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每个BioConductor软件包至少包含一个小插图,该文档提供了面向任务的包装功能的描述。小插图包含可执行的示例,旨在交互式使用。

您可以使用The Inside R访问Vignette的PDF版本Browsevignettes功能。例如,要查看生物弦包包中的小插图,请在r提示符下输入以下内容:

browsevignettes(package =“ bioStrings”)

这将打开一个Web浏览器,该浏览器具有指向Vignette PDF的链接以及包含Vignette中使用的代码的普通文本r文件。

Vignette文件,PDF和RNW源文档都位于Doc已安装软件包的目录(用于卸载的包装TARBALL的Inst/Doc)。您可以按照以下方式找到已安装软件包的位置:

system.file(package =“ bioStrings”)

您可以从Vignette源文件中提取所有R代码(这些文件为舒适格式),如下所示。结果将是.r每个Vignette源文件的文件写入您当前的工作目录。您可以使用这些R文件将其切割并粘贴到R会话中,以便您可以自己处理小插图中的示例。

库(“工具”)vigSrc = list.files(pattern =“ rnw $”,system.file(“ doc”,package =“ bioStrings”),full.names = true)vigsrc for(v in vigsrc)stangle(v in vigsrc)stangle(v v v)

您还可以通过访问从该包中链接的软件包的描述页面下载未安装在系统上的软件包的小插图。生物处理套件清单

小插曲的使用术语:欢迎您将这些材料用于教学目的。但是,您可能不会将这些包含在单独出版的作品(文章,书籍,网站)中。当使用生物导体课程材料的全部或部分(幻灯片,小插图,脚本)时,如果您引用作者并将您的受众推荐到Bioconductor网站,我们将不胜感激。