cTRAP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cTRAP

从差异基因表达数据识别候选因果扰动

Bioconductor版本:发行版(3.16)

将差异基因表达结果与来自连通性图的已知细胞扰动(如基因敲除、过表达或小分子)的结果进行比较。这样的分析不仅可以推断所观察到的基因表达差异的分子原因，而且还可以确定可能驱动或恢复特定转录组改变的小分子。

作者:Bernardo P. de Almeida [aut]， Nuno Saraiva-Agostinho [aut, cre]， Nuno L. Barbosa-Morais [aut, lead]

维护者:Nuno Saraiva-Agostinho < nnodanielagostinho at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“cTRAP”)

超文本标记语言	R脚本	cTRAP:从差异基因表达数据中识别候选因果扰动
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，通路，RNASeq，软件，转录组
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，binr，cowplot，data.table，dplyr，DT，fastmatch，fgsea，ggplot2，ggrepel、图形、highcharter，htmltools，httr，limma，方法，并行，pbapply，purrr，qs，R.utils，readxl，reshape2，rhdf5，rlang，尺度，闪亮的(> = 1.7.0),shinycssloaders统计数据,宠物猫，工具，utils
链接
建议	testthat，knitr，covr，rmarkdown，拼写，biomaRt，遥控器
SystemRequirements
增强了
URL	https://nuno-agostinho.github.io/cTRAPhttps://github.com/nuno-agostinho/cTRAP
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	cTRAP_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	cTRAP_1.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cTRAP_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cTRAP_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cTRAP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cTRAP
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cTRAP/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cTRAP/
软件包下载报告	下载数据