Bioconductor版本:版本(3.17)
TRONCO(平移肿瘤学)R包收集算法来推断发展模型通过Suppes-Bayes因果网络的方法,从整体的肿瘤(横断面样本),在个别病人(多区或单细胞样本)。包提供了算法过程的并行实现二进制矩阵中每一行代表一个肿瘤样本,每一列单核苷酸或结构变体推动发展;0/1值模型缺乏/变更的样本。该工具可以从纯进口数据,加器或GISTIC格式文件,可以获取cBioPortal的癌症基因组学。提供的数据操作和可视化功能,等函数导入/导出数据到其他的生物信息学工具,e。g,集群或互斥的变化检测。推断模型可以直观的通过引导和交叉验证和测试的信心。TRONCO用于癌症推理的实现管道(野餐)。
作者:马可Antoniotti[所有],朱利奥Caravagna (aut),卢卡·德·佐(cre, aut),亚历克斯Graudenzi (aut),吉安卡洛毛里[所有],芽Mishra[所有],丹尼尔Ramazzotti (aut)
维修工:卢卡·德·佐< luca.desano gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“TRONCO”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TRONCO”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“TRONCO”)
HTML | R脚本 | 数据操作 |
HTML | R脚本 | 数据可视化 |
HTML | R脚本 | f1_introduction.html |
HTML | R脚本 | 导入/导出从其他工具 |
HTML | R脚本 | 加载数据 |
HTML | R脚本 | 模型推理 |
HTML | R脚本 | 后重建 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 贝叶斯,BiomedicalInformatics,聚类,DataImport,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,网络,NetworkInference,SingleCell,软件,SomaticMutation |
版本 | 2.32.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(8.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 4.1.0) |
进口 | bnlearn,RgraphvizdoParallel, gtools、并行foreach迭代器,RColorBrewer, circlize, igraph,网格,gridExtra, xtable gtable,尺度,R。grDevices, matlab图形、统计、跑龙套,方法 |
链接 | |
建议 | BiocGenerics,BiocStyletestthat knitr,rWikiPathways,魔法 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://sites.google.com/site/troncopackage/ |
BugReports | https://github.com/BIMIB-DISCo/TRONCO |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | TRONCO_2.32.0.tar.gz |
Windows二进制 | TRONCO_2.32.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | TRONCO_2.32.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | TRONCO_2.32.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TRONCO |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TRONCO |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TRONCO/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/TRONCO/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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