periodicDNA

DOI:10.18129 / B9.bioc.periodicDNA

套工具来识别中出现的周期性k-mers DNA序列

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个R包可以帮助用户识别k-mers定期(如di -或tri-nucleotides)存在的一组基因位点(通常监管元素)。这个包的功能提供了一个简单的方法来找到k-mers在DNA序列的周期性出现,如监管元素。这不是针对识别图案由一个守恒的距离分开;对于这种类型的分析,请访问MEME的网站。

作者:雅克Serizay (aut (cre)

维护人员:雅克Serizay < jacquesserizay gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“periodicDNA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“periodicDNA”)

HTML	R脚本	介绍periodicDNA
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,MotifAnnotation,MotifDiscovery,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0),Biostrings,GenomicRanges,IRanges,BSgenome,BiocParallel
进口	S4Vectors,rtracklayer统计数据,GenomeInfoDb动物园,magrittr ggplot2、方法并行,cowplot
链接
建议	BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,BSgenome.Celegans.UCSC.ce11,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10、网状、testthat covr、knitr rmarkdown pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/periodicDNA
BugReports	https://github.com/js2264/periodicDNA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	periodicDNA_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	periodicDNA_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	periodicDNA_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	periodicDNA_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/periodicDNA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ periodicDNA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/periodicDNA/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/periodicDNA/
包下载报告	下载数据