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匈牙利瑞士比分
此页面概述了提交过程以及关键原则。也可以看看套餐指南包装特定指南和要求和要求生物体新包装提匈牙利瑞士比分交跟踪器。
介绍
提交包生物体包裹应该：
- 地址高通量基因组分析区域，例如测序，表达和其他微阵列，流式细胞术，质谱，图像分析;看Biocviews.。
- 与其他人互操作生物体包裹重新使用常见数据结构（看S4类和方法）和现有的基础设施（例如，
rtracklayer :: Import（）输入常见基因组文件）。 - 采用软件最佳实践，可实现可重复的研究和使用，例如完整的文档和Vignettes（包括完全评估的代码）以及通过致力于通过的长期用户支持生物体支持网站。
- 在cran上不存在。包只能提交给一个或另一个包。
- 遵守套餐指南。
- 您的包不能依赖于在CRAN或CRAN上提供的任何包（或版本）生物体。
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包的类型
生物体包由三种主要包类型广泛定义：软件那实验数据， 和注解。
用户贡献的大多数包都是软件包。软件包提供算法的实现（例如统计分析），访问资源（例如Biomart或NCBI）或可视化（例如火山图，途径）。可以在此处找到创建软件包的说明：套餐指南。
注释包是类似数据库的软件包，其向其他信息链接到其他信息（例如，染色体位置，基因本体类别）的信息链接标识符（例如，entrez基因名称或yefymetrix探针ID）。还鼓励它使用AnnotationHub来存储和访问大型原始数据文件及其转换为标准R格式。可以在此处找到用于将数据添加到注释声和设计注释包的说明：创建集线器包。
实验数据包提供通常由软件包使用的数据集，以说明特定的分析。这些包包含来自实验，教学过程或出版物的策划数据，并且在大多数情况下包含单个数据集。还鼓励它利用实验室来存储和访问更大的数据文件。实验室对于托管相关数据集的集合也特别有用。将数据添加到实验室和设计实验数据包以使用实验室的说明可以在此处找到：创建集线器包。
看套餐指南有关包格式和语法的详细信息。
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作者/维护者期望
接受包装生物体带来持续的套餐维护职责。包裹作者预期：
遵循Biocuadiond指南
遵循生物导体的释放循环
每年有两次释放，四月和十月左右。这发布时间表将指示每个版本的时间表和截止日期。发布周期通常会产生两个版本的包，“devel”和'释放'。熟悉这些分支概念非常重要。一旦您的包裹被接受，它将最初将在“devel”分支中。当前的Devel分支成为下一个版本。大多数用户都预计将使用发布分支，因此它们不会立即访问您的包裹，直到下一个版本。错误修复可以在两个分支中修复，而新功能只应添加到“devel”分支中。
使用版本控制维护包
意识到生物体与CRAN不同，维护GIT版本控件下的所有包源代码。这意味着您使用的包装更改Git.。如果您的包裹被接受，您将收到具有典型GIT操作的指令（请参阅后接受部分）。由于R和/或其他包依赖项可能的底层更改，需要通过软件发布周期进行软件释放周期，包括提示更新软件和文档。
订阅Bioc-devel.邮件列表
Biocuconductor团队通过此列表与开发人员进行通信。2021欧洲杯体育投注开户它也是对其他开发人员的更改进行交流的好渠道。2021欧洲杯体育投注开户及时解决Biocucondudard团队请求保证您的包裹通过生物导体仍然可用。
支持网站是用户的官方支持频道。用户甚至开发人员可能会提出关于2021欧洲杯体育投注开户您在此平台上的包裹的问题。请务必包含您在支持网站配置文件的“观看标签”部分中的所有包。这将通知您有关您的包裹发布的任何问题。要及时回应错误报告和问题非常重要生物体支持网站发布或直接到开发人员。2021欧洲杯体育投注开户一些维护者更喜欢表明一个
Bugreports：在包装的描述文件中的字段。此字段表示特定的网页，用于提交错误报告和问题。
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提交
通过开设新问题提交生物体贡献存储库，跟随指导方针的
readme.md.文件。假设你的包裹在github存储库在默认分支下，将链接添加到存储库到您正在打开的问题。您无法指定任何替代分支机构;使用默认分支。默认分支必须仅包含包代码。其他应用程序（GitHub操作，devtool等）的任何文件或目录都应在不同的分支中。
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实验数据包
实验数据包包含特定于特定分析或实验的数据。它们经常伴随一个软件包，以便在示例和小插图中使用，通常不会定期更新。如果您需要一般的工作流或示例的一般数据子集，请先检查用于可用文件的注释声资源（例如，BAM，FASTA，BIGWIG等）或用于已包含在内的可用处理示例数据集的实验室生物体。如果没有当前文件或数据集是合适的，请考虑使用的相关实验数据包实验室。
如果您有软件包的相关数据包，请执行不是在我们的跟踪器存储库中创建一个单独的问题。相反，请将数据包存储库添加到与软件包相同的问题。执行此操作的过程已记录过这里。
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注释包
注释包包含来自公共来源的轻微或非策划数据，并使用每个源更新生物体发布（每6个月）。它们是一种或多种生物的一般注释的来源，并且不具体到特定的实验。尽可能支持选择（）AnnotationDBI的界面。
注释包应该不是发布到跟踪器存储库。而是发送电子邮件packages@biocondion.org.通过描述所提出的注释包和将提供发送包的位置的指令。每当可能的注释包应该使用annotationhub.用于管理文件。
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审查过程
新包最初标记为“1”。等待审核'。一种生物体团队成员将非常简短地看待您的包裹，以确保它适用于生物体。适当的包将重新标记为2。正在进行中审查'和审阅者将自动分配。您指定的审阅者将解决您的疑虑并通过审核过程来帮助您。整个审查过程通常需要2到5周。
包裹将提交给生物体构建系统（BBS）。系统将从GitHub中查看您的包裹。然后它会运行
r cmd build.创建您的源代码，Vignettes和Man页面的“Tarball”。它会运行r cmd检查在Tarball上，确保包装符合标准R.编程最佳实践。生物体选择使用自定义r cmd检查环境;看R CMD检查环境更多细节。最后，构建系统将运行bioccheckgitclone（）和bioccheck（）确保包装符合生物体bioccheck.标准。系统将使用该系统使用这些步骤【2021欧洲杯官方合作伙伴】 的生物体，在三个平台上（Linux，Mac OS X和Windows）。完成以下步骤后，将附加到构建报告的链接到新的包问题。通过在自己的计算机上运行这些检查，避免出现惊喜，在“devel”版本下生物体，在提交您的包裹之前。如果构建报告表示问题，请修改包并提交更改为GitHub存储库的默认分支。如果有问题，您不明白，请寻求帮助Bioc-devel.邮件列表。
要触发新构建，请在提交中包含一个版本凹凸，例如，来自
版本：0.99.0.至版本：0.99.1.。预发布版本利用0.99.z.格式。接受并发布时，您的包裹的版本号将自动递增到1.0.0。一旦您的包裹构建和检查而没有错误或（可避免）警告，a生物体团队成员将为您的包裹提供技术审核。其他生物体2021欧洲杯体育投注开户鼓励开发人员和具有域专业知识的用户提供额外的社区评论。审阅者将为您创建的问题添加评论。
回答审稿人提出的问题。你必须回复主要审核人员，并强烈鼓励考虑社区评论。通常，您的回复将涉及代码修改;将这些提交到GitHub存储库的默认分支以触发后续构建。当您解决所有问题时，对第2步中创建的问题添加了评论以解释您的响应。
审稿人将评估您的回复，也许建议进一步修改或澄清。然后，审阅者将接受您的包装包装生物体或拒绝它。标签'2。正在进行中的审查“将被'3a取代。接受'或'3b。拒绝了。
如果您的包被接受，它将添加到生物体“Git存储库”以及夜间的“开发”构建。存储库的“Devel”分支机构中的所有包都将在大约4月和10月份每六个月“释放到用户社区。
一旦查看过程完成，您创建的问题将关闭。您的包裹的所有更新都将通过生物体git服务器。
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接受后
接受包裹后：
- 跟踪器存储库上接受的软件包将添加到“devel”分支中生物体git存储库，具有当前版本号的接受包。
- 然后由包装建造生物体夜间构建过程。如果构建成功，则该软件包创建了自己的“着陆页”，并且包装为“devel”分支的用户提供生物体通过
biocmanager :: install（）。 - 他们的包装（如果有的话），应该在版本中完成生物体git服务器。
2021欧洲杯体育投注开户开发人员应该碰到
Z.每次他们提交到他们的包装时，他们的版本号的一部分，遵循版本编号指导方针。如果开2021欧洲杯体育投注开户发人员不会碰到版本，则对其包裹的更改不要宣传到了生物体网站和包存储库。
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额外支持
我们渴望提高质量和互操作性生物体软件包在Package Developers请求时提供额外的支持。2021欧洲杯体育投注开户援助示例包括适当的S4结构，有关有效实施的具体指导，代码结构的指导，以及对包文档和结构的关键评估。使用Bioc-devel.邮件列表或电子邮件packages@biocondion.org.获得额外的支持。
- 支持电子邮件：packages@biocondion.org.
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