trackViewer

DOI:10.18129 / B9.bioc.trackViewer

R/Bioconductor软件包，具有web界面，可绘制优雅的交互式轨道或棒棒糖图，以促进多组学数据的综合分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

可视化映射读取以及注释作为NGS数据集(如ChIP-seq, RNA-seq, miRNA-seq, DNA-seq, snp和甲基化数据)的跟踪层。

作者:欧建宏[aut, cre]，朱丽华[au]

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“trackViewer”)

超文本标记语言	R脚本	trackViewer小插图:改变轨道样式
超文本标记语言	R脚本	trackViewer小插图:蒲公英情节
超文本标记语言	R脚本	小插图:lollipopPlot
超文本标记语言	R脚本	trackViewer小插图:概述
超文本标记语言	R脚本	trackViewer小插曲:情节交互数据
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文本		新闻

细节

biocViews	软件，可视化
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)， grDevices，GenomicRanges、网格Rcpp
进口	GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，Gviz，Rsamtools，S4Vectors，rtracklayer，BiocGenerics，尺度、工具、IRanges，AnnotationDbi，grImport，htmlwidgets，plotrix，Rgraphviz，InteractionSet，图跑龙套,rhdf5
链接	Rcpp
建议	biomaRt，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RUnit，org.Hs.eg.db，BiocStyle，knitr，VariantAnnotation，httr，htmltools，rmarkdown，motifStack
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	NADfinder
建议我	ATACseqQC，ChIPpeakAnno
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	trackViewer_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	trackViewer_1.34.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	trackViewer_1.34.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	trackViewer_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trackViewer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/trackViewer
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/trackViewer/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/trackViewer/
软件包下载报告	下载数据