transomics2cytoscape

DOI:10.18129 / B9.bioc.transomics2cytoscape

一个工具集与Cytoscape 3 d Trans-Omic网络可视化

Bioconductor版本:版本(3.16)

transomics2cytoscape为3 d transomics可视化生成一个文件通过提供输入指定多个KEGG通道层的IDs,相应的z轴的高度,和一个输入代表通路之间的边缘层。边缘,例如,描述之间的关系激酶途径和酶的另一个途径。这个包自动创建一个transomics网络如图Yugi.2014 (https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.07.021)使用Cytoscape自动化(https://doi.org/10.1186/s13059 - 019 - 1758 - 4)。

作者:Kozo Nishida (aut (cre),Katsuyuki游戏(aut)

维护人员:Kozo Nishida < Kozo。在gmail.com nishida >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“transomics2cytoscape”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“transomics2cytoscape”)

HTML	R脚本	transomics2cytoscape
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,KEGG,网络,通路,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	RCy3,KEGGREST,dplyr,purrr,宠物猫
链接
建议	testthat,roxygen2,knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements	Cytoscape > = 3.9.1
增强了
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进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	transomics2cytoscape_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	transomics2cytoscape_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	transomics2cytoscape_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	transomics2cytoscape_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transomics2cytoscape
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ transomics2cytoscape
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/transomics2cytoscape/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/transomics2cytoscape/
包下载报告	下载数据