PharmacoGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.PharmacoGx

大规模药物基因组学数据分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

包含一组功能，以执行大规模的药物基因组数据分析。其中包括用于存储药物基因组实验结果的PharmacoSet对象，以及用于计算药物剂量反应的常见摘要并将其与癌细胞系中的分子特征相关联的许多函数。

作者:Petr Smirnov [aut]， Christopher Eeles [aut]， Zhaleh Safikhani [aut]， Mark Freeman [aut]，菲菲Li [aut]， Benjamin Haibe-Kains [aut, cre]

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PharmacoGx”)

超文本标记语言	R脚本	创建PharmacoSet对象
超文本标记语言	R脚本	PharmacoGx:用于分析大型药物基因组数据集的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，GeneExpression，遗传药理学，药物基因组学，软件
版本	3.2.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.6)，CoreGx
进口	BiocGenerics，Biobase，S4Vectors，SummarizedExperiment，MultiAssayExperiment，BiocParallel，ggplot2，magicaxis，RColorBrewer平行,caTools、方法、下载器，统计，utils，图形，grDevices，reshape2，jsonlite，data.table，使彻底失败，引导，鸡笼
链接	Rcpp
建议	老鸨，rmarkdown，knitr，knitcitations，蜡笔，testthat，减价，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/bhklab/PharmacoGx/issues
全靠我
进口我	Xeva
建议我	ToxicoGx
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	PharmacoGx_3.2.0.tar.gz
Windows二进制	PharmacoGx_3.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PharmacoGx_3.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PharmacoGx_3.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PharmacoGx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PharmacoGx
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PharmacoGx/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PharmacoGx/
软件包下载报告	下载数据