megadepth

DOI:10.18129 / B9.bioc.megadepth

megadepth: BigWig和BAM相关实用程序

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包提供了ChristopherWilks提供的Megadepth的R接口，可在https://github.com/ChristopherWilks/megadepth获得。它对于计算bigWig或BAM文件中一组基因组区域的覆盖范围特别有用。使用这个包，您可以从BigWig文件中为区域或您选择的注释构建碱基对覆盖矩阵。Megadepth用于创建//www.andersvercelli.com/packages/recount3提供的原始文件。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut]，张大卫[aut, cre]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("megadepth")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“megadepth”)

超文本标记语言	R脚本	Megadepth快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		安装

细节

biocViews	报道，DataImport，预处理，RNASeq，软件，转录组
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	xfun跑龙套,fs，GenomicRanges，readr，cmdfun，dplyr，magrittr
链接
建议	covr，knitr，BiocStyle，sessioninfo，rmarkdown，rtracklayer，derfinder，GenomeInfoDb、工具、RefManageR，testthat
SystemRequirements	megadepth ( ）
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/megadepth
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/megadepth
全靠我
进口我	dasper，奥得河
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	megadepth_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	megadepth_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	megadepth_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	megadepth_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/megadepth
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/megadepth
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/megadepth/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/megadepth/
软件包下载报告	下载数据