DMCHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCHMM

不同甲基化CpG使用隐马尔科夫模型

Bioconductor版本:版本(3.17)

管道识别差异甲基化CpG网站使用隐马尔科夫模型在酸性亚硫酸盐测序数据。DNA甲基化的研究使研究人员能够理解生物过程中甲基化模式和监管角色和疾病。然而,只有有限数量的统计方法已经开发提供正式的定量分析。具体来说,几可用方法做识别差异甲基化CpG (DMC)网站或地区(DMR),但是他们受到固有的局限性,主要是由于挑战重亚硫酸盐测序数据。这些挑战包括:(1)read-depths相差很大在基因组的位置和往往是低;(2)甲基化和自相关模式变化区域变化;和(3)CpG站点分布不均。此外,有几个方法论的限制:几乎所有这些工具可以比较多个组和/或处理缺失值,并且只有少数允许连续或多个协变量。最后是伟大的研究者的兴趣,为目标通常是找到哪些区域的基因组与几个曝光和特征。解决这些问题,我们已经开发出一种高效的DMC基于隐马尔可夫模型的识别方法(摘要)称为“DMCHMM”,这是一个三步方法(模型选择、预测、测试)旨在解决上述缺点。

作者:Farhad Shokoohi

维护人员:Farhad Shokoohi < Shokoohi icloud.com >

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HTML	R脚本	DMCHMM:差异甲基化CpG使用隐马尔科夫模型
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细节

biocViews	报道,DifferentialMethylation,HiddenMarkovModel,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment、方法、S4Vectors,BiocParallel,GenomicRanges,IRanges,fdrtool
进口	grDevices跑龙套,统计数据,rtracklayer,multcomp校准图形
链接
建议	testthat、knitr rmarkdown
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BugReports	https://github.com/shokoohi/DMCHMM/issues
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包档案

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源包	DMCHMM_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	DMCHMM_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DMCHMM_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DMCHMM_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCHMM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMCHMM
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DMCHMM/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMCHMM/
包下载报告	下载数据