ILoReg

DOI:10.18129 / B9.bioc.ILoReg

ILoReg:高分辨率细胞群从scRNA-Seq数据识别的工具

Bioconductor版本:版本(3.17)

ILoReg工具从scRNA-seq数据识别的细胞群。特别是ILoReg寻找有用细胞群与微妙的转录组的差异。该方法利用self-supervised学习方法,称为Iteratitive集群投影(ICP),找到集群概率,用于降噪前PCA和随后的层次聚类和t-SNE步骤。此外,函数微分表达式分析找到种群的基因标记和基因表达可视化。

作者:约翰Smolander (cre, aut], Sini Junttila (aut) Mikko年代Venalainen (aut), Laura L值得信赖(aut)

维护人员:约翰Smolander <约翰内斯。在gmail.com smolander >

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HTML	R脚本	ILoReg包手册
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细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,RNASeq,SingleCell,软件,转录,转录组,可视化
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	矩阵,并行foreach, aricode、LiblineaR SparseM, ggplot2, cowplot, RSpectra, umap, Rtsne, fastcluster, parallelDist,集群,dendextend, DescTools, plyr,尺度,pheatmap, reshape2, dplyr, doRNG,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors、方法、统计doSNOW跑龙套
链接
建议	knitr, rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/elolab/ILoReg
BugReports	https://github.com/elolab/ILoReg/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ILoReg_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	ILoReg_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ILoReg_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ILoReg_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ILoReg
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ILoReg
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ILoReg/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ILoReg/
包下载报告	下载数据