SpatialDecon

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialDecon

从空间和/或大量基因表达数据的混合细胞的反褶积

Bioconductor版本:发行版(3.16)

利用空间或批量基因表达数据，在每次观察中估计混合细胞类型的丰度。基于“混合细胞反褶积的进展使空间转录组数据中的细胞类型量化”，Danaher(2022)。设计用于NanoString GeoMx平台，但适用于任何基因表达数据。

作者:Maddy Griswold [cre, aut]， Patrick Danaher [aut]

维护者:Maddy Griswold

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SpatialDecon")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“SpatialDecon”)

超文本标记语言	R脚本	利用GeomxTools在大型GeoMx数据集中使用SpatialDecon
超文本标记语言	R脚本	SpatialDecon在小型GeoMx数据集中的应用
超文本标记语言	R脚本	在空间转录组数据集中使用SpatialDecon
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneExpression，ImmunoOncology，软件，空间，转录组
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	grDevices, stats, utils, graphics，SeuratObject，Biobase，GeomxTools，repmis、方法、矩阵，logNormReg(> = 0.4)
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，qpdf
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Nanostring-Biostats/SpatialDecon/issues
全靠我
进口我
建议我	GeomxTools
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SpatialDecon_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialDecon_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SpatialDecon_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SpatialDecon_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialDecon
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SpatialDecon
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SpatialDecon/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SpatialDecon/
软件包下载报告	下载数据