ViSEAGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.ViSEAGO

ViSEAGO:一个Bioconductor包，用于使用基因本体和语义相似性聚类生物功能

Bioconductor版本:Release (3.15)

ViSEAGO包的主要目的是对生物功能进行数据挖掘，建立参与研究的基因之间的联系。我们在R中开发ViSEAGO，以促进功能基因本体(GO)分析复杂的实验设计，并进行多个兴趣比较。它允许一起研究大规模数据集，并可视化GO配置文件以获取生物学知识。首字母缩写代表了分析的三个主要概念:可视化、语义相似性和基因本体的丰富分析。它提供了对最近的当前GO注释的访问，这些注释是从NCBI EntrezGene, Ensembl或Uniprot数据库中检索到的几个物种。利用可用的R包和新颖的开发，ViSEAGO扩展了经典的功能GO分析，通过聚合密切相关的生物学主题，同时研究多个数据集，专注于功能一致性。它使用尊重GO图结构的交互功能提供了一个综合和详细的视图，并确保语义相似性提供的功能一致性。ViSEAGO已成功应用于不同物种的多个数据集，涉及各种生物学问题。结果可以很容易地在生物信息学家和生物学家之间共享，增强报告能力，同时保持可重复性。

作者:Aurelien Brionne [aut, cre]， Amelie Juanchich [aut]， Christelle hennequet-antier [aut]

维护:Aurelien Brionne < Aurelien。Brionne在inrae.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ViSEAGO”)

超文本标记语言	R脚本	1: ViSEAGO
超文本标记语言	R脚本	2: mouse_bionconductor
超文本标记语言	R脚本	3: fgsea_alternative
超文本标记语言	R脚本	4: SS_choice
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，去，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	data.table，AnnotationDbi，AnnotationForge，biomaRt，dendextend，图，DT，dynamicTreeCut，fgsea，GOSemSim，ggplot2，GO.dbgrDevices,的热图，htmlwidgets，igraph、方法、情节，processx，topGO，RColorBrewer，R.utils，尺度统计数据,UpSetR,跑龙套
链接
建议	htmltools，org.Mm.eg.db，limma，Rgraphviz，BiocStyle，knitr，rmarkdown，corrplot，遥控器，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/ViSEAGO.htmlhttps://forgemia.inra.fr/UMR-BOA/ViSEAGO
BugReports	https://forgemia.inra.fr/UMR-BOA/ViSEAGO/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ViSEAGO_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	ViSEAGO_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ViSEAGO_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ViSEAGO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ViSEAGO
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ViSEAGO/
软件包下载报告	下载数据