msa

DOI:10.18129 / B9.bioc.msa

多序列比对

Bioconductor版本:发行版(3.16)

“msa”包为多个序列比对算法ClustalW、ClustalOmega和Muscle提供了统一的R/Bioconductor接口。所有三种算法都集成在包中，因此，它们不依赖于任何外部软件工具，可用于所有主要平台。多个序列对齐算法由一个使用LaTeX包TeXshade的漂亮打印多个序列对齐的函数补充。

作者:Enrico Bonatesta, Christoph Horejs-Kainrath, Ulrich Bodenhofer

维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (msa)

PDF	R脚本	msa -一个多序列比对的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，MultipleComparison，MultipleSequenceAlignment，测序，软件
版本	1.30.1
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.3.0)，方法，Biostrings(> = 2.40.0)
进口	Rcpp(> = 0.11.1),BiocGenerics，IRanges(> = 1.20.0),S4Vectors、工具
链接	Rcpp
建议	Biobase，knitr，seqinr，猿(> = 5.1),phangorn
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/msa/
全靠我
进口我	LymphoSeq，odseq，surfaltr
建议我	idpr
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	msa_1.30.1.tar.gz
Windows二进制	msa_1.30.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	msa_1.30.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	msa_1.30.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msa
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/msa
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/msa/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/msa/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档