decompTumor2Sig

DOI:10.18129 / B9.bioc.decompTumor2Sig

分解的个体肿瘤突变签名,签名改装

Bioconductor版本:版本(3.16)

使用二次规划签名改装。,to decompose the mutation catalog from an individual tumor sample into a set of given mutational signatures (either Alexandrov-model signatures or Shiraishi-model signatures), computing weights that reflect the contributions of the signatures to the mutation load of the tumor.

作者:罗萨里奥m . Piro (aut (cre),桑德拉·克鲁格(施)

维护人员:罗萨里奥m . Piro < rmpiro gmail.com >

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“decompTumor2Sig”)

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细节

biocViews	BiologicalQuestion,BiomedicalInformatics,DNASeq,遗传学,GenomicVariation,单核苷酸多态性,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0),ggplot2
进口	方法,矩阵,quadprog(> = 1.5 5),GenomicRanges统计数据,GenomicFeatures,Biostrings,BiocGenerics,S4Vectors,plyr跑龙套,图形,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,VariantAnnotation,SummarizedExperiment,ggseqlogo,gridExtra,data.table,GenomeInfoDb,readxl
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://rmpiro.net/decompTumor2Sig/https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig
BugReports	https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig/issues
取决于我
进口我	musicatk
建议我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	decompTumor2Sig_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	decompTumor2Sig_2.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	decompTumor2Sig_2.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decompTumor2Sig
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ decompTumor2Sig
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/decompTumor2Sig/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/decompTumor2Sig/
包下载报告	下载数据