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Bioconductor工作流包
Bioconductor版本:发行版(3.15)
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| 注释 | Bioconductor包维护者 | 基因组注释资源 |
| 数组 | Bioconductor包维护者 | 使用生物导体进行微阵列分析 |
| BiocMetaWorkflow | 迈克•史密斯 | 关于发布一个BioC工作流 |
| BP4RNAseq | 令太阳 | 可复制rna序列分析的保姆包 |
| CAGEWorkflow | 马尔特Thodberg | 使用R/Bioconductor分析CAGE数据的逐步指南 |
| chipseqDB | 亚伦Lun | Bioconductor工作流检测芯片序列数据中的差异绑定 |
| csawUsersGuide | 亚伦Lun | csaw用户指南 |
| cytofWorkflow | 马克·d·罗宾逊 | CyTOF工作流程:高通量高维细胞术数据集的差异发现 |
| EGSEA123 | 马修·里奇 | 简单高效的EGSEA集成基因集检测 |
| ExpHunterSuite | 詹姆斯·珀金斯 | 转录组数据综合分析包 |
| ExpressionNormalizationWorkflow | Karthikeyan Murugesan | 基因表达规范化工作流程 |
| fluentGenomics | 斯图尔特•李 | 一个plyranges和tximeta工作流 |
| generegulation | Bioconductor包维护者 | 通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点 |
| GeoMxWorkflows | 杰森·里夫斯 | GeoMx数字空间分析器(DSP)数据分析工作流程 |
| highthroughputassays | Bioconductor包维护者 | 利用生物导体进行高通量测定 |
| liftOver | Bioconductor包维护者 | 使用rtracklayer::liftOver改变基因组坐标系统 |
| maEndToEnd | 斯蒂芬妮Reisenauer | 使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流 |
| methylationArrayAnalysis | Jovana Maksimovic | 用于分析甲基化阵列数据的跨包Bioconductor工作流。 |
| 蛋白质组学 | 劳伦特与 | 质谱和蛋白质组学数据分析 |
| recountWorkflow | 莱昂纳多Collado-Torres | 叙述工作流程:使用Bioconductor访问超过70,000人RNA-seq样本 |
| RNAseq123 | 马修·里奇 | rna序列分析简单如1-2-3 limma, Glimma和edgeR |
| rnaseqDTU | 迈克尔的爱 | Salmon量化后差异转录本使用的RNA-seq工作流程 |
| rnaseqGene | 迈克尔的爱 | RNA-seq工作流程:基因级探索性分析和差异表达 |
| RnaSeqGeneEdgeRQL | Yunshun陈 | 使用Rsubread和edgeR准似然管道进行基因级RNA-seq差异表达和通路分析 |
| 测序 | Bioconductor包维护者 | 序列数据生物导体简介 |
| simpleSingleCell | 亚伦Lun | 使用Bioconductor对单细胞RNA-seq数据进行低级分析的逐步工作流程 |
| SingscoreAMLMutations | Dharmesh d Bhuva | 使用singscore从转录组特征预测AML突变 |
| TCGAWorkflow | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | 使用Bioconductor软件包分析癌症基因组学和表观基因组学数据 |
| 变体 | Bioconductor包维护者 | 注释的基因变异 |
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Bioconductor的稳定,每半年发布:
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