pipeComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.pipeComp

pipeComp管道基准测试框架

Bioconductor版本:版本(3.17)

一个简单的框架,促进管道涉及各个步骤和参数的比较。“pipelineDefinition”类代表管道,最低限度,一组函数连续的输出上执行前一个,和可选地伴随着步进式评价和聚合函数。给这样的一个对象,一组替代参数/方法,和基准数据集,然后“runPipeline”功能通过所有组合参数,避免验算两次相同的步骤和编译动态评估,以避免存储中间数据可能很大。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut),安东尼Sonrel (aut)马克·d·罗宾逊(aut(曾经)

维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pipeComp”)

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文档

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HTML	R脚本	pipeComp
HTML	R脚本	pipeComp_dea
HTML	R脚本	pipeComp_scRNA
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细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,GeneExpression,软件,转录组
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 4.1)
进口	BiocParallel,S4Vectors,ComplexHeatmap,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment、修拉、matrixStats矩阵,集群,aricode,方法,跑龙套,dplyr,网格,尺度,食物线索,viridisLite randomcoloR、ggplot2 cowplot, intrinsicDimension,嘘,reshape2 knitr统计、Rtsne uwot, circlize RColorBrewer
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1186/s13059 - 020 - 02136 - 7
BugReports	https://github.com/plger/pipeComp
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	pipeComp_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	pipeComp_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	pipeComp_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	pipeComp_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeComp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pipeComp
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pipeComp/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pipeComp/
包下载报告	下载数据