与生物导体协调单细胞分析
作者:罗伯特·阿梅斯基塔[aut],艾伦·伦[aut, re],斯蒂芬妮·希克斯[aut],拉斐尔·戈塔多[aut]
版本:1.0.6
修改:2020-11-13
编译:2021-03-24
环境:R版本4.0.4 (2019-02-15),Bioconductor 3.12
许可:Cc by - nc和3.0 us
版权:Bioconductor 2020
来源:https://github.com/Bioconductor/OrchestratingSingleCellAnalysis
欢迎
这是一个网站用生物导体协调单细胞分析,这本书教用户分析单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)的一些常见工作流程。这本书将教你如何利用尖端的生物导体工具来处理,分析,可视化和探索scRNA-seq数据。此外,它还可以作为手稿的在线伴侣用生物导体协调单细胞分析.
虽然我们专注于scRNA-seq数据,这是一种在单细胞水平上描述转录组的新技术,但本书中使用的许多工具,惯例和分析策略广泛适用于其他类型的分析。通过学习Bioconductor工作流程的语法,我们希望为您提供一个探索自己数据的起点,无论是scRNA-seq还是其他数据。
这本书分为三个部分。在序言,我们介绍了这本书,并深入研究了学习R和Bioconductor的资源(无论是初学者还是开发人员)。第1部分以一个关键数据基础设施的教程作为结束SingleCellExperiment类,它在整个Bioconductor中用于单细胞分析以及随后的部分。
第二部分,焦点话题,首先概述了scRNA-seq数据分析的框架,并在随后的每一章中介绍了深入研究特定主题的内容。
第三部分,工作流,主要提供了详细分析全书中各种数据集的代码。
最后,附录突出我们的贡献者。
如果你想引用这个作品,请使用参考文献用生物导体协调单细胞分析.
这本书是写在RMarkdown与bookdown.OSCA是一个协作的成果,由来自Bioconductor团队的各种人员提供支持,他们贡献了工作流、修复和改进。
这个网站是免费使用,并根据知识共享署名-非商业性-禁止衍生3.0许可证。