msImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.msImpute

无标签质谱肽的植入

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MsImpute是一个用于蛋白质组学实验中肽强度估算的软件包。它还包含用于MAR/MNAR诊断和评估数据归因后概率分布失真的工具。如果缺失值是MAR(方法=“v2”)，则通过底层数据矩阵的低秩近似来估算缺失值，如果缺失值是MNAR(“v2- MNAR”)，则通过Barycenter方法，或者通过肽同一性传播(PIP)。

作者:Soroor Hediyeh-zadeh [aut, cre]

维护者:Soroor Hediyeh-zadeh

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“msImpute”)

超文本标记语言	R脚本	msImpute:蛋白质组缺失值的计算和诊断
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	softImpute，方法，统计，图形，pdist,网状,食物,data.table,模糊神经网络,matrixStats,limma,mvtnorm,tidyr,dplyr
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,ComplexHeatmap,imputeLCMD
SystemRequirements	python
增强了
URL
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/msImpute/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	msImpute_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	msImpute_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	msImpute_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	msImpute_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msImpute
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/msImpute
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/msImpute/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/msImpute/
软件包下载报告	下载数据