ISAnalytics

DOI:10.18129 / B9.bioc.ISAnalytics

从基因组学分析基因治疗载体插入站点数据确定下一代测序读克隆跟踪研究

Bioconductor版本:版本(3.16)

在基因疗法,干细胞是修改使用病毒载体将治疗转基因和替换功能性质由于基因改造是稳定和在所有细胞的后代继承。的检索和映射序列在宿主的DNA侧面连接允许插入站点的标识(是),对于监测转基因细胞体内的进化。全面分析工具包是需要培养克隆trackign研究和支持安全性和长期疗效的评估体内。这个包的目的是(1)支持是工作流的自动化,(2)执行基地,推进分析跟踪(克隆,克隆扩张和插入突变的统计数据,等等),(3)提供体内转导干细胞的基本生物学见解。

作者:安德里亚·卡拉布里亚(aut (cre),朱里奥Spinozzi (aut),会报(aut)

维护人员:安德里亚·卡拉布里亚<卡拉布里亚。安德里亚在hsr.it >

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HTML	R脚本	ISAnalytics
HTML	R脚本	sharing_analyses
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,测序,SingleCell,软件
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	CC 4.0
取决于	R (> = 4.2),magrittr
进口	跑龙套,dplyr,readr,tidyr,purrr,rlang,宠物猫,stringr,fs,lubridate,生命周期,ggplot2,ggrepel统计数据,心理,data.table,readxl、工具、RcapturegrDevices,forcats,胶水,闪亮的,shinyWidgets,datamods,bslib
链接
建议	testthat,covr,knitr,BiocStyle,sessioninfo,rmarkdown,roxygen2,素食主义者,withr,extraDistr,ggalluvial,尺度,gridExtra,R.utils,RefManageR,flexdashboard,DT,circlize,情节,gtools,eulerr,openxlsx,jsonlite,pheatmap,BiocParallel,progressr,未来,doFuture,foreach
SystemRequirements
增强了
URL	https://calabrialab.github.io/ISAnalyticshttps://github.com//calabrialab/isanalytics
BugReports	https://github.com/calabrialab/ISAnalytics/issues
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包档案

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源包	ISAnalytics_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	ISAnalytics_1.8.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ISAnalytics_1.8.1.tgz
macOS二进制(arm64)	ISAnalytics_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ISAnalytics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ISAnalytics
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ISAnalytics/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ISAnalytics/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.16源码包	源存档