Bioconductor

Bioconductor项目的任务是开发、支持和传播免费的开源软件，以促进对当前和新兴生物分析数据的严格和可复制分析。我们致力于为开发人员和数据科学家建立一个多元化的、协作的、欢迎的社区。2021欧洲杯体育投注开户

科学，技术而且社区顾问委员会提供项目监督。

版本和核心开发

的Bioconductor发布版本每年更新两次，适合大多数用户。还有一个开发版，在将新功能和包合并到发行版之前，会向其添加新功能和包。大量的元数据方案提供路径、生物、微阵列等注释。

的Bioconductor项目于2001年启动，由一名核心团队，主要以罗斯威尔公园综合癌症中心，以及其他来自美国和国际机构的成员。一个社区咨询委员会和一个技术咨询委员会的主要参与者每月开会以支持Bioconductor通过协调培训和外联活动，制定战略以确保核心基础设施的长期技术适用性，并确定和实现长期可行性的供资战略。一个科学顾问委员会包括外部专家提供年度指导和问责制。

该项目的主要引用包括Huber等人，2015年自然方法12:115 - 121和绅士等人，2004基因组生物学5:R80

Bioconductor包

大多数Bioconductor组件按如下方式分布R包．的功能范围Bioconductor包包括DNA微阵列、序列、流、SNP和其他数据的分析。

项目目标

远大的目标Bioconductor项目有:

为基因组数据分析提供广泛的强大的统计和图形方法。
促进在基因组数据分析中包含生物元数据，例如来自PubMed的文献数据，来自Entrez基因的注释数据。
提供一个通用的软件平台，支持可扩展、可扩展和可互操作的软件的快速开发和部署。
通过生产高质量产品来增进科学认识2021年欧洲杯比分和可再生的研究。
来火车基因组数据分析的计算和统计方法的研究人员。

项目主要功能

统计计算R项目．使用R提供了广泛的优势Bioconductor项目,包括:
- 一种高级解释语言，可以轻松、快速地构建新的计算方法的原型。
- 一个将软件和文档打包在一起的完善的系统。
- 一个面向对象的框架，用于解决计算生物学和生物信息学问题的多样性和复杂性。
- 获取在线计算生物学和生物信息学数据。
- 支持丰富的统计模拟和建模活动。
- 先进的数据和模型可视化功能。
- 积极的开发由一个专门的研究人员团队，并对良好的文档和软件设计有强烈的承诺。
文件和可复制的研究．每一个Bioconductor包包含一个或多个2021年欧洲杯比分，这些文档提供了包功能的文本的、面向任务的描述。小插图有几种形式。许多是“HowTo”，演示了如何使用软件包的软件完成特定的任务。其他的则提供更全面的包概述或讨论与包相关的一般问题。
统计和图形方法．的Bioconductor该项目为基因组数据分析提供了强大的统计和图形方法。分析包地址工作流用于分析寡核苷酸阵列，序列分析，流式细胞术。以及其他高通量基因组数据。的R包系统它本身提供了广泛的最新统计和图形技术的实现，包括线性和非线性建模、聚类分析、预测、重采样、生存分析和时间序列分析。
注释．的Bioconductor项目提供了一种软件，可将微阵列和其他基因组数据实时与来自GenBank、Entrez基因和PubMed (注释包)。还提供了在HTML报告中合并统计分析结果的函数，并提供了到注释web资源的链接。软件工具可用于组装和处理基因组注释数据，从数据库，如GenBank，基因本体联盟，Entrez基因，UniGene, UCSC人类基因组计划(AnnotationDbi包)。注释数据包分布以提供不同探针标识符之间的映射(例如Affy id, Entrez基因，PubMed)。还可以组装定制的注释库。
Bioconductor短期课程．的Bioconductor项目已开发出方案短期课程基因组数据分析的软件和统计方法。为有生物学或统计学背景的听众开设了课程。所有课程材料(讲座和计算机实验室)可以在这个网站上找到。
开源．的Bioconductor项目承诺完全开源，通过公共git(版本控制)服务器进行分发。几乎所有的贡献都存在于开源许可之下。为什么开源软件对微阵列数据分析和一般的计算生物学是有益的有许多不同的原因。的原因包括:
- 提供对算法及其实现的完全访问
- 通过修正错误和扩展软件，促进软件改进
- 提供适当的工具和指导，鼓励良好的科学计算和统计实践
- 提供一个工具工作台，允许研究人员探索和扩展用于分析生物数据的方法
- 确保国际科学界是开展研究所需软件工具的所有者
- 领导和鼓励那些成功的工具的商业支持和开发
- 通过提供进行研究的开放和可获得的工具来促进可重复研究(可重复研究不同于独立验证)
开放发展．鼓励用户成为开发人员，或者通过贡献2021欧洲杯体育投注开户Bioconductor兼容包或文档。另外Bioconductor提供一种机制，将具有共同目标的不同组连接在一起，以促进软件上的协作，通常是在共享开发级别上。