NanoMethViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoMethViz

想象methlation来自牛津纳米孔测序的数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

NanoMethViz是想象的工具包甲基化数据从牛津纳米孔测序。它可以用来探索甲基化模式读取来自牛津纳米孔直接与甲基化DNA测序由调用者调用包括nanopolish f5c megalodon。甲基化的情节在这个包中允许可视化配置文件聚合实验组织和跨类的基因特性。

作者:Shian Su (cre, aut)

维护人员:Shian <苏苏。年代在wehi.edu.au >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NanoMethViz”)

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细节

biocViews	DifferentialMethylation,软件,可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	Apache许可(> = 2.0)
取决于	R(> = 4.0.0)、方法ggplot2
进口	cpp11(> = 0.2.5),readr,S4Vectors,SummarizedExperiment,BiocSingular,bsseq,forcats,为了,AnnotationDbi,Rcpp,dplyr,data.table,e1071,fs,GenomicRanges,ggrastr,胶水、图形、limma(> = 3.44.0),拼接而成,purrr,rlang,R.utils,RSQLite,Rsamtools,尺度(> = 1.2.0),scico统计数据,stringr,宠物猫,tidyr跑龙套,withr,zlibbioc
链接	Rcpp
建议	DSS,Mus.musculus(> = 1.3.1),Homo.sapiens(> = 1.3.1),org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,org.Mm.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,knitr,rmarkdown,rtracklayer,testthat(> = 3.0.0),covr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/shians/NanoMethViz
BugReports	https://github.com/Shians/NanoMethViz/issues
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	NanoMethViz_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	NanoMethViz_2.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	NanoMethViz_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	NanoMethViz_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoMethViz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NanoMethViz
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NanoMethViz/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NanoMethViz/
包下载报告	下载数据