RTCGAToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGAToolbox

用于导出TCGA消防软管数据的新工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

对研究项目来说，管理来自癌症基因组图谱(TCGA)等大规模项目的数据以进行进一步分析是一个重要且耗时的步骤。一些努力，如Firehose项目，使TCGA预处理数据可以通过web服务和数据门户公开使用，但它需要管理、下载和准备接下来的步骤所需的数据。我们为Firehose预处理数据开发了一个开源和可扩展的基于R的数据客户端，并通过示例案例研究演示了它的使用。结果表明，RTCGAToolbox可以改善对TCGA数据感兴趣的研究人员的数据管理。此外，它还可以与其他分析管道集成，用于后续的数据分析。

作者:Mehmet Samur [aut]， Marcel Ramos [aut, cre]， Ludwig Geistlinger [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RTCGAToolbox”)

超文本标记语言	R脚本	RTCGAToolbox教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，测序，软件
版本	2.28.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	BiocGenerics，data.table，DelayedArray，GenomicRanges，GenomeInfoDb，httr，limma、方法、RaggedExperiment，RCircos，RCurl，RJSONIO，房车，S4Vectors(>= 0.23.10)，统计，stringr，SummarizedExperiment，生存，TCGAutils(> = 1.9.4),XML
链接
建议	BiocStyle，Homo.sapiens，knitr，readr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://mksamur.github.io/RTCGAToolbox/
BugReports	https://github.com/mksamur/RTCGAToolbox/issues
全靠我
进口我	cBioPortalData，TCGAWorkflow
建议我	TCGAutils
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	RTCGAToolbox_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	RTCGAToolbox_2.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RTCGAToolbox_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGAToolbox
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTCGAToolbox
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RTCGAToolbox/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RTCGAToolbox/
软件包下载报告	下载数据