variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

在多水平基因表达实验中量化和解释变异的驱动因素

Bioconductor版本:发行版(3.16)

量化和解释基因表达实验中生物和技术变异的多个来源。使用线性混合模型量化可归因于个体、组织、时间点或技术变量的基因表达变异。包括重复测量的梦差异表达分析。

作者:Gabriel Hoffman [aut, cre]

维护者:Gabriel E. Hoffman < Gabriel。Hoffman在mssm。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“variancePartition”)

PDF	R脚本	1)使用variancePartition的教程
超文本标记语言	R脚本	2)额外的可视化
超文本标记语言	R脚本	3)随机效应和REML理论与实践
超文本标记语言	R脚本	4)梦想:用重复测量设计进行差异表达测试
超文本标记语言	R脚本	5)常见问题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，回归，软件，转录组
版本	1.28.3
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0.0)，ggplot2，limma，BiocParallel
进口	质量，pbkrtest(> = 0.4 4),lmerTest，矩阵(> = 1.4.0),迭代器，foreach，doParallel，gplots，RhpcBLASctl，进步，reshape2，remaCor(> = 0.0.11),大气气溶胶，尺度，Rdpack，rlang，lme4(>= 1.1-10)， grDevices，图形，Biobase，方法，utils，统计
链接
建议	BiocStyle，knitr，老鸨，rmarkdown，刨边机，dendextend，tximport，tximportData，舞会礼服，DESeq2，RUnit，BiocGenerics，r2glmm，readr
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/variancePartitionhttps://DiseaseNeuroGenomics.github.io/variancePartition
BugReports	https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/variancePartition/issues
全靠我
进口我	马斯喀特，天顶
建议我	GRaNIE
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	variancePartition_1.28.3.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.28.3.zip
macOS二进制文件(x86_64)	variancePartition_1.28.3.tgz
macOS二进制文件(arm64)	variancePartition_1.28.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/variancePartition
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/variancePartition/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/variancePartition/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档