BP4RNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BP4RNAseq

保姆的包复制RNA-seq分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

一个自动化管为可再生的RNA-seq分析与研究人员的最小的努力。这个包可以处理大部分RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据。加入你只能提供分类单元的名称和id RNA-seq数据存入国家生物技术信息中心(NCBI)。一杯茶或更长时间后,你会得到合成基因表达数据作为基因计数和记录数根据alignment-based和alignment-free工作流。

作者:令太阳(cre, aut], Lei徐(aut),全邹(aut)

维护人员:令太阳< sunshanwen gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BP4RNAseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BP4RNAseq”)

HTML

R脚本

BP4RNAseq装饰图案

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	1.10.0
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	dplyr、fastqcr stringr tidyr,统计,跑龙套,magrittr,网状
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat
SystemRequirements	UNIX, SRA工具包= 2.10.3 Entrez直接= 13.3,FastQC = v0.11.9 Cutadapt = 2.10,数据集,SAMtools = 1.9, HISAT2 = 2.2.0 StringTie = 2.1.1,鲑鱼= 1.2.1
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	BP4RNAseq_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BP4RNAseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BP4RNAseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BP4RNAseq/
包下载报告	下载数据