人的容器．

感谢大家对Bioconductor的贡献

访问2021年欧洲杯 有关详细信息和下载。

内容

• Bioconductor 3.12入门
• 新软件包
• 新的数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 网上新书
• 来自新的和现有软件包的新闻
• 新闻从新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有工作流的新闻
• 弃用和失效的包

Bioconductor 3.12入门

要更新到或安装Bioconductor 3.12:

1. 安装R 4.0.3。Bioconductor 3.12是专门为这个R版本设计的。

2. 按照以下指示操作2021年欧洲杯比分预测 ．

新软件包

在这个版本中有125个新的软件包。

• ADImpute单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法通常无法量化一个细胞中所有基因的表达水平，因此需要对缺失值进行计算预测(“dropout imputation”)。大多数现有的dropout imputation方法仅使用手边的scRNA-seq数据集，而不利用外部基因-基因关系信息，这在某种意义上是有限的。在这里，我们提出了两种新方法:基于基因调节网络的方法，使用从外部数据学习的基因-基因关系，以及对应于样本范围平均的基线方法。ADImpute可以实现这些新方法，也可以将它们与现有的imputation方法相结合(目前支持:DrImpute, SAVER)。ADImpute可以学习每个基因表现最好的方法，并将不同方法的结果组合成一个集合。

• aggregateBioVar对于从多个受试者(例如生物样本或技术复制)收集的单细胞RNA-seq数据，此包包含在受试者水平上总结单细胞基因表达谱的工具。singlecel实验对象作为输入并转换为summarizeexperiment对象的列表，其中每个列表元素对应于指定的单元格类型。summarizeexperimental对象包含单个主题的聚合基因计数矩阵和主题间列元数据，可以使用下游批量RNA-seq工具进行处理。

• AlpsNMR读取压缩和解压缩的布鲁克核磁共振数据目录。它为非靶向NMR代谢组学提供自动化和高效的信号处理。它能够插值样本，检测异常值，排除区域，归一化，检测峰值，对齐光谱，整合峰值，管理元数据和可视化光谱。经过光谱处理后，可以对提取的数据进行多元分析。还可以使用1-D数据进行高效绘图。也可提供1D ACD/Labs出口JDX样品的基本读数。

• ANCOMBCANCOMBC是一个软件包，用于标准化由于样品之间采样分数不相等而导致的微生物绝对丰度数据，并识别多个样品的两个或多个组之间相对于相关协变量(例如研究组)丰度差异的分类群(例如门、科、属、种等)。

• AnVILBillingAnVILBilling帮助监视R中与anvil相关的成本，使用对BigQuery表的查询，每天将成本导出到该表。定义功能是为了帮助分类任务和相关支出，并随着时间的推移可视化和探索费用概况。这个包将被扩展，以帮助用户估计特定任务集的成本。

• AnVILPublish使用这个包可以从R / Bioconductor包等资源中创建或更新AnVIL工作区。关于包的元数据(例如，从包的DESCRIPTION文件和vignette YAML标题中选择信息)用于填充' DASHBOARD '。小插图被翻译成python笔记本，准备在AnVIL中评估。

• bambubambu是一个R包，用于多样本转录本发现和使用长读RNA-Seq数据定量。您可以使用bambu读后比对来获得已知和新转录本和基因的表达估计。bambu的输出可以直接用于可视化和下游分析，如差异基因表达或转录本的使用。

• BayesSpace用于聚类和提高空间基因表达实验分辨率的工具。BayesSpace聚类基因表达矩阵的低维表示，结合空间先验来鼓励相邻点聚在一起。该方法可以提高低维表示到“子点”的分辨率，从而可以估算基因表达或细胞类型组成等特征。

• BiocIO实现了进口()而且export ()用于导入和导出生物数据格式的标准泛型。进口()支持整个文件以及块的迭代导入。的进口()接口可选地为“惰性”访问提供了一种标准机制filter ()(文件资源的行或类元素组件)，select ()(文件资源的类列组件)和收集()．的进口()接口可选地提供透明的远程访问(例如通过https)以及本地访问。2021欧洲杯体育投注开户开发人员可以注册一个文件扩展名，例如，.loom用于从基于字符的uri分派到特定的uri进口()/export ()基于表示文件类型的类的方法，例如，LoomFile ()．

• biocthis此包扩展了此包的使用，目标是帮助自动化为Bioconductor创建R包或使它们成为Bioconductor友好的过程。

• 咆哮将常见的聚类算法封装在易于扩展的S4框架中。后端实现了分层、k-means和基于图的聚类。还提供了几个实用程序来比较和评估聚类结果。

• BrainSABER艾伦脑科学研究所提供了一个RNA测序(RNA- seq)数据资源，用于研究与人类大脑发育有关的转录机制，称为BrainSpan。BrainSABER是一个R包，通过为两个数据集生成动态相似热图，可以方便地将用户数据与BrainSpan图集中发现的不同发育阶段和大脑结构进行比较。它还为用户数据提供了一个自我验证的容器。

• CellaRepertorium方法聚类和分析高通量单细胞免疫细胞库，特别是来自10X Genomics VDJ解决方案。包含一个到CD-HIT的R接口(Li和Godzik 2006)。对轻重链数据进行可视化分析的方法。在超几何模型下的特定展开性测试，以及综合寡克隆性测试。

• cfDNAProcfDNA片段大小指标是利用液体活检进行肿瘤早期检测、诊断、个性化治疗和监测的重要特征。分析和可视化插入大小指标可能需要大量时间。这个包旨在简化这个探索过程，它提供了两组用于数据描述和数据可视化的函数。

• ChromSCapeChromSCape -单细胞染色质景观分析-是一个随时可用的用户友好的应用程序，用于分析单细胞表观基因组数据集(scChIP-seq, scATAC-seq, scCUT&Tag，…)，从对齐数据到差异分析和基因集富集分析。它具有高度交互性，使用户能够保存他们的分析，并涵盖了广泛的分析步骤:QC，预处理，过滤，批量校正，降维，可视化，聚类，差分分析和基因集分析。

• 科拉尔对应分析(CA)是一种矩阵分解方法，类似于主成分分析(PCA)。PCA适用于连续的、近似正态分布的数据，而CA适用于具有相同可加尺度的非负的、基于计数的数据。corral包实现了CA，用于单细胞数据的单个矩阵的降维，以及CA的多表适应，利用数据优化缩放，通过投影到共享潜在空间来对齐来自不同测序平台的数据。corral利用稀疏矩阵和SVD的快速实现，可以直接在Bioconductor对象上调用(例如，singlecelexperimental)，以便于管道集成。该软件包还包括将CA风格的处理应用于连续数据(例如，蛋白质组TOF强度)的选项，并具有CA的海灵格距离自适应。

• customCMPdb这个包作为重要的小分子社区集合的查询接口，同时也允许用户包含自定义的化合物集合。

• CytoTree用于流式和大规模细胞术数据的轨迹推断工具包。CytoTree是一种很有价值的工具，可以使用流式和海量细胞术数据构建树形轨迹。细胞树的应用范围从聚类和降维到轨迹重建和伪时间估计。它提供了完整的流式和流式细胞仪数据分析工作流。

• dasperdasper的目的是从RNA-seq数据中检测异常剪接事件。dasper将使用来自RNA-seq的连接和覆盖数据作为输入，以计算患者中每个剪接事件与一组用户定义控制的偏差。Dasper使用一种无监督的离群值检测算法对患者的每个剪接事件进行评分，用一个离群值评分代表剪接事件看起来异常的程度。

• DegNorm该软件包在大量RNA-seq数据中执行退化归一化，以提高差异表达分析的准确性。

• densvis实现Narayan等人(2020)描述的对t-SNE和UMAP的密度保持修改。非线性降维技术t-SNE和UMAP使用户能够总结复杂的高维测序数据，如单细胞RNAseq使用低维表示。这些较低维度的表示能够可视化离散的转录状态，以及连续的轨迹(例如，在早期发育中)。然而，这些方法关注的是数据的局部邻域结构。在某些情况下，这会导致误导性的可视化，即低维嵌入中的细胞密度不能代表原始高维空间中数据的转录异质性。den-SNE和densMAP旨在通过生成准确表示原始高维空间异质性的低维嵌入来实现对高维数据集的更准确的视觉解释，从而能够识别同质和异质的细胞状态。这种精度是通过在优化过程中包括一个考虑原始高维空间中点的局部密度的术语来实现的。这可以帮助创建更能代表原始高维空间中的异质性的可视化。

• 逃避一种桥接R包，以促进单细胞RNA测序背景下的基因集富集分析(GSEA)。使用原始计数信息、Seurat对象或singlecel实验格式，用户可以跨单个单元执行和可视化GSEA。

• ExperimentSubset实验对象(如summarizeexperiment或singlecel实验)是一个或多个类似矩阵的测试以及相关的行和列数据的数据容器。下游分析通常只需要原始数据的一个子集。例如，过滤出质量差的样品需要在分析之前排除一些列。experiment子集对象是一个容器，用于有效地管理相同数据的不同子集，而不必为每个新子集创建单独的对象。

• famatFamat用于收集用户提供的基因和代谢物列表的数据，并通过Shiny应用程序将其可视化。收集的信息是:-包含一些用户的基因和代谢物的路径(使用路径富集分析获得)。-路径内用户元素之间的直接交互。-关于元素的信息(它们的标识符和描述)。对用户基因进行Go术语富集分析。闪亮的应用程序由:-关于基因，代谢物的信息，以及它们在通路内的直接相互作用。热图显示列表中哪些元素在路径中(路径是分层结构的)。-层次丰富的围棋术语使用分子功能和生物过程。

• FilterFFPE该软件包发现并过滤在福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织的下一代测序(NGS)过程中特别生成的人工嵌合reads。这些人工嵌合读取会导致大量的假阳性结构变异(SV)调用。所需的输入是一个FFPE示例的索引BAM文件。

• flowCut常见的技术并发症(如堵塞)会导致虚假事件和荧光强度变化，flowCut旨在通过删除与其他段显示统计差异的段来检测和消除数据中的技术伪影。

• 核磁共振给出了有限混合加速失效时间回归模型和有限混合回归模型的参数估计和变量选择。此外，这个包提供了Ridge Regression和Elastic Net。

• FScanR“FScanR”识别程序性核糖体框架转移(PRF)事件，来自BLASTX同源序列比对针对同一物种或近亲的肽库的目标基因组/cDNA/mRNA序列。BLASTX或菱形BLASTX的输出将被用作' FScanR '的输入，并且应该是14列的表格格式。对于BLASTX，输出参数应该是:-outfmt ' 6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send value bitscore qframe sframe '。对于diamond BLASTX，输出参数应该是:-outfmt 6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend start send value bitscore qframe qframe。

• GCSFilesystem挂载谷歌云桶到本地目录。桶中的文件可以被查看和读取，就像它们存储在本地一样。使用该软件包需要在Windows操作系统上安装GCSDokan，在Linux和MacOs操作系统上安装gcsfuse。

• getDEE2数字表达资源管理器2(简称DEE2)是一个以计数形式处理RNA-seq数据的存储库。它的设计使研究人员可以快速轻松地对已发表的RNA-seq研究进行重新分析和元分析。截至2020年4月，已经处理了超过100万个SRA数据集。这个包提供了一个R接口来访问这些表达式数据。关于DEE2项目的更多信息可以在项目主页(http://dee2.io)和主要出版物(https://doi.org/10.1093/gigascience/giz022)上找到。

• ggtreeExtra' ggtreeExtra '扩展了使用' ggtree '在系统发育树上映射和可视化相关数据的方法。这些相关数据可以映射到圆形布局、扇形布局或其他由' ggtree '以' ggplot2 '语法构建的布局树。

• GSEAmining基因集富集分析是一种非常强大和有趣的计算方法，可以很容易地在差异表达基因和生物过程之间进行关联。不幸的是，尽管它的设计是为了帮助研究人员解释基因表达数据，但它会产生大量的结果，这些结果的生物学意义很难解释。许多可用的工具依赖于层次结构的基因本体(GO)分类来减少结果中的冗余。然而，由于GSEA的流行，更多的基因集合，如分子特征数据库中的集合正在出现。由于这些集合不像GO中的集合那样组织，它们在GSEA中的使用并不总是给出一个直接的答案，换句话说，使用当前可用的工具获得所有有意义的信息可能具有挑战性。基于这些原因，GSEAmining是一种简单的工具，可以创建可重复的报告，帮助研究人员从生物学上理解GSEA输出。考虑到GSEA的结果，GSEAmining基于铅和边缘(核心)子集中相同基因的存在对不同的基因集集合进行聚类。前沿亚群是那些对每个基因集合或基因集的富集分数贡献最大的基因。出于这个原因，参与相似生物过程的基因集应该共享共同的基因，然后聚集在一起。在此之后，GSEAmining能够为每个聚类识别和表示:-基因集名称中最丰富的术语(作为词云)-前沿子集中最丰富的基因(作为条形图)。 In each case, positive and negative enrichments are shown in different colors so it is easy to distinguish biological processes or genes that may be of interest in that particular study.

• GSgalgoR基于非支配排序遗传算法的疾病亚型发现多目标优化算法。“Galgo”框架结合了对异构“组学”数据进行分组的聚类算法的优势和用于特征选择的遗传算法的搜索特性。该算法在保持较高的聚类一致性的同时，考虑到各子类型之间的生存差异最大的特征，寻找最优聚类数量的确定。

• GWAS。贝叶斯该软件包用于对自交物种进行GWAS分析。与此相关的研究部分得到了美国国家科学基金会1853549奖的支持。

• GWENA高通量测序的发展导致共表达分析的使用增加，以超越单一特征(即基因)的焦点。我们提出GWENA(基因整体共表达网络分析)，这是一种用于执行基因共表达网络分析并在单一管道中探索结果的工具。包括共表达基因模块的功能丰富、表型关联、拓扑分析和不同条件间网络结构的比较。

• HCAMatrixBrowserHCAMatrixBrowser查询HCA矩阵端点以下载表达式数据并返回标准Bioconductor对象。它使用LoomExperiment包来提供以HDF5织机格式下载的矩阵数据。

• 爬虫许多用于数据分析的工具在R中是不可用的，但是在像conda这样的公共存储库中存在。Herper包提供了一组与conda包管理系统交互的全面功能。使用Herper，用户可以轻松地在R会话中安装、管理和运行conda包。Herper还提供了一种专门的方法来处理R包的外部系统需求。对于使用python conda依赖开发包的人，我们建议使用basilisk (//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/basilisk.html)在内部预先支持这些系统需求。

• HPAStainR这个包是围绕HPAStainR函数构建的。HPAStainR函数的目的是查询Human Protein Atlas中的可视化染色数据，返回染色排序的细胞类型表。该函数还有多个参数可以个性化输出，包括癌症数据、csv可读名称、修改结果的置信度等。其他函数专门用于轻松获取运行HPAStainR所需的数据。

• 蜂鸟用于检测差异甲基化的包。它利用贝叶斯隐马尔可夫模型，融合了基因组位点之间的位置依赖性，不像大多数现有方法假设观察之间的独立性。贝叶斯先验被应用于整个染色体的信息共享，以提高检测能力。我们的软件包的直接输出是甲基化状态的最佳序列，消除了使用主观的，大多数时候是任意的p值阈值来确定显著性。最后，我们的方法不需要在两个对照组中进行复制。

• idpr“idpr”旨在整合r中内在无序蛋白(IDPs)的计算分析工具。该软件包用于识别感兴趣的序列的IDPs的已知特征，易于报告和动态结果。此外，这个包包含了与其他R包一起使用的基于idp的序列分析工具。

• ILoRegILoReg是一种从scRNA-seq数据中识别细胞群的工具。特别是，ILoReg对于发现具有微妙转录组差异的细胞群非常有用。该方法利用一种称为迭代聚类投影(ICP)的自监督学习方法来寻找聚类概率，在PCA和随后的层次聚类和t-SNE步骤之前用于降噪。此外，还提供了群体差异表达分析和基因表达可视化的功能。

• infinityFlow管道分析和合并由BioLegend的LEGENDScreen或BD人类细胞表面标记筛选面板(BD Lyoplates)产生的数据文件。

• Informeasure这个包编译了目前可用的大多数信息度量:互信息、条件互信息、交互信息、部分信息分解和部分互信息。利用基因表达谱数据，所有这些估计量都可以用来量化生物调控网络推理中变量之间的非线性依赖关系。第一个估计器用于推断二元网络，最后四个估计器用于分析三元网络。

• ISAnalytics在基因治疗中，干细胞使用病毒载体进行修饰，以传递治疗性转基因并替换功能特性，因为基因修饰是稳定的，并在所有细胞子代中遗传。病毒-宿主DNA连接两侧序列的检索和映射允许识别插入位点(IS)，这对于监测体内转基因细胞的进化至关重要。需要一个全面的IS分析工具包来促进克隆跟踪研究，并支持体内安全性和长期疗效的评估。该软件包旨在(1)支持is工作流程的自动化，(2)执行is跟踪的基础和高级分析(克隆丰度，克隆扩增和插入突变的统计等)，(3)提供体内转导干细胞的基本生物学见解。

• lefserlefser是流行的“LDA效应量(LEfSe)”方法在R中的实现，用于微生物组生物标志物的发现。它使用Kruskal-Wallis检验，Wilcoxon-Rank和检验和线性判别分析来寻找组和子组的生物标志物。

• 马尔marr(最大秩再现性)是一种非参数方法，用于高维生物数据的最大秩统计量检测可再现信号。在这个R包中，我们实现了在高维生物复制实验中测量每个样本对和每个特征的样本对的再现性的函数。该包中用户友好的绘图函数还绘制了每个样本对和每个特征的样本对的再现性直方图。此外，我们的方法还允许用户根据输出可视化检查(直方图)选择用于识别可再现特征和样本对的最佳过滤阈值。

• megadepth这个包提供了一个由Christopher Wilks提供的到Megadepth的R接口(https://github.com/ChristopherWilks/megadepth)．它对于计算bigWig或BAM文件中一组基因组区域的覆盖范围特别有用。使用这个包，您可以从BigWig文件中为区域或您选择的注释构建碱基对覆盖矩阵。所提供的原始文件使用Megadepth//www.andersvercelli.com/packages/recount3．

• MesKitMesKit基于多区域测序(MRS)生成的突变数据，提供常用的分析和可视化模块。该软件包允许破译ITH，推断转移路线，以及揭示突变的潜在过程。针对基于gui的分析需求，开发了闪亮的应用程序。作为一种方便的工具，MesKit可以促进对癌细胞进化及其与癌症治疗的相关性的理解。

• metabCombiner该软件包将LC-HRMS代谢组学数据集从相似但不一定相同的条件下分析的生物相似标本中获得。两个峰值选择和对齐的代谢组学特征表(包括m/z, rt和每个样本丰度测量，加上可选的标识符和加加注释)被接受为输入。该包输出一个特征对对齐的组合表，组织成相似m/z的组，并根据相似度得分进行排名。假设输入表是使用类似(但不一定完全相同)的分析方法获得的。

• metabolomicsWorkbenchR这个包提供了与Metabolomics Workbench RESTful API接口的函数。研究，化合物，蛋白质和基因信息可以使用API搜索。还包括在常见的生物导体格式中获取研究数据的方法，如summarizeexperiment和MultiAssayExperiment。

• MethReg表观全基因组关联研究(EWAS)检测到大量的DNA甲基化差异，通常有数百个甲基化差异区域和数千个cpg，这些差异区域与疾病显著相关，许多位于非编码区域。因此，我们迫切需要更好地了解这些CpG甲基化的功能影响，并进一步优先考虑这些重大变化。MethReg是一个R包，用于DNA甲基化、靶基因表达和转录因子结合位点数据的整合建模，以系统地识别和排序功能性CpG甲基化。MethReg使用匹配的甲基化和基因表达数据，以及基于手动管理、ChIP-seq实验或基因调控网络分析的外部tf -靶点相互作用数据库，评估、优先级和注释具有高调控潜力的CpG位点。

• microbiomeExplorerMicrobiomeExplorer R包旨在促进标记基因调查特征数据的分析和可视化。它允许用户通过命令行或包中包含的交互式Shiny应用程序执行和可视化典型的微生物组分析工作流程。除了应用常见的分析工作流，该应用程序还支持自动生成分析报告。

• MOFA2MOFA2包包含一系列用于运行和分析MOFA模型的工具。

• MOGAMUNMOGAMUN是一种多目标遗传算法，用于识别多重生物网络中的活动模块。这样就可以同时分析不同的生物网络。MOGAMUN基于NSGA-II(非支配排序遗传算法，版本II)，我们将其适应于网络工作。

• MouseFM该包提供了利用近交系小鼠极高的纯合子率(>95%)进行遗传精细映射的方法。

• MSEADbi构造MSEA注释包的接口(MSEA. xxx .pb.db)。程序设计与Bioconductor LRBaseDbi或MeSHDbi包相同，用途也与这些包相同。

• msImputeMsImpute是一个用于蛋白质组学实验中肽强度估算的软件包。它还包含用于MAR/MNAR诊断和评估数据归因后概率分布失真的工具。目前，msImpute通过底层数据矩阵的低秩近似来完成缺失值。

• MSPrepPackage执行复制的摘要、按频率进行过滤、用于输入缺失数据的几种不同选项，以及用于转换、批量更正和规范化数据的各种选项。

• MSstatsConvertMSstatsConvert提供了将质谱数据处理工具的报告导入适合使用MSstats和MSstatsTMT包进行统计分析的R格式的工具。

• MSstatsPTMMSstatsPTM为定量描述翻译后修饰(PTMs)提供了一般的统计方法。通常，分析涉及PTM位点(即修饰残基)及其对应蛋白的定量，以及定量结果的整合。MSstatsPTM提供了在实验条件下总结、估计PTM位点丰度和检测PTM变化的功能。

• MSstatsTMTPTM在串联质量标签(TMT)标记的基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中用于翻译后修饰(PTM)和蛋白质显著性分析的工具。本包功能应在PTM/蛋白总结后使用。它们既可用于绘制汇总结果，也可用于对汇总数据集进行建模。

• MultiBaCMultiBaC是一种纠正来自分布在不同实验室或数据采集事件的多组数据集的批处理效应的策略。MultiBaC是第一个处理多组数据集批量效应校正的批量效应校正算法。MultiBaC能够删除在单独批次中生成的不同组学之间的批效应，前提是所有考虑的批次中至少包括一种常见组学数据类型。

• multicrispr此包用于设计Crispr/Cas9和Prime Editing实验。它包含函数(1)定义和转换基因组目标，(2)寻找间隔(4)计数脱靶(mis)匹配，(5)计算Doench2016/2014靶向效率。人们已经注意到多Crispr能够很好地扩展到大型目标集，从而能够设计大型Crispr/Cas9库。

• multiGSEA从8个不同数据库(KEGG、Reactome、Biocarta等)中提取的通路特征可用于转录组、蛋白质组和/或代谢组水平，以计算基于gsea的组合富集评分。

• musicatk突变特征是致癌暴露或异常细胞过程，可导致基因组的改变。我们创建了musicatk (MUtational SIgnature Comprehensive Analysis ToolKit)，以解决其他现有计算工具在通用性和易用性方面的缺点。虽然已经生成了许多不同类型的突变数据，但目前的软件包没有一个灵活的框架来允许用户在突变特征推断过程中混合和匹配不同类型的突变。Musicatk允许用户统计和组合多种突变类型，包括SBS、DBS和indel。Musicatk计算复制链，转录链和这些特征的组合，以及与任何突变类型相关的独特和专有基因组特征的发现。Musicatk还实现了几种用于发现新签名的方法，以及在给定一组现有签名的情况下推断暴露的方法。Musicatk提供了可视化和下游探索性分析的功能，包括在cosmos V2或COSMIC V3中比较队列之间的签名和查找匹配签名的能力。

• NanoMethVizNanoMethViz是一个用于可视化牛津纳米孔测序甲基化数据的工具包。它可以用来探索来自牛津纳米孔直接DNA测序的甲基化模式，包括nanopolish, f5c和巨齿鲨。这个包中的图允许在实验组和基因组特征类别中聚合甲基化剖面的可视化。

• ncRNAtoolsncRNAtools提供了一套处理和分析非编码rna的基本工具。这些工具包括访问RNAcentral数据库以及预测和可视化非编码rna的二级结构。该包还提供了用于读取、写入和相互转换最常用的用于表示此类二级结构的文件格式的工具。

• nearBynding在用户定义的转录组区域内，提供一个管道来识别蛋白质结合位点附近的RNA结构。CLIP蛋白结合数据可以输入为对齐的BAM或称为峰的bedGraph文件。RNA结构可以从序列内部预测，或者用户可以选择输入自己的RNA结构数据。RNA结构结合剖面可以通过多种格式进行直观和定量比较。

• Nebulosa该软件包提供了基于基因加权密度估计的单细胞数据的增强可视化。星云从缺失的特征中恢复信号，并允许从多个特征(例如基因)检查联合表达。Seurat和singlecel实验对象可以在星云中使用。

• NewWave设计用于scRNA-seq数据降维和批效应去除的模型。它被设计为使用防止内存复制的共享对象进行大规模并行，并且可以与不同的迷你批处理方法一起使用，以减少时间消耗。它假设有一个分散参数的数据的负二项分布，可以在基因和基因上都是常见的。

• OmixerOmixer -一个R包用于多变量和可重复的随机化，具有实验室友好的样本布局。Omixer通过记录良好的方法确保批次间的最佳样品分布，并可以在需要时为湿实验室输出直观的样品表。

• 莲花基于多组学分析(如RNA-seq、拷贝数改变、甲基化等)，使用多因素分析计算与抽样人群相关的个体化路径中心偏差评分。提供图形和数值输出，以识别感兴趣的特定途径的高度异常个体，以及异常多组谱的基因和组学驱动因素。

• 网页排名实现了由Rozenshtein和Gionis定义的时态PageRank分析。实现了Halu等人定义的多路PageRank。PageRank在基因调控网络分析中的应用。

• PeacoQC这是一个包，包括预处理和质量控制功能，可以删除边缘事件，补偿和转换数据，并将使用PeacoQCSignalStability进行质量控制。最后一个函数将首先检测流帧每个通道中的峰值。它将基于IsolationTree函数和MAD离群值检测方法去除异常。该软件包可用于流式细胞术和海量细胞术数据。

• periodicDNA该R包可帮助用户识别一组基因组位点(通常是调控元件)中周期性出现的k-mers(例如二核苷酸或三核苷酸)。该包的功能提供了一种直接的方法来发现k-mers在DNA序列中的周期性出现，如调控元件。它的目的不是识别被保守距离隔开的母题;如需此类分析，请访问MEME网站。

• PhosRPhosR是一个用于磷蛋白组数据综合分析的软件包。PhosR有两个主要组成部分:处理和下游分析。PhosR由各种磷酸蛋白组学数据处理工具组成，包括过滤、imputation、归一化和推断活性激酶和信号通路的功能分析。

• pipeComp一个简单的框架，便于比较涉及不同步骤和参数的管道。的pipelineDefinition类将管道表示为(最低限度地)在前一个输出上连续执行的一组函数，并可选地附带逐步求值和聚合函数。给定这样一个对象，一组可选参数/方法和基准数据集，则runPipeline函数然后遍历所有组合参数，避免重复计算同一步骤两次，并动态编译计算，以避免存储可能较大的中间数据。

• POMAPOMA为质谱数据的可视化、预处理、探索性和统计分析引入了结构化、可重复和易于使用的工作流程。POMA的主要目的是在一个易于理解和用户友好的R包中实现灵活的数据清理和统计分析过程。这个包也有一个闪亮的应用程序版本，实现所有的POMA功能。见https://github.com/pcastellanoescuder/POMAShiny。

• preciseTADpreciseTAD提供了在基本水平分辨率上预测拓扑相关域(TADs)和染色质环边界位置的功能。作为输入，它采用从低分辨率Hi-C数据中检测到的域边界的bed格式基因组坐标，以及来自ENCODE或其他联盟的高分辨率基因组注释的坐标。preciseTAD采用了几种特征工程策略和重采样技术来解决类不平衡问题，并训练了一个优化的随机森林模型来预测低分辨率域边界。在基础层面上，preciseTAD预测每个基础成为边界的概率。基于密度的聚类和可扩展分区技术用于检测精确的边界区域和顶点。与低分辨率边界相比，精确的etad边界在CTCF、RAD21、SMC3和ZNF143信号中高度富集，并且在细胞系中更加保守。使用CTCF、RAD21、SMC3和ZNF143对该细胞系的注释数据，预训练的模型可以准确地预测该细胞系的边界。

• 高伦雅芙大多数人类基因有多个启动子，控制不同亚型的表达。使用这些替代启动子可以在转录前调节异构体的表达。替代启动子已被发现在广泛的细胞类型和疾病中是重要的。proActiv是一个R包，可以分析RNA-seq数据中的启动子。proActiv使用对齐的读取作为输入，并为每个注释启动子生成计数和规范化启动子活性估计。特别地，proActiv接受来自TopHat2或STAR或BAM文件的连接文件作为输入。然后，这些估计可以用来确定哪些启动子是活跃的，哪些启动子是不活跃的，以及哪些启动子在不同条件下会改变其活性。

• QFeaturesQFeatures基础设施能够管理和处理高通量质谱分析的定量特征。它提供了熟悉的Bioconductor用户体验，以连贯和易于处理的格式管理不同检测水平(如肽谱匹配，肽和蛋白质)的定量数据。

• RadioGx用于放射基因组分析的计算工具箱，集成了数百种癌细胞系的放射响应数据、放射生物学建模和综合细胞系注释。“RadioSet”类可以创建和操作标准化数据集，包括关于癌细胞系、放射反应测定和剂量反应指标的信息。所包含的方法允许使用已建立的放射生物学模型拟合和绘制剂量-反应数据，并进行质量控制以验证结果。还包括与拟合和绘制剂量反应曲线、量化统计相关性和计算曲线下面积(AUC)或生存分数(SF)相关的附加功能。有关更多详细信息，请参阅所附文档、参考文献以及:Manem, V. et al (2018) 。

• 锐步提供实用工具来重用Bioconductor书籍的各个章节的内容。这主要是基于编写OSCA书籍时开发的功能，但对于其他具有大量计算的大型书籍的潜在用途是通用的。还包含一些帮助图书部署的函数。

• recount3在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount3/上可以查看和下载重新计票项目的数据。使用rert3包，您可以下载基因，外显子或外显子-外显子连接水平的rangedsummarizeexperimental对象，原始计数，使用的表型元数据，样本覆盖bigWig文件的url。rangedsummarizeexperiment对象可以被不同的包用于执行差异表达式分析。使用来自calcult3项目的数据，您可以执行与注释无关的差异表达式分析，如http://doi.org/TODO所述。

• recountmethylation访问DNA甲基化阵列数据库的交叉研究汇编。可以使用提供的函数下载和访问数据库文件。关于数据库文件类型(HDF5和HDF5- summarizeexperiment)、summarizeexperiment类以及数据处理、验证和分析的示例的背景信息，可以在包的小插图中找到。欧洲杯2021体育彩票注意对包装负载的免责声明，并为进一步的信息咨询主要手稿。

• RegEnrich该软件包是识别生物过程中关键基因调节器的管道，例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。在这个过程中有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2)调节器-目标网络推理;(3)富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。

• ResidualMatrix在将线性模型拟合到输入矩阵的每一列后，提供了残差矩阵的延迟计算。也支持残差的部分计算，其中选择的因素是保留在输出矩阵。实现了许多有效的方法来操作延迟矩阵的残差，最显著的矩阵乘法和计算行/列和或平均值。

• RfastpRfastp是用c++开发的fastp的R包装器。Fastp对fastq文件执行质量控制。包括低质量的基片修剪，polyX修剪，适配器自动检测和修剪，对端读取合并，UMI序列/id处理。Rfastp可以将多个文件连接成一个文件(如shell命令cat)，并接受多个文件作为输入。

• RIPATRIPAT是作为逆转录病毒整合位点注释和分布分析的R包开发的。RIPAT需要BLAST和BLAT的局部对齐结果。具体的输入格式在RIPAT手册中描述。RIPAT将RV集成模式分析结果以R对象、多表、多图的excel文件形式提供。

• rnaEditrRNAeditr分析特定位点的RNA编辑事件，以及超编辑区域。编辑频率可以根据二进制、连续或生存结果进行测试。多协变量以及相互作用效应也可以纳入统计模型。

• RnaSeqSampleSizeRnaSeqSampleSize包提供了一种基于负二项式模型的样本量计算方法和评估RNA-seq数据差异表达分析的精确测试。它控制FDR进行多次测试，并利用来自真实数据的平均读取计数和分散分布来估计更可靠的样本量。它还具有一些独特的功能，包括感兴趣的基因或途径的估计，功率曲线可视化和参数优化。

• rsem语义MEDLINE数据库的编程接口。它提供了在数据库中搜索概念和在概念之间查找路径的函数。路径搜索还可以根据用户规范进行定制，例如对概念类型和概念之间的链接类型进行限制。它还提供了用于汇总和可视化这些路径的函数。

• RtpcaR包用于使用热蛋白质组分析数据集进行热接近共聚集分析，以分析蛋白质复合物组装和跨条件的(差异)蛋白质-蛋白质相互作用。

• sangeranalyseR这个包构建在sangerseqR上，允许用户从Sanger测序读取的集合中创建contigs。它为许多常用的操作提供了广泛的选项，包括读修整、检测次要峰值和使用引用序列检测索引。所有参数都可以在R或相关的Shiny应用程序中进行交互调整。有大量的在线文档，该软件包可以输出详细的HTML报告，包括色谱图。

• SCATESCATE是一款用于提取和增强稀疏和离散单单元ATAC-seq信号的软件工具。转座酶-可达染色质单细胞测序分析(scATAC-seq)是最先进的技术，用于分析单细胞的全基因组调控景观。单细胞ATAC-seq数据稀疏且有噪声，分析此类数据具有挑战性。现有的计算方法不能准确地重建单个细胞或稀有细胞亚群中单个顺式调控元件(cre)的活性。SCATE的开发是为了自适应地整合来自共激活的CREs、相似细胞和公开可用的规则组数据的信息，并大幅提高估计单个CREs活动的准确性。我们证明，SCATE可以用来更好地重建异质样本的监管格局。

• scCB2scCB2是一个R包，实现了CB2，用于在基于液滴的单细胞RNA-seq实验中区分真实细胞和空液滴(特别是对于10倍铬)。该方法基于相似条码聚类，计算每个聚类的蒙特卡罗p值，对背景分布进行测试。这种簇级测试在处理低计数条形码和同质测序库时优于单条形码级测试，同时保持FDR得到很好的控制。

• scDataviz在单细胞世界中，包括流式细胞术、海量细胞术、单细胞RNA-seq (scRNA-seq)等，需要改进数据可视化，并为非技术背景的研究人员提供分析能力。scDataviz试图适应这个空间，同时也迎合高级用户。此外，由于scDataviz的设计方式是基于singlecelexperimental的，它具有“即插即用”的感觉，并且立即使其具有灵活性和兼容性，可以用于超越scDataviz的研究。最后，scDataviz中的图形是通过ggplot引擎生成的，这意味着用户可以轻松地“添加”特性。

• 短链脂肪酸一致性因子分析(SCFA)可以有效地去除多组学数据中一致分子模式中的噪声信号。SCFA首先使用自编码器只选择重要的特征，然后重复执行因子分析，以表示具有不同数量因子的数据。使用这些表示，它可以可靠地识别癌症亚型，并准确预测患者的风险评分。

• scp用于操作、处理和分析基于质谱的单细胞蛋白质组学(SCP)数据的实用函数。该包是为SCP应用程序设计的“QFeatures”包的扩展。

• scRepertoirescRepertoire用于处理来自10x Genomics铬免疫分析的t细胞受体(TCR)和免疫球蛋白(Ig)富集工作流程的数据，随后与流行的Seurat和singlecel实验R包相互作用。

• 天窗提供用于执行单单元分析的基本实用函数，重点关注简单的规范化、质量控制和数据转换。还提供了一些帮助器函数来帮助开发其他包。

• SeqGate在进行统计分析之前，筛选低表达特征(例如基因)是一个常见的步骤，但通常选择一个任意的阈值。SeqGate实现了一种方法，通过分析重复样本中的计数分布来合理化这一步骤。门是一个阈值，超过这个阈值，序列特征可以被认为是自信量化的。

• simplifyEnrichment提出了一种基于语义相似度矩阵的GO词聚类方法(二值分割)。每个聚类中的GO术语摘要通过词云可视化。

• 一口提供一个R包装器，用于从python包openTNSE实现FI-tSNE。参见polivar等人(2019)和Linderman等人(2018)。

• SpatialDecon利用空间或批量基因表达数据，在每次观察中估计混合细胞类型的丰度。基于“混合细胞反褶积的进展使空间分辨基因表达数据中的细胞类型量化”，Danaher(2020)。设计用于NanoString GeoMx平台，但适用于任何基因表达数据。

• SpatialExperiment定义用于存储空间实验数据的S4类。主要的例子是用seqFISH和10x-Visium空间基因表达数据报道的。这包括用于存储、检索空间坐标、10倍专用参数及其处理的专门方法。

• spatialHeatmapspatialHeatmap包根据数字色键对解剖图像中定义的相应空间特征进行着色，从而提供了可视化生物分析的细胞、组织和器官特定数据的功能。

• 光谱光谱包定义了一个高效的基础设施，用于存储和处理质谱和功能，以子集，处理，可视化和比较光谱数据。它提供了不同的实现(后端)来存储质谱数据。它们包括用于快速数据访问和处理的后端，以及用于非常大的数据集的后端，以确保较小的内存占用。

• SPsimSeqSPsimSeq使用专门设计的指数家族进行密度估计，从给定的真实RNA测序数据(单细胞或批量)构建基因表达水平的分布，然后使用高斯关联函数(Gaussian-copulas)从估计的边缘分布模拟一个新的数据集，以保留基因之间的依赖性。它允许模拟任意所需样本量和库大小的多个组和批次。

• systemPipeShinysystemPipeShiny (SPS)通过Shiny App提供的多功能图形用户界面扩展了广泛使用的systemPipeR (SPR)工作流环境。这允许非R用户(如实验人员)交互式地运行许多systemPipeR的工作流设计、控制和可视化功能，而不需要R的知识。最重要的是，SPS被设计为一个通用框架，用于以直观的方式与其他R包交互。像大多数闪亮的应用程序一样，SPS既可以在本地计算机上使用，也可以在基于服务器的集中式部署上使用，可以作为公共web服务远程访问，使用社区和/或私有数据使用SPR的功能。该框架可以集成来自R/Bioconductor生态系统的许多核心包。SPS目前的功能包括:(a)使用易于使用的表格编辑器或文件上传器交互式创建实验设计和元数据;(b)工作流拓扑的可视化，结合交互式设计工作流的自动生成R Markdown预览;(d)使用广泛的数据处理程序;(e)和一组可扩展的可视化功能。复杂的可视化结果可以在“画布工作台”上进行管理，允许用户以有效的方式结合会话快照功能来组织和比较图，以便在以后继续工作。目前的一套预先配置的可视化示例。SPR的模块化设计使得在不了解Shiny的情况下很容易设计定制功能，以及在未来通过社区的贡献扩展环境。

• TADCompareTADCompare是一个R包，用于识别和描述多个Hi-C接触矩阵之间的差异拓扑相关域(TADs)。它包含用于在两个数据集之间查找差异tad的函数，随着时间的推移查找差异tad，并在多个矩阵中识别共识tad。它采用所有主要类型的HiC输入，并返回简单、全面、易于分析的结果。

• tidySingleCellExperimenttidysinglecel实验是一个适配器，它以tibble的形式抽象出' singlecel实验'容器，并允许使用' tidyverse '进行数据操作、绘图和嵌套。

• tidySummarizedExperimenttidysummarizeexperiment是一个适配器，它以tibble的形式抽象出' singlecel实验'容器，并允许使用' tidyverse '进行数据操作、绘图和嵌套。

• TileDBArray实现一个DelayedArray后端，用于读写TileDB格式的密集或稀疏数组。生成的tiledbarray与所有可以接受DelayedArray实例的Bioconductor管道兼容。

• TimiRGeNTimiRGeN (Time Incorporated miR-mRNA Generation of Networks)是一种新颖的R包，功能分析和集成时间过程miRNA-mRNA差异表达数据。该工具可以在R中生成小型网络，或将结果导出到细胞景观或路径视图中，以进行更详细的网络构建和假设生成。此工具是为希望深入研究时间序列多组数据集的研究人员而创建的。TimiRGeN在数据减少方面比许多其他工具走得更远。在这里，在一个时间过程中，可能有数十万个潜在的miRNA-mRNA相互作用可以被缩减为少数高可信度的影响信号通路的miRNA-mRNA相互作用。

• 但在这个包提供了许多易于使用的方法来分析和可视化tomo-seq数据。tomo-seq技术是基于组织冷冻切片并在连续切片上执行RNA-seq。参考文献:Kruse F, Junker JP, van Oudenaarden A, Bakkers J. Tomo-seq:一种获得全基因组表达数据的空间分辨率方法。方法细胞生物学杂志，2016;该软件包的主要目的是在tomo-seq样本中找到具有相似转录谱和空间表达基因的区域。有几个可视化功能可用于创建易于修改的图。

• ToxicoGx包含一组执行大规模毒理学基因组数据分析的功能，提供标准化的数据结构来保存与毒理学基因组数据注释、可视化和统计分析相关的信息。

• transomics2cytoscapetransomics2cytoscape通过提供指定多个KEGG路径层的id、它们对应的z轴高度以及表示路径层之间边缘的输入来生成一个用于三维跨体可视化的文件。例如，边被用来描述一条通路上的激酶和另一条通路上的酶之间的关系。这个包使用Cytoscape automation (https://doi.org/10.1186/s13059-019-1758-4)自动创建一个跨网络，如图Yugi.2014 (https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.07.021)中的图所示。

• UMI4CatsUMI-4C是一种允许描述3D染色质与感兴趣的诱饵相互作用的技术，利用超声处理步骤产生独特的分子标识符(UMIs)，有助于消除重复偏差，从而允许更好地比较不同条件下染色质相互作用。这个包允许从测序工具提供的FastQ文件开始处理UMI-4C数据。它提供了两种检测差分接触的统计方法，并包括一个可视化功能来绘制来自UMI-4C检测的综合信息。

• uncoverappLib一个闪亮的应用程序，包含一套图形和统计工具，以支持低覆盖率地区的临床评估。它显示了三个网页，每个网页提供了不同的分析模块:覆盖率分析，通过等位基因频率应用程序计算AF和二项分布。

• 伶盗龙该包提供了生物导体友好的包装，用于单细胞RNA-seq数据中的RNA速度计算。我们使用basilisk包来管理Conda环境，使用zellkonverter包在singlecel实验(R)和AnnData (Python)之间转换数据结构。速度方法产生的信息存储在singlecelexperimental类的各个组件中。

• 左页大流行期间在病毒基因组中迅速积累的突变可用于跟踪病毒的进化，从而揭示病毒感染网络。在这种程度上，病毒测序样本可用于估计基因组流行病学模型，并可用于，例如，通过揭示隐性传播来估计未被发现的感染者的比例，以及预测感染、住院、死亡和康复人数的可能趋势。VERSO是一种算法框架，它处理病毒样本的变异档案，以产生病毒进化的系统发育模型。该方法通过最大化对数似然函数，解决了具有系统发育约束的布尔矩阵分解问题。VERSO包括两个独立的后续步骤;在这个包中，我们提供了VERSO STEP 1的R实现。

• VplotRDNA核酸酶(如DNAse I、微球菌核酸酶和Tn5转座酶)的消化和保护模式可用于推断相关蛋白质的位置。这个包包含有用的功能来分析配对端测序片段密度的模式。VplotR有助于在单个或聚集的感兴趣的基因组位点上生成v图和足迹剖面。

• 个字这是一个创建井板计划的闪亮应用程序。它使用一种受回溯启发的算法，根据特定的邻域约束将样本放置在板上。

• zellkonverter提供在Python AnnData对象和singlecel实验对象之间转换的方法。这些主要供下游Bioconductor包使用，这些包包装了用于单细胞数据分析的Python方法。它还包括读写用于将AnnData对象保存到磁盘的H5AD文件的函数。

新的数据实验包

在这个版本的Bioconductor中有9个新的数据实验包。

• celldex提供一个参考表达数据集的集合与策画的细胞类型标签，用于单细胞数据的自动注释或散装RNA-seq反卷积的过程。

• clustifyrdatahub参考外部单细胞mRNA测序数据集，存储为平均基因表达矩阵。与克鲁替芬一起使用//www.andersvercelli.com/packages/clustifyr分配单元格类型标识。

• DropletTestFiles从基于液滴的单细胞协议生成的各种文件，用于测试DropletUtils中的函数。主要用于存储在singlecel实验对象形成之前直接从处理管道(如10X Genomics的CellRanger软件)中出来的文件。与其他包不同的是，这个包的设计不是为了提供可以立即进行分析的对象。

• FieldEffectCrc处理了1139个人类主要结直肠组织样本的RNA-seq数据，涉及三种表型，包括肿瘤、正常邻接肿瘤和健康，可在synapse.org上获得Synapse ID syn22237139。数据已被解析为通过ExperimentHub提供的summarizeexperiment对象，以促进Dampier等人(PMCID: PMC7386360, PMID: 32764205)的结果的可重复性和扩展。

• MethylSeqData基本水平(即胞嘧啶水平)的亚硫酸根序列公共数据集(例如，WGBS和RRBS)的计数，作为带有样本和基本水平元数据的summarize实验对象提供。

• NanoporeRNASeqNanoporeRNASeq包包含使用牛津纳米孔测序生成的长读取RNA-Seq数据。数据包括来自SG-NEx项目生成的两个人类细胞系(K562和MCF7)的6个样本。每个细胞系有3个重复，1个直接RNA测序数据和2个cDNA测序数据。读取的数据与22号染色体(Grch38)对齐，并存储为bam文件。原始数据来自SG-NEx项目。

• SCATEDataSCATEData是SCATE的一个ExperimentHub包，SCATE是一个用于提取和增强稀疏和离散单单元ATAC-seq信号的软件工具。

• timecoursedata该数据包包含时间过程基因表达数据集。第一个数据集来自Shoemaker等人，由14个时间点暴露于不同流感菌株的小鼠肺组织的微阵列样本组成。另外两个数据集是高粱作物暴露于开花前和开花后干旱胁迫和对照条件下的叶片和根系样本，在植物一生中采样。

• TMExplorer该软件包提供了一个工具来搜索和下载肿瘤微环境单细胞RNA测序数据集及其元数据集。TMExplorer旨在为希望在单细胞水平上研究肿瘤微环境的用户提供一个单点入口。用户可以使用元数据表快速搜索可用的数据集，然后下载他们感兴趣的数据进行分析。

新的注释包

在这个版本的Bioconductor中有两个新的注释包。

• metaboliteIDmapping该包提供了九种不同代谢物ID格式及其通用名称的综合映射表。数据是从四个公开来源收集和合并的，包括HMDB、Comptox Dashboard、ChEBI和石墨Bioconductor R包。

• geneplast.data包装基因质体。Data提供了一个接口，用于从geneplast包中获取分析管道中使用的输入数据。提供了来自不同同源数据库的真核生物的物种、系统发育树和同源信息

新的工作流包

在这个版本的Bioconductor中有一个新的工作流包。

• BP4RNAseq研究人员用最小的努力进行可重复的RNA-seq分析的自动化管道。该包可以处理批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据。您只能提供保存在国家生物技术信息中心(NCBI)的RNA-seq数据的分类单元名称和登录id。一杯茶或更长的时间后，您将得到基于校准和不校准工作流的基因计数和转录本计数的形成的基因表达数据。

网上新书

在这个版本的Bioconductor中有2本在线书籍。虽然OSCA这本书的发布时间比这个版本要长，但这是第一个托管和构建这本书的版本。并被生物导体的建造者检查过。

• OSCA这是“用生物导体编排单细胞分析”的网站，这本书教用户一些单细胞RNA-seq数据分析的常见工作流程(scRNA-seq)。这本书将教你如何使用最前沿的Bioconductor工具来处理、分析、可视化和探索scRNA-seq数据。此外，它还作为手稿“用生物导体编配单细胞分析”的在线伴侣。

• SingleRBook本书介绍了SingleR的使用，这是一种自动注释方法的实现。如果你想了解不同的注释方法，这本书不适合你。如果您想手工创建集群定义，那么本书不适合您。(请阅读另一篇文章。)如果你想使用预bioconductor版本的包-这本书不适合你。但是，如果您厌倦了手动注释单单元数据，并且希望在生活中做一些更好的事情，那么请继续阅读。

来自新的和现有软件包的新闻

a4

1.37.2版的更改

• 添加导入utils packageDescription

a4Base

版本1.37.3的更改

• 修复了不同名称帮助页的FCT链接的规范

  1.37.2版的更改

• 使用导入而不是依赖+使用roxygen2进行文档

• 使用Authors@R

• 用limma:::.topTableT替换toptable(在limma 3.36.0中已弃用)

  1.37.1版的更改

• spectralMap:修复图例win-32

a4Classif

1.37.1版的更改

• 使用导入而不是依赖+使用roxygen2进行文档

• 使用Authors@R

• 添加小插图、例子

a4Core

1.37.1版的更改

• 使用导入而不是依赖+使用roxygen2进行文档

• 使用Authors@R

• 添加装饰图案

a4Preproc

1.37.1版的更改

• 使用导入而不是依赖+使用roxygen2进行文档

• 使用Authors@R

• 添加装饰图案

a4Reporting

1.37.1版的更改

• 使用导入而不是依赖+使用roxygen2进行文档

• 使用Authors@R

• 添加装饰图案

ADImpute

2.1.0版的更改

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package.

AffiXcan

1.7.1版的更改

错误修复

• 训练集中具有Null方差或NA值的TBA的Null特征向量被正确返回

aggregateBioVar

0.99.0版本变更(2020-09-03)

• 提交给Bioconductor

alevinQC

1.5.2版的更改

• 向报告中添加了选择的摘要分布，以及绘制cbTable任意数字列的直方图的函数

AlphaBeta

1.2.3版本变更(2020-06-06)

• 固定的臭虫。

• 兼容新版本的dplyr,data.tables

  1.2.1版本变更(2020-04-20)

• 固定的臭虫。

• 进行了以下重大更改
  • 用猿包制作树。
  • 增加了一些情节。

• 增加SOMA功能。

• 策划的估计

AlpsNMR

2.99.5版本变更(2020-10-14)

• 解决了bp_kfold_VIP_analysis中的Bug
• 有几个包从import转移到depends
• 删除了一些函数的重新导出
• to_rDolphin_blood代码重新组织
• 从教程中删除错别字

• Norm_pqn_diagnostic $norm_factor用于教程而不是绘制它

  2.99.4版本变更(2020-09-28)

• 在plot_interactive函数中添加了警告

• 抑制了plot_interactive函数的其他警告

  2.99.3版本变更(2020-09-21)

• Sapply调用更改为vapply
• 包括生物导体安装说明
• MIT许可证被移除
• LazyData: TRUE被删除
• 从小插图中删除过多的打印语句
• sessionInfo()添加到小插图的结尾
• 创建inst/script目录，用于描述inst/extdata源和创建#TODO falta rellenar el archiivo

• 注释掉的代码被删除

  2.99.2版本变更(2020-08-26)

• AlpsNMR。Rproj removed from git repository
• 减少演示数据集，以避免包大小> 5 MB

• 修改了alpsnmr小插图的介绍和一些测试，以使用减少的演示数据集

  2.99.1版本变更(2020-08-25)

• AlpsNMR。Rproj added to gitignore

• 修改示例，以避免在主包文件夹中创建文件

  2.99.0版本变更(2020-08-24)

• 增加了自举法和排列法以及与之相关的一些图

• 生物导体提交的微小修改

  2.5.9002版本变更(2020-05-25)

• 更改以通过BiocCheck

• nmr_data_analysis增加了排列测试和排列测试图

  2.4.9002版本变更(2020-05-13)

• 更改以通过R4的检查

  2.3.3.9002版本的更改

• NIHS_specific删除
• 测试覆盖率高达30%
• save_profiling_plots的更新
• 添加教程
• 遥控器安装

• Nmr_diagnose已弃用。由于nmr_diagnose仅用于获取额外的归一化信息，因此它被nmr_normalize_extra_info所取代，这提供了一个不那么令人困惑的名称。

  2.3.3.9001版本变更

• 添加nmr_identify_regions_cell函数
• 添加HMDB_cell的文档
• 小插曲更新
• 应用多级统计的新函数

• 更新README文件

  2.3.3版的更改

• nmr_identify_regions_blood函数的变化
• 添加nmr_identify_regions_urine函数
• 添加HMDB_urine的文档
• 为nmr_integrate_peak_positions添加computes_peak_width_ppmfunction
• 新get_integration_with_metadata
• 小插曲更新

• 将机器学习应用于处理过的数据集的新功能

  2.3.2版的更改

• 使用非对称最小二乘去除基线
• 将baselineThresh更改为NULL，以便自动检测
• 小插图更新，包括基线删除
• nmr_baseline_threshold中的错误修正
• 消除包小插图(这里有一个错误需欧洲杯2021体育彩票要解决)
• 新增nmr_identify_regions函数
• 添加HMDB_blood的文档

• 新建files_to_rDolphin函数

  2.3.1.9000版本的更改

• 将包从NIHSnmr重命名为AlpsNMR

  2.3.1版的更改

• 信噪比的变化。在pipeline_example中的值从3到4。R
• 更新安装说明

• Sergio的最新版本(自2.3.0以来变化不大)

  2.3.0版的更改

• 改进R<3.5下的安装说明
• 新增Nmr_peak_detection_tune_snr函数。

• 小错误修复

  2.2.0版的更改

• 改进安装说明
• 添加元数据小插图
• 添加规范化诊断
• 添加一些数据分析助手
• 启用并行样本加载，峰值检测和数据分析助手
• 不设置负面积值为零，以避免偏差方差
• 从单个整洁的excel函数中添加元数据
• 添加nmr_diagnose用于获取和设置诊断信息
• 为nmr_normalize添加nmr_diagnose支持

• 小错误修复

  2.1.0版的更改

• 文档的改进

• 用于峰值检测结果的Nmr_dataset_peak_table对象

  2.0.0版的更改

• 变化太多，不便在此列举。查看小插图以获得所有功能的摘要。使用browseVignettes(“NIHSnmr”)。

  1.2.0版的更改

突发的变化

• 重命名injection_id为nmreexperiment。

• nmr_dataset_load和nmr_dataset_save现在使用readRDS和saveRDS而不是load和save。这是序列化单个R对象的正确方法。如果你需要一个脚本来转换以前保存的数据集(使用nmr_dataset_save创建)，请使用NIHSnmr:::nmr_dataset_load_old_and_save(" your_old_file. exe ")。RData "， " your_old_file.RDS ")来转换文件。抱歉给你带来不便，但我们越早解决越好。

• 从nmr_dataset对象中选择样本子集的过滤器已被改编为dplyr >= 0.7.4。除非你在调用中使用了.dots参数，否则不需要改变任何东西。这意味着我们现在为filter使用了一个整洁的求值语法。

• Nmr_get_metadata()总是返回一个数据帧/ tibble，即使只请求一个列。它也总是包括“nmreexperiment”一栏。

• Nmr_dataset对象有两个表metadata和metadata_ext。metadata_ext表包含我们用nmr_add_metadata添加的所有元数据，而元数据则包含内部元数据(获取参数等)。请使用nmr_get_metadata(nmr_dataset)而不是nmr_dataset$metadata。

其他的变化

• 删除dplyr问题的解决方案:https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/2203 (Sergio Oller报告并修复了该问题，dplyr-0.7.0已修复)

• Bruker标题文件有相当自由的格式定义。标题文件可以包含“字段值”或“字段值”或简单的“值”这样的行。解析标题文件的启发式方法得到了改进。

• 依赖于tidyr 0.8.1。Tidyr 0.8.0有一个bug，我们报告了(我们也提供了修复):https://github.com/tidyverse/tidyr/pull/419

• 如果用户请求缺失的元数据列，Nmr_get_metadata会给出警告。

• 新增nmr_integrate_regions函数。

• Nmr_normalize接受PQN归一化。

ANCOMBC

版本0.99.5的变更(2020-10-19)

• 更新的自述

  0.99.4版本变更(2020-09-26)

• 更新的自述

  版本0.99.3变更(2020-09-13)

• 在示例中使用GlobalPatterns数据集

  0.99.2版本变更(2020-09-05)

• 与phyloseq类实验级对象集成

  0.99.1版本变更(2020-08-23)

• 处理审稿人的意见

  0.99.0版本变更(2020-08-10)

• 提交给Bioconductor

AnnotationHub

2.21.0版的更改

错误修复

• (2.21.5)修复了设置AnnotationHubOptions的文档

• (2.21.3)固定打印代理时，存在

用户可见的修改

• (2.21.6)降低互联网连接测试的严格程度

• (2.21.4)添加链接到github报告问题

• (2.21.2)更新参考hubs@bioconductor.org寻求帮助

• (2.21.1)更新.tidyGRanges以解释不正确或缺失的基因组

AnnotationHubData

1.19.0版本的更改

内部错误修正

• 1.19.2从Ensembl函数更新元数据，使用GenomeInfoDb:::fetch_species_index_from_Ensembl_FTP代替解析文件路径

• 1.19.1错了!条款

annotatr

1.16.0版本的更改

面向用户的变化

• 导出expand_annotations()、tidy_annotations()和subset_order_tbl()。

修正

• 修复了HMMs的快捷搜索错误。

铁砧

1.2.0版的更改

新功能

• (v 1.1.3)在operations() / tags()中引入.deprecated标志;默认情况下不要包含废弃的api;警告使用已弃用的api。

• (v 1.1.4)添加repositories()以返回二进制(如果可用)、Bioconductor和CRAN存储库路径。

• (v 1.1.6)提供md5sum作为服务版本的检查。

• (v 1.1.9)添加avfiles_*()用于管理工作空间桶文件。

• (v 1.1.15)添加avtable_import_set()来创建表的子集，遵循Terra数据模型。

• (v 1.1.16)添加avruntimes()， avworkspace_jobs()来查询与活动计费帐户相关联的运行时和作业。

• (v 1.1.17) add avdisks()用于查询与活动计费帐户相关联的持久磁盘。

• (v 1.1.21)添加avworkflow_*()用于与工作流作业和输出交互。

AnVILBilling

版本0.0.12的变化

• 通过CMD检查和BiocCheck

  版本0.0.11的变化

• 删除browse_reck参数，更好地封装身份验证

  版本0.0.10的变化

• browse_reck()的新参数，默认为不显式运行bq_auth。现在，如果do_auth为FALSE，每个会话只执行一次身份验证

  0.0.9版的更改

• plot标签中的plot现在是逐点分段显示和简单累积显示的plot

  0.0.7版的更改

• 在R CMD检查或BiocCheck上没有警告;关于支持站点注册的一个错误
• 包括browse_reck()，这是一个应用程序，可以将费用按时间列表
• 更新小插图，包括演示静态图形
• page_size参数似乎没有正确地传播到BigQueryConnection;记录这些需要时间;目前避免查询较长的时间间隔

AnVILPublish

版本0.0.10的变化

• 添加“最佳实践”和rmarkdown到jupyter笔记本转换的基本原理。

  0.0.9版的更改

• 创建一个名为“00-«工作区名称»”的笔记本，以安装原始源代码中指定的包/书依赖项。
• 不要链接到来自DASHBOARD的小插图，因为在克隆的工作区中名称空间会发生变化。

• as_workspace(…，create =FALSE, update=FALSE)现在静默地计算代码。

  0.0.8版的更改

• 支持不是包的Rmd文件集合，例如，簿记站点。

• 将R / Bioconductor版本添加到仪表板

  0.0.7版的更改

• 修改Rmd-to-ipynb工作流程

• 不要评估代码块(避免在notebook中包含输出，以及副作用，因为rmarkdown::render不会启动一个单独的进程)

• 插入元数据以使用R内核。jupytext可以更优雅地做到这一点，但从.md渲染代码块和预格式化，而不是计算单元格，从. rmd不能很好地处理markdown，例如，当定义在文档的其他地方时，不支持[foo][]样式的链接。

  0.0.6版的更改

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package.

• 广泛的接口重命名

• As_workspace()(以前为package_source_as_workspace())
• As_notebook()(以前为vignettes_to_notebooks())
• Add_access()(以前为bioconductor_user_access())

APAlyzer

1.3.3版本变更(2020-07-20)

• 固定hg38_REF.RData。

  1.3.2版本变更(2020-07-20)

• 更新引文。

  1.3.1版本变更(2020-07-19)

• 修正了hg38_REF的间隔问题。RData和mm10_REF.RData。

• 更新引文。

artMS

1.6.7版本变更(2020-10-22)

• 下面的情节现在已弃用

• .clustering.log2fcSign.all-zoom.pdf

• .clustering.log2fc.all-zoom.pdf

• 修正错误

  1.6.6版本变更(2020-10-21)

• 将新的MaxQuant格式的ptm转换为旧格式

• 在使用artmsqantification时，默认情况下不显示MSstats消息。用户可以通过选择" display_msstats = TRUE "来启用MSstats消息。

• 防止artmsWriteConfigYamlFile()覆盖现有的配置文件，除非用户允许(override = TRUE)

• printPDF现在可以在所有功能打印图形到pdf，这意味着笔记本电脑可以使用和打印所有的图形。默认值仍然是printPDF = TRUE

• 修正错误

  1.6.5版本变更(2020-05-20)

• 修复了由NA值引起的ggplot警告

• 修复artmsanalysisquantitative再现性图

• 改进了artmsqualitycontrollevidencebasic()相关矩阵聚类图

• 修正pca01.pdf图

• 新的pca04.pdf图(点状图)

• artmsanalysisquantiizations检查点:检查是否有足够的可用数据

  1.6.4版本变更(2020-05-12)

• 修正质量控制函数以处理少量的运行(少于5次)

• artmsQualityControlSummaryExtended的新参数" printPDF "，用于选择是否将图打印到pdf(默认= TRUE)

• 小插图:增加了示例情节

  1.6.3版本变更(2020-05-06)

• 修复了影响artmsanalysisquanti()的错误

  1.6.2版本变更(2020-05-05)

• 修复新闻格式

• 更新小插图与AC选项

  1.6.1版本变更(2020-04-29)

• 修复新闻格式

• 更新小插图与AC选项

ASpli

版本1.99.3的更改

新的功能和功能

• gbCounts和jCounts函数的新参数:

• libType:指定单端(" SE ")或成对端(" PE ")库

• strandMode:

  • 0:表示pair的链始终为*。
  • 1:对中的链是其第一次对中的链

  • 2:该对的链是其最后对中的链。

    版本1.99.1的更改

新的功能和功能

• 计数:gbCounts和jCounts。我们添加库类型和链特异性参数。

• DU估计:DUreport。norm和DUreport.offset

• 用于准备DU报告:filterSignals, gbDUreport, integratesigns, jDUreport, splicingReport和junctionsPJU

• 用于打印报告:exportIntegratedSignals, writeJDU和writeSplicingReport

弃用功能

• loadBAM:将被gbCounts取代。Bams文件根据目标对象逐一处理。它改善了运行时间和内存使用

• readCounts:替换为gbCounts

• AsDiscover:由jCounts代替

• DUreport:由gbDUreport和jDUreport替换

• mergeBinDUAS:没有直接替换。

• plotGenomicRegions:没有直接替代。新增了将结果导出到HTML页面的功能。

AssessORF

1.7.1版本变更(2020-10-23)

• 基因组查看器图现在将显示正向链在反向链之上，阅读帧现在将按1到6个顺序向下移动基因组查看器(在它被反转之前)

  1.7.0版本变更(2020-10-21)

• 当绘制评估对象时，现在可以切换基因组查看器的交互性吗

• 当绘制评估对象时，现在可以放大到基因组查看器的初始范围

• 在图中记录基因组查看器。评估手册页

• 在小插图中添加了一个基因组查看器示例

• 修复了当用户试图用基因组查看器图放大10倍时导致错误的错误

ATACseqQC

1.13.9版的更改

• 修复了plotCorrelation热图按行缩放的问题。

  1.13.8版本的更改

• 如果没有足够的核小体自由读取或单个核小体读取进行训练，则抛出错误。

  1.13.7版的更改

• 修复了matchPWM通过将^和$粘贴到排除序列名而引入的错误。

  1.13.6版的更改

• 更新plotFootprints的文档。

  1.13.4版的更改

• 修正TSSE分数公式。

  1.13.3版的更改

• 修正了移位后索引不变的错误。

  1.13.2版的更改

• 根据用户定义的组样本的factorFootprints的库大小更改归一化方法。

  1.13.1版的更改

• 添加文档来描述factorFootprints的bindingSites格式。

自动调谐

1.3.0版本变更(2020-09-24)

• 更新依赖项所需的版本

• 为John Bouranis提供的剧情高峰添加了旗帜

强盗

1.4.1版的更改

• parallel::makeCluster()更新为“顺序”策略;默认策略在r4 .x的macOS上被RStudio卡住了。

基础知识

2.1.16版本变更(2020-10-22)

• 更新.BASiCS_MCMC_Start当经验贝叶斯先验被分配给mu时，使用不同的起始值

• 增加了log_scale参数.EmpiricalBayesMu

• 修复小错误.BASiCS_MCMC_Start

• 更新中链接到更改的单元测试.BASiCS_MCMC_Start

• 添加固定种子test_divide_and_conquer。R

  2.1.14版本变更(2020-10-08)

• 增加对分而治之推理的支持BASiCS_DivideAndConquer函数。将此功能的支持添加到BASiCS_MCMC

• 添加BASiCS_MockSCE函数创建一个具有任意维度的singlecel实验对象。

• 修复Makevars有关PKG_CXXFLAGS的警告

  2.1.13版本变更(2020-10-05)

• 添加参数PriorParamBASiCS_MCMC

  2.1.12版本变更(2020-10-01)

• 从测试中删除未使用的DelayedArray调用

  2.1.11版本变更(2020-09-30)

• 更新的文档线程在BASiCS_MCMC表示默认值。

  2.1.10版本变更(2020-09-30)

• 文档线程论点。

  2.1.9版本变更(2020-09-28)

• 添加线程参数BASiCS_MCMC，允许使用openMP并行跨细胞或基因的MCMC更新。

• 将BatchInfo对无峰值采样器的要求从错误减少到警告。

  2.1.8版本变更(2020-09-28)

• 在小插图中进行小编辑，以建议使用种子，以获得使用时可重复的结果BASiCS_MCMC．

  2.1.7版本变更(2020-09-23)

• ResultVG类格式方法的错误修正。

• 为BASiCS_PlotDE，如果只生成一个plot，则该plot将作为一个裸露的ggplot对象返回，而不是使用cowplot: plot_grid

• 添加EpsilonThreshold理由BASiCS_DetectHVG而且BASiCS_DetectLVG．它使用epsilon值的阈值来识别lvg和hvg。还添加了矿山参数BASiCS_DetectHVG而且BASiCS_DetectLVG．

• 弃用newBASiCS_Data和格式方法用于Results类。对于后者，请使用as.data.frame代替。

• 改进BASiCS_ResultVG类的文档

• BASiCS_MCMC当采样完成后，计算并存储ESS作为参数矩阵的属性。

• 在之前使用Param和Which的几个方法中，使用Parameter参数保持一致。

• 扩展BASiCS_DiagPlot以启用其他诊断度量

• 移动到存储分子计数rowData (altExp (sce))而不是元数据(sce)

• 移除对KernSmooth的依赖

• 如果与在< 2个细胞中捕获的基因相关，则将某些值设置为NA

• 添加选项，以排除刺入BASiCS_DenoisedCounts．还可以在内部使用稍微更有原则的计算。

• 参见问题#182，#39，#91，#169，#181，#178，#202，#190，#173

  2.1.6版本变更(2020-08-05)

• 防止使用BASiCS_VarThresholdSearchVG当使用剩余过分散参数时

  2.1.5版本变更(2020-08-05)

• 对定义的微小更改OrderVariable在BASiCS_DetectVG

  2.1.4版本变更(2020-08-05)

• 用于验证输入参数有效性的扩展单元测试BASiCS_DetectLVG而且BASiCS_DetectHVG．

• 更新的文档BASiCS_DetectVG考虑到新的默认值和输出类型(现在是object with classBASiCS_ResultVG)．

• 的新默认值更新为LVG的单元测试ProbThreshold当EFDR校准失败(2/3而不是0.5)时使用。

• 的微小变化BASiCS_VarThresholdSearch为了避免存在或不存在的误差。这个函数可能会被弃用。

• 中更新默认概率阈值.ThresholdSearch当EFDR校准失败时。现在设置为ProbThreshold(0.9)

  2.1.3版本变更(2020-07-29)

• 的新默认值PercentileThreshold(= NULL),VarThreshold(= NULL)和ProbThreshold(= 2/3) inBASiCS_DetectVG)．中的默认值与BASiCS_TestDE．

• 更改的默认行为BASiCS_DetectLVG，BASiCS_DetectHVG根据所介绍的变更BASiCS_DetectVG．

  2.1.2版本变更(2020-07-29)

• 移动与HVG/LVG分析相关的辅助功能到utils_VG。R．这包括.VGPlot，.VGGridPlot，.HeaderDetectHVG_LVG而且.VG．

• 更新的警告讯息.HeaderDetectHVG_LVG

• 更新的规则EFDR而且ProbThreshold参数BASiCS_DetectVG．如果Efdr = null，不使用EFDR校准，设置后验概率阈值为ProbThreshold．中使用的规则与此行为一致BASiCS_TestDE．

• 创建.CheckProbEFDR执行有效性检查ProbThreshold而且EFDR所有测试(HVG/LVG和DE)。

• 清理内部代码.ThresholdSearch而且BASiCS_DetectVG

• 删除阈值提供的输出BASiCS_DetectVG

• 中删除重复的绘图代码BASiCS_DetectVG．现在电话BASiCS_PlotVG．

• 变化.VGGridPlot而且.VGPlot使用ggplot2: theme_classic ()

  2.1.1版本变更(2020-07-28)

• 修复了BASiCS_DetectHVG和BASiCS_DetectLVG中的错误。Epsilon/Delta,Sigma值错误地没有返回。

• 更详细的着色差分表达式图。

• 修正了DE图标签的错误。

蛇怪

1.2.0版的更改

• 在BasiliskEnvironment()构造函数中增加了对不同Conda通道的支持。

• 为安全并行构建环境增加了setupBasiliskEnv()的锁定。

• 确保环境在使用useBasiliskEnv()之前总是被激活。

basilisk.utils

1.2.0版的更改

• 将大多数与环境相关的功能迁移到basilisk。

• 增加了installConda()的锁定，以实现安全的并行惰性Conda安装。

• 切换到最新的Miniconda3安装程序。

后面;

1.6.0版的更改

• 当提供design=时，允许regressbatch()在没有batch=的情况下操作。增加了d=和相关选项，方便地对ResidualMatrix执行PCA。

• 添加正确的。选项All =所有校正函数的一致性。

• 为multiBatchPCA及其调用者添加了deferred=TRUE默认值，以鼓励使用延迟矩阵乘法以提高速度。

• 将multiBatchPCA中的默认PCA算法切换为IrlbaParam。

• 在correctExperiments()中增加了add.single=模式，用于校正结果的自同态相加。

BayesSpace

0.99.8版的更改

小的改进和修复

• spatialCluster()和spatialEnhance()现在使用了更快的多元法向密度实现，将运行时间减少了大约40%。

  版本0.99.7的更改

小的改进和修复

• 文档示例现在使用更少的迭代，以减少R CMD检查的运行时间。

• 在qTune()中，min_rep和max_rep参数已替换为burn。in和nrep，以与spatialCluster()保持一致。

  版本0.99.6的更改

新功能

• getRDS()获得一个缓存参数。当TRUE时，使用BiocFileCache在本地缓存RDS。

小的改进和修复

• 解决审稿人关注的问题(https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/1624)
• 更新停止/警告/消息语句，以删除冗余和不必要的paste()使用。
• 删除内联条件语句。
• 在getRDS()中缓存下载的RDS(见上文)。
• spatialCluster()和spatialEnhance()处理边缘情况，即在排除burn-in后只保留一个迭代。
• mcmcChain()返回的coda::mcmc对象现在指定增强对象中使用的细化间隔。
• spatialCluster()和spatialEnhance()现在包含特定于平平台的gamma参数默认值。

• 轻微的内部重构。

  版本0.99.5的更改

小的改进和修复

• 在spatialCluster()和spatialEnhance()中，设置burn。In equal to nrep现在引发一个错误。

  版本0.99.4的更改

新功能

• enhanceFeatures()现在接受一个nrounds形参，该形参对应于xgboost中的相同形参。如果nrounds设置为0，我们会自动使用训练/测试分割来优化参数，以改善特征预测。
• spatialCluster()和spatialEnhance()都获得一个burn。在parameter specifying the number of MCMC iterations to exclude when aggregating cluster labels and enhanced PCs.
• 在clusterPlot()中，label现在接受字符串的因子和向量，以及数字向量或colData中的列名。
• 附加的小插图用于重现bioRxiv手稿中提出的黑素瘤、背外侧前额叶皮层和鳞状细胞癌数据集的分析。

小的改进和修复

• 在增强的Visium数据上使用空间绘图函数时，子点的内部布局现在可以正确定向(考虑点坐标的垂直翻转)。
• 在spatialEnhance()中，pc现在在MCMC迭代中求平均值(不包括老化期)。
• 在enhanceFeatures()中，负表达式现在被剪辑为0。
• spatialPreprocess()现在添加一个布尔is。HVG列到rowData。

• 在featurePlot()中，正确传递了geom_polygon()的附加参数。

  版本0.99.3的更改

小的改进和修复

• 更新的自述。Md，包括系统需求，额外的安装细节，并链接到带有包功能演示的小插图，根据期刊指南。

  0.99.2版的更改

小的改进和修复

• spatialEnhance()在生成子spot colData时错误地将行偏移量添加到spot列坐标，反之亦然。这导致在空间图中，子点在y=x上被反射，并且已经被固定。

• 此修复更新了演示插图中的图形。

  0.99.1版的更改

小的改进和修复

• 从描述中移除维护者字段，以坚持Bioconductor指南。

  0.99.0版本的更改

新功能

• 最初提交Bioconductor

BgeeCall

1.5.3版的更改

• 添加函数generate_slurm_indexes使用slurm队列系统在集群上生成kallisto索引

• 添加函数generate_slurm_calls在集群上使用slurm队列系统生成表达式调用

• 更新文档

• 添加?BgeeCall文档与主要函数的链接

BgeeDB

2.14.1版的更改

• 解决下载超时与Windows

bigPint

1.5.1版本变更(2020-08-23)

plotClusters()函数现在可以使用showPairs参数来叠加对或整个数据。

BiocCheck

1.25版的更改

弃用的声明

• (1.25.11)已弃用R CMD BiocCheck和R CMD BiocCheckGitClone。运行函数的推荐方法是在R中。

新功能

• (1.25.4)在使用合格的进口产品pkg::foo()时，检查是否有单冒号错字

• (1.25.1)检查Description:字段(@federicomarini， #65)过于简短的警告/注意

• (1.25.8)在DESCRIPTION文件(@LiNk-NY， #97)中验证ORCID id(如果有)

• (1.25.10)添加正确格式化的CITATION文件检查

• (1.25.12)增加“注释”，将dontrun更改为donttest

错误修复

• ORCID ID检查现在接受以X结尾的ID。

• (1.25.9)包括基础设施在内的所有包都需要一个小插图

• 使用donttest和dontrun在手册中使用关键字' internal '将不再触发注意(@grimbough， #59)

• (1.25.7)在小插图的末尾添加sessionInfo (@llrs)

用户重大变更

• (1.25.3) DESCRIPTION文件中的Author/Maintainer字段要求Aurhors@R格式。这已升级为错误。

• (1.25.2)解决https://github.com/Bioconductor/BiocCheck/issues/57:建议样式器优于formatR自动代码重新格式化。

• (1.25.5)在x版本非零的新包中添加警告(@mtmorgan， #101)

BiocParallel

1.24版的更改

错误修复

• bpvalidate()检测父环境中定义的变量;警告使用全局变量。

• (v.1.23.2) bplapply()在每次求值后运行gc()有趣的()，这样工作人员就不会积累过多的内存分配(以每个进程为基础的内存并不过多，但在集群方面可能会过多)。见https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/124: x

BiocSet

1.3版的更改

错误修复

• (1.3.5)改善GeneSetCollection功能。

• (1.3.3)修复失败的测试kegg_set ()．

• (1.3.1)修复了GO.db新版本导致的失败测试。

新功能

• (1.3.6)从rtracklayer的导入/导出功能切换到BiocIO。

• (1.3.4)扩展我们的导出功能以允许OBO文件。还可以创建函数来显示OBOSet对象的关系。

• (1.3.2)扩展我们的导入功能以允许OBO文件。

BiocSingular

1.6.0版的更改

• 将ResidualMatrix类迁移到它自己的ResidualMatrix包中。

biocthis

0.99.0版本的更改

新功能

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package.
• 增加了bioc_style()，它提供了与styler兼容的部分Bioconductor编码风格。
• 增加了usethis风格的函数use_bioc_citation()， use_bioc_description()， use_bioc_github_action()， use_bioc_issue_template()， use_bioc_news_md()， use_bioc_pkg_templates()， use_bioc_readme_rmd()， use_bioc_support()和use_bioc_vignette()。这些功能为使用此包中的几个功能提供了生物导体友好的替代方案。
• use_bioc_github_action()允许您使用Bioconductor友好的GitHub Actions工作流来检查您的Bioconductor包(或依赖于Bioconductor包的工作流程)。查看小插图以了解其功能以及开发人员说明的详细信息。

biocViews

1.57.0版本的更改

新功能

• (1.57.5)新视图AnnotationHubSoftware和ExperimentHubSoftware

错误修复

• (1.57.4)在NEWS生成中，修正格式。

• (1.57.1)在VIEWS生成修复，但与vignetteTitles。当组合不同的格式类型时，可能会删除以“RNA”结尾的小插图标题。严格检查字符串的开头和结尾是否格式化。

biomaRt

2.46.0版的更改

错误修复

• getLDS()现在检测是否试图使用来自不同Marts的数据集，并将此报告给用户。

BioMM

1.5.7版的更改

• 改进了教程中的描述(BioMM()函数返回预测分数而不是指标)

• 更新了BioMMstage2pred()和BioMM()函数，以获得预测分数而不是性能指标

• 更新了getMetrics()来处理“概率”预测分数。

  1.5.4版的更改

• 改进了教程中的描述

  1.5.2版的更改

• 更新了R函数，用于报告结果和绘图。

• 增加组学数据(基因表达)和KEGG通路。

• 更新教程，通过演示另一个组学数据(基因表达)和KEGG通路注释BioMM。

biosigner

1.17.2版的更改

次要的修改

• getMset:文档中的小修正

BrainSABER

0.99.0版本变更(2020-02-14)

• *提交给Bioconductor

breakpointR

1.7.2版的更改

• 增加了新的功能，允许删除复合文件中读覆盖的峰值。

  1.7.1版的更改

• 增加了新的delta计算器，允许定义原始窗口大小的乘法用于delta计算。我们可以通过设置‘multi’来调用它。大小的参数。

BRGenomics

1.1.3版的更改

• 增加了对矩阵和数据帧的自动矢量强制的保护措施
• 增加了getStrandedCoverage()中精确解决方案的耐受性(与GenomicRanges问题#39相关的解决方案;将在下一个主要的Bioconductor版本中被取消)

• 各种微小的效率和格式变化

  1.1.1版的更改

• 将0.99.33的变更合并到发布分支中
• getStrandedCoverage()和用于获得规范化数据覆盖率的依赖方法的解决方法的错误(IRanges::coverage()中按规范化值加权的明显错误)
• 修复了getCountsByPositions()在expand_ranges=TRUE的非搁浅区域上获取计数的错误

BridgeDbR

版本1.99.1的更改

错误修复

• 示例中不再下载数据库

  1.99.0版本的更改

错误修复

• 增加了1.23.1缺少的新闻部分

• BridgeDb 3.0.0-SNAPSHOT (2020-10-18)

  1.23.1版的更改

用户级别的重大变化

• 不再支持32位的Windows

篮球选手

1.31.4版的更改

错误修复

• 在函数中的开始坐标之前更新结束坐标.aggregateTagClustersGR ()．这将停止触发“' width(x) '不能包含负整数”错误。

  1.31.3版的更改

错误修复

• 正确的.make.consensus.clusters内部函数。这将停止触发“共识集群不能相互重叠”错误。

  1.31.2版的更改

错误修复

• 允许空CTSS.chr对象。

• 正确的plotInterquantileWidth ()在传递参数' clusters = " consensusClusters "时真正使用共识集群。

• 修复故障CAGEexp只包含一个示例的对象。

相机

1.45.2版的更改

错误修复

• 感谢Sebastien Hutinet @shutinet修正了CF3COOH的加合质量。包括单元测试中的相应更改。关闭# 61

红衣主教

2.7.2版本变更(2020-10-21)

用户可见的重大更改

• 对于' mzAlign() '， ' ref '参数现在需要一个参考m/z值的向量，而不是一个完整的频谱

  2.7.1版的更改

错误修复

• 修正了' spatialDGMM() '有时会对具有单一分割的特征失败的问题

• 由于R 4.0的更改而导致的“Mclust()”初始化为“spatialDGMM()”的抑制警告

• 固定' spatialDGMM() '元数据中的像素/特征映射

cbaf

1.12.0版本变更(2020-04-08)

新功能

• 更新术语。包装可以识别更多的癌症研究!

• 甲基化分析的改进。

• 如果将所需的基因作为向量输入，则将它们转换为列表而不会返回错误。

cBioPortalData

2.2.0版的更改

新功能

• studiesTable包含额外的列pack_build和api_build，以指示用户哪些数据集已成功构建为MultiAssayExperiment对象。当报告为未构建的数据集输入到cBioDataPack函数时，用户将收到通知。
• 将sampleIds参数添加到getDataByGenePanel中，作为缓存重新工作的一部分
• 当使用cBioPortal访问API时，允许在主机名中具有更大的灵活性(@inodb， #16)
• cBioDataPack从更健壮的存储库(AWS S3;@inodb # 22)
• removePackCache和removeDataCache现在根据输入到各自的函数(cBioDataPack和cBioPortalData)从用户的缓存中删除数据

Bug修复和小的改进

• 尝试从cBioDataPack中的tarball中合并其他临床数据文件。
• 在内部使用read.delim而不是read_tsv，以避免将NA分配给染色体列
• 可用时使用' PATIENT_ID '来确定tarball文件中是否提供了实验数据。
• 使用testthat添加测试
• 在文档中更新并包括使用cBioDataPack和cBioPortalData成功导入的研究的百分比
• 修复当标识符是数字而不是字符时的读入问题(@jucor， #27)
• 在geneTable函数中包含分页参数(@xinwei-sher， #29)

CellaRepertorium

0.99.0版本变更(2020-09-28)

提交给bioconductor。

CellTrails

1.7.1版的更改

• 与r4.0.0兼容

• 修正:

  • 删除isSpike
  • 解决了在“showTrajInfo”中提取潜在空间信息的错误
  • 解决了' plotManifold '和' plotMaps '的反向调色板
  • 解决了' findStates '的机器精度问题

CeTF

1.0.2版的更改

• 修复netConditionsPlot函数错误

cfDNAPro

0.99.1版的更改

• 清除plotSingleGroup中的bug。R

• 文档的改进。

  0.99.0版本的更改

• 现在cfDNAPro支持bam文件作为数据特征的输入。
• 编码风格的改进。
• 文档的改进。
• 提交给Bioconductor。

冠军

2.18.2版的更改

• 增加了ebGSEA功能的并行运行。并允许它返回丰富的基因列表。

芝加哥

1.17.1版本变更(2020-09-08)

• 修复了一个在某些情况下影响距离函数估计的小错误，特别是当使用四切酶时。

ChIPpeakAnno

3.23.12版本的更改

• 修复了当SortedByQueryHits的顺序不正确时，genom冰岛分布的错误。

  3.23.11版的更改

• 使用seqlevelsStyle重新格式化注释的seqlevels。

  3.23.10版的更改

• 更新文档的基因组分布

  3.23.9版的更改

• 增加新的函数enrichmentPlot, genom冰岛ementdistribution, genom冰岛ementupsetr和methagenePlot来提高可视化。

  3.23.8版的更改

• 更新finoverlapsofpeaks文档。

  3.23.7版的更改

• 更新finoverlapsofpeaks文档。

  3.23.6版的更改

• 改变参数从otherCount到otherCounts到makeVennDiagram函数。

  3.23.5版的更改

• 为makeVennDiagram函数添加绘图参数。

  3.23.4版的更改

• 更新README文件。

  3.23.3版的更改

• 使用roxygen2生成帮助文件。

• 移动多个包从进口建议。

  3.23.2版的更改

• 修复了新的粘贴输出问题。

  3.23.1版的更改

• 去除Rfast的依赖性

ChIPQC

1.25.1版的更改

• 更新以保持与DiffBind 3.0的兼容性

ChromSCape

0.99.0版本变更(2020-10-23)

• 提交给Bioconductor

chromstaR

1.14.2版的更改

错误修复

• 修正的实验格式检查。table:空格不再被例外，因为它们会导致下游错误。

  1.14.1版的更改

错误修复

• 兼容性更新:替换的class()检查is()。

CHRONOS

1.17.2版的更改

• 介绍了在getLinearSubpath()中使用rJava。

• 在线性路径类中引入了期货。

circRNAprofiler

1.3.1版的更改

增加文件修复错误

cleanUpdTSeq

1.27.1版的更改

• 更新分类器数据集

切肉刀

1.27.1版本变更(2020-06-05)

• 修复文件中谷氨酰基内肽酶的裂解规则感谢玛丽亚切尔尼戈夫斯卡娅mariia.chernigovskaya@medisin.uio.no用于报告此错误。

clusterProfiler

3.17.5版的更改

• update [[.compareClusterResult (2020-10-14, Wed)

  3.17.3版的更改

• 使用维基路径富集分析的内部支持(2020-09-09，星期三)
• 用于ORA分析
• gseWP用于GSEA分析
• Get_wp_organisms用于列出受支持的生物

• read.gmt.wp用于解析从wikiPathways下载的gmt文件

  3.17.2版的更改

• (2020-09-08，周二)

• https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/pull/290

  3.17.1版的更改

• 修复extract_params (2020-08-18, Tue)的错误
• https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/282

clustifyr

1.1.2版本变更(2020-09-21)

• USCS单元浏览器参考构建

• 教程更新

• 错误修复

  1.1.0版本变更(2020-05-21)

• Bioc释放

• 错误修复

CNVPanelizer

1.21.2版的更改

• 将描述中的BiocGenerics从建议移动到导入

可乐

1.5.5版的更改

• 添加执行论点get_signatures ()．

• 子集可以是一个向量的指标consensus_partition_by_down_sampling ()．

  1.5.3版的更改

• predict_classes ()加速2x。

• get_signatures ():添加top_signatures参数来控制顶部签名的数量。

  1.5.2版的更改

• 添加一个DownSamplingConsensusPartition类和相应的方法。

• 添加回HierarchicalPartition类和相应的方法。

  1.5.1版的更改

• 添加一个predict_classes ()函数。

• 在包中添加Golub数据集的cola分析作为数据对象。

• 自动安装“建议的”软件包。

ComplexHeatmap

2.5.6版的更改

• ht_shiny ():添加参数应用程序．

• grid.dendrogram ():用迭代改变递归实现。

• 更改默认光栅设备为CairoPNG．

• 热图():如果离散上校覆盖超过矩阵中的层次，全色集仍然保存，这意味着，在heatmap_legend_param你可以设置在它们并不都在矩阵中，但都在上校．

• 整个绘图的填充和列标题的空格被调整为适合ggplot2

• 添加row_gap而且column_gap在传奇()．

• oncoPrint ():现在画图例一样alter_fun．

• 添加一个新函数attach_annotation ()．

• 行注释的图例可以与列注释图例分组。

• 注释名称允许旋转。

  2.5.5版的更改

• 当注释中的所有值都为NA时，仍然绘制图例。

• 添加show_fraction论点anno_oncoprint_barplot ()函数显示突变的分数而不是计数。

• pheatmap ():改进的设置颜色而且休息时间．

• ht_opt TITLE_PADDING美元可以设置一个长度为2的单位。

• HeatmapAnnotation ():删除注释中没有的颜色。

• pheatmap ():修正了长度(断裂)=长度(颜色)+ 1的错误

• pheatmap ():如果矩阵被缩放，则图例断点居中为零。

• pheatmap ():设置比例时，颜色映射对称为零。

• 支持ragg包写临时PNG文件

• densityHeatmap ():对于ks方法，列树状图按列方式重新排序。

  2.5.4版的更改

• 修正了切片集群被错误地重新排序的错误。

• 热图():添加border_gp论点。

• 传说的位置很好。

• anno_block ():允许设置高度和宽度。

• 支持更好的栅格化。

• 支持在树状图节点上设置图形。

• 添加一个新的小插图“交互式热图”

• 传说():修正了mixtype“legend”为“legend”的错误。

• 现在将正确的envir赋值给decorate_dend ()．

• pheatmap ():检查NA在矩阵中。

• grid.dendrogram ():考虑高度为0的树枝。

• 在添加注释时，检查矩阵的尺寸和注释的nobs。

  2.5.3版的更改

• 添加selectArea ()/selectPosition ()它允许从热图中交互式地选择一个区域。

• 导出热图作为一个闪亮的应用程序!!

• 上校在热图()接受一个ColorMapping对象。

• default_col ():如果矩阵中存在异常值，则打印一条消息。

• discrete_legend_body ():如果布局中有空行和空列，调整ncol和nrow。

• anno_image ():修正了图像不重新排序的错误。

• anno_mark ():现在正确支持表达式。

• anno_zoom ():索引入的顺序panel_fun调整到热图中的顺序

• list_to_matrix ():将元素转换为字符。

• 打印邮件anno_mark ()，anno_zoom ()，draw_legend ()(如果传说被包装)如果在RStudio下工作。

  2.5.2版的更改

• 翻译pheatmap到Heatmap

• upset_top_annotation ()而且upset_right_annotation ():将注释的名称更改为intersection_size，set_size而且union_size．

• list_components ():补充道模式论点。

  2.5.1版的更改

• 两个复杂单位的和的临时解(用temp.R表示)。

CoreGx

1.1.5版的更改

• 实现了一个新的类LongTable，用于存储治疗响应实验的结果。这个类提供了一个灵活而快速的数据存储对象，它可以被子类化以在其他R包中使用。

• 添加了记录LongTable访问器和新对象使用的小插图。

  1.0.2版的更改

• Bug修正:在connectivitScore函数中抑制piano::runGSA抛出的警告

  1.0.1版的更改

• 更新CoreGx小插图，以包括更多关于扩展CoreSet类以用于其他治疗反应实验的信息。

CRISPRseek

1.29.2版的更改

• 增加了诸如predIndelFreq等参数，以允许预测Cas9目标位点的indel及其频率

  1.29.1版的更改

• 添加参数calculategRNAefficacyForOfftargets，默认为TRUE。

csaw

1.24.0版的更改

• 在bam中接受BamFiles列表。Files =所有函数。

cTRAP

1.8版的更改

加载数据和分析结果的交互式功能

• 新增基于shine的图形界面功能:
• launchDiffExprLoader():加载差分表达式数据
• launchCMapDataLoader():加载CMap数据
• launchResultPlotter():查看和绘制数据结果
• launchMetadataViewer():检查给定对象的元数据

重大变化

• downloadENCODEknockdownMetadata():元数据自动保存到一个文件中，以避免每次运行此函数时下载元数据
• plotTargetingDrugsVSsimilarPerturbations ():
• 自动在两个数据集的多个列中查找匹配的化合物
• 允许手动选择要合并数据集的列
• prepareDrugSets():基于数字分子描述符的药物集现在使用均匀分布的间隔来准备

• 简化教程

  1.6.1版的更改

• listexpressiondrugsensiityassociation()列出可用的基因表达和药敏相关性
• ranksimilar摄动()和predictTargetingDrugs()的第一个参数从diffExprGenes更改为input，现在接受:
• 命名的数字向量，包含不同的基因表达值，基因符号作为名称，像以前一样;
• 包含自定义基因集进行富集测试的特征向量(仅用于GSEA)。
• 在ranksimilar摄动()和predictTargetingDrugs()中，执行gsea方法时，允许使用参数geneSize为上调基因和下调基因设置不同的基因集大小:
• 例如，geneSize=c(100,200)从前100个上调和前200个下调的基因中创建基因集
• 使用geneSize=c(150,150)或geneSize=150是等价的
• 策划:
• plot()现在支持绘制给定药物的predictTargetingDrugs()结果，例如plot(targetingDrugs， " 1425 ")
• Plot()现在允许用参数title来设置Plot标题
• Plot()现在基于可用的方法绘制结果，而不是仅仅尝试基于spearman方法的结果进行绘制
• GSEA图现在支持两个或更少的基因命中
• GSEA绘图现在支持多重扰动的绘图
• GESA图现在显示排序基因的第一个和最后一个值
• plotDrugSetEnrichment()现在返回一个名称为药物集名称的列表
• as.table()的改进:
• 返回细胞标识符和基因信息(如果有的话)
• 支持predictTargetingDrugs()结果
• 返回输入时找到的结果

Bug修复和小改动

• downloadENCODEknockdownMetadata()现在正确地从ENCODE中检索元数据内容更改后的元数据
• 修复由于ggplot2中已弃用的函数而在呈现GSEA图时出现的错误
• 提高教程
• 复制编辑cmap相关的控制台消息
• 复制编辑函数文档

customCMPdb

1.1.0版本变更(2020-10-02)

• 初始版本

  版本0.99.5变更(2020-10-09)

• 处理了函数中的硬链接，如“processDrugage”

  0.99.0版本变更(2020-09-30)

• 将两个包合并为customCMPdb
• 支持自定义复合注释数据库
• 添加自定义注释表
• 删除
• 列出并设置默认值
• 更新的查询接口
• 支持选择注释资源
• 支持查询已添加的自定义标注

cytomapper

1.1.6版本变更(2020-10-23)

• 放弃对32位Windows的支持

  1.1.5版本变更(2020-10-11)

• 为bio3.12版本准备

• 开始对闪亮的应用程序进行单元测试

  1.1.4版本变更(2020-09-13)

• 允许通道特定的inputRange输入进行规范化

  1.1.3版本变更(2020-09-12)

• 扩展的装饰图案

• 更改包标题

  1.1.2版本变更(2020-07-17)

• 添加闪亮的应用程序包

  1.1.1版的更改

• 通道合并后图像不再重新标准化(> 3通道)

• 相反，图像被剪切为1，从而产生更明亮的颜色

• 同样的情况发生在色彩合并时，着色蒙版的特征表达

CytoML

3.11版的更改

API的变化

• 重命名open_flowjo_xml中的sampNLoc -> sample_names_from参数
• 所有解析器(flowjo/cytobank/diva_to_gatingset)现在返回基于细胞集的GatingSet，而不是基于ncdfFlowSet
• 向cytobank_to_gatingset添加trans参数以允许重写来自gatingML文件的转换(#76)
• Gatingset_to_flowjo现在使用一个带有编译转换器的docker映像:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• 一些关于flowjo_to_gatingset搜索FCS文件的更新(#77)
• 向flowjo_to_gatingset添加include_empty_tree选项，以包含没有门的样本
• 允许gatingset_to_flowjo获取到GatingSet存档目录的路径
• 添加gating_graphGML来替换浇注。openCyto::浇注泛型的graphGML方法
• 分析细胞库实验时，通过面板过滤样本，添加ce_get_samples, ce_get_panels

修复/内部变化

• FlowJo工作空间样本的自动时间缩放现在由flowjo_to_gatingset RGLab/cytolib#33处理
• 在R 4.0中处理默认stringsAsFactors=FALSE的更改
• 消除了工作空间解析过程中临时目录中剩余的额外中间文件
• 切换GatingSetList的使用到merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 在c++ FlowJo解析器中，从实验性的::filesystem切换到boost::filesystem

• 添加巨细胞XSD到安装

  3.10版的更改

API的变化

• 根据RGLab/cytolib#16改变四栅的处理

• 方法重命名:

• openWorkspace -> open_diva_xml, open_flowjo_xml
• cytobank_experiment -> open_cytobank_experiment
• cytobank2GatingSet -> cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace -> flowjo_to_gatingset, diva_to_gatingset
• getSampleGroups -> fj_ws_get_sample_groups, diva_get_sample_groups
• getSamples -> fj_ws_get_samples, diva_get_samples
• getKeywords -> fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices -> ce_get_compensations
• gettransform -> ce_get_transforms

• 比较。计数-> gs_compare_cytobank_counts

• 重命名类:

• divaWorkspace -> diva_workspace

• flowJoWorkspace -> flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。set，用于设置巨细胞命名空间中的参数

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank导出带有属性名称空间的cytobank ML
• 允许diva_to_gatingset使用xml中的补偿矩阵
• 将…参数从cytobank_to_gatingset适当地传递给FCS解析器
• 修复了一些从Diva工作区解析的门的缩放问题(#64)
• 防止在Diva解析期间向GatingSet添加不受支持的转换
• 将diva_to_gatingset切换为使用flowjo_log_trans而不是logtGml2_trans
• 修复移植的flowUtils::xmlTag以启用自关闭标记的问题
• 使闸门。graphGML根据FCS名称和文件id查找定制的门
• 为gatingset_to_flowjo中使用的getSpilloverMat添加一些灵活性

CytoTree

版本0.99.6变更(2020-06-19)

• 删除INFO/WARNING/ERROR标签

• 添加小插曲

  版本0.99.5变更(2020-06-18)

• 重新构建这个包

  版本0.99.4变更(2020-06-05)

• 更改示例并提供用例

  版本0.99.3变更(2020-06-02)

• 更新审稿人的评论

  0.99.2版本变更(2020-05-24)

• 更新R版本到4.0

  0.99.1版本变更(2020-05-10)

• 修复了一些生物检查的警告

  0.99.0版本变更(2020-05-10)

• 第一次提交

dagLogo

1.27.9版的更改

• 更新文档中p.adjust.methods的超链接。

  1.27.8版的更改

• 为testDAU添加调整p值功能。

  1.27.7版的更改

• 优化logo标记物的标签位置。

  1.27.6版的更改

• 为logo添加标记。

  1.27.5版的更改

• 允许多个物种制备蛋白质组。

  1.27.3版的更改

• 修复dagLogo文档中的错字。

  1.27.2版的更改

• 添加availableSchemes函数。

• 固定x轴。

  1.27.1版的更改

• 调整依赖、导入和建议包

DAMEfinder

1.1.3版的更改

• 添加引用

• 去除“坏染色体”过滤

• 论点构建在extract_bams()中删除

  1.1.2版的更改

• 删除vcfR依赖并添加VariantAnnotation

  1.1.1版的更改

• 修复split_bams中排除某些染色体的拼写错误

dasper

0.99.2版的更改

新功能

• 将连接、覆盖和异常值处理函数的文档合并到一个手册页中，以减少roxygen示例的运行时间。

  0.99.1版的更改

新功能

• 将outlier_detect()更改为使用basilisk来连接到python取代reticulate。

  0.99.0版本的更改

新功能

• 使用生物芯片将dasper转换为生物导体友好格式。
• 增加了junction_load()，它将rna测序中的原始结数据加载到rangedsummarizeexperiment对象中。包含一个选项，允许下载用户指定的控件连接。
• 增加了junction_annot()，它使用来自引用注释和连接链的信息将连接分类为“annotated”、“novel_acceptor”、“novel_donor”、“novel_exon_skip”、“novel_combo”、“ambig_gene”和“unannotated”。
• 增加了junction_filter()，它根据连接的计数、宽度、注释或它们是否重叠一组用户定义的区域来过滤连接。
• 增加了junction_norm()，它通过将每个结的计数除以其关联集群中的计数总数来规范化原始结计数(到一个比例拼接)。
• 添加了junction_process()，这是一个包装器函数，用于除junction_load()之外的所有以“junction_”为前缀的函数。
• 增加了junction_score()，它根据患者连接数偏离对照计数分布的程度对患者连接进行评分。
• 增加了coverage_norm()，它将加载和规范每个结对应的外显子/内含子区域的覆盖。
• 增加了coverage_score()，它根据与每个结关联的覆盖率与控制覆盖率分布的偏差对其进行评分。
• 增加了coverage_process()，一个针对所有“coverage_”前缀函数的包装器函数。
• 添加了outlier_detect()，它使用连接分数和覆盖率分数作为无监督离群值检测算法的输入，以查找每个样本中看起来最离群值的连接。
• 添加了outlier_aggregate()，它将结级离群值数据聚合到集群级。
• 添加了outlier_process()，这是一个针对所有“outlier_”前缀函数的包装函数。
• 增加了plot_sashimi()，使跨基因/转录本或感兴趣区域的连接数据可视化。

decompTumor2Sig

2.4.1版本变更(2020-07-27)

• 删除了CRAN vcfR包的依赖性(存档于2020-07-05)，使用Bioconductor包VariantAnnotation的函数

• 改进了突变过滤，以便在从VCF文件加载肿瘤基因组时不排除多等位基因snv

• 更新引用和隶属关系信息

• 增加了参考基因组和基因组注释的一致性检查

• 改进的错误消息

deepSNV

1.99.3版本变更(2013-07-25)

更新

• 对海鸥小插图做了一些改动

• 重命名参数pi。基因和π。makprior()中的backgr

修正

• 修正了当没有变量被调用时bf2Vcf()的错误

  1.99.2版本变更(2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• bam2R增加了verbose选项以抑制输出

• loadAllData()的值的模式()更改为“整型”

修正

• 修复了当bf2Vcf()中只调用一个变量时的错误

  1.99.1版本变更(2013-06-25)

更新

• 使用针织更漂亮的小插图

• 包括海鸥小插图

修正

• 修复了bf2Vcf()中的删除问题

• makprior()为所有站点添加背景

  1.99.0版本变更(2013-04-30)

更新

• 新的shearwater算法

• 包括通过汇总的VCF输出(deepSNV, value= " VCF ")

DegNorm

版本0.99.13的更改

• Bug修复和版本碰撞。

  版本0.99.12的更改

• 版本肿块。

  版本0.99.11的更改

• 修复plot_coverage函数中的错误，并更改配色方案。

  0.99.10版的更改

• 从评审中做出额外的必要更改

  版本0.99.9的更改

• 从评审中做出大部分必要的更改

  0.99.8版的更改

提交给bioconductor进行审查

• 已纠正的警告和错误

DEGreport

1.25.1版的更改

• 修正:加载dplyr::n()以避免错误

DelayedArray

0.16.0版本的更改

新功能

• 添加”。sparse '参数传递给read_block()(参见?read_block)和AutoRealizationSink()(参见?AutoRealizationSink)。

• SparseArraySeed对象现在可以保存dimname。因此，read_block()现在也将dimname传播到稀疏块，而不仅仅是密集块。

• 矩阵乘法现在可以通过sparseMatrices感知稀疏。

• 增加了is_sparse<- generic(只有HDF5Array/HDF5ArraySeed对象的方法，参见HDF5Array包中的?HDF5Array)。

• 在blockApply()家族中增加了viewportApply()和viewportReduce()。

• 增加了set_grid_context()用于测试/调试传递给blockApply()和family的回调函数。

用户可见的重大更改

• 重命名第一个write_block()参数' x ' -> ' sink '

• 重命名:RealizationSink() -> AutoRealizationSink() get/setRealizationBackend() -> get/setAutoRealizationBackend() blockGrid() -> defaultAutoGrid() row/colGrid() -> row/colAutoGrid()

• 改进的稀疏数据支持:
  • 从SparseArraySeed到dgCMatrix/lgCMatrix的强制转换效率稍高(加速小，内存占用减少)。当对象是稀疏的时候，这为DelayedMatrix对象的稀疏感知块处理行/col汇总方法提供了一个小的加速。(这些方法是:row/ colsum ()， row/colMeans()， row/colMins()， row/colMaxs()和row/colRanges()。DelayedMatrixStats中定义的方法不是稀疏感知的，所以不受影响。)
  • 在DelayedArray对象上进行以下块处理操作:anyNA()， which()， max()， min()， range()， sum()， prod()， any()， all()和mean()。当DelayedArray对象是稀疏的时，通常有50%-60%的加速。
  • 实现了一堆本地操作SparseArraySeed对象的方法。它们的主要目的是支持上述方法，即支持DelayedArray对象的块处理方法，如sum()， mean()， which()等，当对象是稀疏的时候。请注意，为了支持DelayedMatrix对象的稀疏感知块处理行/col汇总方法，我们还需要更多的支持，这样我们就可以最终摆脱目前依赖的SparseArraySeed到dgCMatrix/lgCMatrix的代价高昂的强制。

• 用于检索当前块/视口的网格上下文的实用程序函数现在应该不带参数调用(以前需要将当前块传递给它们)。这些函数是effectiveGrid()， currentBlockId()和currentViewport()。

• DelayedArray现在依赖于MatrixGenerics包。

错误修复

• 对稀疏逻辑DelayedMatrix对象的块处理进行了各种修复和改进(例如，DelayedMatrix对象具有来自thr Matrix包的lgCMatrix种子)。

• 修复了dgCMatrix和lgCMatrix对象上extract_sparse_array()效率低下的问题。

• 将矩阵乘法从bpiterate()切换到bplapply2()以修复错误处理。

DelayedMatrixStats

1.12.0版本的更改

• 对于没有自己方法的稀疏种子，分派到sparseMatrixStats ()。

• 修复center=处理所有受影响的功能()。

• DelayedMatrixStats现在从MatrixGenerics导入泛型。感谢Aaron Lun解决这个问题()。

DeMixT

1.6.0版的更改

• 用于并行计算的MPI在linux和Mac OS平台的R 4.0.0下可用。

• 包括GTEx研究中正常组织(肺、前列腺和甲状腺)的基因表达数据。

• 将DeMixT_S1函数重命名为DeMixT_DE。

densvis

0.99.0版本变更(2020-09-24)

• 包的第一个版本。

服饰

1.5.4版本变更(2020-09-17)

• 对来自depeche的输出内容的信息进行更正。

  1.5.3版本变更(2020-07-02)

• 修正p-调整，使它实际上使用Benjamini-Hochberg，和

• 而不是更保守的Hochberg，作为默认。

  1.5.2版本变更(2020-06-05)

• 在depeche函数中引入sampling子集

• 修复了dOptPenalty中的Bug

• 对主要vinjette和示例的小文本更新，没有代码含义。

  1.5.1版本变更(2020-05-18)

• 引入了neighborsmooth——groupStatPlot的泛化。

• 错误修复和简化了dOptPenalty终止标准。

• 重新整理代码库。

DESeq2

1.30.0版本的更改

• 对Constantin Ahlmann-Eltze的色散估计和GLM估计函数进行了重大修改，这将允许在DESeq2中使用glmGamPoi包，特别是与单细胞数据集相关。通过指定fitType= " glmGamPoi "，可以指示DESeq()使用glmGamPoi进行分散和GLM拟合。对于单细胞数据集，glmGamPoi估计比原始DESeq2估计快得多，例如，对于30,000个细胞，调用glmGamPoi比原始DESeq2快13倍。此外，在单细胞数据集中，对于具有许多小计数的基因，色散估计更准确。方法详见glmGamPoi手稿，doi: 10.1101/2020.08.13.249623。

• 增加了由Kwame Forbes编写的integrateWithSingleCell()，它将用户引导到Bioconductor上可用的单细胞数据集菜单，并下载/加载用户所选择的单细胞数据集以进行进一步的分析可视化。(互动)

DEWSeq

1.3.0版本变更(2020-09-30)

• 修改了description中的作者和描述部分

DIAlignR

1.1.5版的更改

• ananlyteFDR限制多肽特征。

• 从特征中移除诱饵。

• 修正了所有强度为零时的对齐问题。

• 固定打印的数据。

DiffBind

3.0版的变化

• 这是DiffBind的一个主要版本，新版本将是3.0。

主要的升级涉及如何建模和规范化。DiffBind现在支持使用DESeq2或/和edgeR任意复杂度的模型和对比，以及无数的标准化选项。

注:

为了向后兼容，保留了前面的建模方法，但是它们不是默认的。为了重复前面的分析，dba.contrast()必须显式调用design=FALSE。参见DiffBind3获取更多信息。

dba.count()的默认模式现在以顶点为中心(导致间隔401bp)。为了避免像以前的默认值那样围绕峰会重新进入，设置峰会=FALSE(或更合适的值)。

规范化选项已经从dba.analyze()移动到新的接口函数dba.normalize()。任何非默认的规范化选项都必须使用dba.normalize()指定。

• 变更摘要:

  •dba.analyze ():

  •自动模式可以在任何点开始，包括从样本表开始，并继续默认分析

  •从dba.analyze()中删除规范化选项bSubControl, bFullLibrarySize, filter和filterFun，现在设置在dba.normalize()中。

  •支持使用全模型设计公式进行分析。

  更新DESeq2分析方法。

  •更新edgeR分析方法。

  •移动edgeR bTagwise参数到$config选项

  •取消对DESeq分析方法的支持。

  •增加检索DESeq2或edgeR对象的能力

  •dba.contrast ():

  •为设定设计公式添加设计参数

  •添加对比度参数，使用多种方法指定对比度

  •添加reorderMeta参数来设置因子值顺序

  •添加bGetCoefficients参数来获取设计系数名称，用于对比

  •NEW: dba.normalize():

  •支持TMM, RLE和库大小归一化的DESeq2和edgeR

  •支持后台bin规范化使用csaw

  •支持偏移和黄土拟合正常化

  •支持结合或单独参考基因组的spike-in标准化

  •支持并行因子规范化

  •bSubControl默认依赖于Greylist的存在

  •dba.count ():

  •更改默认为峰会=250;为了避免绕着顶点重新进入，必须设置顶点=FALSE

  dba默认为bUseSummarizeOverlaps。count现在是TRUE

  •在dba.count中自动检测单端/配对端

  •在dba中自动索引未索引的bam。计数和dba，归一化

  •移动bSubControl参数

  •默认分数现在是新的分数DBA_SCORE_NORMALIZED

  •将minCount参数添加到dba.count()，默认为0而不是1

  •仅在dba.count()中可通过读计数阈值过滤峰值

  •修复dba.count()中用户提供的peakset和peaks =n的错误

  •新建:dba.blacklist():

  •应用ENCODE黑名单

  •自动检测黑名单的参考基因组

  •应用灰色列表

  使用GreyListChIP包从控件生成灰列表

  •绘图变化:

  •在dba.plotMA()中添加黄土拟合线

  •在dba.plotMA()中增加了绘制任意样本的能力(没有对比度)。

  •为dba.plotBox()添加掩码参数

  •支持负分，例如在基于报告的对象中折叠变化，以启用折叠变化热图。

  •移除bCorPlot作为dba()， dba.count()和dba.analyze()的参数。使用配置。

  •dba.show() /打印更改:

  •更新dba.show()和print()以处理设计和不同的对比度类型

  •在dba.show()中增加了检索设计公式的功能

  •在dba.show()中删除bUsePval参数

  •添加常量变量DBA_READS来访问库大小

  •小插图和帮助页面:

  •更换多因素分析部分

  •增加大量的标准化部分

  •增加黑名单/灰名单部分。

  •添加插入和并行规范化示例

  •添加DiffBind3帮助页面和小插图部分的信息向后兼容性。

  •更新技术细节章节

  •所有部分的常规更新

  •添加GenerateDataFiles。R到包装

  •各种错误修复和外观变化。

导演

1.15.1版本变更(2020-10-04)

• 更新的描述和新闻格式。

DiscoRhythm

1.5.6版本变更(2020-07-22)

• 屏幕画面的视觉变化(不再对“after”应用alpha)。

• 错误修正。

截然不同的

1.0.3版的更改

• 添加FC和log2-FC计算(通过' log2_FC '函数);

• ' top_results '函数，按p-value和log2-FC排序。

  1.0.1版的更改

• 大幅加速distinct_test(快7倍);

• 引入并行计算;

• 通过设计矩阵引入协变量建模;

• 两个可视化结果的新函数:plot_cdfs而且plot_densities．

dittoSeq

1.2版的更改

• 增加了3个新的可视化功能，dittoDotPlot ()，dittoDimHex ()＆dittoScatterHex ()．

• 扩展了整个工具集的summarizeexperiment兼容性。

• 增加了ComplexHeatmap集成dittoHeatmap ()，由一个新的输入控制，复杂的．

• 增加栅格化，以改善复杂图的图像编辑器兼容性。(详情请参阅插图中的专用部分。)

• 添加labels.split.by输入&do.contour，contour.color,contour.linetype分散/模糊图的输入。

• 添加订单输入散点/暗点，用于控制绘图顺序。

• 添加搜索用于显示此类数据的输入dittoHeatmap ()．

• 添加调整输入元()，这就像基因()(但这还没有在可视化函数的数据抓取中实现)。

• 添加adj.fxn输入元()椅子和基因()用于增加如何调整数据的控制(但这还没有在可视化函数的数据抓取中实现)。

• 取代(弃用)highlight.genes输入与highlight.features在dittoHeatmap ()．

• 取代(弃用)出去了。列表输入与list.out对所有multi_ *策划者。

DMCFB

1.3.1版的更改

新功能

• readBismark-method增加了并行读取数据的功能。

删除

• 出口。床因警告被移走。将在下一个版本中进行修改和添加。

DMCHMM

1.11.1版的更改

变化

• readBismark-method增加并行读取。

错误修复

• 在methHMMCMC-method中修复了一些bug，以避免创建无穷大。

剂量

3.15.4版的更改

• 更新compareClusterResult对象的setReadable和geneInCategory方法(2020-10-12,Mon)

  3.15.3版的更改

• 允许向fgsea传递额外参数(2020-10-09，周五)
• https://github.com/YuLab-SMU/DOSE/pull/40
• 为compareClusterResult, richrestul和gseaResult添加termsim和方法槽

• https://github.com/YuLab-SMU/DOSE/pull/39

  3.15.2版的更改

• 更新NCG和DGN数据(2020-10-09，周四)

drawProteins

1.9.0版的更改

• 默认添加链，它是不存在的。

DropletUtils

1.10.0版本的更改

• 向下迁移samplematrix()以重新导出。

• 为每个特性集的下采样添加了features=到downsampleReads()。

• 在maximumAmbience()中增加了对y=和ambient=的矩阵支持。

• 增加了controlAmbience()，方便估计环境污染与控制功能。

• 添加了removeAmbience()函数，从计数矩阵中删除环境解决方案，主要是为了美观。

• read10xMolInfo()输出中的报表库索引和特征类型。

• 支持在使用分子信息文件的函数中按库索引/类型进行子集设置，如swappedDrops()和chimericDrops()。

• 补充道。rank= estimateAmbience()和emptyDrops()的选项，通过排除总数最大的条形码来估计环境配置文件。

• 在barcodeRanks()中添加了exclude.from=选项，以避免膝盖/屈折计算中低级别不稳定的问题(由Stefano Mangiola贡献)。

• 修复了barcodeRanks()计算膝盖点的小错误。注意，这会影响emptyDrops()中的默认选择retain=。

• 将HTO环境推断分离为单独的inferAmbience()函数。

• 在hashedDrops()中增加了对组合条形码的支持。

easyRNASeq

2.25.1版的更改

• 端口从2.24.1更改

  2.24.1版的更改

• 最终文档修复和删除失效的RangedData单元测试。

EDASeq

2.23.1版的更改

• 移除强制方法CountDataSet后DESeq弃用。

• 更新的插图，以显示如何使用EDASeq与DESeq2．

刨边机

3.32.0版的更改

• Cpm.default()和rpkm.default()现在接受偏移量。

• scaleOffset()现在接受CompressedMatrix偏移量并考虑norm.factors。

• 修改voomLmFit()中的low - less趋势拟合，以降低精确为零的基因权重，从而减少df来估计方差。

• 为DGEList类添加as.data.frame方法。

• 用method= " TMMwsp "改变calcNormFactors()中refColumn的默认选择。新方法选择根号计数和最大的列。

• processAmplicons()现在可以容纳来自使用交错引物设计的新屏幕的数据。

• 修正了diffSpliceDGE()接受多个coef的错误。现在，如果提供了多个系数或对比度，它就会发出警告。它只使用第一个。

  3.30.2版的更改

• 新的函数voomLmFit()将limma voom-lmFit管道与由于glmQLFit()的零计数而损失的剩余df结合起来。新函数对于零计数比分别运行boom()和lmFit()更健壮。新函数允许估计样本质量权重和块内相关性，它还集成了duplicateCorrelation()和voomWithQualityWeights()功能。

• 新函数SE2DGEList()将summarizeexperiment对象转换为DGEList对象。

• 针对summarize实验对象的S3方法添加到以下函数中:aveLogCPM()， calcNormFactors()， cpm()， cpmByGroup()， estimateDisp()， filterByExpr()， glmFit()， glmQLFit()， plotMD()， plotMDS()， predFC()， rowsum()， rpkm()， rpkmByGroup()和sumTechReps()。

• 针对dgglm和DGELRT对象的新cpm和rpkm方法。

• 新函数effecvelibsizes()用于从edgeR数据对象或拟合模型对象中提取标准化的库大小。

• 为gegeexact和DGELRT对象添加as.data.frame方法，并从as.data.frame. toptags()中删除' optional '参数。

• readBismark2DGE()现在强制' files '为字符向量。

• 在未指定组或设计的情况下使用filterByExpr()时添加警告消息。

• 当calcNormFactors()应用于包含偏移矩阵的DGEList对象时，添加警告消息。

• 重写用户指南第3.5节多级实验，使代码无论每个疾病组的受试者数量如何都有效。

EnhancedVolcano

1.8版的更改

• 增加了围绕感兴趣的变量的功能

• 增加了移除连接器上箭头的选项

• 增加了通过ggrastr::geom_point_rast来光栅化图像的选项

• 将axis.text.y = element_text(…，vjust = 1.0)改为0.5 (Benjamin Ostendorf)

ENmix

1.25.9版的更改

• 错误修复，更新用户手册

EnrichmentBrowser

2.20.0版的更改

• 新功能进口用limma、edgeR和DESeq2导入差分表达式分析结果

• 新功能showAvailableSpecies列出支持的物种的基因集数据库的选择(GO, KEGG, MSigDB，富贵，…)

• 新功能showAvailableCollections列出所选基因集数据库(GO, KEGG, MSigDB, enrichment，…)中支持物种的基因集集合。

• 基因集:获取和缓存不同基因ID类型的基因集(新参数gene.id.types对于功能getGenesets）

• GO基因集:由GO证据代码过滤(新参数evid对于功能getGenesets）

• 包括nbea方法中的NEAT

enrichplot

1.9.5版的更改

• 修复wordcloud_i (2020-10-15, Thu)

• 移除emapplot中的相似度计算

  1.9.4版的更改

• 实现pairwise_termsim来计算丰富的术语的相似度(2020-10-09，周五)
• https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/pull/67
• 更改参数使其更加一致

• https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/pull/62

  1.9.3版的更改

• 在emapplot函数中添加node_label_size参数，调整节点标签大小(2020-09-18，周五)

  1.9.2版的更改

• add function emapplot_cluster (2020-09-01, Tue)

ensemblVEP

1.32.0版的更改

• 增加对Ensembl release 100/101的支持

epivizrServer

版本999.999的更改

• 这个NEWS文件只是一个占位符。999.999版本实际上并不存在。请阅读Github上的新闻:

逃避

版本0.99.9的更改

• 改变修拉依赖，更新小插图

  0.99.8版的更改

• 编辑getSignificance ANOVA模型调用

  版本0.99.7的更改

• 编辑getSignificance fit调用以匹配文档

  版本0.99.6的更改

• 在getSignificance中编辑match.args()

  版本0.99.5的更改

• 在getSignificance中编辑match.args()

  版本0.99.4的更改

• 为getSignificance添加match.args()

• 将stop()改为message()

• 修改了getsignificance以允许ANOVA和T.test

  版本0.99.3的更改

• 更新了getGeneSets描述中的链接。

  0.99.2版的更改

• 修正了一个圆括号，是的，一个圆括号。(在enrichIt()调用中，我编辑为99.1)

  0.99.1版的更改

• 删除了gsva()中的并行调用，并添加了biocparallel

• 在小插图中将核心= 4更改为核心= 2

  0.99.0版本的更改

• 准备提交生物导体

ExperimentHub

1.15.0版的更改

错误修复

• (1.15.2)代理消息格式化

用户可见的变化

• (1.15.4)互联网检查不严格

• (1.15.3)添加github问题报告链接

• (1.15.1)添加hubs@bioconductor.org邮箱求助

ExperimentSubset

0.99.0版本变更(2020-10-02)

预发布

• 提交给Bioconductor的experiment子集包的预发布版本

ExploreModelMatrix

1.1.4版的更改

• 更新了界面，更好地利用屏幕空间
• 统计概念的扩展解释

FamAgg

1.17.1版的更改

• 修复问题#20(二进制特征在转换时掉落名称)。

famat

0.99.9版本变更(2020-10-26)

• 更新示例数据

  0.99.8版本变更(2020-10-24)

• 固定单元测试

  0.99.7版本变更(2020-10-19)

• 移除UniprotR包

  0.99.6版本变更(2020-10-19)

• 更新的Biocmanager, devel版本

  版本0.99.5的变更(2020-10-19)

• 固定单元测试

  版本0.99.4变更(2020-10-16)

• 移除生物艺术包

  版本0.99.3变更(2020-10-16)

• 更新的新闻文件

  版本0.99.2变更(2020-10-16)

• 通过应用函数改变循环
• 更新的数据集文档

• 更新的描述文件

  版本0.99.1变更(2020-10-01)

• 修正了测试问题

  0.99.0版本变更(2020-09-24)

• 更新版本的Bioconductor提交

  版本0.0.0.9000变更(2020-09-01)

• 包的创建

FGNet

3.23版的更改

• 酒桶相关功能被移除。

fgsea

1.15.2版的更改

• 多亏了尼古拉·布丁

• 更清晰的p值和误差估计

FilterFFPE

版本0.99.3变更(2020-10-08)

• 修复多线程下算法错误

• 使用minMapBase加快筛选过程

  0.99.0版本变更(2020-08-20)

• 提交给Bioconductor

鱼池

1.6.0版的更改

• 增加了makeInfReps()，通过均值和方差矩阵的负二项式模拟创建伪推理复制。注:平均数和方差提供推论计数矩阵中每个元素的分布。详见预印本，doi: 10.1101/2020.07.06.189639。

• 增加了splitSwish()和addStatsFromCSV()，它们可用于将Swish的运行分布到由Snakemake．有关建议工作流的描述，请参阅小插图。对于具有推断不确定性的平均和方差摘要的大型单细胞数据集，splitSwish()避免生成推断复制计数，直到数据被分割成更小的块并发送到不同的作业，然后仅收集必要的汇总统计信息并由addStatsFromCSV()计算q值。

• plotInfReps()获得了许多新特性，以方便绘制单个细胞的推断计数分布，如用alevin量化和用tximport导入一样。例如，允许数值x参数加上用的分组浸用于显示跨细胞组的伪时间计数。还添加了applySF参数，该参数可用于除出大小因子重新排序参数，该参数将按计数重新排序组内的样本/单元格。plotInfReps()将随着单元格数量的增长绘制视觉特征逐渐变薄的箱形图，以使图仍然清晰可辨。

  1.5.2版的更改

• makeInfReps()的第一个版本，通过在summary experiment的分析中使用均值和方差矩阵集进行负二项式模拟来创建伪infreps。

flowCut

1.0.0版的更改

新功能

• (v. 0.99.0)这是包的提交版本。
• (0.99.6节)增加了许多崩溃，以避免崩溃。
• (v. 0.99.7)增加小插图文件。
• (v. 0.99.8)在数据表中增加了“文件运行两次”。编辑的数据文件与其他版本的修复一致。手册页面更新。
• (v. 0.99.11)添加了UseCairo参数，因为docker在创建pgs时不需要Cairo
• (v. 0.99.12)添加UnifTimeCheck参数，允许用户调整值。
• (v. 0.99.13)将默认UseCairo更改为f。添加UseCairo和UnifTimeCheck参数到第二次运行代码。改变了电子邮件。
• (v. 0.99.14)增加了AlwaysClean参数，允许不跳过如果不错。也添加到手册页。
• (0.99.16节)增加了IgnoreMonotonic参数来忽略时间标记测试中的单调增加。
• (v. 0.99.17)更改许可证。
• (v. 0.99.18)增加单调时间固定选项。

错误修复

• (v 0.99.1)生物导体机器人审查过程中的小修复。
• (v 0.99.2)检查修复。
• (v 0.99.9)修正了如果第一个通道被清洗是第一个发生的错误。只有在没有FSC或SSC通道时才会发生这种情况。
• (v 0.99.10)固定的时间测试失败的第二次运行的flowCut
• (v 0.99.15)修复了单调增加通道的小错误。
• (v 0.99.19)修复了小插图的格式问题。
• (v 0.99.20)修复了小插图的格式问题。
• (v 0.99.21)固定间距问题。
• (v 0.99.22)改变1:seq_len
• (v 0.99.23)改变代码格式
• (v 0.99.24)改变代码格式
• (v 0.99.25)更多的格式和代码优化编辑，改变新闻为新闻.md
• (v 0.99.26)解决了安装问题
• (v 0.99.27)修复了单调增加通道的小错误。

flowFP

1.47.0版本的更改

• R4.0.2的更新导致了如下警告:警告消息:1:在. call (" bin_level "， fcs@exprs, model@.tmp_tags, model@split_axis[[level]]，:将NULL指针转换为R NULL。c代码被更新以避免返回空指针。

• 更新的引文语法被纳入引文文件。

flowSpecs

1.3.3版本变更(2020-09-03)

• 由于小错误对两个测试进行了更改

• 由于已弃用，不建议使用flowVS。

  1.3.2版本变更(2020-05-15)

• 增加了peakNorm和相关的测试。

  1.3.1版本变更(2020-05-15)

• 修复了arcTrans中的Bug。

• 修正specUnmix交换输出对象的方式。

核磁共振

版本0.99.3的更改

自上次发布以来的改进

• 增加与生物导体的兼容性。

  0.99.0版本的更改

• 包移动到bioconductor。

错误修复

• 修复了几个bug。

弗雷泽

1.1.6版的更改

• 使用适当的S3/S4方法在包之间共享功能

• 由于S3/S4的变化，API发生了微小的变化(例如fds ->对象)

• 从psit转换到

• 改进的文档

• 一些小错误修正

  1.1.3版的更改

• 更新和调整injectOutlier和hyperParameter函数

• 选项计算z分数在logit空间或不

• 将上限值[0.01,0.99]添加到logit函数

• 使用配对结束计数与Rsubread

• 正确的assayName padd -> padj

• 一些小错误修正

  1.1.2版的更改

• 选择只考虑标准染色体计数

• 选项，在结果表中包括来自mcols(fds)的其他列

• 具有相应基因名称/id的连接的注释现在在mcols(fds)中产生一个额外的列，如果连接与多个基因重叠，则该列包含更多的基因名称/id

• 一些小错误修正

  1.1.1版的更改

• 修正了对端读取的特定链计数的错误

FScanR

0.99.7版本变更(2020-09-08)

• 重新提交给Bioconductor

  0.99.6版本变更(2020-08-27)

• 重新提交给Bioconductor

  0.99.5版本变更(2020-08-27)

• 重新提交给Bioconductor

  0.99.4版本变更(2020-08-27)

• 重新提交给Bioconductor o从输出中删除检测到的重复PRF事件

  0.99.3版本变更(2020-08-26)

• 提交给Bioconductor

计

2.39.3版的更改

• 修复了go.gsets.R中关于“library(GO.db)”的警告。现在从GO.db输入“import”，而不是“suggest”。

  2.39.2版的更改

• 修复了在ageprep . r中class(exprs) == " data.frame "引起的错误。类(exprs)现在返回一个长度为2的向量，这导致了错误。

GAPGOM

1.5.1版本变更(2020-07-01)

改变了

• 在描述文件中为新维护者添加了cre。

GCSConnection

1.1.6版的更改

• 增加gcs_rm函数

  1.1.5版的更改

• 将gcloud添加到默认的身份验证过程中

  1.1.4版的更改

• Gcs_is_requester_pays支持uri

• 在gcs_get_cloud_auth中更好的打印格式

  1.1.3版的更改

• FileClass对象现在可以显示文件URL了

• 如果gcs_dir查找非标准文件路径

• 修复了一些文字问题:所有xxx_url函数都被重命名为xxx_uri

  1.1.2版的更改

• 支持请求方支付

• 支持～符号转到桶根目录

• 支持从文件夹/文件类转换为字符

gdsfmt

1.24.1版的更改

公用事业公司

• ' show '选项print.gds.class ()数组预览

《创世纪》

2.19.7版的更改

• 将precrelate中的small.samp.correct的默认值更改为TRUE。

• 添加从空模型中移除NxN矩阵的选项(函数nullModelSmall和fitNullModel参数return.small)。

• 在协变量中添加共线性检查。

  2.19.6版的更改

• 添加测试选项“BinomiRare”和“CMP”到assocTestSingle和assocTestAggregate。

  2.19.5版的更改

• 添加函数jointScoreTest，使用零模型和基因型剂量矩阵执行一组变体的联合评分测试。

  2.19.4版的更改

• 添加函数effectAllele以返回关联测试的效果等位基因。

  2.19.1版的更改

• 强制设计矩阵是非稀疏的。

GeneTonic

1.2.0版的更改

新功能

• geneset酒厂正式开业!GeneTonic提供了将基因集聚合到总体生物学主题的功能，该功能基于基于网络的富集图的改进。相应的图形功能也被扩展以适应元基因集。文中还提出了一种有效的马尔可夫聚类算法

• GeneTonic现在可以接收许多其他工具的输入，用于功能丰富分析-这包括DAVID (shake_davidResult)的输出(文本导出)，enrichment(从网站和通过包，与shake_enrichment result)， fgsea (shake_fgseaResult)，和g:Profiler(与shake_gprofilerResult，它可以处理来自网站的文本输出，以及从gprofiler2调用gost)

• 添加了一个用于iSEE及其底层机制的summarizeexperiment对象的导出按钮。如果GeneTonic中的可视化选项不完全是您所期望的，那么您可能会在iSEE框架中找到一个很好的场所

其他的笔记

• 增加了一个额外的机制，当没有找到GO术语并搜索定义时安全失败-这可能会发生，例如，当术语过时并从GO.db包中删除时，或者如果在某些时候手动输入，也会键入错误。
• Gs_heatmap有一个新的参数plot_title，用于覆盖要显示的标题，并将其设置为任何自定义字符串
• 现在可以保存用visNetwork创建的图的快照
• Gene Box现在还包含到所选特性的GTEx门户的链接
• export_to_sif允许将图形对象导出到使用SIF格式编码的文本文件

GenomeInfoDb

1.26.0版的更改

新功能

• 当底层基因组已知时，seqlevelsStyle() getter和setter现在支持样式“RefSeq”。

• 注册一堆新的NCBI组装和UCSC基因组。使用registered_NCBI_assemblies()和registered_UCSC_genomes()获取支持的NCBI程序集和UCSC基因组的列表。

用户可见的重大更改

• 当底层基因组已知时，seqlevelsStyle() getter和setter会做得更好。新的行为解决了旧行为的两个长期存在的缺点:
  • 通常，seqlevelsStyle() setter不知道如何重命名对象中的脚手架。现在它做到了。
  • 此外，对于一些使用非常规染色体命名惯例的程序集(例如Macaca_fascicularis_5.0)， seqlevelsStyle() getter无法检测命名风格，seqlevelsStyle() setter无法重命名染色体。现在他们都做了正确的事。这些改进解决了这些缺点，但仅在底层基因组已知的情况下，例如当“unique(genome(x))”为“macFas5”或“Macaca_fascicularis_5.0”时。当根本的基因组未知时，一切都没有改变。

已弃用且已失效

• 弃用GenomeDescription对象的releaseName()方法。

错误修复

• 修复了getChromInfoFromNCBI()。

genomeIntervals

1.45.2版的更改

• 端口从1.44.2更改

  1.45.1版的更改

• 端口从1.44.1更改

  1.44.2版的更改

• 更新维护人员邮箱

• 清除导入

  1.44.1版的更改

• 更新了小插图(data.frame()默认不再是R4中字符向量的一个因素)

• 删除了无效的RangedData使用

GenomicFeatures

1.42.0版的更改

新功能

• 为TxDb对象实现一个受限的seqinfo() setter，它只支持修改对象的seqlevels和/或基因组，而不支持修改它的seqlength或circularity flags。这是所有我们需要使改进seqlevelsStyle() setter工作在TxDb对象(见下文)。

用户可见的重大更改

• 当底层基因组已知时，seqlevelsStyle() getter和setter会做得更好。更多信息请参见GenomeInfoDb包中的NEWS文件。

GenomicOZone

1.3.1版的更改

• 修正了总是使用Enssembl美国服务器注释基因的错误。

• 更新description文件中的描述。

• 更新引文。

GenomicRanges

1.42.0版的更改

新功能

• 为GenomicRanges衍生物添加nearestKNeighbors()方法。

• Coverage()现在支持' method= " naive " '。这是对已经支持的“sort”和“hash”方法的补充。这个新方法是“散列”方法的较慢版本，其优点是当权重作为类型为' double '的数字向量提供时，coverage()返回的numeric- rle对象的无覆盖区域中避免浮点工件。参见“浮点运算可以带来惊喜”的例子在' ?在irans的一揽子计划中。

getDEE2

版本0.99.16的更改

• 功能getDee2Metadata而且queryDee2现在叫做getDee2Metadata而且queryDEE2分别与其他函数保持一致。

• 修正了一些样本名称中有#的错误。感谢@uilnauyis的建议。

• 新函数getDEE2_bundle从http://dee2.io/huge/获取整个项目数据

  版本0.99.9的更改

• 新建函数se()，用于构造summarizeexperiment对象

  0.0.2版的更改

• 小插图有一些细微的变化

ggtree

2.3.7版的更改

• 添加label_pad()函数，为taxa标签添加填充字符(2020-10-09，周五)- https://groups.google.com/g/bioc-ggtree/c/INJ0Nfkq3b0/m/lXefnfV5AQAJ

• 向geom_tiplab()添加family参数

  2.3.6版的更改

• 新的布局，圆矩形和椭圆
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/344
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/346
• fortify()方法用于treedataList对象(2020-09-20,Sun)
• vexpand()和ggexpand()根据地块范围的比例扩大地块限制(2020-09-18，周五)
• geom_cladelab()，支持aes映射的geom_cladelabel的更新版本(2020-09-17,Thu)

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/342

  2.3.5版的更改

• td_unnest()返回一个函数来平化ggtree绘图数据(2020-09-14,Mon)
• https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter12.html#td_unnest
• 更新geom_height (data = mydata, node = selected_node) (2020-09-03, Thu)
• Defunct geom_nodelab2()(2020-09-02，星期三)
• Geom_tiplab()和geom_nodelab()支持geom = " shadowtext "
• td_filter()返回一个函数，以子集ggtree绘图数据在geom层(2020-08-29,Sat)
• https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter12.html#td_filter
• 更新“geom_rootedge”和“geom_point2”的man文件

• 更新geom_hilight以支持geom_hilight(data = tbl_tree, node = selected_node)。(2020-09-03,清华)

  2.3.4版的更改

• zoomClade和geom_zoom_clade用于放大所选的分支(2020-08-04,Tue)
• 这两个函数是ggforce::facet_zoom的包装器函数
• 根据ggplot2的变化更新facet_labeller (2020-07-28, Tue)
• 不再使用set_hilight_legend，因为现在geom_hilight支持美学映射，可以自动生成图例
• 删除annotation_image, phylopic和subview，因为它们已经失效很长一段时间了。如果用户想用图像或子图注释树，应该参考ggimage包。
• 在geom_tiplab()中添加的As_ylab参数，该参数支持将笔尖标签显示为y轴标签，仅适用于矩形和树状图布局

• hexpand按x范围的比例扩展x限制，支持两个方向(rhs为1,lhs为-1)(2020-07-27,Mon)

  2.3.3版的更改

• 在geom_hilight中添加类型参数，默认为auto，可选矩形到矩形层，圆圈到圆圈层和注释原始的geom_hilight，并支持美学中的子集。(2020-07-23,清华)
• 更新geom_height以支持美学映射(2020-07-22，星期三)
• 更新geom_taxalink以支持美学映射(2020-07-20,Mon)

• layout_inward_circular for layout_circular() + scale_x_reverse() (2020-07-16, Thu)

  2.3.2版的更改

• 更新geom_taxalink以支持循环布局树(2020-07-13,Mon)。

  2.3.1版的更改

• pvclust对象的强化方法(2020-06-21,Mon)
• 为geom_height的颜色或大小添加点参数，并为扩展添加更多详细的警告消息。(星期二,2020-06-16)
• 修改了分支标签的角度。增加了水平参数来控制是否将分支标签设置为水平。当该参数被设置为FALSE时，它将对cod_polar中的布局有用，例如圆形、扇形、径向。为了更好地查看支链标签，调整了它们的角度。(我2020-06-15)
• 修复getYcoord_scale_category中的错误(2020-05-13，星期三)

ggtreeExtra

0.99.0版本的更改

0.99.0或0.99。xversion mean I am submitting it to Bioconductor. (20200710, Fri)

• 0.99.1将dev的SVG更改为png，设置dpi为300。(星期二,20200714)
• 0.99.2 geom_axis_text支持单列轴。星期五(20200717)
• 0.99.3支持inward_circular tree, geom_axis_text由position_identityx构建。星期五(20200724)
• 0.99.4修复了barplot bug的常量。(坐2020-07-25)
• 0.99.5更好地支持x轴反向时的层。(2020-07-29,结婚)
• 0.99.6支持调整geom_text的角度。星期五(2020-07-31)
• 0.99.7修改R代码和示例的风格注释。(星期二,2020-08-04)
• 0.99.8改变代码块的格式。(星期二,2020-08-04)

0.99.9

• 修改了geom_boxplot和geom_violin的颜色美学。星期五(2020-08-14)
• 当合并外部数据时，保留树的所有列数据。星期五(2020-08-14)

0.99.10

• 添加geom_ringline来创建外部环层的网格线。星期五(2020-08-21)
• addbrink和其他参数控制的空白行已被删除。星期五(2020-08-21)
• 在geom_axis_text中添加伪轴线。星期五(2020-08-21)

0.99.11

• 删除Geom_axis_text和geom_ringline。(我2020-08-24)
• 用户可以使用axis.params=list(add.axis=TRUE)和grid.params=list(add.grid=TRUE)分别添加外部图层的轴线和网格线。(我2020-08-24)

0.99.12

• (2020-08-26，星期三)

0.99.13

• 更新ggplot_add方法。Layer_fruits，当不同fruit_plot之间的偏移量不同时，将在每个fruit_plot中使用每个偏移量。(我2020-08-31)

0.99.14

• 更新normxy以支持树状图布局。(2020-09-02,结婚)

0.99.15

• 在geom_fruit中添加Add .another.axis以添加另一个轴。星期五(2020-09-04)
• 更新normxy以修复出现负值时的错误。星期五(2020-09-04)
• 更新geom_fruit的ggplot_add方法，支持布局为树状图时，外部x轴从下往上的方向。星期五(2020-09-04)

0.99.16

• 在axis中更改add.axis。参数从TRUE或FALSE到x或y或xy。(坐2020-09-05)
• 删除grid中的add.grid。网格的参数和默认值。params是NULL。(我2020-09-07)
• 更新轴标记和删除nbreak的方法，通过pretty计算nbreak。(我2020-09-07)
• 使用替换允许轴的列表。参数或网格。参数为空参数，例如grid.params=list(color= " black "，)。(我2020-09-07)

0.99.17

• 在axis.params中将add.axis更改为axis。(星期二,2020-09-08)

0.99.18

• 在axis中添加nbreak。参数geom_fruit，它将被发送到pretty的n，以生成所需的轴的间隔数。(星期二,2020-09-08)

0.99.19

• 修改命名空间，删除geom_vline，增加geom_segment。星期五(2020-09-11)

  0.0.1版的更改

• 添加小插曲。(星期二,20200707)

  版本0.0.0.9的变化

• 支持使用geom_axis_text添加额外层的geom_fruit的轴文本。(星期二,20200630)
• 优化额外层数据的规范化。(20200701,结婚)

• 修正错误:改变层到层。星期五(20200703)

  版本0.0.0.8的变化

• 在geom_fruit中支持NULL数据，用户可以添加ggtree中%<+%的数据。(20200628,阳光)

  版本0.0.0.7的变化

• 添加geom_fruit_list以支持多层添加相同位置。(我20200622)

  版本0.0.0.6的变化

• 自动检测“位置”。(20200612)

  版本0.0.0.5的变化

• 将比例参数更改为pwidth并删除tippoint参数。

• 将geom_add函数更改为geom_totree函数。(20200610)

  版本0.0.0.4的变化

• 支持geom_star或geom_point的尖端点

• 支持geom_boxplot和geom_violin (20200606)

  版本0.0.0.3的变化

• 加上边线，当x为字符时，新的x归一化应该从0开始。(20200601)

  版本0.0.0.2的变化

• 面板和树之间的距离可以使用“偏移量”来调整。在树的x范围内对关联面板的值进行归一化。宽度可以用“比例”来调节。“offset”和“pratio”是与树相关的比率。(20200529)

  版本0.0.0.1的变化

• github的第一个版本(20200528)

Glimma

2.0.0版的更改

• 全新的后端和API与重大变化

• 现在可以在html报告中嵌入图表

• 现在可以保存情节了

• 现在可以保存来自基因注释和计数的数据

• 在MDS图中增加了许多自定义选项

glmGamPoi

1.1版的更改

• 去除双似然函数用于过度分散估计。相反，将功能合并到常规的_***。这应该不会使用户面临任何更改，但是应该使维护包更加容易

• 使conventional_score_function_fast()对极端输入更加健壮。避免数值上不精确的减法，对于非常小的输入使用基于级数展开的边界

• 如果离散度估计退出，因为没有最大值或所有y都是0，返回迭代= 0

• 为离散度的nlminb估计添加限制(1e-16 / 1e16)。这可以防止由于NA在conventional_likehood_fast中的错误

• 对于0或1行的输入，自动设置' size_factors = FALSE '。这会改变估计值，但不会改变

• 重命名gampoi_overdispersion_mle() -> overdispersion_mle()

• 将数据存储在glm_gp()返回的对象中

• 从残差界面中去除Y。glmGamPoi，because I can just get it directly from fit$data

• 添加函数test_de()，该函数执行准似然比检验来检测差异表达基因

• 添加功能，通过围绕一列聚合数据，直接从test_de()进行伪批量测试

• 在按组的beta估计中，如果Newton方法失败，则退回到optimize()

• 将默认的大小因子估计方法从“poscounts”更改为“normed_sum”，并提供一种简单的方法来调用scran::calculateSumFactors()

• 新的“全局”模式的色散估计

GNET2

1.5.5版的更改

• 在每个预测模块中添加给定样本标签和聚类之间的相似度得分函数。

  1.5.2版的更改

• Extract_edges()现在返回一个用于互操作及其得分的邻接矩阵。

GOSemSim

2.15.2版的更改

• 新网站:https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/(2020-09-04，周五)
• 更新装饰图案

• 更新数据/ gotbl

  2.15.1版的更改

• 修正了输入id包含无效项时IC方法的错误。(坐2020-07-25)

平均绩点

1.1.0版的更改

• 进行了以下重大更改

• 合并Emma Kortemeier开发的ShinyGPA作为R包的一部分。

• 添加fitAll()来为可能的表型对拟合GPA模型。

• 添加shinyGPA()来打开闪亮的应用程序，用于交互式多效可视化。

石墨

1.35.2版本变更(2020-10-12)

• 更新所有通路数据。

GreyListChIP

1.22.0版本的更改

• 增加C. Elegans ce11，鼠标dm6的黑名单。

• 将现有的黑名单更新到版本2，或人类GRCh37, GRCh38的版本3。

GSEAmining

0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

GSgalgoR

版本0.99.3变更(2020-10-23)

• 根据生物修正修正了几个问题

• 向galgo添加访问函数。Obj对象

  0.99.0版本变更(2020-09-01)

• 移除gpuR支持

• 解决人口少的问题

• Bioconductor提交

  0.5.0版本变更(2020-08-02)

• 重命名为GSGalgoR

  0.4.2版本变更(2020-07-21)

• 在Bioconductor提交前预发布

Gviz

1.33.1版的更改

新功能

• 刺身图中的分数可以使用sashimtransform或transform中指定的函数进行转换(后者也适用于覆盖)

错误修复

• 没有一个

gwascat

2.21.7版的更改

用户可见更改

• 2020年10月19日- CHR_ID和CHR_POS中的特殊内容导致截断。通过设置col_types改进了read_tsv调用

  2.21版的更改

用户可见更改

• 2020年4月30日-使用BiocFileCache管理从EBI中检索

• 2020年5月2日- ebicat_2020_04_30是从完整检索的50000条记录的样本

• 2020年5月2日-许多data()元素移动到inst/legacy, LazyData关闭

GWASTools

1.35.2版的更改

• 取代阅读。写表格。表具有更快的数据。Table::fread和data。Table::fwrite用于转换文本的函数。例外是createAffyIntensityFile和checkIntensityFile(affy. intten =TRUE)，它们仍然使用read。表中保留删除用“#”字符注释的行的行为。

HCAMatrixBrowser

1.0.0版的更改

新功能

• HCAMatrixBrowser终于在Bioconductor!
• HCAMatrixBrowser使用OpenAPI规范版本2和rapicent提供R API表示。
• loadHCAMatrix为用户提供给定一组“bundle_fqids”的矩阵数据
• 支持对主API对象进行过滤，详见HCAMatrix
• 支持所有格式的表示，包括(.csv， .mtx和.loom)
• 使用BiocFileCache实现缓存
• MTX格式支持由马丁@mtmorgan提供
• 支持LoomExperiment提供的LOOM文件
• CSV格式的文件给出一个tibble列表

Bug修复和小的改进

• 更新小插图，包括API更改
• 允许v0端点的单例bundle_fqid查询(@dvantwisk， #2)

HDF5Array

1.18.0版本的更改

新功能

• 添加”。将sparse `参数传递给h5mread()、HDF5Array()、HDF5ArraySeed()、writeHDF5Array()、savehdf5summarizeexperiment()和HDF5RealizationSink()。尽管它不会改变HDF5文件中数据的存储方式(数据仍将以通常的密集方式存储)，但' as。参数允许用户控制HDF5数据集是否应该被认为是稀疏的(并被这样对待)。更准确地说，当HDF5Array()被' as。sparse=TRUE '，返回的对象将被认为是稀疏的，即对象中的块将在块处理过程中作为稀疏对象加载。这将导致更少的内存使用和更好的整体性能。

• 为HDF5Array和HDF5ArraySeed对象添加is_sparse() setter。

用户可见的重大更改

• 将writeHDF5Array()， savehdf5summarizeexperiment()和writeTENxMatrix()的' verbose '参数的默认值从FALSE更改为NA。

错误修复

• 修正了h5mread()中逻辑NAs的处理问题。

• 修复savehdf5summarizeexperiment()中指定' chunkdim '时的错误。

爬虫

版本0.99.2的变更(2020-10-19)

• Bioconductor审查更新

  0.99.0版本变更(2020-09-17)

• 提交给Bioconductor

HIBAG

1.26.0版的更改

• 用户可以在交互式R会话中中断模型的构建

• 删除hlaErrMsg ()因为它从未被使用过

• 新选项“nthread”hlaAttrBagging ()作为对hlaParallelAttrBagging ()

• 内核1.5版:通过利用Intel AVX, AVX2和AVX512 intrinsic，生成与v1.4相同的训练模型，但速度快2-6倍

• 新功能hlaSetKernelTarget ()自动选择算法优化的CPU目标

HiCcompare

1.11.1版本变更(2020-08-14)

• 添加引用，也到README。md文件

• 更新新闻

• o添加Mikhail Dozmorov作为维护者o添加URL和BugReports字段

• 恢复KRnormalization的破碎更改。R, 75行，Z = rk/v;rho_km1 = t(rk) %*% Z;o hic_compare。R，line 99, A.min <- ceiling(mean(A_q10))

  1.11.0版本变更(2020-02-11)

• 新的方法读入.cool文件，cooler2bedpe()

• 新的比较方法hic_compare()

HPAStainR

0.99.2版本变更(2020-09-02)

• R代码

• 更改了高严格性，包括增强和支持删除批准

  版本0.99.1变更(2020-08-06)

• 回复Bioconductor审稿人的评论

• 描述

• 移动宠物猫而且闪亮的进口

• 小插曲

• 制作安装部分

• 新增目录

• 更新小插图文本以与代码一致

• 包括sessionInfo ()

• R代码

• 更新HPA_data_downloader以符合生物导体标准访问一个网站。

• 减少行数>80

• 减少缩进数量，而不是4个空格的倍数

  0.99.0版本变更(2020-07-15)

• 准备提交给Bioconductor的软件包

• 更新到编码实践

• 无生物检查错误

• 更新的导入和示例

超

1.05.03版的更改

• Rctbl_build()现在将hyp对象包装为无标签的多hyp对象

• Rctbl_build()嵌套表显示了丰富的基因集的数量

  1.05.02版的更改

• 从hyp_to_rmd()输出的正确文件扩展名(.rmd/.html)

• 相对路径现在由hyp_to_rmd()支持

  1.05.01版的更改

• 修正了richr_available()中错误的列名

• 为基因集选择添加了第一个闪亮模块

  1.05.00版本的更改

• 版本碰撞的生物导体
• 修正了一些基因集不显示的hyp_dots(merge=TRUE)错误
• 增加了获取非人类丰富库的支持(例如酵母，苍蝇，蠕虫，鱼)
• 通过rctbl_hyp()和rctbl_mhyp()更好地报告

理想的

1.14.0版本的更改

其他的笔记

• 用heatmaply的功能取代了d3heatmap的依赖关系

idr2d

1.2.2版的更改

• 跳过i386系统上依赖于Python的测试(需要64位版本的Python)

IgGeneUsage

1.3.3版本变更(2020-10-15)

• inst文件夹提供了更灵活的微生物样品分析模型，但没有提供接口。

illuminaio

0.31.1版本变更(2020-07-15)

更新

• readIDAT()在解密失败时产生的错误消息不再在结尾追加一个额外的换行符。

• readIDAT()在内部使用显式的stringsAsFactors=FALSE。

• readaddat()不再同时保持两个文件连接打开。

文档

• 引用报告的BibTeX URL (package= " illuminaio ")被破坏。

错误修复

• 如果存在文件读取错误，readBGX()将留下一个打开的连接。

  0.31.0版本变更(2020-04-27)

笔记

• Bioconductor开发版本的版本号被更改了，现在为R的BioC 3.12(>= 4.0.0)。

ILoReg

0.99.0版本变更(2020-06-25)

• 第一个版本0.99.0提交给Bioconductor

immunoClust

1.21.2版的更改

• 变化
  • 无集群分布区
  • 解决了来自flowCore的弃用警告

  • 代码清理

    1.21.1版的更改

• 变化
  • 作者邮箱联系方式

infercnv

1.5.3版本变更(2020-10-23)

• 添加检查detectCores()在比较之前不返回NA。如果是这样，只需直接使用提供的值作为选项。

  1.5.2版本变更(2020-10-23)

• 在导出到seurat对象的元数据中添加了单元格的重新排序，以便它始终匹配，以防提供给infercnv和seurat的数据中的单元格没有按照相同的顺序排序。

  1.5.1版本变更(2020-10-06)

• 修复了在比较NULL/NA的情况下重新加载。

• 修正了在尝试重新加载第18或19步结果时去噪的问题。

• 修正MCMC诊断图，增加诊断生成。

• 更新包含的数据对象以包含额外的选项槽，并防止通用名称冲突。

• 完全重命名数据对象及其提供的变量的名称。

• 修正了引用绘图不能访问实际的子聚类信息，而只能访问之前提供的数据对象(重命名以避免像这样的错误名称冲突)。

• 在add_to_seurat方法中增加了检查，在接受顶部命中时是否发现增益/损失。

• 增加检查输出写在add_to_seurat顶部区域不为空，输出一个空文件没有错误，如果是。

• 更改为在对细胞进行读取级过滤之前从计数中删除“chr_exclude”中的基因。

• 在去除“chr_exclude”基因后，增加了每个细胞的最小读取计数要求为1，以便在归一化时没有0分裂。

• 更改默认min_max_counts_per_cell，默认选择至少100个计数的单元格。

• 修正了当热图的数值范围不存在时绘制HMM着色的问题。

• 修正了不使用参考组时不产生警告的绘图问题。

Informeasure

0.99.8版本变更(2020-10-06)

• 做出改变

  0.99.7版本变更(2020-10-06)

• 做出改变

  0.99.6版本变更(2020-09-21)

• 做出改变

  0.99.5版本变更(2020-09-20)

• 修复了构建报告中使用“1:length”而不是“seq_len”的问题

• 用“<-”代替“=”

• 解决压痕

  版本0.99.4变更(2020-08-14)

• 修复了不必要的包调用的警告

  版本0.99.3变更(2020-08-14)

• 修复了不必要的包调用的警告

  版本0.99.2变更(2020-08-14)

• 修复了不必要的包调用的警告

  版本0.99.1变更(2020-08-13)

• 进行了以下重大更改

• Informeasure补充道。Rproj into the .gitignore file

• DESCRIPTION文件中的Author/Maintainer替换为Authors@R

• 增加了一个新闻文件

• 在tests/目录中增加了一个。r文件

• 将R版本依赖项从3.5.0更新到4.0

• 在PMI.plugin()中使用TRUE/FALSE代替T/F

  0.99.0版本变更(2020-08-09)

• 提交给Bioconductor

intansv

1.29.0版本的更改

笔记

• 修复Windows和Mac上的构建错误。

IRanges

2.24.0版的更改

新功能

• Coverage()现在支持' method= " naive " '。这是对已经支持的“sort”和“hash”方法的补充。这个新方法是“散列”方法的较慢版本，其优点是当权重作为类型为' double '的数字向量提供时，coverage()返回的numeric- rle对象的无覆盖区域中避免浮点工件。请参阅“浮点运算可以带来惊喜”示例中的“?覆盖”。

已弃用且已失效

• 移除RangedData类和任何与RangedData对象相关的东西。

错误修复

• 修复列表元素循环的错误。

ISAnalytics

0.99.15版本变更(2020-10-22)

• 轻微修复了import_association_file文件函数:增加了多个字符串翻译为NA

  0.99.14版本变更(2020-10-21)

• 测试中的小修正

  0.99.13版本变更(2020-10-19)

新功能

• 增加了分析函数CIS_grubbs和cumulative_count_union

• 增加绘图函数CIS_volcano_plot

  0.99.12版本变更(2020-10-04)

新功能

• 增加了分析函数sample_statistics

用户可见的重大更改

• Aggregate_values_by_key具有简化的接口，并支持多量化矩阵

微小的变化

• 更新后的小插曲

• import_parallel_Vispa2Matrices_interactive和import_parallel_Vispa2Matrices_auto现在有一个选项，可以在导入后直接返回一个多重量化矩阵，而不是一个列表

  0.99.11版本变更(2020-09-21)

新功能

• 增加了分析函数threshold_filter, top_integration
• 在compute_abundance中增加了对多量化矩阵的支持

只是小修小补

• 修复了comparison_matrix忽略自定义列名的错误

• 修复了一些文档页面的问题

  0.99.10版本变更(2020-09-14)

ISanalytics正式加入bioconductor!

新功能

• 增加了分析函数comparison_matrix和separate_quant_matrices
• 增加实用函数as_sparse_matrix
• 新增包装logo

用户可见的重大更改

• 修改了compute_near_integration的算法
• 增加了对多量化矩阵的支持，以消除冲突
• 在文档中增加了生命周期标识的使用:用户现在可以看到某个特性是否处于试验阶段/成熟阶段/稳定阶段等等

只是小修小补

• 增加了import_single_Vispa2Matrix删除不重要的0值的修复

  0.99.9版本变更(2020-09-01)

新功能

• 新增功能:聚合函数
• 增加了关于聚合函数的小插图
• 增加了重新校准功能
• 增加了第一个分析函数(compute_abundance)

用户可见的重大更改

• 删除结构ISADataFrame:现在包只使用标准的tibbles

• 修改的包文档

  0.99.8版本变更(2020-08-12)

• 提交给Bioconductor

iSEE

2.1.27版的更改

• API文档的小编辑。

  2.1.26版的更改

• 当发射器没有做出选择时，禁用dimnames模态上的导入按钮。

• 将颜色的最大因子级别与其他应用程序分开。

  2.1.25版的更改

• 在Table子类的SearchColumns字段中支持命名向量。

  2.1.24版的更改

• 通过新的saveState=参数启用应用程序状态的自定义保存。

• 切换颜色映射获取器以使用内部缓存，以避免与用户条目冲突。

  2.1.23版的更改

• ExperimentColorMap继承自Annotated。

  2.1.22版的更改

• 拆分和重命名测试设置脚本。

  2.1.21版的更改

• 单元测试的小修正。

  2.1.20版的更改

• 导出更多内部实用程序，以便在下游包中重用。

• 对ComplexHeatmapPlot文档进行了一些小的修复。

  2.1.19版的更改

• 导出更多内部实用程序，以便在下游包中重用。
• 添加了一个通用的定义选择效果UI。
• 修复了ComplexHeatmapPlot观察器，最明显的是化验选择。

• 修复了底层响应式框架，以避免由于无响应而导致的错误。

  2.1.18版的更改

• 修正了在登录页上正确支持动态类的错误。

  2.1.17版的更改

• . refineparameters()对于FeatureAssayPlot, SampleAssayPlot保护x轴选择不存在元数据。

• 每个面板的CSS类现在都是在应用程序运行时定义的，以便更容易地编写着陆页，而无需在iSEE()中指定initial=。

  2.1.16版的更改

• 修正了ColumnDotPlots中ColorByFeatureDynamicSource UI元素初始化的错误。

  2.1.15版的更改

• 允许在分散型DotPlot中为离散变量的每一层标记中位数。

• 在[[<-赋值到Panel类期间开启有效性检查。

  2.1.14版的更改

• 将帮助图标右对齐，用于单独的面板游览。
• 增加了鼠标悬停在DotPlot面板上的提示。

• 允许在表面板中显示关于所选表行的自定义注释。

  2.1.13版的更改

• 重构了热图特征选择模式，以便在其他上下文中可重复使用以选择行或列。

  2.1.12版的更改

• 通过. definepaneltour()泛型添加了特定于面板的浏览。

• 将HiddenColumns机制推广到所有Table子类。

  2.1.11版的更改

• 增加了HiddenColumns槽来隐藏ColumnDataTables和RowDataTables中的列。

  2.1.10版的更改

• 避免在列数改变时传输多个表选择。
• 隐藏不相关的UI元素表多个选择。
• 关于每个面板中选定的行/列数量的一般信息。

• 精简了. defineoutput签名。

  2.1.9版的更改

• 改进了泛型和类的文档。
• 为ComplexHeatmapPlot类定义了. exportoutput方法。
• 在ComplexHeatmapPlot类中增加了插槽和方法的缺失文档。
• 为动态选择设置强制合理的默认值。

• 提取分析与dimnames正确的索引。

  2.1.8版的更改

• 固定控制图例点大小连续协变量。

• 扩展控制小提琴情节和辛顿情节的传说点大小。

  2.1.7版的更改

• 在“视觉参数”框的“文本”类别下增加了图例点大小的控制。

  2.1.6版的更改

• 修复了大小观察者的错误。

  2.1.5版的更改

• 修复当“组织面板”窗口关闭并重新打开时面板大小初始化为当前值的问题。

• 固定移除最后一个面板从接口。

  2.1.4版的更改

• 增加了导出面板输出时的进度条。

• 修复了createLandingPage()手册页中缺失的部分。

  2.1.3版的更改

• 修复了在ComplexHeatmapPlot构造函数中处理CustomRowsText插槽时对逻辑> 1的处理。

  2.1.2版的更改

• 增加了一个新的小插图来描述面板链接。
• 修正了*DynamicSource插槽的文档。
• 固定接收单一选择从地块初始化。

• 移除已弃用的功能。

  2.1.1版的更改

• 增加小插图，记录大数据内存不足矩阵的使用。
• 增加TENxPBMCData建议:。

iSEEu

1.1.9版的更改

• 确保全局参数只在施工过程中影响面板。

  1.1.8版的更改

• 增加了AggregatedDotPlot面板来显示基于标记的点图。

  1.1.7版的更改

• 提高了deg数计算的安全性和正确性。

  1.1.6版的更改

• 版本碰撞触发使用新的iSEE类定义重新安装。

  1.1.5版的更改

• 通过. definepaneltour()泛型为所有面板类添加了特定于面板的浏览。

  1.1.4版的更改

• 泛化与de相关的全局变量，使其作为模式工作，而不是直接指定可接受的名称。

• 将dynamicmarketable对getTableExtraFields()的处理与globals策略对齐。

  1.1.3版的更改

• 全面检查全局参数的处理，以获得更大的一致性。
• 添加了LogFCLogFCPlot来绘制两个DE之间的比较。

• 切换到KEGGREST以获取路径的名称。

  1.1.2版的更改

• 用更通用的FeatureSetTable替换了genesetttable。改进了任意特征集的处理。
• 将differalstatisticstable重命名为更合适的DynamicMarkerTable。支持包含来自rowData的额外字段。

• 全局参数现在只影响MAPlots和VolcanoPlots的建造。

  1.1.1版的更改

• 改进了ReducedDimensionHexPlot方法的文档。

IsoCorrectoR

1.6.2版的更改

• 作为对Am Zimmerman在生物导体支持网站(https://support.bioconductor.org/p/132345/)上的帖子的回应，使用对数空间阶乘来计算内部校正概率。

IsoformSwitchAnalyzeR

1.11.11版本变更(2020-10-13)

• 更新类型:minor。

• 修正了上次更新时引入的importIsoformExpression()中的错误

  1.11.10版本变更(2020-10-13)

• 更新类型:minor。

• 更新importIsoformExpression()修复了countsFromAbundance的导入

  1.11.9版本变更(2020-10-12)

• 更新类型:Minor。

• 更多关于名称空间和依赖关系的更新

  1.11.8版本变更(2020-10-09)

• 更新类型:Minor。

• 关于命名空间的描述更新

  1.11.7版本变更(2020-09-30)

• 更新类型:Minor。

• 各种文档更新

• switchPlot()的子图的绘制顺序被更改，以避免具有较长的异构体名称时出现问题。

• analyzeSignalP()被更新为在处理很少进行预测的SignalP5数据时更加健壮。

  1.11.6版本变更(2020-09-17)

• 更新类型:Minor。

• 更新的名称空间。

  1.11.5版本变更(2020-09-14)

• 更新类型:Minor。

• 更新了importIsoformExpression()中的示例代码

• 更新的名称空间

  1.11.4版本变更(2020-09-10)

• 更新类型:中。

• 当fasta文件和表达式数据之间没有重叠时，importRdata()被更新为给出序列名称的示例。

• importRdata()被更新以尝试和挽救丢失的gene_name注释(可能是由于新的转录本)和分裂合并的基因(使用Cufflinks/StringTie等工具进行转录本组装时经常发生的问题)。

• importtrdata()和importCufflinksFiles()通过一个选项进行了udated，以打印对使用差异异型的基因数量的估计。

• 更新了isoformToGeneExp()和importGTF()以查找由importRdata()修复的注释问题，并在出现时给出警告。

• 示例数据(来自各个文件)被更新为包括cd。

• 介绍了一个从switchAnalyzeRlist中提取基因水平计数/表达的函数extractGeneExpression()。

• 引入了prepare鲑filedataframe()和import鲑data()。这些函数共同支持通过tximeta导入Salmon数据，从而省略了手动集成注释数据(gtf/fasta)。

• isoformSwitchAnalysisPart2()被更新为仅在发现足够多的事件时才进行充实分析。

• preFilter()被更新为将基因表达应用于这两种情况，而不是所有样本的平均值，从而更好地过滤掉不可信的基因。

• extractSplicingGenomeWide()和extractresulencegenomewide()被更新为在计算汇总统计信息时处理缺失值。

• extractSplicingEnrichment()， extractsplicingenrichmentcompare ()， extractresulenceenrichment ()， extractresulenceenrichment()被更新为使用binom.test()而不是prop.test()，因为这个测试在分析较少数量的事件时更适合。

• extractSplicingEnrichment()和extractsplicingenrichmentcompare()被更新为具有更容易解释的描述。

• extractSwitchOverlap()也被更新为在异构体开关中绘制重叠，现在允许控制要制作哪些维恩图。

• switchPlot()被更新为在对“增加/减少/不变的使用量”进行分类时只考虑dIFcutoff。

• switchPlotGeneExp()， switchPlotIsoExp()， switchPlotIsoUsage()和switchPlotTranscript()被更新为允许返回ggplot2对象(而不是打印它)

• 所有extractConsequence()和extractSplicing()函数被更新为允许返回ggplot2对象(而不是打印它)

• switchPlotTopSwitches()被更新为也有onlySigIsoforms参数。

• 各种文档更新。

  1.11.3版本变更(2020-05-20)

• 更新类型:Minor。

• importRdata被更新以处理带有大量附加信息的GTF文件。

• 已更新analyzeSignalP和analyzePFAM，以修复处理多个文件的问题。

• analyzePFAM被更新为尝试处理固定宽度文件和损坏的固定宽度文件。

• isoformSwitchTestDEXSeq()和isoformSwitchTestDRIMSeq()被更新为“keepIsoformInAllConditions”参数，该参数允许在所有比较中保留一个isoform的数据，即使它只在一个比较中被认为是重要的。默认为TRUE。

• 当pathToSplicingAnalysis未被使用时，importCufflinksData()被更新为处理。

  1.11.2版本变更(2020-05-12)

• 更新类型:Minor。

• 在extractSequence()中更正了一个错误，该错误导致错误:“对象' filterShortAALength '未找到”。

• 在extractSequence()中，使用" removeShortAAseq "参数时保持的最小长度被提高到11个氨基酸以匹配pfam网站。

• 修正了importRdata中的错误，以重新启用仅在注释中发现的异构体的删除。

  1.11.1版本变更(2020-05-05)

• (版本碰撞由于生物导体释放)。

• 更新类型:Minor。

• 更新importRdata()中的代码注释

• 更新importIsoformExpression()中的打印消息

• 更新analyzePFAM()以支持更健壮地导入包含或不包含头文件的fwf文件。它还处理pfam文件中关于文件固定宽度的错误，当“线圈”类型被包括在内时。

isomiRs

1.17.2版的更改

修复

• 修复来自dplyr的n()错误。现在导入命名空间。

  1.17.1版的更改

修复

• 修复了选择列时tibble的错误。现在它需要unlist来粗化到一个向量。

KEGGprofile

1.31.1版的更改

• 修复genes_kept处理数据中NA的错误

花边

1.0.1版的更改

• 从Travis-CI到Github Actions。

lefser

1.0.0版的更改

• lefser是微生物标记物发现LEfSE方法的R实现。
• 它使用Kruskal-Wallis检验，Wilcoxon-Rank和检验和线性判别分析来寻找组和子组块中的生物标志物。
• 在这里查看方法论文:https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-6-r60

limma

3.46.0版的更改

新功能

• 添加新函数chooseLowessSpan()。

• fitFDist()与非null协变量现在比以前更平滑的趋势(有更少的样条结)，除非至少有30个观测值。这也会影响squeezeVar()和eBayes() with趋势= TRUE．

• 添加新参数output.styleweightedLowess()。

• Write.fit()现在为行名输出一个空白列标题，这样分隔的输出文件中的列名数量将与列的数量一致(类似于基本包中的write.csv)。

代码的改进

• Subsetting和contrast .fit()现在可以在MArrayLM对象上工作，即使cov. fit被替换了。没有系数分量。

• 如果对象不包含p值，volcanoplot()现在会提示用户运行eBayes()。

• 当数据对象缺失、NULL或无行时，向getEAWP()和lmFit()添加检查和更多信息的错误消息。

• RGList, MAList, EListRaw, EList, MArrayLM或TestResults对象的子集现在接受参数我或j但是忽略它们而不会产生错误。如果用户添加了下降与矩阵子集类似的参数。以前这会产生一个错误。

• TestResults的子集现在需要两个参数，与上面列出的所有其他数据对象类相同。以前允许单个索引子集(例如object[i])。

• 通过weights .median()改进了对零权重的处理。

• 在整个包中更加一致地使用rep.int()， rep_len()和rep()。

• 将NA替换为NA_real_。

• 向topTableF()添加一条消息，警告该函数过时，将在limma的未来版本中删除。从用户指南中删除topTableF()的用法。

• 删除过时的函数toptable()，自2018年2月1日起正式弃用toptable()。

文档

• 修改并展开加权低帮助页面。

• 在decisitests()帮助页面的详细信息部分中添加关于“层次化”方法的更多说明。

• 在voom帮助页中添加注释，以强调voom不是分析已标准化库大小的表达式度量的合适工具。

• 修改plotMDS()的帮助页面，以澄清该函数可以生成PCA图和PCoA图。

• 添加示例到列表类帮助页面。

• 编辑到ebay的帮助页面。

• 编辑帮助文件的概念条目(用于参考手册索引)。

错误修复

• 修改write.fit()，使输出文件的列名是正确的数字=零和适合对象只包含一个系数列。以前相同的对比名称重复作为系数，t-statistics和p.values的列名，使它们难以区分。

• 修复了arrayWeights()的错误y含有NAs，设计矩阵有几列，部分但不是所有基因没有残差df。

lipidr

2.4版的更改

• 增加了非目标脂肪组学数据集的imputation功能

• 增加了与链长和不饱和度相关的箱线图丰富脂集的功能

LRBaseDbi

2.0.0版的更改

• 在makeLRBasePackages中增加了pkgtitle和pkgdescription选项

Maaslin2

1.3.2版的更改

• 解决x标签缺失的问题，从箱图元数据变量没有级别和增加最大的jpgs写入。

• 更新对超过两个级别的变量的检查，这将需要用户为模型和箱线图提供更严格的引用(忽略级别计数中的UNK，不检查它是否是一个因子，并检查是否所有级别都是数值以忽略连续变量)。

• 修复ZINB错误。

  1.3.1版的更改

• 添加随机效果的能力，所有其他非lm模型。

• 添加方差过滤选项，默认设置为0。

• 现在在过滤后执行归一化，并在未转换的空间上计算N.not.zero。还包括与手稿同步的小编辑。

• 为超过两个级别的固定效果变量添加所需的引用选项。模型和箱线图中使用的参考资料。

• 更新热图以包括所有分类级别。

maftools

3.12版的更改

错误报告

• 验证maf时重复数据删除错误。问题:623
• 修复lollipopPlot2中重复的域标签。问题:614
• 修复了coBarPlot中的复制编号标签和着色问题。问题:609
• 修正了R < 4.0中肿瘤图注释的着色问题。问题:599

增强

• 更新的TCGA TMB。MC3结果的所有变体都被限制并协调到安捷伦35.8 MB的捕获试剂盒中。详见? tcgcompare。问题:612
• 添加SIMC1蛋白到域数据库。问题:616
• 在coOncoplot中增加了sampleOrder1和sampleOrder2参数。问题:592
• 在coOncoplot中增加了gene_mar outer_mar参数。问题:260
• 为mafCompare添加了样本量警告消息。问题:602
• 在tcgcompare中增加了cohortFontSize和axisFontSize

新功能

• 增加了filterMaf函数。

弃用

• signatureEnrichment将在未来被弃用。目前保留为遗留用途，并有警告消息。版本:607 615

MAGeCKFlute

1.9.1版的更改

• 关闭小插图中的Depmap分析，因为这很耗时

• 当网元不可用时，在richhedview中使用count

  1.8.1版的更改

• 更新标准基因名称

• 调试散射视图中的颜色问题

• 删除scale_color_npg和data的使用。table::melt来自DensitiView

• 从充实中删除nPerm参数。GSE

• 从NCBI ftp文件夹下载GO-gene关系

• 将多个导入移动到建议

• 将view_allpath替换为pathview。来p in FluteMLE to allow users to set the number of pathways for pathview visualization.

马尔

版本0.99.4的更改

• 代码缩进已更新。

• 2020年10月23日，将类和构造函数从marr重命名为marr。

  版本0.99.3的更改

• 生物导体单包构建错误

  0.99.2版的更改

• 2020年10月16日，扩展描述并更改直方图中的binwidth参数。

  0.99.1版的更改

• 在描述文件中增加Authors@R。

  0.99.0版本的更改

• 于2020年10月2日向Bioconductor提交了marr 0.99.0。

MatrixGenerics

1.2.0版的更改

• 将drop和type添加到[row|col]分位数的通用签名()。

• 与matrixStats v0.57.0同步API ()。

• 添加具有用户友好的回退机制的默认方法()。建议包现在在第一次调用MatrixGenerics的泛型时加载(例如，第一次调用MatrixGenerics::colVars())。使用这种新方法，如果用户传递一个dgCMatrix对象，如果sparseMatrixStats已经加载，将“只是工作”，回退机制不会尝试加载任何东西。

• 当提供表对象时，分派矩阵对象的方法()

事

1.15.1版的更改

错误修复

• 从“which()”中删除“…”

megadepth

0.99.0版本的更改

新功能

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package.
• 文档网站现在可在http://LieberInstitute.github.io/megadepth/。它使用GitHub Actions和pkgdown在主分支(bioc-devel)上的每次提交都会更新。

MesKit

版本0.99.11的更改

变化

• Bioconductor 4.0版本的准备工作。

• 修正:
  • 修复' plotCNA '不显示' chrSilent '。
• 其他变化:
  • 更新例子。

  • 删除无用的数据集。

    0.99.0版本变更(2019-06-01)

变化

• 创建包。

metabCombiner

0.99.0版本变更(2020-09-11)

• 提交给Bioconductor

metabolomicsWorkbenchR

0.99.0版本的更改

• Bioconductor提交

metaMS

1.25.1版的更改

• 单元测试bug修复

  1.25.0版的更改

• 新增功能SearchNIST(仅限Windows系统)

MetaNeighbor

1.9.1版的更改

• 添加几个参数来控制metan邻居和metan邻居的快速版本

• 增加了预训练metanneighbour模型的功能。

• 添加预处理功能来合并singlecel实验对象。

• 添加与元集群、集群图和可视化相关的实用功能。

metaseqR2

1.1.21版本变更(2020-08-05)

新功能

• 通过提供FASTA基因组和/或非支持或自定义生物的组装文件，创建UCSC跟踪和组装中心。

错误修复

• 修正了导入现有计数表时行名的问题。

  1.1.19版本变更(2020-07-29)

新功能

• 没有一个

错误修复

• 修复了自定义GTF注释导入方面的几个问题，特别是当GTF与次要GTF标准兼容时。

• 修正了一些导致R>4.0错误的警告。

  1.1.18版本变更(2020-07-03)

新功能

• 现在允许进行简单的量化、质量控制和报告，而无需定义要执行的对比或统计测试。

• 如果只定义了对比，但不需要统计检验，则只计算折叠变化。

错误修复

• 修正了NOISeq集成中未定义的类/函数。

  1.1.17版本变更(2020-06-29)

新功能

• 集成了废弃包DESeq和NOISeq的功能，以维护PANDORA

错误修复

• 修复了新的readTargets包装器函数导致的报告崩溃。

  1.1.16版本变更(2020-06-22)

新功能

• YAML中增加了读取目标的支持

错误修复

• 修正了“rnacomp”图试图导入到JSON db而不运行。

• 修正了当“exportWhere”为NA时报告崩溃的问题。

• 其他小错误修复

  1.1.15版本变更(2020-06-12)

新功能

• 允许简单的差分外显子分析

错误修复

• 固定的注释中断从UCSC (rn, danRer)。

• 修复了使用excludeList时的崩溃(由于属性在列表子集设置后消失)。

  1.1.13版本变更(2020-05-25)

新功能

• 新增谐波平均p值组合方法(Wilson, 2019 - https://doi.org/10.1073/pnas.1814092116)

• 添加了一个新的数据集(hg19pvalues)，包含一组来自Giakountis等人的基因p值，https://doi.org/10.1016/j.celrep.2016.05.038，将用于主要插图以及p值组合的游乐场

错误修复

• 重大错误修复!statDss返回的p值顺序与其他stat*函数不一致。

• 其他小错误修复。

MetCirc

1.19.0版本变更(2020-07-02)

• 适应MSnbase的变化(重命名为MSpectra)

MethReg

0.1.0版的更改

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package.

methrix

1.4.00版本的更改

• read_bedgraphs()支持“Bismark_cov”，“MethylDackel”，“MethylcTools”，“BisSNP”，“BSseeker2_CGmap”

• write_bedgraphs()支持multiBed和metilene文件格式输出

• write_bigwigs()将methrix对象导出为bigWigs

  1.2.10版的更改

• BSgenome引用构建解析错误。问题:# 24

• 显示加载床图时缺少哪些cpg。问题:# 22

• 更快的HDF5处理。公关:# 21

• 在Manual write_bedgraphs()函数中包含SeqStyle选项。体育:# 20

• 在bedgraph中增加了SeqlevelsStyle和trackline的参数。公关:# 19

methylKit

1.15.3版的更改

新的功能和特性

• 将verbose参数添加到methCall以允许完全沉默输出，这将由processBismarkAln设置，它获得了' verbose '参数

改进和错误修复

• 更新R要求到(>= 3.5.0)

• processBismarkAln:
  • 添加详细参数
  • 更新测试
  • 更新文档
• joinsegmentneighbours:
  • Catch情况下只有一组在那里
• regionCounts:
  • 更新文档:提到输出将在默认情况下排序
  • 修复# 195
• 装饰图案:
  • 添加关于regionCount的常见问题段落，以解释为什么我们订购输入区域
  • 更新关于methyldackel的段落，当使用它而不是processBismarkAln时
  • 修复# 162

• 增加床线图输出的广泛测试

• 更新和导出getMethylationStats的测试

• 为getCoverageStats添加大量测试

• 为normalizCoverage添加大量测试

• 更新检查dataSim:
  • 如果给出了样本id，检查length(sample.ids) == #复制

• 更新getMethylDiff测试

• 团结destranding:
  • 确保科学记数法中不使用大数字
  • 修复# 129
  • 切换到数据。基于表的去置，因为它更快，内存效率更高的区域数量
• methseg:
  • 当连接段只产生单一范围时捕获错误
  • 修复# 195
• calculateDiffmeth:
  • 检查内存和tabix文件的输出是否相等

  • 修复# 189

    1.15.2版的更改

改进和错误修复

• 检查。Dbdir:如果路径等于root (" / "

• methRead:

  • 为调用.procBismarkCytosineReport添加丢失的context参数
  • 修复https://github.com/al2na/methylKit/issues/198

微生物组

2.1.2版本变更(2020-07-01)

• 改进了堆芯热图标注

• aggregate_top_taxa弃用

• 双模性和电位分析函数固定

  2.1.1版本变更(2020-04-06)

• 增加重叠功能

microbiomeExplorer

1.0.0版的更改

• 释放

MicrobiotaProcess

1.1.13版本变更

• 删除了retrieve_seq和mapply_retrieve_seq函数，因为它们需要internet。这可能会导致检查时超时。星期五(2020-10-16)

  1.1.12版本变更

• 修改了diff_analysis中的bug。phyloseq:将tax_table(ps)修改为ps@tax_table，避免在tax_table为NULL时产生错误。(2020-10-15,清华)

  1.1.11版本的变化

• 更新drop_taxa的示例。(2020-10-14,结婚)

  1.1.10版本变更

• 当reduce为TRUE时，更新ggdiffclade以支持data.frame输入。星期五(2020-08-28)

  1.1.9版的更改

• 当用户想手动设置映射时，更新ggordpoint以适应使用。(星期二,2020-08-25)

  1.1.8版的更改

• Get_taxadf, get_alltaxadf和diff_analysis支持函数数据集或其他类型的数据集。(我2020-08-17)

  1.1.7版的更改

• 错误修正:在ggdiffclade中忽略了cladetext参数，现在已经修复。星期五(2020-08-14)

• 已弃用参数:控制树行宽度的size参数已弃用。(2020-08-14，周五)。

  1.1.6版的更改

• 在ggdiffbox, ggffectsize, ggdifftaxbar和ggdiffclade中，removeUnknown参数已被removeUnknown替换。(2020-08-12,结婚)
• 在diff_analysis中，Class参数已替换为classgroup。(2020-08-12,结婚)

• 在ggdiffclade中添加inward_circular layout。(2020-08-12,结婚)

  1.1.5版的更改

• Ggdifftaxbar支持png、tiff格式。(我2020-08-10)

• 在diff_analysis中添加停止信息来声明类参数。(我2020-08-10)

  1.1.4版的更改

• 向get_taxadf的结果添加tax_table信息。星期五(2020-08-07)

  1.1.3版的更改

• 根据dplyr变化(v=1.0.0)(2020-08-05，星期三)
• 删除rename_和group_by_

• 修改了ggdiffclade中倾斜或矩形布局时的角度为90(2020-08-05，星期三)

  1.1.2版的更改

• 修复bug。当第一级分类等级(王国)为NA时。

miRSM

1.7.2-1.7.3版本的更改

• 更新miRSM。R<2020-09-18, Fri>

  1.7.1版的更改

• 更新module_Coexpress函数<2020-08-21,Fri>

米奇

1.0.12版的更改

• 修复了>3D图中由对比名称引起的问题

mixOmics

6.14.0版本的更改

新特性/增强/变化

• circosPlot:功能名称的径向位置现在可以使用var.adj自定义
• 增加了乳头输出的绘图和打印方法(#87)
• 所有判别分析现在只在模式=回归上运行(#79)
• Cim参数更改:阈值替换为截止
• 带有缺失值的Nipals和pca允许跳过输入矩阵重构
• Tune.block.splsda现在允许随机数种子也用于并行处理(#72)
• pca家族的新双线图方法(#90)

错误修复

• plotIndiv:图例错误指定解决的组
• plotIndiv:传说现在按输入顺序，而不是按字母顺序
• spca的绘图方法问题解决了
• plotLoadings。Spca的var.names bug现在修复(#81)
• 修复了Ipca弃用警告

MOFA2

0.99.0版本的更改

• 向Bioconductor提交了软件包

MOGAMUN

0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor。

motifStack

1.33.14版的更改

• 去除RNA基序的反向补体比对。

  1.33.13版本的更改

• 缩小预定义的字体。

  1.33.12版本的更改

• 修复pcm2pfm列计数不相同的问题。

  1.33.11版本的更改

• 更新标记，允许标签+行/矩形。

  1.33.10版的更改

• 为AA图案添加对齐功能。

  1.33.9版的更改

• 修复了clusterMotifs的AA motif的问题

  1.33.8版的更改

• 修复了预定义字体的符号位置问题

  1.33.7版的更改

• 更新检查ghostscript

  1.33.6版的更改

• 修复pcm2pssm中的错误

  1.33.5版的更改

• 修复pcm2pssm中的错误

  1.33.4版的更改

• 添加PSSM类

  1.33.3版的更改

• 用matalign替换MotIV。

• 添加motifSignature函数的cutoffPval。

  1.33.2版的更改

• 为coloredSymbols添加参数环境

  1.33.1版的更改

• 将“grImport”、“grImport2”和“MotIV”修改为“recommendations”。

• 使用roxygen2生成帮助文件。

MouseFM

版本0.99.9变更(2020-08-23)

• 检查getURL函数中的包错误修复

  0.99.8版本变更(2020-08-13)

• 后端服务器URL的Getter/Setter

  0.99.7版本变更(2020-06-08)

• 更新数据库

• 新作者

  0.99.1版本变更(2020-05-22)

• 更新.gitignore

  0.99.0版本变更(2020-05-21)

• 提交给Bioconductor

  0.1.0版本变更(2020-05-04)

• 创建

msa

1.21.1版的更改

• 改变msaClustalW()的例子，使其在r4.0 .x的Windows上平稳运行

• 在Windows上增加了关于cluster= " upgma "的msaClustalW()帮助页面的警告

  1.21.0版的更改

• Bioconductor 3.12 devel的新分支

MsCoreUtils

1.1版的更改

1.1.7的变化

• 重写c(" left "， " right "， " inner "， " outer ")加入到c <2020-10-06 Tue>。

1.1.6的变化

• 重写C <2020-09-24 Thu>。
• 修复#65和#66。

1.1.5的变化

• 在函数中添加…来连接和比较峰值;参见第131条。

1.1.4的变化

• 将对Feature的引用更改为QFeatures <2020-07-14 Tue>
• 确保最接近接受长度为1或长度(x)的参数公差;参见#61,PR #62 <2020-08-07 Thu>。
• 最近的公差参数现在应该是长度1或长度(x)(之前是长度(表))<2020-08-20 Thu>。

1.1.3的变化

• 对于空表nearest和common，分别返回长度为x的向量NA或FALSE(而不是1和TRUE)。修复#55 <2020-06-18 Thu>。
• 表<2020-06-19 Fri>中最接近和常见的忽略NA。
• 修复单个data.frame或DataFrame作为输入<2020-06-23 Tue>的rbindFill。

1.1.2的变化

• 新增colCounts()聚合函数<2020-05-27 Wed>。

1.1.1的变化

• 添加一些流行的距离/相似度度量:ndotproduct核navdist nspectraangle;参见PR #33。

• 为dotproduct <2020-05-22 Fri>添加弃用说明。

1.1.0的变化

• Bioconductor开发版(bio3.12)

MSEADbi

0.99.0版本的更改

• 包发布

msImpute

版本0.99.26的更改

• 更新msImpute文档

  版本0.99.25的更改

• 修复msImpute手册页的错误

  版本0.99.24的更改

• 修复了内部函数l2bary中的错误

  版本0.99.23的更改

• selectFeatures和msImpute现在分别使用信息论方法寻找用于MAR/MNAR诊断和最优秩估计的信息特征。

• msImpute中的lambda现在根据数据估计，使用这个收缩算子的贝叶斯解释。

• msImpute可以在三种模式下运行:“v1”是softImpute-als算法的原始实现，“v2”是本版本更新中实现的增强低秩估计，“v2- MNAR”是低秩模型对MNAR数据的适应。文档中有关于方法的更多详细信息。

  版本0.99.22的更改

• 提交给Bioconductor

MSnbase

2.15版的更改

2.15.7的变更

• 修正了一些处理报告的一致性(由@stanstrup贡献)。

2.15.6的变更

• 添加extractSpectraData函数，从MSnExp或Spectra对象中提取所有数据，作为一个DataFrame，与Spectra包一起使用。

2.15.5的变更

• combineSpectraMovingWindow获得参数ppm以允许定义m/z相对差异。

2.15.4的变更

• 增加splitByFile,OnDiskMSnExp方法，提供更有效的拆分。

2.15.3的变更

• 将Spectra类重命名为MSpectra。
• 重命名色谱仪类为MChromatograms。

2.15.2的变化

• 添加MSnbase2引用条目<2020-05-15 Fri>

2.15.1的变更

• 修正:不读取mzTab两次<2020-05-05 Tue>

2.15.0的改动

• Bioconductor开发版(bio3.12)

MSPrep

0.99.0版本变更(2020-10-02)

• 提交给Bioconductor

msPurity

1.15.1版的更改

• 更新dev以匹配master中的错误修复

  1.14.1版的更改

• rdpc算法更新(见https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/78)

• 对齐算法更新(见https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/79)

• 修复了' scan '类型的spectralMatching之前错误地输出没有匹配的问题

MSstatsConvert

0.99.0版本的更改

• 增加了日志记录工具:MSstatsLogsSettings, MSstatsSaveSesionInfo。
• 增加了导入和清洗数据的函数:MSstatsImport, msstatclean。
• 增加了预处理函数:MSstatsMakeAnnotation, MSstatsPreprocess, MSstatsBalancedDesign。

• 添加装饰图案。

  0.0.1版的更改

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package.

MSstatsPTM

0.99.0版本变更(2020-09-28)

• 提交给Bioconductor

MSstatsTMT

1.6.6版本变更(2020-10-13)

• 修复了转换器中由于分数具有相同的平均值，和和最大值的错误

• 修复了转换器中由于summaryforMultipleRows引起的错误

• 修复了OpemMS转换器中由于重复行的错误

  1.6.3版本变更(2020-06-05)

• 在注释文件中允许NA

  1.6.2版本变更(2020-06-02)

• 修复了proteinsummary()函数中的错误，并确保dataProcess的输入是data.frame

  1.6.1版本变更(2020-05-10)

• 更新groupComparisonTMT()对每个蛋白质进行预测

MSstatsTMTPTM

0.99.0版本变更(2018-09-21)

• 提交给Bioconductor

MultiAssayExperiment

1.16.0版本的更改

新功能

• 从list/ list到MultiAssayExperiment方法的强制方法现在可用。

Bug修复和小的改进

• 在mergerereplication的文档中提供更多详细信息
• 访问器函数返回值的改进文档，辅助函数示例(@llrs， #281)
• 修复了字符分析矩阵使用longFormat时的错误(@jonocarroll， #282)

multicrispr

0.99.0版本变更(2020-04-24)

• 提交给Bioconductor

multiGSEA

0.99.0版本的更改

• 软件包添加到Bioconductor

multiHiCcompare

1.7.1版本变更(2020-08-28)

• 跟踪消息

• 凹凸版

• 将R版本依赖项从3.5.0更新到4.0

• 将导出的对象添加到导致BiocCheck错误的命名空间

• 添加引用，也到README。md文件

• o添加Mikhail Dozmorov作为维护者o添加URL和BugReports字段

musicatk

0.99.10版本变更(2020-10-02)

预发布

• musicatk包的预发布版本将提交给Bioconductor

NanoMethViz

1.0.0版的更改

• 初始Bioconductor释放

NBAMSeq

1.5.1版本变更(2020-05-04)

• 更新的引用

ncRNAtools

0.99.9版本变更(2020-10-01)

• 恢复了在0.99.6中引入的更改

• Linux环境下设置SSL安全级别为1可以绕过OpenSSL 1.1.1漏洞

  0.99.6版本变更(2020-09-29)

• 将所有url更改为http，以防止由于OpenSSL 1.1.1中的一个错误而通过HTTPS访问网站时出现问题

  0.99.4版本变更(2020-09-07)

• 介绍了Bioconductor评审期间建议的更改

  0.99.0版本变更(2020-07-24)

• 提交给Bioconductor

Nebulosa

0.99.94版的更改

• 现在基于scale_color_viridis_c()的颜色比例

  版本0.99.93的更改

• 稳定版本的生物导体释放

  0.99.92版的更改

• 设置BiocCheck要求

netDx

1.1.4版的更改

变化

• 从稀疏开始，新的功能平滑交互上的突变

体细胞突变

• BiocFileCache使用情况更新

NewWave

0.99.5版本变更(2020-09-08)

• 对优化函数进行了修改，以防止在应用小批量一般分散时似然函数的降低

  0.99.0版本变更(2020-09-08)

• 提交给bioconductor

  0.2.0版本变更(2020-09-07)

• 矩阵和延迟数组框架完成运行

ngsReports

1.5.5版的更改

• 增加了importSJ用于从对齐器STAR导入SJ.out.tab文件

• 为plotSeqContent()增加了plotType = " residuals "

  1.5.4版的更改

• 允许忽略所有importnglogs函数中的basename()调用

• 将累积GC图添加到plotGcContent()作为plotType = " cdf "

• plotSeqLengthDistn()的绘图选项名称从累积更改为cdf

• 宣布弃用runFastQC()

  1.5.3版的更改

• 修复了plotOverrep的错误

Omixer

0.99版的更改

• Bioconductor的初始版本。

• 新增新闻文件。

• 在小插图中改变图像路径。

OmnipathR

1.99.0版本变更(2020-10-03)

• 新的测试
• 许多小错误修复
• 更新包元数据

• Bioconductor 3.12的制备

  1.3.4版本变更(2020-08-04)

• License和密码处理

• 可以通过选项定向到不同的服务器

  1.3.1版本变更(2020-06-05)

• 新增套餐网站。
• 修改pdf小插图为html一个。
• 主要的函数重构。
• 增加细胞间网络功能。
• 细胞间类的修饰。

OncoSimulR

2.19.2版本变更(2020-06-03)

• 更新ctb:增加了Magellan和exprTk，澄清了贡献。

  2.19.1版本变更(2020-05-05)

• @test.sample- problem偶尔失败。Windows 386中的r# 42

  2.19.0版本变更(2020-05-05)

• 碰撞版本匹配当前的Biocdevel。

onlineFDR

1.8.0版的更改

修改

• 协调算法的输入

• 添加单元测试

• 更新的作者

openCyto

3.11版的更改

增强

• 允许控制GatingTemplate #298每一步的最小事件数

错误修复

• 在.improvedMinDensity中处理更多的边缘情况

• 修正了gate_tautstring使用的密度估计

  3.10版的更改

API的变化

简单的重命名

• gate_flowClust_1d -> gate_flowClust_1d
• gate_flowClust_2d -> gate_flowClust_2d
• tautStringGate -> gate_tautstring
• templateGen -> gh_generate_template
• Add_pop_init -> gs_add_gating_method_init
• Add_pop -> gs_add_gating_method
• Remove_pop -> gs_remove_gating_method
• 得到的。helperGates -> gs_get_helpergates
• 切换。helperGates -> gt_toggle_helpergates
• 删除。helperGates -> gs_delete_helpergates
• getNodes -> gt_get_nodes
• getParent -> gt_get_parent
• getChildren -> gt_get_children
• getGate -> gt_get_gate
• 门控-> gt_门控

• registerPlugins -> register_plugins

  不再导出类和方法

• registerGatingFunction
• gtMethod
• gtPopulation
• polyFunctions
• ppMethod

错误修复

• gt_toggle_helpergates的一些小修正
• 修正gate_mindensity的" positive "参数以匹配doc

OrganismDbi

1.32.0版的更改

错误修复

• (v. 1.31.1)加载OrganismDb对象，即使不在搜索路径上。参见https://support.bioconductor.org/p/134141/

先驱者

1.7.1版的更改

• 移动到S3/S4方法以与FRASER兼容

• 由于S3/S4的变化，参数名的微小变化主要发生在ods -> object或x

• 修正:# 29

莲花

0.99版的更改

• 为准备Bioconductor提交的实质性更改，添加了与MultiAssayExperiment集成的S4类/方法/泛型

  0.1版本变更(2020-01-09)

• 初始开发版本

网页排名

0.99.0版本变更(2020-09-21)

• 提交给Bioconductor

过去的

1.4.1版本变更(2020-04-30)

• bug修复和新的最小R版本

pathview

1.29.1版的更改

• 开发版现已在GitHub: https://github.com/datapplab/pathview

• 修复geneannotation .map. r和sim.mol.data.R中关于“requireNamespace(pkg.name)”的警告。现在从org.Hs.eg.db输入“import”，而不是“suggest”。还要从AnnotationDbi导入更多的函数和类。

• 避免了class(exprs) == " data.frame "或" class()== "如果条件在多个函数中导致的潜在错误。类(exprs)现在返回一个长度为2的向量，这导致了错误。

pcaExplorer

2.16.0版的更改

其他的笔记

• 用heatmaply的功能取代了d3heatmap的依赖关系

PCAtools

2.2.0版的更改

• 增加了在双线图上叠加可变负载箭头的支持

• PC标签在三角对图中的更好定位

• 增加了环绕样本组的功能

• 增加了绘制带有置信区间的统计省略号的功能

• 用户现在可以添加图例标题，这些将被默认添加

peakPantheR

1.3.4版本变更(2020-10-23)

• 为GUI添加缺少的函数导出

  1.3.3版本变更(2020-10-11)

• 闪亮的图形用户界面

  1.3.2版本变更(2020-09-29)

• Unittest数值精度校正Ubuntu 20.04.1 LTS

  1.3.1版本变更(2020-09-21)

• 基于参考化合物的保留时间修正程序

• 指数修正高斯(EMG)峰值拟合

PepsNMR

1.7.1版本变更(2020-07-21)

错误修正

• 当原始数据类型为双时(即DTYPA==2)调试ReadFid

periodicDNA

0.3.2版的更改

• 重要的是:

• 实现了可再现性的数据原始

• 小:

• 改变了规范的xlim。在plotPeriodicityResults()中分发plot

  0.3.1版本变更(2020-05-05)

• 重要的是:

• Rollmean (k=3)现在也应用于归一化之前，对原始分布向量
• plotPeriodicityResults()输出返回单个地块(带cowplot)
• getPeriodicityTrack()现在返回Rle
• 改进的绘图功能-现在显示打乱plotPeriodicityResults()

• 增加了ggplot2主题

• 小:

• 改变了许多变量名(全部为snake_case)
• sampleGRanges现在是成熟的函数(GRanges, DNAStringSet, character和BSgenome方法)
• sampleGenome是samplegrange .character的别名
• 增加了sacCer3到getPeriodicity BSgenomes
• 增加了getPeriodicity的DNAString方法
• 增加了一个描述内部步骤的小插图
• 阐明了README中的用户级功能
• 新增ce11_tss数据
• 重命名generateperiodicitytrack为getPeriodicityTrack
• 在getFPI和getPeriodicity中重命名变量

• 创建实用工具char2BSgenome()

  0.3.0版本变更(2020-05-03)

• 添加测试
• 增加了getFPI函数
• 清理的功能
• 清除函数依赖关系
• 添加玩具数据

• 添加装饰图案

  0.2.1版本变更(2020-03-04)

• 增加Travis构建检查
• 简化README.md

PGA

1.19.1版的更改

• Set2key、set2keyv和key2。表已弃用并已被删除。

phantasus

1.9.5版的更改

• 支持预加载会话

  1.9.3版的更改

• 更改Dockerfile为nginx+rApache(默认端口更改)

PharmacoGx

2.1.12版的更改

• 增加了对新类LongTable的实验支持，用于在PharmacoSet中存储敏感性数据。
• 因为这没有经过很好的测试，所以我们没有通过downloadPSets函数更新PSets。
• 相反，我们提供了一个方便的函数convertSensitivitySlotToLongTable，它接受一个PharmacoSet对象，将@ sensitivity插槽中的数据转换为一个LongTable，并返回一个更新后的PharmacoSet对象。
• LongTable类将在未来用于允许PharmacoSet存储多种药物或细胞系的治疗反应实验，极大地扩展了可存储在PharmacoSet对象中的数据种类。
• 有关LongTable类的更多详细信息，请参阅CoreGx包中的小插图。

PhosR

0.1.5版的更改

• 对文档的重大更新和补充
• 对代码编写风格进行了重大更改，以符合BioC
• 更新TC示例数据

PhyloProfile

1.3.11版的更改

• 向parseInfoProfile()添加协同正交的筛选器数量

  1.3.10版的更改

• 计算var1和var2过滤后现有类群的百分比

• 固定过滤器时，工作与高分类级别

  1.2.8版的更改

• 增加了新的NCBI分类等级(例如生物型，隔离，病原体组，…)

• 增加了重置分类数据的功能

  1.2.7版的更改

• 用“norank”代替“clade”，解决了新的NCBI分类法等级“clade”的问题

  1.2.6版的更改

• 修正了分类单元子集的自定义配置文件不可点击的错误

  1.2.4版的更改

• 修正了检查无效分类单元id的错误

  1.2.1版的更改

• 修正了rankIndexing和processNcbiTaxonomy中的错误

• 改进了对无效输入分类单元id的检查

Pigengene

1.15.20版本变更(2020-09-28)

现有功能的更改

• 当自动计算共识函数中的阈值时，我们现在不允许它大于1以兼容bnlearn 4.6.1。

  1.15.16版本变更(2020-09-22)

现有功能的更改

• 现在可以在模块中确定模块。热图函数使用新的mes参数。

  1.15.14版本变更(2020-09-08)

错误修复

• 当doRemoveTOM=TRUE时，combine.networks现在真正删除了大的TOM文件。

  1.15.12版本变更(2020-06-22)

现有功能的更改

• 情节中的疾色论。现在可以自动设置基因功能。

错误修复

• pheatmap。现在，即使条件下的样本数量只有1,Type也可以正常工作。

pipeComp

0.99.43版本变更(2020-07-20)

• 现在有可能继续运行，尽管有错误，并扩大合并容量

  0.99.27版本变更(2020-04-29)

• scRNAseq集群管道的绘图函数(scrna_evalPlot_DR而且scrna_evalPlot_clust)已被更灵活的管道泛型函数(evalHeatmap)和特定于剪影的绘图函数(scrna_evalPlot_silh)．总的热图着色方案也被改变，使有意义的变化更清晰。

  0.99.23版本变更(2020-04-21)

• 增加了SVA-DEA管道和小插图

• 用于任何PipelineDefinition的标准化结果热图

  0.99.7版本变更(2020-04-01)

• 提交给Bioconductor

  版本0.99.3变更(2020-02-07)

• 对scRNAseq管道做了重要的修改，极大地简化了输出的格式。因此，使用旧版本的包生成的结果不再与当前版本的聚合和绘图函数兼容。

plyranges

1.9.3版的更改

• 小插图的拼写和布局修复，

• @PeteHaitch纠正了小插图中的表格布局

  1.9.2版的更改

• 较小的文档修复

  1.9.1版的更改

• Spencer Nystrom对join_nearest函数族做出了几项重要贡献:

1. join_nearest_(x, y，…，distance = TRUE)函数族现在接受一个新参数distance，它允许用户添加一个列，表示最近的范围y到x的距离。
2. add_nearest_distance_(x, y，…)函数族，它将向x ranges对象添加一个新的元数据列，该对象包含到y中最近邻居的距离。如果没有最近邻居，新列将被赋予一个缺失的值。

聚酯

版本1.99.3的更改

• 现在导出NB函数

• 注意GitHub上的1.99.3版本是Bioconductor上的1.1.0版本。

  版本1.99.2的更改

• 修复了片段生成中的错误(转录本的最后2个碱基从未测序)

POMA

版本0.99.45的更改

• 修正了PomaOutliers错误
• PomaRankProd中的新引用会有所帮助
• 修正了与一个协变量分析相关的PomaLimma和poma单变量错误

• 在PomaClust函数中增加了计算最优簇数的弯头法

  版本0.99.37的更改

• POMA已被Bioconductor接受!
• 修正PomaRankProd小错误
• 作者更新

• Bioconductor标志

  版本0.99.33的更改

• 审查过程中的所有Bioconductor问题都已得到解决

• 增加了POMA EDA小插图

  版本0.99.16的更改

• 固定的生物检查要求
• 函数中添加的示例

• Pkgdown文件从主分支删除

  0.99.0版本的更改

• POMA现已提交给Bioconductor!
• 所有实现的功能都按预期工作
• 全部测试完成
• 达到预期覆盖率(>95%)
• 第一个发行版已经准备好了小插图和文档

preciseTAD

版本0.99.6变更(2020-08-30)

• 主要简化了preciseTAD函数，许多参数保持默认值

• 主要小插图重写

• 添加pkgdown网站

• 更新描述o包的描述

• 开始跟踪新闻

  版本0.99.4变更(2020-07-14)

• 准备发布

  0.99.0版本变更(2020-06-16)

• 初始版本

高伦雅芙

0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

proDA

1.3版的更改

• 如果调用result_names()并且它们包含可能有问题的字符，则转义结果系数名称(参见问题#4)

后代

版本2020-10-14 (2020-10-14)

• 模型矩阵不能在局部环境中访问，也不能在全局环境中访问

  版本2020-09-01 (2020-09-01)

• 修正了使用带有排列的子代函数时的行名问题

  版本2020-06-09 (2020-06-09)

• 网站:谷歌Analytics

  版本2020-04-27 (2020-04-27)

• PROGENy网站开发

主要更新包括以下要点:

• 增加了包含14条路径的小鼠模型矩阵

• 人体模型矩阵扩展到14条路径

• 新增progenyPerm、progenyScatter、progenySavePlots、getModel功能

• 添加了测试和测试数据

• 增加了在单细胞RNA-seq数据上使用PROGENy的小插图

• 增加了与Seurat对象一起工作的功能

pRolocGUI

1.99版的更改

版本1.99.2的更改

• 修正了轮廓图中的警告
• 固定的色彩匹配在事实情节

版本1.99.1的更改

• 应用程序更新到新的shinydashboardPlus风格
• 选项保存为高分辨率图像的情节
• 用户设置颜色选择器用于创建图形
• 支持数据导出为csv格式
• 支持批量导入搜索
• PCA应用程序已被探索应用程序取代
• 新的聚合应用程序
• 分类应用被删除

psichomics

1.14.4版的更改

• 改进文件浏览器对话框:
• 现在正确地允许在macOS中选择单个文件
• 现在正确地允许在Windows中选择目录
• Linux下打开文件时正确设置默认位置
• 内部改进
• 数据加载:
• 提高加载压缩数据(GZ和BZ2文件)时的性能
• 在加载文件时增加可选的详细程度
• 加速加载VAST-TOOLS的包含级别
• 修复了加载VAST-TOOLS的包含级别有时会返回关于重复行名的错误
• 修复了VAST-TOOLS包含级别中缺失值的问题

• 关于加载用户提供的数据和使用命令行版本的复制编辑教程

  1.14.3版的更改

• 修复由于Ensembl API响应变化而导致的单元测试

  1.14.2版的更改

支持加载更多的数据格式

• getSplicingEventData():获取一个表，其中包含给定的备选拼接量化数据集的所有信息
• VAST-TOOLS包含水平和基因表达表:
• 导入VAST-TOOLS的输出文件(包含水平、cRPKMs和基因读计数表);在可视化界面中，使用用户提供的数据加载面板，加载特定的替代拼接量化或加载包含该文件的文件夹;在命令行界面中，使用loadLocalFiles()
• 要在命令行界面中解析vasttooltools中的拼接事件，可以使用parseSplicingEvent(" HsaEX0007927 "， data=VASTTOOLSpsi)
• 支持导入带有任意可选剪接事件标识符的包含表(这些事件的信息将不可用，例如事件类型和同源基因)
• SRA元数据:
• 自动从SRA运行选择器加载元数据(通常在名为SraRunTable.txt的文件中)，避免首先使用prepareSRAmetadata()
• GTEx数据加载(loadGtexData()):
• 支持从V8, V7, V6或V4版本加载GTEx数据
• 将GTEx数据整理到基于发布版本命名的文件夹中
• 关于加载用户提供的数据的复制编辑教程

新功能

• plotSplicingEvent ():
• 可选的拼接图现在自动呈现，而不是显示SVG代码(如果打印多个事件，将显示一个带有事件标识符和相应图的表)
• 绘制内含子保留事件图(例如通过VAST-TOOLS)
• plotLibrarySize():基因表达数据的图库大小
• 备选拼接量化过滤(可视界面):
• 新的面板允许过滤已经加载的基于事件类型、样本、PSI统计数据(如中位数、方差和范围)和同源基因的替代拼接量化(当使用用户提供的包含级别的表时，一些过滤步骤可能不可用)
• 基于单个PSI值筛选数据(在量化替代拼接时也可用)
• 根据读覆盖的质量分数过滤VAST-TOOLS事件
• 在筛选时，根据可选的拼接量化值切换特定的统计信息
• 在一个易于使用的图中预览原始和过滤的事件
• 基因表达过滤:
• 过滤时根据基因表达值切换特定统计数据(可视界面)
• filterGeneExpr()和normaliseGeneExpression()中使用的参数现在作为这些函数的属性返回
• 差异分析:
• 火山图的工具提示现在包括可选剪接事件的图表
• 基因、转录物和蛋白质注释(可视界面):
• 根据加载的数据建议基因
• 获取信息时更改物种和程序集
• 改进PubMed文章查询界面，即使改变所选基因也能保持用户输入的标签
• 提高PubMed文章结果的相关性
• 更快地计算行/列的平均值、中位数、方差和范围(有助于绘制大型数据集的统计数据)
• 包括Dockerfile来创建基于代码修订的Docker映像

Bug修复和小改动

• 进度条现在是动画在以前的版本
• 数据加载(可视化界面):
• 允许丢弃文件浏览器输入元素中的选定文件
• 当根据样本索引/标识符创建组时，建议的样本名称不仅来自样本信息，而且来自其他剪接量化和基因表达数据集
• “浏览…”按钮现在打开文件浏览器，以选择数据存储在GTEx和SRA面板中的文件夹(如预期的那样)
• 只有在任何加载的数据集中至少存在一个基因时，才预先创建基因组(基于基于文献的基因列表)
• 正确解析含有下划线的基因符号
• 修复基因表达汇总图在特定情况下不显示
• 修复了库大小图不能正常工作并导致渲染问题
• 修复了用于量化替代拼接不显示的设置
• 显示读取文件时引发的错误(例如，如果文件对于可用内存来说太大)
• 如果没有选择GTEx数据选项，则显示警报
• 显示用于从GTEx和SRA加载基因表达和替代剪接数据的文件的文件名
• 在面板界面中显示有用的上下文消息
• 改进视觉界面和少量的文案编辑
• 本地数据加载:
• 支持从GTEx V8或以前版本加载数据
• 修复在使用闪亮的1.4.0或更新版本时帮助提示的错误格式(可视界面)
• 基因表达过滤:
• 隐藏关于使用无设计矩阵的信息
• 可供选择的拼接注释:
• 如果发生超时，请尝试加载缓存的替代拼接注释
• 如果可能的话，在自定义注释中包括基因符号
• 在解析来自VAST-TOOLS、rMATS、SUPPA和MISO的注释时，考虑可能的文件名更改
• 可选剪接事件选择(可视界面):
• 在搜索事件时包括加载指示器
• 减少选择事件后执行的操作次数
• 修复了在没有选择的拼接事件时，更改到另一个拼接量化数据集时崩溃的问题
• 允许直接使用事件标识符进行搜索
• 显示事件标识符而不是更漂亮的标识符以避免混淆
• 数据分组(可视化界面):
• 简化分组选择界面
• 修复了组创建中的建议属性和索引/标识符在更改到数据集时不被清除的问题(因此显示了前一个数据集的属性/索引/标识符)
• 当没有数据创建组时显示警报
• 降维:
• performPCA()和performICA()现在直接引发错误(而不是简单地捕获和返回它们)
• PCA:加载图现在显示事件的解析信息(同源基因，事件类型和基因组位置)，如果可用的话
• PCA:在加载图中点击任何加载时，正确的拼接事件现在被选中(可视界面)
• 微分分析(可视化界面):
• 在微分表达式表的密度图中使用群色
• 修复了在同一会话中执行不同数量组的差异分析时偶尔崩溃的问题
• 火山图的提示现在正确地定位在高分辨率屏幕上
• 现在，当单击表格中的密度图或生存曲线时，将选择正确的拼接事件
• 从差异剪接结果创建组时，正确设置可选剪接事件的同源基因
• diffAnalyses():已弃用的psi参数现在被移除
• 分布图(plotDistribution()):
• 隐藏所有图系列后，隐藏Y轴(不同组的地毯图有任意的Y值，便于区分)
• 基因表达密度图的地毯图现在像预期的那样放置在X轴附近
• 相关分析(可视化界面):
• 在选择所选基因表达数据集中不可用的基因时发出警告(而不是使应用程序崩溃)
• Print()扩展以更好地显示基因列表对象的信息;如打印(getGeneList ())
• 修复安装包时的问题:
• 修复在R 4.0或更高版本中进行单元测试时的错误(默认情况下数据帧中的字符串不转换为因子)
• 修复在Windows中R CMD检查Unicode符号翻译的警告

• 修复了Rcpp函数中比较有符号整数和无符号整数的问题

  1.14.1版的更改

修复R 4.0的单元测试

PureCN

1.20.0版的更改

新功能

• 支持GATK4 genome icsdb导入，用于映射偏置计算

• 在PureCN中添加-额外肿瘤。R来provide coverage files from additional biopsies from the same patient when available

• PSCBS分割现在在偏离目标有噪声时首先识别目标断点，从而提高了目标区域的灵敏度

• runAbsoluteCN中的β -二项式模型现在在映射偏差数据库中使用拟合。我们计划在即将到来的版本中将此设置为默认值，并感谢反馈。

用户可见的重大更改

• 我们现在检查POP_AF或POPAF是否像新的Mutect2版本一样缩放为-log10。

• 增加了对GERMQ信息字段的支持，其中包含了phred缩放的种系概率。

• 更可靠地检测Mutect2 VCF

• 更新Mutect2失败标志:" strand_bias "， " slip "， " weak_evidence "， " orientation "， " haplotype "

• 从setMappingBiasVcf中删除了失效的normal.panel.vcf.file

• 从segmentationPSCBS, segmentationCBS和processMultipleSamples中删除了失效的interval.weight.file

• 使calculateIntervalWeights失效

• 将calculateMappingBiasVcf/Gatk4中的min.normals默认值从2更改为1

• 更改-signature_databases的默认值为" signatures.exome. cosmos .v3 "。2019年5月”(v3代替v2)

• 现在警告如果推荐的-funsegmentation没有被使用

• 增加了callAmplificationsInLowPurity的并行选项

• 当callable没有提供时，callMutationBurden现在使用所有非过滤的目标作为可调用区域

• 染色体模式下的plotab现在显示更大范围的log2比率(使检查异常值成为可能)

• 移动VCF .field.prefix从predictSomatic到runAbsoluteCN，因为它现在添加了更多的字段，如先前的躯体和映射偏差到VCF

• 将runAbsoluteCN min.ploidy的默认值更改为1.4

修正

• 修复了当log-ratio包含高度负异常值时CNVkit输入崩溃的问题

• 修复了preprocessinterval /IntervalFile中的错误。R当在put contained overlapping and stranded intervals

• 修复了当gc修正试图在空覆盖时崩溃的问题(例如没有任何脱靶读取的脱靶区域)

• 修复了当VCF FA字段包含缺失值时崩溃的问题

• 修复了在amplificationsinlowpurity中可能导致错误染色体百分位数的错误

QFeatures

0.99版的更改

QFeatures 0.99.4

• 修正:改进的nNA与新的实现和额外的单元测试<2020-10-23周五>

QFeatures 0.99.3

• 新特性:longFormat函数返回一个长DataFrame，其中包含定量数据和元数据(见#116)<2020-10-8 Thu>
• 新特性:rowData方法返回一个包含所有测试的rowData的列表(见#86)<2020-09-16 Wed>
• 读取单列分析时保持colnames(见#108)<2020-09-09 Wed>

QFeatures 0.99.2

• infIsNA补充道。
• 添加Christophe Vanderaa作为作者。

QFeatures 0.99.1

• Bioconductor评审(详情见提交问题)。

QFeatures 0.99.0

• Bioconductor提交

qPLEXanalyzer

1.7.3版的更改

• 将corrPlot中的比例限制固定为c(0,1)

• 修复了控制列未被移除时回归强度的错误

  1.7.1版的更改

• 将Vignette更改为HTML

• 添加textsize参数到corrPlot

• 允许在缩放规范化中缺失值

QuasR

1.30.0版本的更改

新功能

• 为qProfile添加了binSize参数

RadioGx

1.0.1版的更改

• 将RadioGx的进一步功能抽象到CoreGx依赖包中

• 协调功能和API设计，以符合PharmacoGx R包

  1.0.0版的更改

• 在CRAN上存档的RadioGx提交给Bioconductor
• 分子剖面数据已从ExpressionSet迁移到summarizeexperiment，以允许合并多个分析以及符合Bioconductor最佳实践
• 写了一个小插图来强调包的简单用法

RaggedExperiment

1.14.0版本的更改

Bug修复和小的改进

• 更新包以更改MatrixGenerics (rowRanges泛型的新位置)

randRotation

1.1.1版本变更(2020-09-23)

• 函数对比度模型()添加到支持对比度旋转

• 小插图扩展

• 弃用函数df_estimate()

rBiopaxParser

2.29.1版的更改

• 删除了从nem包导入的传递还原功能(从Bioconductor中删除)。

RCy3

2.10.0版本的更改

• 新功能:
  • getCurrentStyle, # 15
• 添加系统。睡到马车CyREST步骤…
  • createNetworkFromDataFrames, # 98
  • importNetworkFromFile
  • importNetworkFromNDEx
  • exportNetworkToNDEx
  • updateNetworkInNDEx
  • importFilters
  • 创建* * *过滤器
  • applyFilter
  • updateStyleMapping
  • setVisualPropertyDefault

• 重构getNetworkViewSuid

• 在.cyError中处理特殊404情况

• Bug修复#94:增加基数。url参数

• 修改了错误处理和消息传递

ReactomeGSA

1.3.6版本变更(2020-09-01)

• 改进了singlecel实验对象的analyse_sc_clusters，以使用因子和指定元数据字段的单个字符串定义单元格分组。

  1.3.4版本变更(2020-09-01)

• 修复了处理singlecel实验对象时analyse_sc_clusters中的错误。

  1.3.3版本变更(2020-05-26)

• 更新的文档

  1.3.2版本变更(2020-05-26)

• 增加了旧Windows系统上SEC_E_ILLEGAL_MESSAGE错误的解决方法。

  1.3.1版本变更(2020-04-29)

• 增加了在plot_correlation中隐藏非显著路径的选项

reconsi

1.1.2版的更改

• 恢复到非参数空估计

• 随机换行默认情况下recsi()是关闭的，但testDAA()是打开的

  1.1.1版的更改

• 将“permZvals”参数重命名为“resamZvals”，这样更准确
• 允许提供pi0而不是估计
• 实现的返回参数

recount3

0.99.0版本的更改

新功能

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package.
• 文档网站现在可在http://LieberInstitute.github.io/recount3/。它使用GitHub Actions和pkgdown在主分支(bioc-devel)上的每次提交都会更新。

recountmethylation

0.99.0版本的更改

• 增加了用于数据库文件下载和加载的getdb函数

• 增加了servermatrix函数来获取最新的数据库文件元数据

• 增加了用户指南和数据分析小插图

• 增加元数据和数据分析。RData到/inst/extdata

  版本0.01的变化

• 增加键查询/访问功能。

• 增加包小插图。

收回

1.17.1版本变更(2020-05-03)

新功能

• 基于SQLite数据库的新注释。必须重新构建，否则应用程序将崩溃。下载一个现成的注释也可以(见小插图)。

• 更多支持的基因组

• 基于RPM而不是覆盖的快速、高级概要

• 速度和代码改进

错误修复

• 修正了在请求分块时多次运行相同操作的错误。

RegEnrich

版本0.99.19的更改

• 修复. regsea函数中的错误。

  版本0.99.18的更改

• 将R版本依赖项更新到4.0.0。

  版本0.99.17的更改

• 修复regenrich_diffExpr函数的bug。
• 为%>%添加一个示例。

• 使用Authors@R [cre]标识。

  版本0.99.16的更改

• 进口magrittr

  版本0.99.15的更改

• 修复regenrich_rankScore函数中的错误。

• 再出口管道%>%。

  版本0.99.14的更改

• 添加\donttest标签。
• 优化COEN功能。

• 将pickSoftThreshold2函数中的bplapply替换为lapply。

  版本0.99.13的更改

• 修复Windows下plotSoftPower的bug。
• 隐藏COEN和GRN函数的文档。

• 从导入中删除dopar列包。

  版本0.99.12的更改

• 删除. rpoj文件。

  版本0.99.11的更改

• 从所有示例中删除\dontrun标记。
• 从DESCRIPTION中删除lazyData: true。
• 使用BiocStyle格式化小插图。
• 用NEWS替换NEWS文件。md文件来track changes to the package.
• import中的一些包被移动到DESCRIPTION文件中的Depends中。
• DeaSet类继承了summarizeexperimental类。
• RegenrichSet类继承了DeaSet类。
• TopNetwork类继承BiocSet类。
• 充实对象的topResult和allResult槽是tibble而不是数据帧。
• Score类继承tibble。

• 优化了DeaSet、TopNetwork、Enrich、Score和RegenrichSet对象的显示方法。

  0.99.1版的更改

• 提交给Bioconductor。

regionReport

1.23.2版的更改

用户可见的重大更改

• 不再建议使用DESeq，因为这个包已弃用。

regutools

1.1.3版的更改

用户可见的重大更改

• 引文包文件已经更新，在正则工具上的在线论文可以在https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btaa575/5861528上获得，DOI 10.1093/bioinformatics/btaa575和PMID: 32573705。

文档更新

• 包含了Roxygen版本更新，并在新的Roxygen版本下构建了文档。

  1.1.1版的更改

用户可见的重大更改

• 包CITATION文件已经更新，在regultools上的预打印可以在https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.29.068551v1上获得，DOI为https://doi.org/10.1101/2020.04.29.068551。

ResidualMatrix

1.0.0版的更改

• 新包ResidualMatrix，包含从BiocSingular迁移来的ResidualMatrix类。

rfaRm

1.1.10版本变更(2020-10-13)

• 在rfamSequenceSearch文档的输出列表中添加缺失项(alignmentEndPositionQuery)

  1.1.9版本变更(2020-10-13)

• 修正了导致长度超过10000个碱基的序列搜索崩溃的错误

  1.1.6版本变更(2020-10-01)

• Linux环境下设置SSL安全级别为1可以绕过OpenSSL 1.1.1漏洞

  1.1.5版本变更(2020-09-30)

• 恢复1.1.4中引入的更改

  1.1.4版本变更(2020-09-29)

• 将所有url更改为http，以防止由于OpenSSL 1.1.1中的一个错误而通过HTTPS访问网站时出现问题

  1.1.3版本变更(2020-07-18)

• 修复了在应用家族竞争过滤器时导致序列搜索崩溃的错误，并且在一些Rfam家族中没有找到相关的家族

  1.1.2版本变更(2020-07-15)

• 修正了在使用部落竞争过滤器和在-链中发现匹配时导致序列搜索崩溃的错误

  1.1.1版本变更(2020-07-08)

• 增加了通过宗族竞争筛选序列搜索命中的可能性

• 大于10000个核苷酸的序列现在可以作为基于序列的Rfam数据库搜索的输入

rGREAT

1.21.1版的更改

• parseRegionGeneAssociationFile():解析也考虑没有符号的位置。

rgsepd

1.21版的更改

• 把一些小于号改成小于等于号，以确保得到结果。

• 计划重构以处理其他基因ID系统和示例数据集。没有完成

rhdf5

2.34.0版的更改

新功能

• 增加了对Amazon S3桶中文件的读访问支持(目前仅在非windows平台上可用)。

• 包括rhdf5过滤器中动态压缩过滤器的读写支持。

变化

• 所有用h5write()写入的数据集现在都有属性rhdf5-NA。OK加进去。这用于表明rhdf5被用于创建文件，并且用户不需要被告知特定的值将映射到R中的NA。

错误修复

• 修正了H5Dget_storage_size()中调用错误C函数的错误。

• 逻辑数据类型中的NA值现在在写入和读回R (https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/58)时被保留。

• 修正了试图写入只包含空字符串的向量时的错误(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/60)。

• H5ls()和h5dump()在给出包含递归或复制组的文件(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/48)时不再崩溃。

• 读取至少有一个8位整数字段的复合数据集现在可以工作了(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/71)。

• 修正了当写入包含一列原始值的data.frame时的问题。在创建复合数据集时省略了这些列。

• 在读取Enum类型时及早修补UNPROTECT()，可能导致分段错误(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/73)

rhdf5filters

1.2.0版的更改

错误修复

• 现在将rcmd配置LDFLAGS传递给编译的b3c过滤器。

ribosomeProfilingQC

1.1.6版的更改

• 修复了读取宽度的shiftReads和seqlevels的readsEndPlot中的问题。

  1.1.5版的更改

• 更新有关R版本需求的文档。

  1.1.4版的更改

• 更新的作者。

  1.1.3版的更改

• 修复了“qnarrow后雪茄为空”的错误。

  1.1.2版的更改

• 更新小插图以修复错别字。

• 更新plotTranscript，以提供更多信息的警告信息。

  1.1.1版的更改

• 通过添加背景颜色来更新小插图，以便更好地理解管道。

RNAAgeCalc

1.1.2版本变更(2020-09-20)

• 增加引用和自述

  1.1.1版本变更(2020-06-24)

• 将整个包中的“DESeq”替换为“DESeq2”

rnaEditr

0.99.1版的更改

2020-10-01

rnaEditr补充道。Rproj into .gitignore to fix the building error.

0.99.0版本的更改

2020-09-22

我们计划在本周五之前提交给Bioconductor，这里是我们解决BiocCheck()错误、警告和注释的gitlab问题的链接:https://gitlab.com/Jennyzly2016/rnaEditr/-/issues/64

RNAmodR

1.3.5版本变更(2020-08-30)

• 修正了GRangesList作为注释数据的错误。只允许不重叠的元素

  1.3.1版本变更(2020-04-29)

• 增加了统计功能，以访问用于分析的读取数量的详细信息

RnaSeqSampleSize

1.99.2版本变更(2020-10-22)

错误修复

• 更改代码，使包通过r4.0.3的所有rmd检查

RnBeads

2.7.1版的更改

• 增加了RnBeadRawSet到RGChannelSet的转换

的方式

2.17版的更改

2.17.4版的更改

• 修复失败单元测试<2020-08-26 Wed>

2.17.3版的更改

• 修复失败的单元测试(匹配的错误消息已更改)<2020-07-01 Wed>

2.17.2版的更改

• 修复失败的单元测试(术语已更改)<2020-06-09周二>

2.17.1版的更改

• 修复失败单元测试(GO描述更改)<2020-05-01周五>

2.17.0版的更改

• Bioconductor开发版(bio3.12)

ROSeq

1.99.01版的更改

• 没有bug，但是从man文件夹中删除了额外的文件

  1.1.12版本变更

• 更新的小插图和自述文件和例子在主文件
• 出版物(可在BioRxiv上预印本):已添加

rrvgo

1.1.3版的更改

• 当没有提供分数时警告用户，从而回落到术语的大小作为分数来排名术语

  1.1.2版的更改

• 修复可能会破坏的bugreduceSimMatrix ()当不提供分数时

rScudo

1.5.1版的更改

用户可见更改

• 更新的引用

• 如果表达式数据中有重复的示例名称，则返回错误

rsem

0.99.0版本的更改

• Bioconductor的初始版本

Rsubread

2.4.0版本的更改

• featurerts()中的' isPairedEnd '参数现在用于检查输入读取的类型(成对端还是单端)是否正确指定。

• 在featurets中添加了一个新的参数' countReadPairs '，以指定是否应该为成对的端读数据统计读对。

• 更改cellCounts()函数的输入参数和输出。CellCounts将根据用户提供的样本索引集名称，为包含在scRNA-seq数据中的样本生成一个Sample Sheet。cellCounts()返回的List对象的结构也被简化了。cellCounts()现在还输出一个BAM文件和一个gzip的FASTQ文件，其中包括每个示例的原始读取。

RTCA

版本2009-07-13的更改

• combineRTCA(list):附加列重命名为Plate。根据列表项名称计算值。当列表没有名称时，将使用从1开始的整数索引。在文档中特别注意部分带有名称的列表。

• parseRTCA(文件,12月= "。，phenoData, skipWell，…):文档中新增导入预配置的表型数据示例。文档中的详细信息部分被重新编写，以描述解析过程。

• RTCA-class:添加到RTCA类的实验ID

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务，如检查和安装

• plotGridEffect:接受' column '而不是' col '作为模式参数，并将模式作为图例的标题呈现。文档更新。

• plotRTCA:从包中删除，由plot函数代替。

RTCGAToolbox

2.20.0版的更改

新功能

• 将RNASeq2Gene插槽添加到FirehoseData类中。该数据类型主要从管道中获取RNASeq v2 raw_counts (scaled_estimates也可用;@mherberg # 39)
• 增加了一个从getFirehoseData获取的accmini示例数据集
• getLinks函数根据请求的数据向用户显示一些文件来源
• 新弃用的函数:getDiffExpressedGenes, getCNGECorrelation, getSurvival和getReport。对于维护者来说，以对用户有利的方式更新这些函数已经不可能了。将需要将责任转移，即转移到另一个一揽子计划。
• 更新小插图以反映代码库中的更改。

Bug修复和小的改进

• 改进了将表格数据转换为Bioconductor类的内部函数
• 缺失(NA)序列名被删除时转换为raggeexperiment
• 从GitHub中删除静态文件依赖项，并在函数中使用文本(@DavisWeaver， #34)
• 为帮助器添加了用于制作summarizeexperiment数据集的默认值
• 将样本名称强制转换为字符(在极少数情况下)，当它们是数字时
• 为biocExtract添加了省略号参数，用于指定名称。字段，该字段将对应于summarizeexperiment的行名

Rtpca

版本0.99.2变更(2020-06-05)

• 提交给Bioconductor

rWikiPathways

1.10.0版本的更改

• 已经getColoredPathway

• 文档修复:示例修复和样本gmt包括

  1.8.5版的更改

• 文档修正:增加了对clusterProfiler的引用

  1.8.4版的更改

• 文档修复:固定的路径分析小插图

  1.8.3版的更改

• Bug修复:GMT解析#16

  1.8.2版的更改

• 文档修复:小插图与BridgeDbR

• Bug修复:修复了rjson替换

S4Vectors

0.28.0版本的更改

用户可见的重大更改

• 用RectangularData类替换了DataTable类。

• 将DataTable_OR_NULL替换为DataFrame_OR_NULL类。

• 为Vector衍生物添加parallel_slot_names()泛型和方法。这将取代vertical_slot_names()。“垂直”和“水平”槽的概念现在只是一个矩形数据的概念，即只有矩形数据的衍生物应该定义vertical_slot_names()和horizontal_slot_names()方法。对于同时也是Vector衍生物的RectangularData衍生物，两个方法之一通常应该定义为parallel_slot_names()的同义词。例如，horizontal_slot_names()现在在DataFrame派生上返回parallel_slot_names()， vertical_slot_names()将在summarizeexperiment派生上返回parallel_slot_names()。

• makeclassinfowforcompactprinting()现在被导出。

• showAsCell()现在修剪> 22个字符的字符串。

• Rle对象的show()方法的小调整。现在它使用showAsCell()而不是as.character()来更紧凑地显示Rle对象的运行值，并与其他show()方法保持一致(例如与DataFrame对象的方法)。

已弃用且已失效

• parallelSlotNames()现在已失效(在BioC 3.11中已弃用)。

错误修复

• 修复从SimpleList到DataFrame的强制。

• 修复了普通数据帧上showAsCell()的错误。

• 确保showAsCell()工作在一个不可子类对象列表上。

SAIGEgds

1.3.3版的更改

• 基于设定的测试:负担，ACAT-V

  1.2.2版的更改

• 更新引文

• 围绕gcc-10工作

sangeranalyseR

0.99.1版的更改

• 基类:SangerReads用于存储每个正向/反向读取。

  0.1.0版的更改

• 项目开始。

SCATE

1.0.0版的更改

• 提交给Bioconductor

scCB2

版本0.99.31的更改

• 增加了额外的过滤谷仓场数据(多个物种的混合物)。

  版本0.99.30的更改

• 在测试步骤中增加了顶级基因数量的阈值。这避免了超高维数据集中大量的假阳性，例如10倍的谷仓场数据。

  版本0.99.29的更改

• 更新了稀疏矩阵Pearson相关计算函数。新功能更加精确。

  版本0.99.25的更改

• 将R依赖项更改为4.0.0。

  版本0.99.24的更改

• 移除了在小插图直接下载文件，以加快建设。
• 更改R依赖项，以便可以在较旧的R版本中构建包。

• 更改小插图标题以匹配引用。

  版本0.99.23的更改

• 对README.md进行少量编辑

  版本0.99.22的更改

• 收到Bioconductor审稿人的评论。
• 移动BiocStyle从导入:建议:。
• 修改后的小插曲。删除GitHub安装说明。
• 修改Ncores的默认值为2。

• 将CB2FindCell的输出更改为summarizeexperiment对象。相应地改变了GetCellMat。更改了示例并相应地进行测试。

  版本0.99.21的更改

• 更新测试脚本。

• Read10xRaw.R中的小错误修复。补充道。numeric when building sparse matrix.

  版本0.99.20的更改

• 更新的引用。

  版本0.99.19的更改

• 对包装小插图的小编辑。欧洲杯2021体育彩票

  版本0.99.18的更改

• 小错误修复。

• 对包装小插图的小编辑。欧洲杯2021体育彩票

  版本0.99.17的更改

• 初始版本准备提交给Bioconductor。

  版本0.99.16的更改

• 将函数名Read10X修改为Read10xRaw, Read10Xh5修改为Read10xRawH5。
• 将参数名称PrintProg更改为verbose。
• 函数GetCellMat的参数描述有小幅修改。

• 增加了一个快速函数QuickCB2，将所有必要的函数组合成一个。输入:原始数据目录。输出:过滤后的矩阵，或包含过滤后矩阵的Seurat对象。

  版本0.99.15的更改

• 当条码计数相近时，如果最后一组条码数小于后一组条码数的一半，则最后一组将与后一组合并。

  版本0.99.14的更改

• 参数名称修改为与文中一致:retain -> upper。Background -> lower。

  版本0.99.13的更改

• 整数基线阈值。
• 小插图的小改动。

• 当保留阈值大于任何条形码时修复错误。

  版本0.99.12的更改

• 小插图的小改动。

• 输出基线(2 *背景)聚类阈值。

  版本0.99.11的更改

• 定制膝点计算功能。
• CB2FindCell将在标准输出中打印保留阈值。

• 修复了没有集群时的小错误。

  0.99.0版本的更改

• 创建初始的github页面。
• 创建包。
• 创建的小插曲。
• 已检查包…通过R CMD检查和BiocCheck。
• 准备提交给Bioconductor。

scDataviz

1.0.0版的更改

• 提交给Bioconductor

scDblFinder

1.3.25版本变更(2020-10-26)

• scDblFinder在速度、健壮性和准确性方面有重要的改进

• 除了双重调用之外，scDblFinder还报告双重的假定起源(集群的组合)

  1.3.19版本变更(2020-08-06)

• scDblFinder现在托管以前的双态检测方法的一部分食物

scDD

1.13.1版本变更(2020-08-17)

• 当测试0的比例差异时，如果贝叶斯逻辑回归对给定基因未能收敛(例如，如果条件之间存在完美分离)，则将返回NA(而不是抛出错误)。

短链脂肪酸

0.99.0版本变更(2020-08-13)

• 提交给Bioconductor

scp

0.99版的更改

scp 0.99.4

• 更新安装说明<2020-10-14星期三>

scp 0.99.3

• 修复:解决了“无效的子集”问题<2020-10-14星期三>
• 调整小插图，以删除警告和修复缺失的PCA图。< 2020-10-14 >结婚
• 自述文件。Md:扩展了安装指南，提供了稳定和devel的安装。< 2020-10-13 >星期二
• 从DESCRIPTION文件中移除LazyLoad，并将数据加载(例如data(scp1)调整为data(" scp1 ")) <2020-10-13 Tue>
• 文档:增加了3个示例数据集的数据收集描述<2020-10-13 Tue>

scp 0.99.2

• 修复:computeFDR可以处理缺失的值(见问题#12)<2020-10-02周五>

scp 0.99.1

• 维护者订阅了bioc-devel邮件列表
• 从isna中移除，实现被移动到QFeatures包中

scp 0.99.0

• Bioconductor提交

scPCA

1.3.10版本变更(2020-10-16)

• 执行Aaron Lun提出的改进建议

  1.3.9版本变更(2020-10-12)

• scPCA现在接受DelayedMatrix对象作为目标和后台数据集。

  1.3.8版本变更(2020-09-01)

• 小错误修复

  1.3.6版本变更(2020-08-30)

• 修正了当只提供一个惩罚和对比项时需要n_centers的问题

• 用户现在可以将因子和字符向量传递给群集参数。

  1.3.5版本变更(2020-08-18)

• 固定的引用文件
• 当RSpectra::eigs_sym失败时，提供了更详细的警告

• 在scPCA中包含参数来控制RSpectra::eigs_sym收敛:容错和最大迭代次数

  1.3.4版本变更(2020-08-12)

• RSpectra::eigs_sym取代了对base:: eigs_sym的调用，以加速对比协方差矩阵的特征分解。现在，当只想计算几个主要的对比主成分时，cPCA的执行速度要快得多。
• 用coop::covar取代了对stats::cov的调用，以加速大样本协方差矩阵的计算。

• 在未来的更新中，我们将探索使用DelayedArray框架来支持更大数据集的分析。

  1.3.3版本变更(2020-08-08)

• 当反差参数的长度为1且惩罚项设置为0时，n_centers参数不再重要。

• 用户现在可以传入他们自己的集群标签

  1.3.2版本变更(2020-08-05)

• 更新了scPCA函数文档
• 纠正了脱皮错误

食物

1.18.0版本的更改

• 已弃用coassignProbs()，因为它被bluster::pairwiseRand()所取代。

• 已弃用boostrapCluster()，因为它已被bluster::bootstrapStability()取代。

• 已弃用的gene.names=在各种成对的*函数中，因为超出了作用域。

• 增加了testLinearModel()函数来从线性模型中获得推论。

• 修改pseudoBulkDGE()以在design=参数中使用公式/函数。允许对比度=作为一个字符向量，通过makeContrasts()运行。

• 增加了pseudoBulkSpecific()函数，用于在伪批量分析中测试半标签特异性的deg。

• 增加了summaryMarkerStats()函数来计算一些用于标记筛选的基本摘要统计信息。

• 行修改。findMarkers()中的data=支持列表输入。增加了一个add.summary=选项，方便地包含摘要信息。

• 修改了combineVar()和combineCV2()以支持列表输入。

• 已弃用doubletCells()，因为它已被scDblFinder::computeDoubletDensity()取代。

• 已弃用doubletCluster()，因为它已被scDblFinder::findDoubletClusters()取代。

• 已弃用doublerecovery()，因为它已被scDblFinder::recoverDoublets()取代。

• 对modelGeneVar()、modelGeneCV2()及相关函数增加了稀疏优化方差计算，由于数值精度的原因，结果可能会有轻微的变化。

• 导出combineBlocks()，以帮助组合其他包中的块统计信息。

• 增加了lowess=和density。weights=选项fitTrendVar()挽救过拟合曲线。

• 在矩阵和技术统计数据不匹配时，在denoisePCA()中引发了一个错误。

scRepertoire

1.2.3版的更改

• 更改样本数据到github的访问权限。我o repo: readRDS(url(“https://ncborcherding.github.io/vignettes/scRepertoire_example.rds”))

  1.2.2版的更改

• 移除基于startrac的功能，以便在Bioconductor上传递构建。已弃用且已失效

• 反对StartracDiversity ()

  1.2.0版的更改

提交

• 第一个版本的scRepertoire提交给Bioconductor。

用户可见的重大更改

• 增加了对SingleCellExperiement格式的支持。

已弃用且已失效

• 弃用组合eseurat赞成或combineExpression()。

• 弃用seurat2List，改用expression2List()。

  版本0.99.18的更改

• 更新了插图中的作者信息

  版本0.99.17的更改

• 更新新闻格式

• 编辑描述到singlecelexperimentr包

• 小插图中的更新信息

  版本0.99.16的更改

• 添加getCirclize ()

  版本0.99.15的更改

• 指数函数的修正分子

  版本0.99.14的更改

• 从索引函数中移除括号

  版本0.99.13的更改

• 添加exportTable到其余的viz函数

• 修改森下索引以纠正错误

  版本0.99.12的更改

• 减小screp_example的大小以满足< 5 mB的要求。从Seurat对象中随机抽取100个细胞并去除RNA计数

  版本0.99.11的更改

• 更新compareClonotype以允许克隆型比较

  0.99.10版的更改

• Bioconductor没有检测到版本更新。

  版本0.99.9的更改

• Bioconductor没有爱-将Seurat包更改为导入而不是必需的，看看这是否会解决导致killed: 9错误的编译问题。

  0.99.8版的更改

• 通过系统检查，看看生物导体有多讨厌它

  版本0.99.7的更改

• 但实际上，这次改变了colData导入

  版本0.99.6的更改

• 更改colData导入

  版本0.99.5的更改

• 向包中添加了screp_example数据

• 增加visVgene功能，可视化V基因在TCR中的分布

• 增加了单镜头对combineExpression函数的支持

• 更新了combineTCR()和combineBCR()的文档

• 更新文档以利用singlecel实验格式

• 更新Vignette以利用singlecel实验格式

• 为小插图添加了作者信息

• 添加介绍和结论小插图

• 删除html针织小插图

• 移除描述性代码片段

  版本0.99.4的更改

• 修改expression2List()以允许跨元数据的变量

  0.99.1版的更改

• 将R(>= 3.6)更改为R (>= 4.0)

  0.99.0版本的更改

• DESCRIPTION版本更改为0.99.0

• 删除文件seurat_example。Rda，不小心犯了错

• 删除git属性

• 减少Seurat对象大小冲积alloontype在小插图

• 改变冲积体克隆型评估，只考虑1个条件

scTensor

2.0.0版的更改

• 扩展到使用版本2.0.0的lrbase . xxx . e.g. .db-type包

• 省略输入enter键多次执行示例(' cellCellReport ')

• lr。在cellCellRanks()和cellCellDecomp()中增加了evidence选项，以选择配体-受体数据库构建CCI-tensor(参见证据代码:https://github.com/rikenbit/lrbase-workflow)

• L-R证据被嵌入到HTML报告中。

• 在. hyperlinks中修复了与超链接相关的错误。

• 自动库安装/加载MeSH.XXX.eg.db。注意，该函数基于lrbase . xxx . gg .db sqlite3文件中METATDATA表中嵌入的NCBI Taxonomy ID。

• cellCellSetting的参数顺序更改为cellCellSetting(sce, lrbase, label, lr. set)。evidence= " all "， color=NULL)， color参数改为可选参数。如果没有指定，将自动选择颜色。

• 在cellCellSetting中修改了指定celltype标签的方式。

• 小插图被修改了。

• 不建议使用convertNCBIGeneID。可以使用与scTGIF::convertRowID相同的功能。

  1.4.1-3版的更改

• 修复了. cellcelldecomm . halpern()中的一个错误

scTGIF

1.2.1版的更改

• 在convertRowID()中修复了一个错误。

天窗

1.0.0版的更改

• 通过从scater迁移所有非可视化代码来分离scater和scater。

• 开始从最初的蛇形大小写格式过渡到以点分隔的参数名。

• 增加了一个geometricSizeFactors()函数，废弃了librarySizeFactors()中的geometric=TRUE。

• downsamplebatch()中的单对象下行采样现在与多对象下行采样更加一致。

SDAMS

1.9.2版的更改

• 更新参考手册中单单元数据的描述。

  1.9.1版的更改

• 为单单元数据添加示例。

semisup

1.14.0版本变更(2020-05-05)

• 更新的文档

SeqArray

1.29.2版的更改

公用事业公司

• 中使用未排序索引时显示警告seqSetFilter ()

• 显示一条消息，如果seqVCF_Header ()失败

• 一个新的选项' chr_prefix 'seqGDS2VCF ()

错误修复

• seqVCF_Header ()修复了VCF头中有不同字段时' contig '的问题

  1.28.1版的更改

错误修复

• seqRecompress (verbose = FALSE)工作正常

• seqSetFilter (action =“推+组”)在设置新的过滤器之前不应该重置过滤器吗

SeqGate

版本0.99.3变更(2020-09-18)

• 更新了关于总结实验的小插图和文档

• 更新了关于summarizeexperiment的NAMESPACE

  0.99.2版本变更(2020-09-08)

• 更改代码以将summarizeexperiment对象作为输入和输出

• 更改了此新代码的测试

  0.99.1版本变更(2020-09-01)

• DESCRIPTION文件中增加BugReports字段

• 修正了checkforcopies函数名中的拼写错误

• 将cat替换为消息、警告或停止

• 在消息中抑制不适当的关键字(例如，ERROR, WARNING)

• 在测试中用生成的数据集替换外部数据集

• 在测试中抑制rm(list=list())

  0.99.0版本变更(2020-07-09)

• 提交给Bioconductor

seqLogo

1.55.2版的更改

新功能

• 增加了访问功能，以访问pwm, ic和共识

• 增加了指定颜色的可能性(通过设置填充)

• 增加了对RNA标志的支持

错误修复

• 取代类语句与是(…，"class")

SeqVarTools

1.27.1版的更改

• 为方法添加parallel参数。

sevenbridges

1.19.2版的更改

改进

• 传递包维护权。

  1.19.1版的更改

错误修复

• 修复了运行任务时JSON无效的API问题。
• 修正了自R 4.0.0以来绑定数据帧时列类不匹配的问题。

改进

• 尽可能使用data.table::rbindlist()来提高数据帧绑定性能。

SharedObject

1.3.18版的更改

• 使包函数过程安全

  1.3.8版的更改

• 支持复杂的

• 支持pairlist

• 尽可能使用memcpy来复制数据

  1.3.7版的更改

• 修改is的参数。共享功能

• mustWork = FALSE默认情况下，共享不可共享对象时不会给出错误

• 支持环境对象

  1.3.6版的更改

• 支持S4对象

• 新的分配方法(签名“ANY”)为共享，取消共享和是。共享功能

ShortRead

1.48版的更改

新功能

• (v 1.47.1)countFastq ()统计一个或多个fastq文件中的记录数量、核苷酸和质量分数。

signatureSearch

1.2.4版本变更(2020-08-14)

• 支持从评分矩阵定义基因集数据库，通过设置更高，更低，以及padj截断gCMAP和Fisher GESS方法

  1.2.2版本变更(2020-07-11)

• 支持将gmt文件转换为HDF5文件(01矩阵)作为gCMAP和Fisher GESS方法的基因集参考数据库

simplifyEnrichment

版本0.99.5的更改

• 在聚类中，当簇的大小仅为1时考虑。

• 添加partition_by_kmeanspp ()．

• 上校可以设置为矢量颜色。

  版本0.99.4的更改

• 支持更多的本体。

• 支持通过基因重叠计算相似矩阵。

• 节点分区乐趣更改为PAM

SingleCellExperiment

1.12.0版本的更改

• 添加了row子集()函数作为行子集的标准位置。

• 增加了colPairs()和rowPairs()来存储成对的信息(例如，用于图)。

• 增加了S4Vectors兼容性的方法规范。

singleCellTK

2.0.0版本变更(2020-10-16)

• 增加了质量控制(空液滴检测，双态检测等)功能

• 能够从不同的预处理工具导入数据

• 能够将singlecel实验对象导出为不同的文件类型(平面文件，Python anndata)

• 增加了数据可视化的功能

• UI中的新CellViewer功能

• 差异表达的改进，现在包括DESeq2, limma, ANOVA

• 集成Seurat工作流

单

1.4.0版本的更改

• 将所有数据集getter函数迁移到celldex包。

• 精简小插图指向的书。

• 为trainSingleR()和SingleR()添加了一个restrict=参数，以方便地限制到一个特性子集。

• 弃用SingleR()中的method=参数。

• 在所有函数的ref=或test=中防止意外的data.frames。

sitePath

1.5.25版本的更改

• 错误修正:使用' geom_point2 '而不是' geom_tippoint '来避免错误。

  1.5.24版的更改

• 为DNA和氨基酸添加序列类型选项。

• 弃用' multiFixationSites '函数。

• 使用' y '参数作为' plot中的突变标签选项。sitePath”功能。

• ' lineagePath '函数中使用的更精细的谱系解析方法。

  1.5.23版本的更改

• 创建“groupTips”函数来替换“as”。列表' fixationSites '和' fixationPath '对象的函数。

• 创建“sitesMinEntropy”函数来输出熵最小化的原始结果。

• 为其返回对象创建' parallelSites '函数和其他函数，如' plotSingleSite '和' as.data.frame '

  1.5.22版的更改

• 修复打印“phymsammatched”对象时缺少换行的问题。

• 创建“as.list。fixationSites’用于检索分组提示。

• 删除' as.data.frame.fixationSites '中的' tipname '选项。

  1.5.21版的更改

• 修复了一些极端情况下错误的组名。

• ' plotSingleSite '使用' ggtree '。

  1.5.20版的更改

• 进一步修复' fixationSites '中的合并问题。

  1.5.19版的更改

• 加快“SNPsites”。

  1.5.18版本的更改

• 系统发生树和力分岔检查。

• 修复“fixationSites”中的路径合并问题。

  1.5.17版本的更改

• 从“ggplot2”导入“aes”和“theme”。

  1.5.16版本的更改

• 允许关闭' plot '的突变标签。fixationSites的集群名称的while图例成为强制性的。

• 从“ggplot2”导入“scale_color_manual”。

• 更新装饰图案。

  1.5.15版本的更改

• 错误修复:NA在集群名称。

  1.5.14版的更改

• 添加”。“fixationSites”的treedata函数。

  1.5.13版本的更改

• 集群的分层命名。

  1.5.12版的更改

• 建立' phymsammatched ' S3类以实现更好的封装。

  1.5.11版本的更改

• 弃用' multiFixationSites '函数。

  1.5.8版的更改

• 在' plot.fixationSites '中包装突变文本。

• 移除plot的color参数。fixationSites的数量通常是未知的。

  1.5.7版的更改

• 左填充为0的集群名称。

• 添加突变标签时，绘图' fixationSites '。

• 为“fixationSites”添加“as.data.frame”函数。

  1.5.6版的更改

• 添加' sitewiseClusters '功能和绘图功能的可视化。

  1.5.5版的更改

• 添加' plotMutSites '功能来可视化每个树尖的突变。

  1.5.4版的更改

• ' plot.lineagePath '使用' ggtree '。

• 更多信息的情节为“sneakPeek”和添加“lineagePath”函数为其返回。

  1.5.3版的更改

• 添加“as.phylo。fixationSites的功能，表示作为简化的树的位置固定。

  1.5.2版的更改

• 在plot中添加“mineffecvesize”。fixationSites '用于过滤小尺寸的尖端集群。

  1.5.1版的更改

• 添加的阴谋。fixationSites”功能。

  1.4.1版的更改

• 修复:破碎的链接在描述。

一口

0.99.0版本变更(2020-07-17)

• 包的第一个版本。

SNPRelate

1.24.0版的更改

• 肠易激综合征的定义snpgdsIBS帮助文件

sparseMatrixStats

1.0.5版本变更(2020-05-17)

• 修复文档中的链接以消除警告

  1.0.4版本变更(2020-05-17)

• 修复coltabates中的bug

• 更新文档以避免在Windows上构建时出现警告

  1.0.3版本变更(2020-05-17)

• 修复colany和colAlls中value = TRUE时的错误

  1.0.2版本变更(2020-05-10)

• 修复colmax, colMins中与缺失值相关的错误

  1.0.1版本变更(2020-05-08)

• 修复colmax, colMins, colAnys中的错误

• 修复colLogSumExps中的错误

SparseSignatures

2.0.0版的更改

• 从Travis-CI迁移到Github Actions。

• 主要的重构。

SpatialDecon

0.99.0版本变更(2020-10-02)

• 提交给Bioconductor

spatialHeatmap

0.99.0版本变更(2020-09-21)

• 将第一个版本提交给Bioconductor

光谱

0.99版的更改

在0.99.11的变化

• 重新添加mz和强度作为核心光谱变量。

在0.99.10的变化

• 修复在spectraData<-，光谱避免删除m/z和强度值(issue #146)。
• 为MsBackend添加筛选器函数的默认实现。

在0.99.9的变化

• 修复在光谱，字符构造函数，以确保后端被改变，即使源继承自后端(问题#143)。

在0.99.8的变化

• combineSpectra在组合之前在处理队列中应用数据处理步骤(问题#140)。

在0.99.7的变化

• 修复dropNaSpectraVariables中的问题，该问题也会为大多数后端删除m/z和强度值(issue #138)。

在0.99.6的变化

• 在filterIntensity方法中支持强度为一个函数，以启用基于峰值强度的光谱滤波(issue #126)。

0.99.5的变化

• 添加filterMzRange和filterMzValues分别基于m/z范围或目标m/z值列表对光谱进行过滤。

在0.99.4的变化

• 添加export,MsBackendMzR将光谱数据导出到mzML或mzXML文件。
• 添加一个导出，MsBackend方法以允许后端处理数据导出。
• 重构导出，spectrum使用MsBackend类导出数据。
• 在spectrum中更改参数source,character为MsBackendMzR，并设置参数backend = source。因此，默认情况下，导入后端也将用于存储数据。

0.99.3的变化

• 将lapply,Spectra替换为spectrapply,Spectra。

0.99.2的变化

• 将asDataFrame,MsBackend替换为spectraData,MsBackend。
• 将asDataFrame<-，MsBackend替换为spectraData<-，MsBackend。
• 取代。MsBackend with peaksData,MsBackend。
• 用peaksData<-，MsBackend替换replaceList<-，MsBackend。
• 取代。list,Spectra with peaksData,Spectra和添加方法来强制一个Spectra到一个列表或SimpleList。

0.99.0的变化

• 增加复位方法。
• 在compareSpectra中添加按块处理。

飞溅

1.14.0版本变更(2020-10-28)

• 添加splatPop模拟。这是由Christina Azodi和Davis McCarthy贡献的飞溅模拟的扩展，增加了人口效应。它允许您指定个体之间的亲缘关系，并生成细胞类型特定的eQTL效应。

• 添加批量。rmEffect参数添加到Splat模拟。这允许在没有任何批处理效果的情况下生成成对模拟。

• 添加一个新的minimiseSCE函数，可以用来从模拟输出(或任何singlecel实验)中删除不需要的信息。

• 所有模拟现在默认返回稀疏分析矩阵，当它们小于等效的密集矩阵时。这是由一个新的sparsify参数控制的。

• 如果用户尝试使用建议的依赖项不可用的模拟，现在将自动提示他们安装包

splineTimeR

1.17.1版本变更(2020-07-18)

• 固定的臭虫。修正了函数样条图中内循环计数器的限制

• 在splinePlot函数中增加了日志输出到控制台的包新闻文件

SPsimSeq

0.99.0版本的更改

• 第一个私人GitHub文档
• 主要修订包括基因/特征依赖
• 对文档进行了小幅修改，并添加了新功能
• 优化输出、进一步增强、修复bug和解决问题
• 添加单元测试

statTarget

2.0版的变化

新功能

• 新的GUI鼠标悬停帮助信息。日志文件

• 针对代谢组学和蛋白质组学数据的QC-RFSC方法的信号校正

• 随机森林的新特征选择和基于置换的可变重要度度量

• 新的数据预处理PQN/SUM/无归一化中心/无缩放方法

  1.19.1版的更改

• 修正了coCV函数的bug

结构体

1.1.2版的更改

• 改进了对象的“show”输出

• 允许实体为ANY

  1.1.1版的更改

• 为struct类添加引用槽

• 增加了相应的引用方法

• 增加了获取/设置seq_in插槽的方法

• 作为。SummarizedExepriment现在可以正常工作

• 使用seq_in现在适用于超过2步的序列

structToolbox

1.1.2版的更改

• 文档更新

• 错误修复

  1.0.1版的更改

• 修复HCA错误

SummarizedExperiment

1.20.0版的更改

用户可见的重大更改

• summarizeexperiment现在依赖于MatrixGenerics包。

• DelayedArray从依赖移动到导入。

已弃用且已失效

• 弃用readKallisto()。

错误修复

• 避免在assays() getter中触发测试的副本。

• 修复了Assays对象的dim()方法中长期存在的错误。

• 修复assays(x) <- SimpleList()。在此修复之前，此操作将summarizeexperiment对象(或衍生物)' x '转换为无效对象。

SWATH2stats

1.19.3版的更改

更新

• 添加网站链接

  1.19.2版的更改

错误修复

• 从描述中删除网格

  1.19.1版的更改

新功能

• validate_columns

更新

• 更新文档到roxygen2(非常感谢Ashton Trey Belew (abelew)开始这个工作并做了大部分工作)(is# 1, PR#2, PR#3)

• 一些参数被重命名以省略圆点。例如，rm.decoy现在被称为rm_decoy。如果您想要之前的名称，请使用版本1.19.0之前的SWATH2stats

  1.19.0版本的更改

新功能

• BioC 3.12开发版本中的SWATH2stats

TADCompare

0.99.35版本变更(2020-05-15)

• 正确格式化新闻文件

  0.99.33版本变更(2020-04-27)

• 提交给Bioconductor

TargetSearch

1.46.0版的更改

新功能

• 新功能ri_data_extract从RI文件中提取峰值。它的工作原理与FindAllPeaks但是使用不同的(更简单的)输入参数，类似于ncdf4_data_extract。

• 新功能ri_plot_peak以绘制RI文件中的峰值ri_data_extract．它可以作为替代plotPeakRI因为它有一个简单的界面。

• 新功能ncdf4_plot_peak．函数的替代方案plotPeakSimple一个简单的界面，从NetCDF格式绘制峰值4。此函数取代plotPeakSimple．

错误修复

• 删除不需要的ICO文件。

• 手册页的改进。主要是语法和拼写的变化。

用户可见的重大更改

• 这个函数peakPlotSimple被认为已弃用，应避免使用。使用函数ncdf4_plot_peak代替。

• 的参数列现在在许多专栏中零默认情况下。要更改列名，请使用global选项TS_RI_columns而不是

移行细胞癌

1.29.1版的更改

• 删除“deseq”选项，因为deseq已弃用，将从Bioconductor中删除

TCGAutils

1.10.0版本的更改

新功能

• correctBuild试图提供特定人类基因组构建的官方名称，以与GenomeInfoDb中的更改一致
• isCorrect检查构建名称是否与正式名称匹配

较小的更改和错误修复

• 简化tcga的文档改进
• 改进了findGRangesCols以定位数据帧中的远程列
• 修复了UUIDtoBarcode中只返回第一个记录的错误(#26，@DarioS)
• 修复了当使用多个输入时fileametobarcode中的错误(#22，@DarioS)

tofsims

版本099.1的更改

用户可见的重大更改

• 将整个包中的函数行为从ref - call-by- value改为value -by value。相应地调整了所有的例子和小插图。

内部

• 现在依赖于使用' mz '的ProtGenerics

• 用message()交换了各种print()

但在

0.99.0版本变更(2020-09-15)

• 提交给Bioconductor

topconfects

1.5.3版的更改

• 更好地显示weitrix_confect输出的小调整。

• 打印()时，数字更少。

  1.5.2版的更改

• nest_confects现在处理NA p值。

  1.5.1版的更改

• 修复了confects_plot的限制计算。

ToxicoGx

1.1.0版的更改

• 继续将功能抽象到CoreGx中
• 添加额外的绘图功能，如分组箱形图
• 将单元测试的覆盖率扩展到>的90%
• 实现一个更快的drugPertubationSignature版本
• 添加额外的绘图函数

• 包括毒理基因组数据的差异表达分析和GSEA脚本(limma)

  1.0.0版的更改

• 在CRAN上存档的包
• 包提交给bioconductor
• 修改的包依赖于更新的CoreGx
• 所有的分子轮廓现在都是总结实验而不是表达集

• 为CoreGx抽象了一些附加函数

  0.1.2版的更改

• 更新了downloadTSet函数，使用已发布的Zenodo DOIs检索数据

• 修改了rankGeneDrugsPerturbation，以修复一个错误的单位转换，该转换将返回错误单位中的浓度

  0.1.1版的更改

• Bug修复:重新生成TGGATESsmall(样本数据集)，以修复与以前版本一致的小插图中的结果。

  0.1.0版的更改

• 使用ggplot2重写情节以提高美观
• 现在还可以使用标准的ggplot2语法扩展绘图函数

• 改进的包文档

  0.0.1版的更改

• 提交的最小包

泛太平洋伙伴关系

3.17.6版的更改

• 修复了在生成引用数据直方图时，select(!! syms(…))语句未使用参数的警告

  3.17.5版的更改

• 修复可执行示例中的错误和警告

  3.17.4版的更改

• 修复Bioconductor构建报告中的错误

• 修复2D-TPP导入过程中由于转换非数字值而引起的警告

• 修复了ggplot命令中的警告

• 升级不使用的dplyr函数

• 使跨文件检查的测试语法更加一致

  3.17.2-3版的更改

• 修复了更新到dplyr v1.0.0后的错误和警告。

  3.17.1版的更改

• 修复了用户请求时tpp2dCreateTPPTRreferenece的错误

• 删除添加样条拟合列从2DTPP输出表

• 修复了tpp2dCreateTPPTRReference中的bug，并在小插图工作中做了例子

• 删除tpp2dCreateTPref函数中的剩余参数

• 最终修复的tpp2dCreateTPPTRreference和调用在vignette现在工作

  3.17.0版的更改

• 新的Bioconductor释放候选

TPP2D

1.5.5版的更改

• 新的可视化选项

• volcanoplot:plot2dTppVolcano

• 折叠变化热图:plot2dTppFcHeatmap

  1.4.1版本变更(2020-06-20)

• 修正了缓和F统计计算中的错误-旧版本是不必要的严格

trackViewer

1.25.4版的更改

• 从文档中删除http_status。

• 添加功能，将棒棒糖图分割成多层。

  1.25.3版的更改

• 修复AddArrowMark中网格改变单位id的问题。

  1.25.2版的更改

• 修复网络连接中断时生成小插图的问题。

  1.25.1版的更改

• 如果输入未排序或包含NA值，则提供更清晰的警告或错误消息。

tradeSeq

1.3.19版本变更(2020-10-16)

• 合并后的条件分支成主．现在,主因此分支可以处理多个条件。有一个新的条件论点fitGAM为了处理这个问题，将为每个血统配备特定条件的平滑器。还有一种新的测试，conditionTest，它在谱系内的条件之间测试DE。这是在引擎盖下完成的方式就像patternTest．

石棉水泥板

1.6.3版的更改

• 增加了光谱图x值的限制参数，以协调多个光谱图的颜色比例

• 替换了Rcpp::RcppArmadillo::sample()与现在固定的Rcpp::sample()

  1.6.2版的更改

• 更新的论文参考文献

• 修复了较小的格式问题

• 增量Roxygen2版本

transomics2cytoscape

1.0.0版的更改

用户可见的重大更改

• 包了。

新功能

• 包了。

treeio

1.13.1版的更改

• as_tibble for pvclust (2020-06-22, Mon)
• 作为。菲洛和阿斯。pvclust对象的树数据方法(2020-06-21,Sun)

TRONCO

2.21.1版的更改

• 从Travis-CI到Github Actions

TSCAN

1.28.0版本的更改

• 添加了createClusterMST()，以从scran包迁移的各种输入创建基于集群的MST。

• 增加了reporttedges()来报告绘图的边缘坐标。

• 添加了mapCellsToEdges()来将单元格映射到MST上最近的边。

• 增加了orderCells()来计算映射单元的伪时间顺序。

• 增加了quickPseudotime()将MST构造和排序包装成单个调用。

• 增加了testPseudotime()用于沿着MST的一条或多条路径检测DE基因。

• 增加了rowmean()实用程序来计算行分组的列平均值。

• 增加了perCellEntropy()来计算跨各种矩阵类型的每个单元的熵。

tximeta

1.8.0版的更改

• 添加' fromDb '参数到addIds()，以允许从相关的TxDb/EnsDb中添加id，而不是从org包中添加(默认使用)。Kristoffer Vitting-Seerup的功能建议。

• 增加了函数retrieveCDNA()，该函数将下载或加载用于量化的转录序列的缓存版本。请注意，返回的序列并不与summarizeexperiment对象的行进行排序或匹配。Kristoffer Vitting-Seerup的功能建议。

• 增加了addCDS()函数，该函数将为编码副本添加CDS范围(并为非编码填充原始范围)，以及一个“编码”列作为逻辑指示器。Kristoffer Vitting-Seerup的功能建议。

• 增加了环境变量TXIMETA_HUB_CACHE可用于设置tximeta的缓存位置的选项，以避免在第一次运行tximeta()时提示用户。

• tximeta()现在将从AnnotationHub中提取GENCODE TxDb，当它被列出时(只有智人在这个时间点)。感谢Leonardo Collado-Torres的建议!

• 现在summarizeToGene()将添加一个列tx_ids，这是一个记录文本id的CharacterList。

  1.7.13版本的更改

• 添加' fromDb '参数到addIds()，以允许从相关的TxDb/EnsDb中添加id，而不是从org包中添加(默认使用)。Kristoffer Vitting-Seerup的功能建议。

  1.7.12版的更改

• 增加了函数retrieveCDNA()，该函数将下载或加载用于量化的转录序列的缓存版本。请注意，返回的序列并不与summarizeexperiment对象的行进行排序或匹配。Kristoffer Vitting-Seerup的功能建议。

  1.7.11版本的更改

• 增加了addCDS()函数，该函数将为编码副本添加CDS范围(并为非编码填充原始范围)，以及一个“编码”列作为逻辑指示器。Kristoffer Vitting-Seerup的功能建议。

  1.7.10版的更改

• 增加了环境变量TXIMETA_HUB_CACHE可用于设置tximeta的缓存位置的选项，以避免在第一次运行tximeta()时提示用户。

  1.7.9版的更改

• tximeta()现在将从AnnotationHub中提取GENCODE TxDb，当它被列出时(只有智人在这个时间点)。感谢Leonardo Collado-Torres的建议!

  1.7.6版的更改

• 现在summarizeToGene()将添加一个列tx_ids，这是一个记录文本id的CharacterList。

  1.7.1版的更改

• 更新到ensemble release 100, GENCODE 34/M25。

tximport

1.18.0版本的更改

• 已弃用函数的代码清理。Tximport只能在alevin 0.14.0或更高版本中读取。对于较旧的数据，使用以前版本的tximport。

UMI4Cats

版本0.99.21的更改

• 小插图和文档的改进。

  版本0.99.20的更改

• 对于DESeq2结果，避免在plotDifferential中重复分段结束计算。

  版本0.99.19的更改

• 修改文件以通过Bioconductor检查。

  版本0.99.18的更改

• 修复了DESeq2的例子。

• 减少已安装示例tsv.gz计数文件的大小。

  版本0.99.17的更改

• 重新运行示例数据集，并再次使用figshare中的链接。

  版本0.99.16的更改

重要的

• 此版本与以前版本创建的.tsv.gz文件不兼容。你需要跑contactsUMI4C ()再次生成更新的.tsv.gz文件。

更新

• 改进了UMI-4C对象的分组参数:现在创建一个新的UMI-4C对象，可以使用美元groupsUMI4C (umi4c)条件．这允许在主UMI4C对象中保留复制信息，同时允许在其中存储分组趋势groupsUMI4C ()．

• 使用DESeq2增加了新的统计检验:differentialNbinomWaldTestUMI4C ()．

  版本0.99.15的更改

• 修复了读id (. singleprepumi4c)中重复的读数(参见问题#5)。

• 更改了下载url到gattaca服务器的示例。

  版本0.99.14的更改

• 修正了自适应平滑趋势被标准化两次的错误(见问题#4)。

  版本0.99.11的更改

• 上传示例数据集网址downloadUMI4CexampleData ()到一个更稳定和永久的位置(figshare.com)。

  0.99.10版的更改

• 避免运行在小插图中已经测试过的长而冗余的示例，以避免TIMEOUT构建错误。

  版本0.99.9的更改

• 添加数据对象ex_ciita_umi4c在示例中使用，减少检查运行时间。

  0.99.8版的更改

• 更新包插图，以澄清用于举例说明使用UMI4Cats包的工作流的不同示例文件的起源。

  版本0.99.7的更改

• 使用以下命令添加单元测试testthat．

• 使用BiocFileCache下载示例文件。

• 在小插图和示例中使用tempdir()进行演示。

• 添加了inst\脚本来描述如何生成样例数据。

• 其他符合Bioconductor审核的小改动(见https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/issues/2#issue-637249954)

  版本0.99.6的更改

• 删除下载和中间文件夹时，建立小插图。

• 添加UMI4Cats_index到. rbuildignore，以防止错误和警告在BioCCheck。

  版本0.99.5的更改

• 提高速度getViewpointCoordinates ()通过允许预选视点染色体使用sel_seqname论点。

• 在extdata中增加了减少的fastq文件，并允许下载减少的蝴蝶结索引，以增加小装饰的构建速度。

  版本0.99.4的更改

• 添加.Rproj文件到。gitignore

  版本0.99.3的更改

• 小插图和手册中的示例更改为CIITA．

• 添加视点名称plotTrend ()．

• 改进的多面板绘图plotUMI4C ()．

  0.99.2版的更改

• 允许ref_umi4c用于绘制颜色，域图和微分分析(不仅仅是归一化)。

• 修正使用时的错误sampleID作为分组变量makeUMI4C ()．

• 修复了结果()当fomat = data.frame而且命令= TRUE．

• 改进了微分区域重新转换的可视化正而且负分别到最大和最小奇比值。

• 中添加更多功能细节利用UMI4Cats分析UMI-4C数据装饰图案。

  0.99.1版的更改

• 修复功能错误createGeneAnnotation而且plotGenes当该区域没有基因或某个基因有多个标识符时，就会发生这种情况。

• 修复了重复的泛型定义SummarizedExperiment对象，以避免在重新加载包时出错。

• 修正了当bait_exclusion设置为0。

• 增加了指定样本作为标准化参考的可能性(ref_umi4c论点makeUMI4C)．

• 现在,分组变量makeUMI4C ()在分析中更多地使用上游。为了使用不同的分组变量，用户必须创建不同的分组变量UMI4C对象。

• 修正了有时输出tsv文件中的诱饵坐标NA．

• statsUMI4C现在还输出一个统计汇总表wk_dir /日志/ stats_summary.txt．

• 改进功能文档。

• 改进pkgdown UMI4Cats网站。

• 重写和改进利用UMI4Cats分析UMI-4C数据装饰图案。

  0.99.0版本的更改

• UMI4Cats的首次公开发布。

• 增加了一个NEWS.md文件来跟踪包的更改。

uncoverappLib

版本0.0.0.9000的变化

设置

• 添加新闻。医学博士创建

universalmotif

1.8.0版的更改

新功能

• Scan_sequences ()/ enrichment _motifs()现在可以用来扫描/充实缺口的图案。SequenceSearches中添加了一个新部分。限制型心肌病装饰图案。

• Scan_sequences(…，use.gaps)， enrichment _motifs(…，use.gaps):忽略motif间隙信息。

• Read_meme ()， write_meme():现在完全支持自定义字母。

• Prob_match ()， prob_match_bkg():分别根据motif对象的背景频率或提供的值计算motif匹配的概率。

• _motifs()， get_matches()， get_scores()， motif_pvalue()， motif_score()， scan_sequences()， score_match():新的允许。非有限参数，允许函数工作，即使在motif PWM中存在非有限值。

• Read_matrix(…，comment):允许在motif文件中忽略注释。

• Write_matrix(…，digits):控制用于写入motif位置的数字数。

• 新的mask_seqs()实用函数:将硬掩码注入序列。

• scan_sequences(…，warn.NA)，浓缩铀motifs(…，warn.NA):新选项，可以禁用警告从非标准字母被检测到的输入序列。

• Get_bkg(…，window, window。Size, window.overlap):计算窗口序列背景的新选项。

• Get_bkg(…，merge.res):返回单个序列背景信息的新选项。

• scan_sequences(…，calc.pvals):计算序列命中p值的新选项。这仅仅是自动使用scan_sequences()的结果，通过motif_pvalue()手动计算p值。

• view_motifs(…,。位置,show.positions。一次，show.names):用于自定义绘制图案外观的新选项。

微小的变化

• Read_matrix(…，positions):增加了部分参数匹配。

• Create_sequences ()， shuffle_sequences()， motif_pvalue(): c++随机引擎已从std::default_random_engine更改为std::mt19937。这应该允许相同的rng。无论操作系统如何，种子值都会产生相同的输出。

• Score_match()已向量化(与新的prob_match()函数一起)。

• ape和ggtree包现在不再导入，必须单独安装才能使用motif_tree()。

• processx包不再导入，必须单独安装才能使用run_meme()。

• 当打印universalmotif类对象时，将显示伪计数槽。

• Get_bkg():列表。Out and as。问题选项已禁用。为了简化函数，唯一可能的输出(例外:如果到。meme is not NULL)是一个同时显示计数和概率的数据帧。

• 改变了由view_motifs()绘制的主题的默认外观。

• 一般文档清理。

错误修复

• 更改主题背景(< -现在将确保设置正确的向量名称。

• Get_bkg()现在将在计数时正确地忽略提供的字母表中缺少的非标准字母和字母。

  1.6.4版的更改

错误修复

• Cbind():不忽略伪计数槽。

• 修复了IntroductionToSequenceMotifs.Rmd中的拼写错误。

• 固定U()函数在IntroductionToSequenceMotifs。Rmd，不再返回NA值，如果0存在。

• Read_cisbp():对缺少/部分头部信息的motif没有解析错误。

  1.6.3版的更改

错误修复

• scan_sequences():注释掉WIP代码，用于扫描有间隙的图案。

  1.6.2版的更改

错误修复

• Motif_tree():“日光”布局不再被禁用。

  1.6.1版的更改

错误修复

• Summarise_motif():正确检索altname插槽。Spencer Nystrom (https://github.com/bjmt/universalmotif/pull/9)的贡献。

• read_meme():对于LIKE类型的字母，确保PROTEIN-LIKE被理解为AA。

variancePartition

1.19.20版的更改

• 修复当特性数量小于iterBatch()中的块数量时发现的错误

  1.19.19版本的更改

• 简单的错误修复通过R CMD检查

  1.19.18版本的更改

• 简化lm和lmer的calcVarPart。为glm添加兼容性

• 简化checkModelStatus。允许公式(A|B)，其中A是连续的

• 为清晰起见，删除未使用的“adjust”参数

  1.19.17版本的更改

• 为lm()的结果添加get_prediction()

• 改进get_prediction()的文档

  1.19.16版本的更改

• 在canCorPairs()中更改了用于将CCA总结为Cramer 's v的统计数据，差异非常微妙，但现在基于第一性原理。

• 在梦中，检查数据是否为data.frame

• dream()默认为computeResiduals=TRUE与zenith兼容

  1.19.14版的更改

• 修复示例失败时残差()的问题

  1.19.13版本的更改

• 修复残差问题()
  • https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues/18

• 修复了导出eBayes, topTable等的问题

  1.19.12版的更改

• 改进梦境中对比的记录。限制型心肌病

• 检查在plotcontrast中对比和是否为零。

  1.19.11版本的更改

• 在voomWithDreamWeights()中修复了没有定义设计的问题

  • https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues/17

    1.19.10版的更改

• 在voomWithDreamWeights()修复返回设计矩阵的问题

• 更好的错误，如果计数不能转换为矩阵

  • https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues/15

    1.19.7版的更改

• plotcontrast()中的整数

• 修复了将字符串传递给公式参数的问题

  1.19.6版的更改

• New给出了dream()等变量在数据中找不到时的完整错误信息的含义。

  1.19.5版的更改

• 更好的错误捕捉时运行fitVarPartModel()与fxn失败

• 添加get_prediction()函数

  • 下面的代码现在可以并行运行fitList = fitVarPartModel(Y， ~(1|Batch)， data, fxn = function(fit){B = variancePartition::get_prediction(fit， ~(1|Batch)) fit@resp$ Y - B}， BPPARAM=SnowParam(3))

    1.19.4版的更改

• 更新小插图#3，并更新REML参数的文档

  1.19.3版的更改

• 添加新的FAQ。限制型心肌病

  1.19.2版的更改

• 当两个变量没有重叠的观测值时，canCorPairs()现在返回NA相关性

• plotCorrMatrix()现在处理NA相关值

  1.19.1版的更改

• 碰撞到下一个Bioconductor版本

  1.18.3版的更改

• 提高文档

• 移动eBayesFMT代码的位置

  1.18.2版的更改

• 清理一些代码并添加文档

• 文档ebayesFMT

  1.18.1版的更改

• 清理一些代码并添加文档

• 计算每个模型的有效自由度

VariantAnnotation

1.36.0版本的更改

新功能

• Ref <-， alt<-， qual<-和filt<-允许替换值长度回收

伶盗龙

版本0.99.9的更改

• 将各种函数转换为S4泛型，以便更容易使用singlecel实验对象。

  0.99.8版的更改

• 触发新构建以重复ExperimentHub下载。

  版本0.99.7的更改

• 删除空行强制缓存更新。见https://github.com/rubocop-hq/rubocop/pull/4342 # issuecomment - 305449759。

  版本0.99.6的更改

• 在调用scvelo函数velocity_embedding时设置autoscale=FALSE，以避免与Qt和绘图相关的问题。

  版本0.99.5的更改

• 触发新的构建以检查Windows问题是否自行解决。

  版本0.99.4的更改

• 触发新构建以检查Windows上的TIMEOUT问题是否可重现。

  版本0.99.3的更改

• 显式地声明scvelo的所有Conda依赖项。

  0.99.2版的更改

• 添加hexsticker。

  0.99.1版的更改

• 从git仓库中删除. rproj文件。

  0.99.0版本的更改

• 首次向Bioconductor提交。

左页

1.0.0版的更改

• 2020年10月发行。

ViSEAGO

1.3版的更改

• 打印图形与逆戟鲸

• Ensembl2GO()生物艺术更新

• show_heatmap()升级

• 翻印更新

• merge_enrichment terms升级pvalue截止

• merge_enrichment _terms全局升级

• GOterms_heatmap删除行边颜色文本和正确的showIC列

• 小插曲更新

• 注释()更新为uniprot

• fgsea支持

VplotR

0.5.0版本变更(2020-05-25)

• 重要的是:

• 创建plotProfile函数

• 小:

• 改变颜色尺度，以西科包装，罗马尺度

  0.4.2版本变更(2020-05-10)

• 重要的是:

• 改进的核小体富集和后台计算
• 在computeVmat中单独处理链

• 增加了情节主题

• 小:

• 明确的规范化方法
• 改进的文档
• 通过删除一些中间步骤，使computeVmat更快一点

wavClusteR

2.23.0版的更改

• 废弃的基于cw的集群边界识别

weitrix

1.1.10版本变更

• 修复weitrix_confects由于[[]]<- NULL从列表中删除元素而不是在列表中存储NULL的错误。

  1.1.9版的更改

• 以APA为例，在更新数据文件时，峰值有时是反向排列的。

• 尝试通过在小插图中使用串行处理来消除关于堆栈使用的奇怪的新构建错误。

  1.1.8版的更改

• 在weitrix_calplot散点图中使用geom_bin2d。

  1.1.7版的更改

• 在weitrix_calibrate_all中添加mu_min, mu_max参数。

  1.1.6版的更改

• 使用glm2，它更不容易出现优化失败。
• 如果X11设备打开，自动禁用并行处理。

• 添加SLAM-Seq小插图。

  1.1.5版的更改

• Well_knotted_spline为自然样条与良好的选择结。

  1.1.4版的更改

• Weitrix_confects用于差分测试。
• Weitrix_rms_confects现在称为weitrix_sd_confects。

• Weitrix_calplot现在显示平均值趋势和平均值+/-标准差趋势。

  1.1.3版的更改

• Weitrix_calibrate_all现在包含一个简单的缩放因子，用于解释拟合模型的残差小于真实模型的残差。
• Weitrix_calplot蓝色指南也进行了类似的调整。

• 添加weitrix_rms_confects来查找变化过度的行。

  1.1.2版的更改

• 小插图使用weitrix_calibrate_all，演示weitrix_calplot。

• Weitrix_calplot现在使用y轴上的平方根(权重)*残差。

  1.1.1版的更改

• 将对数色散的线性模型转换为gamma GLM校准。
• 添加weitrix_calibrate_all函数，非常灵活的校准。
• 添加weitrix_calplot以检查权重的质量。

个字

版本0.99.13的更改

• 加了一个zzz。Rfile for the welcome message when loading the package in an R session
• 在包装小插图和帮助标签的闪亮的应用程序更正

• 修改了所有功能文档

  版本0.99.12的更改

• 修复了在帮助选项卡中不显示图像的问题
• 修正了导入数据时关于引号设置的不一致

• 增加了一个信息框的板尺寸兼容性与样品的数量

  版本0.99.11的更改

• 修正问题#10
• 修正问题22
• 更改结果选项卡中数据表的显示

• 更新了关于玩具数据集的插图和帮助页面(CSV部分)

  0.99.10版的更改

• 修正了CSV导入的单元测试
• 纠正readmer命令的convertCSV节
• 更正了上传文件部分的帮助选项卡

• 修正了小插图中的参数部分

  0.99.9版本变更(2020-06-18)

• 解决了导入CSV时错误设置导致的崩溃
• 参数部分现在是可折叠的
• 为迭代次数创建模块
• 在端口8000上定义浏览器的启动
• 修改参数面板中CSV导入部分的顺序
• 只有正确导入CSV文件，一些上传参数才可用

• 增加了CSV文件导入时的预览界面

  0.99.8版本变更(2020-06-11)

• 在闪亮的应用程序中修改了Home选项卡的结构
• 为帮助标签添加了新的模块。
• 创建帮助。md文件for the Help tab of the app.
• 增加了表和图像的CSS。
• 将整个包中的“空白”字更改为“缓冲区”。
• 在整个包中将“非随机”术语更改为“固定”。

• 更新了教程插图中的图像和文本。

  0.99.7版本变更(2020-06-05)

• 增加了convertSE函数来管理命令行版本的SummarizedExperiments对象
• 增加了数据导入的分组因素选项(管理闪亮的应用程序和命令行)。现在用户可以指定与wpm用于回溯的分组因子对应的列名。
• 修改了关于项目标题输入的app_ui结构
• 更新教程小插图的内容
• 更新的README文件
• 修改了导入函数的单元测试
• 现在通过packageVersion()获得主面板中的WPM包版本输出

• 创建了一个新的模块，用于在闪亮的应用程序中集成markdown文件。

  版本0.99.6变更(2020-06-02)

• 添加了checkWpmInputs函数来控制wrapperWpm函数的正确使用(命令行使用)。

• 更新了README文件和说明如何使用命令行使用WPM的教程插图。

  版本0.99.5变更(2020-06-02)

• 增加了CSV文件和ExpressionSet / MSnSet对象的导入功能
• 增加了包装器功能，允许在命令行中使用wpm
• 增加了对eSet和MSnSet对象作为包装器函数输入的支持

• 为导入函数添加了单元测试

  版本变更0.99.4 (2020-05-28)

• 修复R CMD检查期间的超时错误

  版本0.99.3变更(2020-05-28)

• 所有R代码现在都在/R目录中。
• 通过创建额外的模块修改R代码结构:
• mod_home, Home面板和帮助面板的融合
• Mod_data_export，用于数据导出的特定模块
• mod_plate_dimensions
• Mod_special_wells，主要是为了避免代码冗余和获得可读性
• 增加了convertVector2Df函数的单元测试

• 增加了convertector2df和drawMap函数的Rd示例

  0.99.2版的更改

• 增加了一条新闻。md文件来track changes to the package
• 修改了包的代码和文件结构
• 函数中添加了Roxygen注释

xcms

3.11.8版的更改

• 禁用小插图中的并行处理。

  3.11.7版的更改

• 更有效地拆分每个文件的数据，特别是对于较大的数据集。

• 在示例中禁用并行处理。

  3.11.6版的更改

• 添加FilterIntensityParam过滤色谱峰强度(问题#502)。

• 添加estimatePrecursorIntensity函数从邻近的MS1谱中确定MS2谱的前驱体强度。

  3.11.4版的更改

• 改变光谱而且色谱图来MSpectra而且MChromatograms从MSnbase版本>= 2.15.3。

  3.11.3版的更改

• reconstructChromPeakSpectra:报告也极性和precusorIntensity．

• reconstructChromPeakSpectra:确保报告重建MS2光谱的保留时间(issue #485)。

• 更改默认为expandRt来0在reconstructChromPeakSpectra．

• 修复错误refineChromPeaks, MergeNeighboringPeaksParam如果没有发现合并的峰。

  3.11.2版的更改

• 添加fillChromPeaks, ChromPeakAreaParam根据一个特征的实际检测到的色谱峰来填写缺失峰数据的面积。

• 问题#481的潜在修复:函数应该不再抛出错误，因为保留时间的长度为0。

• 更有效的分割处理，这应该增加findChromPeaks, refineChromPeaks, reconstructChromPeakSpectra和chromPeakSpectra调用的速度。

  3.11.1版的更改

• 修复问题#471:从XCMSnExp来xcmsSetlooses表型数据(感谢Andris Jankevics的报告和提供的解决方案)。

• 添加正常化方法色谱图而且色谱图对象。

• featureChromatograms获取新参数n而且价值只从强度最高的前n个样品中提取EICs。

• filterFile获取新参数keepFeatures即使数据集被文件过滤，也支持保留通信结果。

• 导出虚拟参数类。

• 为色谱对象添加filterColumnsIntensityAbove方法，允许选择色谱对象中色谱数据强度高于阈值的柱(样本)。

• 为色谱图，色谱图，x色谱图和x色谱图对象添加removeIntensity方法删除强度基于不同的标准。

• 为色谱图添加相关方法，允许相互关联多个色谱图。

zellkonverter

1.0.0版的更改

• 接受Bioconductor 3.12版

• zellkonverter提供了在Python AnnData对象和singlecel实验对象之间进行转换的方法。这些主要供下游Bioconductor包使用，这些包包装了用于单细胞数据分析的Python方法。它还包括读写用于将AnnData对象保存到磁盘的H5AD文件的函数。

zinbwave

1.11.6版本变更(2020-07-18)

• 修正了beta_j初始化的错误。

• 修正了zinbsurf中的bug。

• 更改zinbwave默认值为K = 2．

• 修复了W初始化的错误。

来自新的和现有数据实验包的新闻

chipseqDBData

1.6.0版的更改

• 从所有getter函数返回BamFile对象，以从BAM文件中正确捕获具有不同名称的索引文件。

clustifyrdatahub

0.99.4版本变更(2020-09-02)

• 添加鼠标图谱

  0.99.0版本变更(2020-07-02)

• 生物清理

curatedTCGAData

1.12.0版本的更改

Bug修复和小的改进

• 当在main函数中启用dry.run时，将数据集选项输出为表。

• 当加载使用数据表示的数据时，检查raggeexperiment的依赖关系(@vjcitn， #39)

depmap

1.3版的更改

1.3.2版的更改

• 20Q3数据增加crispr, copyNumber, TPM, mutationCalls和元数据集。其他数据集的更新版本没有发布。

1.3.1版的更改

• 新增20Q2数据
• 包括新的蛋白质组数据集
• TPM数据集中的表达式变量变为rna_expression

多萝西娅

1.1.2版本变更(2020-10-08)

• 将TF普查从TFclass更改为Lambert等人的最新版本。每个TF(激活剂，抑制剂，双联)的调控模式的信息仍然取自Garcia-Alonso等人。

• 使用limma包将已弃用的基因符号更新到最新版本(版本3.44.3)。

• 在DESCRIPTION文件中将viper包从suggest移到depends。

• 增加了专门用于run_viper()的进一步参数。Seurat选择一个特定的化验名称，以提取归一化基因表达值。

  1.1.1版本变更(2020-09-02)

• 导出df2regulation函数

• 改进文档(将gh页面URL添加到DESCRIPTION)

  1.0.1版本变更(2020-08-13)

• 改进的包文档

• 更新链接到10x基因组学数据集在单细胞小插图

• 修正了修拉和SCE类的测试

dsQTL

2.17版的更改

用户可见更改

• ch2locs(可通过dsQTL::getSNPlocs检索)已在大约1850个位置被更改，其中rs编号已与hg19地址相关联;dsQTL区域是hg18，所有chr2…SNP地址也是。以前，在http://eqtl.uchicago.edu/dsQTL_data/GENOTYPES/的Chicago发行版中使用的可发现rs号是通过SNPlocs…20111119映射的，但现在它们直接来自Chicago文本文件。

FieldEffectCrc

0.99.2版本变更(2020-09-20)

• (0.99.2)参考原研究增加PMCID和PMID

• (0.99.2)更新引文，包括完整的参考文献

• (0.99.2) R代码可读性略有改善

  0.99.1版本变更(2020-07-24)

• (0.99.1)简化的小插图安装代码

• (0.99.1)更新小插图典型过滤器代码块评估为R代码

  0.99.0版本变更(2020-07-14)

• (0.99.0)通过R CMD检查和R CMD BiocCheck，没有错误或警告

• (0.99.0)提交给Bioconductor

  0.1.0版本变更(2020-07-03)

• (0.1.0)开始构建FieldEffectCrc包

MethylSeqData

1.0.0版的更改

• 新的包MethylSeqData，提供DNA甲基化测序数据集。

pRolocdata

1.27.1版的更改

• 添加Kozik等人(2020)的数据

RegParallel

1.8.0版的更改

• 增加了通过survey::svyglm包含调查权重的功能

• 修正了在ceratin情况下，计算的方块数量不正确的错误

RforProteomics

1.27.1版的更改

• 移除废弃的IPPD依赖项

SCATEData

1.0.0版的更改

• 提交给Bioconductor

scRNAseq

2.4.0版本的更改

• 增加了Zilionis肺数据集(Jens Preussner)。

• 增加了Hermann精子发生数据集(Charlotte Soneson)。

• 添加了Mair和Kotliarov PBMC数据集(Stephany Orjuela)。

• 添加Stoeckius单元格哈希数据集。

• 新增Wu肾snRNA-seq数据集。

• 新增Hu皮层snRNA-seq数据集。

• 为各种数据集的altExp rowData添加峰值浓度(Alan O 'Callaghan)。

signatureSearchData

1.2.1版本变更(2020-08-14)

• 编辑了包含“DEGs和Cutoffs定义”子节的小插曲，以记录如何通过设置LFC分数和FDR Cutoffs定义查询DEGs和基因集参考数据库。

SingleCellMultiModal

1.2.0版的更改

新功能

• CITEseq函数，小插图，和' cord_blood '数据可用(@drighelli， #18)

• 包括seqFISH函数、小插曲和“mouse_visual_cortex”数据(v1和v2来自@drighelli， #14)

• 新的“mouse_gastrulation”数据集发布(版本“2.0.0”)。

• 使用version参数指示mouse_gastrulation数据版本

• 数据包括所有细胞，不仅是通过所有三个组学QC的细胞(感谢@rargelaguet， @ajabadi)。

Bug修复和小的改进

• 缓存机制使用tools::R_user_dir而不是rappdirs。

• 使用ExperimentHub元数据改进可用数据的显示。

• 改进了解释版本差异的文档。

• 贡献指南可在https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/wiki/Contributing-Guidelines获得

• scNMT函数中的默认版本参数现在设置为“2.0.0”(版本“1.0.0”仍然可用)

spatialLIBD

1.1.5版的更改

新功能

• fetch_data()从sce对象获取数据，并创建一个包含这些数据的VisiumExperiment对象。VisiumExperiment对象可以通过fetch_data(" ve ")获得。

  1.1.4版的更改

新功能

• fetch_data()现在使用BiocFileCache()从Dropbox下载数据。

timecoursedata

0.99.0版本变更(2020-05-15)

• 提交给Bioconductor

TMExplorer

版本0.99.6的更改

• 将Vignette重命名为TMExplorer(“教程”太通用了)

• 更多手册页更新

  版本0.99.5的更改

• 更新手册页并清理了一些代码。

  0.99.3版本变更(2020-07-03)

• 修正了在Windows上下载数据时的错误

  0.99.2版本变更(2020-07-03)

• 修正了一些数据集中缺失的单元格类型标签

  0.99.1版本变更(2020-06-25)

• 现在使用singlecel实验对象

  0.99.0版本变更(2020-06-22)

• 提交给Bioconductor

来自新的和现有工作流的新闻

fluentGenomics

1.0.1版的更改

• 修复下载ATAC seq文件的windows

弃用和失效的包

56个软件包从此版本中删除(在bio3.11中已弃用):affypdnn, AnalysisPageServer, anamiR, BayesPeak, bgafun, biosvd, birta, CALIB, CAMTHC, cellGrowth, chroGPS, cobindR, CTDquerier, CVE, DChIPRep, DEDS, DupChecker, FEM, gCMAP, gCMAPWeb, geecc, genome inator, IdMappingAnalysis, IdMappingRetrieval, IPPD, kimod, LMGene, lol, LVSmiRNA, M3D, manta, MaxContrastProjection, mcre估算，MergeMaid, mitoODE, MoPS, motifRG, MTseeker, nem, PAPi, pcaGoPromoter, plw, PowerExplorer, proteoQC, QUALIFIER, readat, RefNet, RIPSeeker, SANTA, scfind, splicegear，sRAP，三角，维加，波状

68个软件在此版本中已弃用，并将在bio3.13中删除:adaptest, ArrayTV, BioSeqClass, CGEN, CHARGE, chimera, CNVtools, CorMut, DESeq, explorase, flowFit, flowSpy, flowType, flowVS, focalCall, FourCSeq, FunciSNP, GeneticsDesign, GenRank, GGBase, GGtools, GOFunction, gQTLBase, gQTLstats, hicrep，冲量de，冲量de2, joda, JunctionSeq, LINC, Logolas, mcaGUI, metaArray, metaseqR, methVisual, methyvim, Mirsynergy, MmPalateMiRNA, MOFA(请参阅MOFA2)， MotIV, netbenchmark, netReg, OGSA, OmicsMarkeR, pathprint, PathwaySplice, PGA, PGSEA，plrs, prada, Prize, Rariant, reb, Roleswitch, rTANDEM, sampleClassifier, sapFinder, scsR, shinyTANDEM, sigaR, signet, simpleaffy, spotSegmentation, Starr, SVAPLSseq, TxRegInfra, xps

两个实验数据包在本版本中被移除(在BioC 3.11中被弃用):MTseekerData, RIPSeekerData

本版本中已弃用16个实验数据包，并将在bio3.13中被移除:flowFitExampleData, FunciSNP。geuvPack, geuvStore2, GGdata, methyvimData, mitoODEdata, Mulder2012, pathprintGEOData, pcaGoPromoter.Hs。hg19 pcaGoPromoter.Mm。mm9 pcaGoPromoter.Rn。rn4, RNAinteractMAPK, sampleClassifierData, waveTilingData, yriMulti

9个注释包本应该在这个版本中删除，但是我们决定给维护人员一个额外的周期来适应，并将在3.13中删除:hom.At.inp.db, hom.Ce.inp.db, hom.Dm.inp.db, hom.Hs.inp.db, hom.Mm.inp.db, hom.Rn.inp.db, hom.Sc.inp.db, KEGG.db。

本版本中已弃用五个注释包，并将在Bioc 3.13中移除:MeSH.Eco.55989.eg.db, MeSH.Eco.ED1a.eg.db, MeSH.Eco.IAI39.eg.db, MeSH.Eco.UMN026.eg.db, MeSH.Eqc.eg.db(重命名为MeSH.Eca.eg.db)

在这个版本中没有删除任何工作流包。

在此版本中没有弃用工作流包。