HDF5Array

DOI:10.18129 / B9.bioc.HDF5Array

HDF5后端为DelayedArray对象

生物导体版本:发布(3.13)

实现HDF5Array, H5SparseMatrix, H5ADMatrix，和TENxMatrix类，4个方便和内存高效的数组类容器表示和操作:(1)一个常规(即密集)HDF5数据集，(2)一个HDF5稀疏矩阵(以CSR/CSC/Yale格式存储)，(3)h5ad文件的中心矩阵(或任何/层组中的矩阵)，或(4)一个10x Genomics稀疏矩阵。所有这些容器都是DelayedArray扩展，因此支持DelayedArray对象支持的所有操作(延迟或块处理)。

作者:Herve页面

维护者:Hervé Pagès

安装

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如果(!2、安装BiocManager::install("HDF5Array")

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文档

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细节

biocViews	注释,报道,DataImport,DataRepresentation,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,基础设施,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法DelayedArray(> = 0.15.16),rhdf5(> = 2.31.6)
进口	跑龙套、统计数据、工具,矩阵,rhdf5filters,BiocGenerics(> = 0.31.5),S4Vectors,IRanges
链接	S4Vectors(> = 0.27.13),Rhdf5lib
建议	BiocParallel,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.15.1),h5vcData,ExperimentHub,TENxBrainData,zellkonverter,GenomicFeatures,RUnit,SingleCellExperiment
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/HDF5Array
BugReports	https://github.com/Bioconductor/HDF5Array/issues
取决于我	compartmap,GenoGAM,MAGAR,TENxBrainData,TENxPBMCData
进口我	biscuiteer,bsseq,clusterExperiment,curatedTCGAData,cytomapper,DropletUtils,弗雷泽,GenomicScores,glmGamPoi,GSVA,HCAData,imcdatasets,LoomExperiment,MafH5.gnomAD.r3.0.GRCh38,MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38,methrix,MethylSeqData,minfi,MOFA2,netSmooth,recountmethylation,scmeth,用水晶球占卜,signatureSearch,SingleCellMultiModal,spatialHeatmap
建议我	beachmat,BiocSklearn,DelayedArray,DelayedMatrixStats,iSEE,桅杆,mbkmeans,metabolomicsWorkbenchR,MultiAssayExperiment,PDATK,QFeatures,scMerge,食物,芝麻,SummarizedExperiment,zellkonverter
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	HDF5Array_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	HDF5Array_1.20.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	HDF5Array_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HDF5Array
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HDF5Array
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/HDF5Array/
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