tximport

doi：10.18129/b9.bioc.tximport

导入和总结成绩单和基因级分析的笔录级估计值

生物导体版本：版本（3.15）

进口笔录级丰度，估计计数和转录本长度，并将其汇总到矩阵中，以与下游基因级分析软件包一起使用。通过样品特异性转录物丰度估计加权的平均转录本长度作为矩阵提供，可用作基因级数不同表达的偏移。

作者：Michael Love [CRE，AUT]，Charlotte Soneson [Aut]，Mark Robinson [aut]，Rob Patro [CTB]，Andrew Parker Morgan [CTB]，Ryan C. Thompson [CTB]，Matt Shirley [CTB]，Avi，AviSrivastava [CTB]

维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ TXIMPORT”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ TXIMPORT”）

html	R脚本	带有TXIMPORT的转录本丰度数据集
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.24.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（6年）
执照	GPL（> = 2）
要看
进口	UTIT，统计，方法
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，tximportdata，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，readr（> = 0.2.2），林玛，，，，EDGER，，，，deseq2（> = 1.11.6），RHDF5，，，，jsonlite，，，，矩阵，，，，矩阵，，，，鱼池
系统要求
增强
URL	https://github.com/mikelove/tximport
取决于我
进口我	ALEVINQC，，，，BGEECALL，，，，EventPointer，，，，同工型间分析仪，，，，Singlecelltk，，，，tximeta
建议我	土匪，，，，deseq2，，，，人录取组成，，，，总结，，，，方差分区
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tximport_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	tximport_1.24.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tximport_1.24.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tximport
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tximport/
软件包下载报告	下载统计