DIAlignR

DOI:10.18129 / B9.bioc.DIAlignR

基于动态规划的MS2色谱图谱比对

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为了从生物样本中获得无偏的蛋白质组覆盖，质谱仪在数据独立采集(DIA)模式下操作。这些DIA运行的对齐在完整的数据矩阵中建立了一致性和更少的缺失值。这个包实现了动态规划与仿射间隙惩罚为基础的方法成对对齐的分析物。在这个工具中实现了全局比对(通过MS2特征)和局部比对(使用MS2色谱图)的混合方法。

作者:Shubham Gupta [aut, cre]——汉斯·罗斯特[au]，贾斯汀·辛[au]

维护者:Shubham Gupta < Shubham。1637在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DIAlignR”)

超文本标记语言	R脚本	基于目标质谱比对的MS2色谱图
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	2.6.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法，统计，R (>= 4.0)
进口	动物园(> = 1.8 3),data.table，magrittr，dplyr，tidyr，rlang，mzR(> = 2.18),信号，bit64，网状，ggplot2，RSQLite，DBI，猿，phangorn，pracma，RMSNumpress，Rcpp
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	knitr，akima，晶格，尺度，gridExtra，latticeExtra，rmarkdown，BiocStyle，BiocParallel，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements	c++ 14
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shubham1637/DIAlignR/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DIAlignR_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	DIAlignR_2.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	DIAlignR_2.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	DIAlignR_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DIAlignR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DIAlignR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DIAlignR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DIAlignR/
软件包下载报告	下载数据