scp

DOI:10.18129 / B9.bioc.scp

质量Spectrometry-Based单细胞蛋白质组学数据分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

效用函数用于操作、处理和分析质量spectrometry-based单细胞蛋白质组学数据。包是一个扩展到“QFeatures”包和依赖于“SingleCellExpirement”使单细胞蛋白质组学分析。包提供了用户功能过程量化表(由MaxQuant、蛋白质组发现者和更多)到数据表中准备下游分析和数据可视化。

作者:克利斯朵夫Vanderaa (aut (cre)。劳伦与(aut)

维护人员:克利斯朵夫Vanderaa <克利斯朵夫。在uclouvain.be vanderaa >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scp”)

HTML	R脚本	先进的使用“scp”
HTML	R脚本	使用readSCP加载数据
HTML	R脚本	QFeatures简而言之
HTML	R脚本	单个细胞蛋白质组学数据处理和分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays,GeneExpression,MassSpectrometry,预处理,蛋白质组学,SingleCell,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),QFeatures(> = 1.3.5)
进口	方法、统计跑龙套,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,MultiAssayExperiment,MsCoreUtils,matrixStats,S4Vectors,dplyr,magrittr
链接
建议	testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,拼接而成,ggplot2,嫁祸于,嘘,股东价值分析,preprocessCore,vsn,uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://UCLouvain-CBIO.github.io/scp
BugReports	https://github.com/UCLouvain-CBIO/scp/issues
取决于我
进口我
建议我	scpdata
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scp_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	scp_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scp_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scp_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scp
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scp/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scp/
包下载报告	下载数据