tximeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximeta

自动元数据的文本量化导入

Bioconductor版本:Release (3.15)

从Salmon和alevin导入转录本量化，自动附加转录本范围和发布信息，以及其他相关元数据。新生转录组可以通过linkedtxome链接到适当的来源，并共享计算再现性。

作者:Michael Love [aut, cre]， Charlotte Soneson [aut, ctb]， Peter Hickey [aut, ctb]， Rob Patro [aut, ctb]， NIH NHGRI [fnd]， CZI [fnd]

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tximeta”)

超文本标记语言	R脚本	带有自动元数据的文本量化导入
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataImport，FunctionalGenomics，GeneExpression，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，ReportWriting，ReproducibleResearch，SingleCell，软件，转录，转录组
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于
进口	SummarizedExperiment，tximport，jsonlite，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，AnnotationDbi，GenomicFeatures，ensembldb，BiocFileCache，AnnotationHub，Biostrings，宠物猫，GenomeInfoDb，工具，utils，方法，矩阵
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，tximportData，org.Dm.eg.db，DESeq2，鱼池，刨边机，limma，devtools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/tximeta
全靠我	rnaseqGene
进口我	IsoformSwitchAnalyzeR
建议我	DESeq2，鱼池，fluentGenomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	tximeta_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	tximeta_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tximeta_1.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximeta
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tximeta
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tximeta/
软件包下载报告	下载数据