2019年5月3日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.9,包含1741个软件包,371实验数据包,948注释包,27个工作流。

有105个新的软件包,13个新数据实验包、4新工作流,和许多更新和改进现有的包;与R 3.6.0 Bioconductor 3.9兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本将包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.9
• 新的软件包
• 新数据实验包
• 新的工作流程
• 来自新的和现有的软件包的新闻
• 新闻来自新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有的工作流的新闻
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.9

更新或安装Bioconductor 3.9:

1. 安装R > = 3.6.0。Bioconductor 3.9设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有105个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• 亚当亚当是一个GSEA R包创建组,一组基因比较样本(控制和实验)根据各自属于不同的物种(基因本体和KEGG通路为默认)和展示他们的意义通过计算假定值引用togene多样性和活动。每组的基因被称为GFAG功能相关的基因(集团)。

• ADAMguiADAMgui亚当是一个图形用户界面的包。ADAMgui包提供2 shiny-based应用程序允许用户研究亚当包文件的输出通过不同的情节。这是有可能的,例如,选择一个特定的GFAG和观察基因表达行为GFAGtargetUi函数创建的情节。特性,比如微分表达式和foldchange可以很容易地看到与援助的情节由GFAGpathUi函数。

• adductomicsR流程一份数据来识别潜在的加合物肽从光谱已经纠正了大规模漂移和保留时间漂移和量化MS1质量光谱的峰值水平。

• alevinQC生成QC报告总结一个小鲑鱼运行的输出。报告可以生成html或pdf文件,或闪闪发光的应用程序。

• 意大利苦杏酒集成越来越多的可用multi-omics癌症数据仍然是一个主要的挑战来提高我们对癌症的认识。的主要挑战之一是使用multi-omics数据识别小说癌症司机基因。我们已经开发出一种算法,称为意大利苦杏酒,集拷贝数、DNA甲基化和基因表达数据,找出一套驱动基因通过分析癌症样本,将它们连接到集群中的基因,我们定义为模块。我们应用意大利苦杏酒在pancancer环境识别癌症驱动基因及其模块在多个网站。意大利苦杏酒捕获模块丰富的血管生成,细胞周期和EMT模块准确预测生存和分子亚型。这使得意大利苦杏酒来识别小说癌症司机基因指导规范的途径。

• 微生物微生物是一个R包利用最新的数据分析,可视化方法和机器学习模型来为用户提供一个易于使用的交互式微生物分析框架。它可以作为一个独立的软件包或用户可以探索他们的数据与相应的交互式R闪亮的应用程序。传统的微生物分析如α/β多样性和微分丰度分析增强,而微生物生物标志物识别等新方法。强大的互动和动态数据由微生物产生的让用户更好地理解他们的数据和发现新的见解。

• atSNPatSNP执行关联测试的主题匹配SNP或参考基因组和SNP-led相契合的变化。

• 强盗土匪是一个贝叶斯分层模型微分剪接基因检测和记录,通过微分成绩单使用(差),在两个或两个以上的条件。方法使用贝叶斯层次框架,它允许样本Dirichlet-Multinomial模型中特定的比例,和样品的分配记录片段。参数推断通过马尔可夫链蒙特卡罗(密度)技术和系统测试执行通过多元瓦尔德测试的后验密度平均相对大量的记录。

• 后面;实现批处理的各种方法单细胞测序(RNA)数据的修正。这包括基于检测方法相互最近的邻居以及简单的人口意味着sparsity-preserving翻译。功能还提供了全球尺度改变去除深度批次之间的差异,并进行主成分分析,健壮的差异在不同的批次数量的细胞。

• bigPint大型多元数据集使用静态可视化方法和交互式散点图矩阵,平行坐标图,火山地块,升的情节。包括例子RNA-sequencing可视化数据集和差异表达基因。

• BiocSingular实现了精确和近似奇异值分解和主成分分析的方法,在一个框架内,让他们很容易切换Bioconductor包或工作流。在可能的情况下,并行处理是使用BiocParallel框架实现的。

• BioMM可再生的生物模式的识别从高维组学数据的一个关键因素在理解复杂疾病的生物学或特征。将之前的生物知识纳入机器学习推进这样的研究是一个重要的一步。我们提出了一个生物告诉多级机器学习框架称为BioMM专门为表型预测基于omics-scale数据,我们可以评估不同的机器学习模型与各种生物元信息之前。

• celdacelda利用贝叶斯分层建模集群基因,细胞,或两者同时从单细胞测序数据。

• CellBench这个包包含基础设施为基准测试分析方法和访问单个细胞混合物基准数据。它提供了一个组织框架分析方法和测试方法的组合在一个没有明确的管道布置每个组合。它还提供了公用事业的采样和过滤SingleCellExperiment对象,构造函数具有不同的参数列表,多线程的评估分析方法。

• CellMixS评估Cellspecific混合分数(CMS)对不同批次/团体scRNA-seq数据。

• 印度豹印度豹是一种准确、选择性、快速scRNA-seq分类器。分类是根据数据集的引用,也优先scRNA-seq数据集。层次聚类的参考数据,印度豹创建一个分类树,使步进式,全面的分类。使用新颖的停止规则,印度豹分类输入细胞细胞类型的引用和“中间类型”:更一般的分类,以树的一个中间节点。

• CluMSIDCluMSID艾滋病是一种工具,没有针对性的识别特性质/ MS分析通过使用一份光谱相似性和无监督的统计方法。它提供了功能完整的和可定制的工作流从原始数据到数据可视化和与xmcs interfaceable预处理方案的家庭。

• CNVRangerCNVRanger包实现了一个全面的工具套件CNV的分析。这包括功能总结个人CNV调用在人口、评估与功能基因组区域重叠,和协会与基因表达和定量表型分析。

• 可乐子群分类是基因组数据分析的基本任务,特别是对于基因表达数据和甲基化数据。它可以预测小说子组没有什么了解的数据时也可以测试之间的一致性预测子组与已知的注释。可乐包提供了一个通用框架群分类一致通过集群。它有以下特点:1。它模块化聚类过程的共识,各种方法可以轻松集成。2。它提供了丰富的可视化解释结果。3所示。它允许同时运行多个方法,并提供了功能比较结果在一个简单的方法。4所示。 It provides a new method to extract features which are more efficient to separate subgroups. 5. It allows doing partitioning in a hierarchical way to detect subgroups with relatively smaller difference. 6. It generates detailed reports for the complete analysis.

• CopyNumberPlotsCopyNumberPlots有一组函数扩展karyoploteRs功能创造美丽,可定制的和灵活的情节相关的人类基因组数据。

• CoRegFluxCoRegFlux旨在提供工具来集成逆向工程基因调控网络和基因表达成代谢模型提高预测的表型,为代谢工程,通过转录因子或基因(TF)淘汰赛或超表达在各种条件以及改善我们的理解的相互作用和细胞内部工作机制。

• cytofast不确定型质量流和血细胞计数允许特殊高分辨率勘探的细胞免疫系统的组成。连同工具FlowSOM和Cytosplore可以识别新的细胞类型。通过引入cytofast我们希望提供可视化的工作流和量化细胞集群的一个有效的发现与疾病相关的细胞群或其他临床结果。

• dcanr推理的方法和评估框架微分co-expression /协会网络。

• 德科这个包发现异的微分特性和均匀使数据通过一个两步方法包括二次抽样LIMMA NSCA。德科揭示特性关联隐藏子类不仅仅与放松管制水平较高有关。

• decompTumor2Sig使用二次规划签名改装。,来德科mpose the mutation catalog from an individual tumor sample into a set of given mutational signatures (either Alexandrov-model signatures or Shiraishi-model signatures), computing weights that reflect the contributions of the signatures to the mutation load of the tumor.

• DelayedDataFrame基于该标准DataFrame比喻,我们正在努力实现DelayedDataFrame延迟操作的特点,与lazyIndex槽,可以节省每一列的映射索引DelayedDataFrame。方法像显示、有效性检查[/[[构造子集,实现rbind / cbind DelayedDataFrame围绕lazyIndex操作。listData位置保持不变,直到实现调用如DataFrame构造函数或as.list()调用。

• DeMixTDeMixT软件包,执行反褶积在转录组数据来自两个或三个组件的混合物。

• 服饰这个包的目的是识别特征的数据集,可以单独的组。这是两个层次上进行。首先,执行聚类,使用稀疏的k - means的实现。其次,所生成的簇是团体的个人的用来预测结果基于观测的分布在不同的集群。随着某些具有分离的集群信息将识别,这些集群是由数量稀少的变量,这种方法可以减少数据的复杂性,只强调实际的数据很重要。

• DiscoRhythm组函数估计的周期性特征,如周期、阶段,振幅和统计学意义大时态数据集。支持功能可用于质量控制、降维、光谱分析,分析实验复制。包含一个R闪亮的web界面来执行所有工作流步骤。

• 散度这个包提供了执行差异分析功能在Dinalankara et al,“数字化组学概要文件从一个基线差异”,锅2018。这允许用户简化高维二元或三元组学数据格式封装的数据是如何不同于指定基线组与单变量或多变量特性相同。

• DNABarcodeCompatibility包允许一个获得优化的组合DNA条形码用于多路复用测序。在每个结合条形码,条形码是汇集关于Illumina公司化学约束。可以筛选组合以保持那些健壮的替换和插入/删除错误从而促进多路分解步骤。此外,该包提供了一个优化函数,进一步支持条形码的选择组合最小冗余的DNA条形码。

• 定量给料器定量给料器包是性染色体的下一代测序计划剂量补偿,可以广泛应用于检测基因表达的变化在任意数量的预定义的位点组。基因表达定量给料器是一个微分包计数数据,检测表达多个方向变化,基因的特定子集,广泛实用程序在系统生物学的研究。剂量仪已经准备管理数据的性质和所需的推论。定量给料器使用S4类来存储从测序实验统计数据。它包含功能正常化和过滤器计数数据,以及绘制和计算统计计数数据。它包含一个计数数据的线性建模框架。包已经使用真实和模拟数据进行了测试。

• enrichTF转录因子(TFs)发挥着至关重要的作用在调节基因的转录过程绑定单独或组合的方式,TF富集分析是一种有效和重要的程序来定位候选功能TFs监管区域定义的一组实验。虽然普遍接受结构相关的TFs可能有类似的绑定优先序列(即主题)和一个特遣部队可能有多个主题,TF富集分析比主题浓缩分析更具挑战性。这里我们提出一个R包TF富集分析,结合主题浓缩与PECA模型。

• epihetepihet之间是一个计算表观遗传异质性的R-package癌细胞和正常细胞。函数建立一个管道,在酸性亚硫酸盐测序数据从多个样本和使用数据来跟踪在epipolymorphism异同,比例不一致地甲基化测序读(PDR)和香农熵值在epialleles样本之间的共享。epihet可以用来执行分析数据通过创建pheatmaps盒阴谋,PCA情节,t-SNE情节。马情节也可以由计算微分样本的异质性。我们构建co-epihet网络和执行网络分析。

• evaluomeR评估的可靠性指标和测量上完成自己的数据集通过分析的稳定性和善良的分类指标。

• 鱼池鱼池包含微分的方法记录使用推论RNA-seq数据复制和基因表达分析的不确定性量化,由吉布斯抽样或引导抽样。

• GAPGOM收集的各种措施和工具lncRNA注释预测放入一个可再发行的R包。该包包含两个主要算法;lncRNA2GOA TopoICSim。lncRNA2GOA小说试图注释基因(在这种特定情况下lncRNAs)通过使用各种相关/几何评分方法表达数据相关。关联/得分后,结果注释和充实。TopoICSim是一个基于拓扑方法,比较基因相似性去DAG的基于拓扑信息内容(IC)之间的条款。

• GladiaTOXGladiaTOX R包是一个开源的、灵活的解决方案,高含量筛查在生物医学研究中数据处理和报告。GladiaTOX利用tcpl的核心功能,提供了一个扩展:它提供了一个web服务解决方案获取原始数据;计算严重程度评分和出口ToxPi格式化的文件;而且它包含一套功能来生成pdf格式的报告质量控制和数据处理。

• GNET2集群基因与e m官能团的过程。迭代执行TF分配和基因分配,直到基因的分配没有变化,或达到最大迭代次数。

• gpuMagic该计划旨在帮助用户编写openCL代码很少或根本没有工作。它能够编译一个用户定义的R函数和在设备上运行它,比如CPU或GPU。用户还可以编写和运行他们openCL代码直接调用.kernel函数。

• 葡萄这个包可以回归和分类在高维数据不同的相对优势的处罚不同的功能组,如不同的化验或使类型。自适应选择最优相对优势。使用变分优化执行贝叶斯方法。

• HCABrowser搜索、浏览参考,从人类细胞图谱数据和下载资源门户。这个包是通过基金支持的发展从陈/扎克伯格倡议。

• HumanTranscriptomeCompendium提供工具来处理人类转录组序列的纲要(最初htxcomp)。

• 超基于超几何检验Geneset富集分析。

• infercnv使用可视化CNV在细胞单细胞RNA-Seq表达式。

• IsoCorrectoRGUIIsoCorrectoRGUI IsoCorrectoR包是一个图形用户界面。IsoCorrectoR执行从稳定同位素质谱数据的校正标签/跟踪代谢组学实验对天然示踪同位素丰度和杂质。MS和MS / MS数据可以纠正(与任何示踪同位素:13 c、15 n, 18 o…),以及高分辨率数据从女士multiple-tracer实验(例如13 c和15 n同时使用)。

• lipidrlipidr一个易于使用的R包实现一个完整的工作流下游lipidomics数据的分析。lipidr解析结果直接从天际出口到R,允许集成到当前的分析框架。lipidr允许数据检验、标准化、单变量和多变量分析,显示信息可视化。lipidr还实现了一种新型的脂质组富集分析(LSEA),利用分子信息,如脂类、链长和不饱和现象。

• mbkmeans实现了mini-batch k - means算法对于大数据集,包括支持磁盘上的数据表示。

• 梅丽莎梅丽莎是Baysian联合概率模型聚类并冠单细胞methylomes。这是通过考虑本地相关性通过广义线性模型方法和全球使用混合建模方法的相似之处。

• metagene2这个包产生metagene情节比较保险的测序实验选定群组内的基因组区域。等分析可用于评估DNA-interacting蛋白质的绑定或测量反义转录启动子区域基因的长度。metagene2包可以管理所有方面的分析,从保险正常化情节方面根据试验元数据。引导指令分析是用来提供样品的意思是保险的置信区间。

• miRspongeR这个包提供了一些函数来研究microrna的海绵(也称为龙头或microrna的诱饵),包括流行的方法识别microrna的海绵交互,和综合的方法来集成microrna的海绵交互从不同的方法,以及功能验证microrna的海绵交互,并推断microrna的海绵模块,进行浓缩分析模块,对模块进行生存分析。

• mnem嵌套混合效应模型(mnem)是嵌套的延伸效应模型和允许的单细胞微扰分析方法提供的数据像Perturb-Seq(武断的话et al ., 2016)或Crop-Seq (Datlinger et al ., 2017)。在这些实验中每个许多细胞摄动的最低的一个特定的基因,即几个细胞由基因的可拆卸的摄动,几个基因B的混战,…等等。观察到的读出多性状和扰乱的情况下,为每个细胞/ Crop-Seq基因表达谱。mnem使用混合模型同时集群的细胞群为k集群和推断k为每个集群网络有着因果联系的摄动的基因。混合组件是推断通过期望最大化算法。

• Modstrings代表核苷酸修改在核苷酸序列通常是通过特殊字符的来源。这是一个挑战与R和Biostrings包。Modstrings包实现这个functionallity RNA和DNA序列包含修改核苷酸通过转换字符内部为了工作的基础设施Biostrings包。这ModRNAString和ModDNAString类衍生物和函数构造和修改这些对象尽管implemenented编码问题。除了从序列转换列表像位置信息实现(和反向操作)。

• 遐Multi-Omics因素分析:一个无监督框架的集成Multi-Omics数据集。

• nanotatoR全基因组测序(WGS)已成功被用来识别单核苷酸变异(SNV),小的插入和删除,最近,小拷贝数变异。短阅读,然而,由于利用不适合识别结构变体(SV)和大多数的SV调用工具有错误的正面和负面率高。光学下一代映射(NGM)利用长荧光标记天然态为新创基因组DNA分子组装克服WGS的局限性。NGM允许SV大幅提高检测能力。然而,SV注释的准确性是非常重要的变量分类和过滤来确定致病性。这里我们创建一个新工具在R, SV注释,包括人口频率和基因功能和表达,使用公开的数据集。我们使用DGV基因组变异(数据库),计算人口sv频率确定的Bionano SVCaller NGM数据集的一群50确诊患者不同的表型。nanotatoR新的注释工具,还计算sv的内部频率,这可能有利于识别潜在的假阳性或常见的电话。软件创建一个主基因列表(PG)从NCBI数据库基于患者表型和比较了列表的一组基因重叠产生的病人的SV SVCaller,为分析师提供一种简单的方法来识别基因变异影响PG。输出在一个Excel文件格式,它是基于SV类型细分为多个表。用户然后可以选择过滤使用提供的注释标识继承,sv新创或罕见变异。nanotatoR提供了集成的注释和表达模式使用户能够更准确地识别潜在的致病性sv和更快的周转时间。

• NBAMSeq高通量测序实验紧随其后的微分表达式分析是一种广泛使用的方法来检测基因生物标记。微分表达式分析模型中的一个基本步骤之间的关系感兴趣的基因数量和协变量。NBAMSeq一个灵活的基于广义相加模型和统计模型允许在方差估计的基因信息共享。

• netboost增加支持网络分析高维组学的应用程序。这个包是由Yaniv Loewenstein与MC-UPGMA集群包捆绑在一起。

• ngsReports这个包提供了解析方法和对象类FastQC报告和从其他门店工具输出总结为R,以及想象数据加载这些文件。

• OmicsLonDA统计方法提供可靠的识别时间间隔在组学特征(lipidomics等蛋白质组学,代谢组学、转录组微生物,以及可穿戴传感器捕捉到的生理参数如心律、体温,和活动水平)团体之间明显不同。

• OVESEG/ R包多集团相比,检测组织特异性标记基因亚型。它提供函数来计算OVESEG-test统计,得出组件混合空分布模型中的权重和加权聚合估计假定值排列。获得后验概率的组件零假设也可以描绘各种各样的upregulation亚型之间的模式。

• PAIRADISE这个包实现了PAIRADISE程序检测微分同种型表达式之间的匹配在成对RNA-Seq复制数据。

• 过去的过去需要GWAS产出和分配snp基因,利用这些基因找到途径与基因相关,根据意义和情节通路。实现的方法阅读GWAS输入数据,寻找相关基因单核苷酸多态性,计算浓缩分数和通路的重要性,和策划通路。

• pathwayPCA应用监督主成分分析和自适应,Elastic-Net稀疏主成分分析方法从每个路径提取主成分。使用这些途径——特定的主成分作为应对每个通路相关的设计矩阵。回归模型适合统计假定值,并调整这些值错误发现率。返回一个数据帧通路的假定值调整排序。这个包有相应的小插曲主办的“用户指南”页面https://gabrielodom.github.io/pathwayPCA/index.html和网站发展信息https://github.com/gabrielodom/pathwayPCA。

• PCAtools主成分分析(PCA)是一个非常强大的技术,已经广泛应用于数据科学、生物信息学、更远。它最初开发分析大量的数据以梳理出差异/逻辑实体之间的关系分析。它提取数据的基本结构,而不需要构建任何模型来表示它。这种“总结”的数据是到达通过减少的过程,可以将大量的变量转换为一个较小的数量是不相关的,即同时,主成分,同时能够在原始数据简单的解释。

• phemd方案比较和生成多个单细胞样本的低维嵌入。

• pipeFramepipeFrame是构建一个组件化的生物信息学的R包管道。每个步骤在这个管道是包裹在框架中,因此无缝并自动创建步骤之间的连接。用户可以将更多的注意力放在微调参数而不是花很多时间在转换文件格式,通过任务输出输入或安装的依赖关系。组件化一步元素可以灵活定制到其他新管道。这个管道可以分成几个重要功能步骤,所以它是更容易为用户了解每个步骤的复杂的参数而不是从整个管道参数组合。同时,组件化的管道可以重启的断点,避免重新运行整个管道,这可能为用户节省大量时间在管道调优或停电等问题或其他过程中断。

• PoTRAPoTRA分析是基于拓扑的基因在生物通路。PoTRA可用来检测途径参与疾病(刘& Dinu, 2018)。我们使用网页级别来衡量相对拓扑中每个生物的基因通路,然后选择中心为每个通路基因,并利用渔民精确检验来确定中心在每个通路基因的数量改变了从正常到癌症(刘Li & Dinu, 2018)。另外,如果拓扑分布的通路的基因是正常和癌症之间改变,这个途径也可能参与癌症(刘Li & Dinu, 2018)。因此,我们使用Kolmogorov-Smirnov测试来检测途径,拓扑分布的改变两个表型之间的基因(刘Li & Dinu, 2018)。PoTRA可以使用KEGG、Biocarta Reactome, NCI, SMPDB猛击石墨图书馆和网页数据库。

• 婴儿车公开RNA-seq数据通常用于回顾性分析阐明新生物。小说记录发现通过大量RNA-seq数据集已经成为一个这样的分析。增加记录发现的力量从大型RNA-seq数据集的集合,我们开发了一个新的R包命名池RNA-seq和装配模型(婴儿车),建立记录模型的基因间区域汇集RNA-seq数据集。这个包包含功能定义基因间区域,提取和池相关RNA-seq对齐,预测,选择和评估记录模型。

• PrecisionTrialDrawer一套方法来设计的雨伞和篮子preision肿瘤学试验。

• 王子王子(从Co-Elution预测Interactomes)使用朴素贝叶斯分类器训练dataset-derived功能恢复蛋白质-蛋白质之间的关系从Co-Elution色谱配置文件。这个包包含的R实现王子。

• proBatchproBatch包促进批效果分析和校正high-thoughput实验。质谱仪是开发主要是为蛋白质组学(DIA /片),但也可以适用于大多数使数据和次要的适应性。包包含功能诊断(蛋白质组/全基因组和特性)、校正(正常化和批处理影响校正)和质量控制。基于非线性拟合的方法还包括处理复杂,质量spectrometry-specific信号漂移。

• profileplyr快速和直截了当的可视化读信号从测序基因组的间隔是生成的关键假设数据集(例如ChIP-seq ATAC-seq,亚硫酸氢/ methyl-seq)。许多工具内外的R和Bioconductor探索这些类型的数据是可用的,并且他们通常与权贵或BAM文件开始和结束的一些表示信号(例如热图)。profileplyr利用许多Bioconductor工具允许灵活性和附加功能与可视化的工作流,读取信号。

• projectR函数的投影数据空间利用主成分分析法(PCA)定义,CoGAPS, NMF、相关性和集群。

• qckitfastq评估FASTQ文件格式与多个指标包括质量分数、序列的内容,过多和Kmers序列。

• qsmooth光滑的分位数正常化是一个泛化的分位数正常化,这是平均两种假设的数据生成过程:分位数正常化和分位数之间的标准化组织。

• RCM结合对数线性的想法列联表分析,灵活的响应函数估计和分散经验贝叶斯估计对探险的微生物组数据集的可视化。包包括无约束以及约束分析。

• Rcwl包可以是一个简单和友好的方式来管理命令行工具,建立数据分析管道在使用通用工作流语言R (CWL)。

• RcwlPipelines生物信息学管道基于Rcwl食谱的集合。

• RepVizRepViz使基因组区域的观点在一个简单而有效的方法。RepViz允许同时查看内部和组间排序项研究条件的变化,以及他们的比较输出特性(如确定峰值)从用户选择的数据分析方法。RepViz工具主要是专为染色质ChIP-seq和ATAC-seq等数据,但是也可以使用其他如RNA-seq测序数据,或组合不同类型的基因组数据。

• Rhisat2R接口HISAT2拼接短内容调整器由金正日et al . (2015)。包包含包装器函数来创建一个基因组指数和执行读对齐生成的指数。

• rmelting融化5 R接口程序(https://www.ebi.ac.uk/biomodels/tools/melting/)计算熔化温度的核酸工器以及其他热力学参数。

• rScudo斯库多(诊断基于签名的集群)是一个rank-based基因表达谱的分析方法用于诊断和分类。它是基于sample-specific基因的识别签名组成的,下调基因样本。从基因表达数据,函数在这个包中识别sample-specific基因签名和使用它们来构建一个样品图。本图样本加入到边缘是否有类似的表达谱,根据预先计算相似性矩阵。表达谱的两个样本之间的相似性计算使用方法类似于GSEA。样品的图像可以用于执行社区集群或执行监督分类样本的测试集。

• scAlign深度学习的方法对数据对齐、集成和估计每个细胞的差异使数据在数据集(如基因表达)(条件、组织、物种)。看到约翰森和Quon (2019) < doi: 10.1101/504944 >更多细节。

• scds在单个细胞RNA序列(scRNA-seq)数据的组合细胞有时被认为是一个细胞(对比)。scds包中提供了注解的方法对比scRNA-seq数据计算。

• scMerge像所有的基因表达数据,单细胞RNA-seq (scRNA-Seq)数据遭受批处理效果和其他不必要的变化使得准确的生物学解释困难。scMerge方法利用因子分析,稳定表达基因(之后)和(伪)复制,删除不需要的变化和合并多个scRNA-Seq数据。这个包包含所有必要的函数scMerge管道,包括识别之后,replication-identification方法和scRNA-Seq数据的合并。

• scRecoverscRecover是归责的R包的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据。它将检测和转嫁辍学值scRNA-seq原始读计数矩阵同时保持真正的零不变,因为都是辍学0和真正的零scRNA-seq数据。通过结合scImpute,储蓄者和魔法,scRecover不仅检测辍学和真正的零更高的精度,而且提高下游集群和可视化的结果。

• scTensor该算法是基于nnTensor的非负分解塔克(元)。

• sitePath包是分层搜索固定事件赋予多重序列比对和系统发育树。这些固定的事件可以特定于系统由多个世系血统或共享。

• SMAD分配概率评分中捕获猎物蛋白质亲和纯化质谱(AP-MS)实验推断蛋白质-蛋白质相互作用。输出将促进非特异性背景去除污染物通常AP-MS数据中找到。

• SpatialCPieSpatialCPie R包旨在促进集群评价空间转录组数据通过提供直观的可视化显示集群之间的关系,以指导用户在集群标识和其他下游应用程序。包是围绕着一个闪亮的“小玩意”,允许勘探的数据并行多个情节和交互式UI。用户可以很容易地切换不同集群决议以选择最适当的视觉线索。

• SpectralTADSpectralTAD R包旨在识别拓扑相关领域(从高c TADs)联系矩阵。它使用一种修改版的谱聚类使用一个滑动窗口快速检测TADs。函数作用于接触矩阵的一系列不同的格式,并返回一个床上文件的坐标。方法不需要用户调整任何参数,给他们工作控制层级的数量被归还。

• sRACIPEsRACIPE实现randomization-based基因电路建模的方法。它允许我们研究的影响基因表达噪声和参数变化对任何基因调控电路(GRC)只使用其拓扑结构,并与随机模拟模型的整体动力学参数在不同噪声水平。统计分析生成的基因表达式揭示了盆地不同表型的吸引和稳定状态及其变化与内在和外在的声音。sRACIPE提供了一个整体的照片来评估的影响细胞过程的随机特性和参数变化。

• ssrch展示的标记和CSV文件的集合的搜索工具。

• StructstringsStructstrings包实现了广泛使用的点括号注释存储在结构化的RNA碱基配对信息。Structstrings使用Biostrings包提供的基础设施和DotBracketString和相关类来自型类。从这些,碱基对表可以进行深度分析。此外,循环指数的碱基对可以检索。为了更好的效率,实现信息转换,在C语言中,启发很大扩展ViennaRNA包。

• StructuralVariantAnnotationStructuralVariantAnnotation包含有用的辅助函数来处理结构性变异VCF格式。包包含函数解析vcf流行的电话以及处理断点功能涉及两个不同的基因位点编码为农庄组织对象。

• SubCellBarCode质谱仪proteome-wide映射的基础空间蛋白质组学使蛋白质亚细胞定位(Orre et al . 2019,分子细胞)。SubCellBarCode R包强劲将蛋白质分为相应的亚细胞定位。

• survtype子类型被定义为组织的样品具有不同的分子和临床特征。基因组数据分析发现病人亚型,与临床相关数据,特别是对于生存的信息。这个包的目的是识别的生理和临床相关的有意义的亚型。

• SynMut越来越多的要求设计病毒突变体与特定的二核苷酸或密码子组成。这个工具可以把二核苷酸偏好和/或密码子使用偏见突变体设计时考虑。它是一个功能强大的工具,在计算机设计的DNA序列突变体。

• TNBC.CMS这个方案实现了一个基于机器学习分类器分配的共识分子亚型TNBC样本。它还提供了功能总结基因组和临床特点。

• topconfects找到最大的自信从大量尺度效应,同时保持错误发现率和错误Coverage-statement率控制。主应用程序差异基因表达分析、提供基因自信log2褶皱变化的排名顺序。

• TPP2DFDR-controlled 2 d-tpp实验分析功能分析的剂量反应曲线的温度。

• TreeSummarizedExperimentTreeSummarizedExperiment SingleCellExperiment扩展到包括分层信息的行或列矩形数据。

• VCFArrayVCFArray扩展了DelayedArray代表VCF数据条目数组类对象与磁盘/远程VCF文件作为后端。数据条目从VCF文件,包括信息字段,字段的格式,和固定的列(REF, ALT、定性、过滤器)可以被转换成VCFArray实例具有不同维度。

• VennDetail一组函数来生成高分辨率的维恩,Vennpie情节,提取并把这些子集的详细信息和用户数据集在数据帧。

• Xeva包含的函数执行分析patient-derived异种移植(PDX)数据。

新数据实验包

有13个包Bioconductor这个版本的新数据实验。

• adductDatamzXML文件从2016年Grigoryan et al(肛门化学)。

• bodymapRat这个包包含一个SummarizedExperiment Yu et al。(2013),进行大鼠BodyMap 11个器官和4个发展阶段。生FASTQ文件下载并使用明星映射。ExperimentHub数据作为数据方案。

• chipseqDBData排序和索引文件的BAM ChIP-seq库,用于chipseqDB工作流。BAM指标也包括在内。

• CluMSIDdata这个包包含各种质/ MS - MS数据和用于CluMSID包中的小插曲和例子。

• curatedAdipoChIP公开的数据集策划ChIP-sequencing转录因子,染色质remodelers和组蛋白修饰在3 t3-l1 pre-adipocyte细胞系。包的文档数据收集、预处理和处理数据。除了文档,包包含用于生成数据的脚本。

• curatedAdipoRNA一个策划RNA-Seq样本数据集。样品都MDI-induced pre-phagocytes (3 t3-l1)在不同时间点/分化阶段。包的文档数据的收集、预处理和处理。除了文档,包包含用于生成数据的脚本。

• FlowSorted.CordBloodCombined.450k原始数据对象用于脐带血细胞比例估计minfi和类似的包。FlowSorted.CordBloodCombined。450 k对象位于样品化验Bakulski et al, Gervin et al ., de Goede et al .,和林等。

• HCAData这个包允许直接访问数据集生成的人类细胞R和Bioconductor Atlas项目进行进一步处理,在舒适的格式SingleCellExperiment对象(可用在其他格式:http://preview.data.humancellatlas.org/)。

• 巨噬细胞这个包提供了运行鲑鱼的输出一组24 Alasoo RNA-seq样本,et al . "共享遗传影响染色质和基因表达指示作用的增强器启动免疫反应”,2018年1月发表在《自然遗传学》。有关详细信息,版本号和样本处理如何看待包装饰图案。

• MOFAdata数据集的集合陪R包遐差,说明运行和分析遐差模型。

• 纳米管帽的基因表达分析(笼)数据从“识别基因转录起始站点和增强剂对肺碳纳米管接触体内“Bornholdt等人提供的转录起始点的笼子里(ctss)。

• NestLink提供了下一代测序(上天)和质谱(MS)样本数据,用于开发NestLink代码片段和复制材料。NestLink方法是一种蛋白质粘合剂选择和识别技术能够生物物理描述成千上万的库成员一旦没有处理单个克隆在任何阶段的过程。数据获得在门店和女士平台在功能基因组学中心苏黎世。

• oct4这个包提供了运行鲑鱼的输出一组12 RNA-seq样本王&克洛泽,“先锋因素OCT4需要染色质重塑缺失支持基因调控元件功能在小鼠胚胎干细胞”,在eLIFE出版,2017年3月。有关详细信息,版本号和样本处理如何看待包装饰图案。

新的工作流程

有4个新的工作流包Bioconductor的这个版本。

• BgeeCall生成的参考基因间区域Bgee RNA-Seq pipeliene。这些基因间区域用于生成所有Bgee RNA-Seq /缺席表达式调用。这个包现在可以生成自己的/没有调用使用这两个基因间区域和Bgee的专长,只要你在Bgee物种存在。现在/缺席表达式的阈值不再是任意定义但计算基于表达式的RNA-Seq Bgee库集成。

• CAGEWorkflow工作流分析上限分析基因表达使用R / Bioconductor(笼)数据。

• csawUsersGuide用户指南csaw包检测ChIP-seq绑定不同地区的数据。描述如何读入BAM文件获得每个窗口数矩阵,过滤获得丰富的windows,正常化sample-specific偏见,测试微分绑定,每个窗口获得按区域统计结果整合,注释和可视化的数据库结果。

• SingscoreAMLMutations这个工作流包显示转录组签名可以用来推断表型。工作流开始通过展示TCGA AML转录组数据可以下载并使用TCGAbiolinks包处理。然后,它显示了如何使用singscore样本可以得分从MSigDB包和签名。最后,分数的预测能力预测一个特定的上下文中AML的突变。工作流展品Bioconductor包实现基因簇的相互作用水平分析。

来自新的和现有的软件包的新闻

王牌

1.1.2版本的变化(2019-04-23)

• 添加引用信息!

• 固定的错误getadjustedsegments和twosamplecompare匹配的NAs

  变化的1.1.1版(2018-11-13)

• 添加forcesegmentsontemplate函数

• 由小型编码速度提高模型拟合的变化

• 添加参数在loopsquaremodel回归模型可选的和灵活的(参见文档)

亚当

版本变化0.99.66 (2018-11-15)

• 固定访问kegg id可能的问题

  版本变化0.99.65 (2018-11-05)

• 固定的可能的错误

  版本变化0.99.0 (2018-10-05)

• 提交给Bioconductor

AffiXcan

1.1.3版本的变化

错误修复

• 修复一个缺陷在生成小插图Bioconductor的“猛击”版本

alevinQC

0.99.0版本的变化

• 准备Bioconductor提交

  0.1.0版本的变化

• 初始版本

amplican

1.5.8版本的变化

• amplican已经发表,doi: 10.1101 / gr.244293.118

• 明显优于其他工具在许多基准

• 请引用本文基于“增大化现实”技术可amplican

AneuFinder

1.11.1版本的变化

错误修复

• 固定dfplot“对象”。赛格”未找到错误当建筑装饰图案。

AnnotationHub

2.15.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 已经更新(2.15.9)中心使用BiocFileCache作为后端管理工具和下载资源。这允许文件特定的缓存机制。这个用户是一个重大的改变,因为它改变了默认目录中心(AnnotationHub / ExperimentHub)以及基本目录不再隐藏。

新功能

• (2.15.15)添加BamFile资源的方法

• (2.15.9)添加辅助函数来获得更多的信息资源。getInfoOnIds

• (2.15.2)目前DispatchClass函数添加到列表

用户可见的修改

• (2.15.3)Bioconductor将不再接受随机的,个人资源没有陪同包。

• (2.15.4)我们还鼓励使用AnnotationHub而不是非常大的注释包。我们添加了部分用户希望使用AnnotationHub转换现有的包。

• Rsamtools(2.15.7)有重大更新。Rsamtools不再支持razip文件。这些文件已被移除的中心和装饰图案使用twobit和人造石铺地面文件更新

错误修复

• (2.15.5)固定的错误。如果资源是远离中心,这只能反映在重击在发布分支分支但仍然是可用的。公开资源的过滤是尊重datadateremoved精制

AnnotationHubData

1.13.0版本的变化

新功能

• 添加多个RDataPaths id与单一中心密切相关的文件(如bam及其白索引文件)

• DispatchClass现在验证AnnotationHub: DispatchClassList()包含目前DispatchClass和加载过程的简要描述。

anota2seq

版本1.5.0的变化

• 我们添加了一个新选项的输出参数anota2seqGetOutput函数,在函数中可以找到帮助的更多细节。

• 的质量控制部分包含更多细节的装饰图案已经扩大,此外我们添加了质量控制的一个例子的规范化数据作为参考。

• 我们删除了apvSlope apvSlopeP列分析的输出总mRNA和mRNA翻译成这些值不是微分表达式生成的RNA来源分析。

apeglm

1.5.4版本的变化

• 添加了重量和标准错误可能性bbEstDisp ()。标准错误日志的色散(θ)。

亚瑟士

2.0版本的变化

新功能

• 从PepsNMR包预处理功能

改进

• 对齐功能的变化

• 新的一步改善图书馆对齐,从而量化

AssessORF

1.1.7版的变化(2019-04-29)

• 添加一个函数,CompareAssessmentResults对象互相比较两个结果

• 添加了一个处理器参数为兼容MapAssessmentData解密功能

  1.1.6版本的变化(2019-04-07)

• 添加参数AssessGenes绑定的范围寻找守恒的开始,可以作为替代选择一个预测开始

• AssessGenes添加了一个参数,需要开放与蛋白质的证据,但没有开始预测有一定的最小数量的肽击中被包括在最终的输出

  1.1.5版本的变化(2019-01-11)

• 更新如何在AssessGenes利用守恒的启动和守恒的停止

• 删除加权分数

• 说明手册页

• 小编辑装饰图案

  改变版本1.1.4 (2018-12-15)

• 更新AssessGenes确保预测停止相应的基因是有效的,用户将适当警告如果预测停止是无效的

• 小地块的更新

• 在以前版本的Bug修复MapAssessmentData更新

  改变版本1.1.3 (2018-11-12)

• 固定一个bug影响相关报道MapAssessmentData缺口对齐

• 指数移动平均线用来过滤掉坏MapAssessmentData对齐的地区

  1.1.2版本的变化

• 实现了一个解决装饰图案,所以构建没有互联网连接

  1.1.1版本的变化

• 减少时间运行MapAssessmentData示例# AssessORF 0.99

ATACseqQC

1.7.8版本的变化

• 改变footprintsScanner的功能。

  1.7.7版本的变化

• 添加参数outPath splitGAlignmentsByCut。

  1.7.6版本的变化

• 在PTscore修复一个缺陷。

  1.7.5版本的变化

• 使用文件。而不是file.rename副本。

  1.7.4版本的变化

• 添加参数outbam shiftGAlignmentsList。

  1.7.3版本的变化

• 更新文档转录起始站点(TSS)浓缩值

  版本是1.7.2变化

• 添加新的biocViews标签“ImmunoOncology”

  1.7.1上版本的变化

• 添加更多的文档在readBamFile.R bigFile参数

atSNP

版本变化0.99.0 (2018-12-29)

• 提交给Bioconductor

AUCell

1.5版本的变化

• 添加函数orderAUC ()

• 错误修复AUCell_plotTSNE ()

强盗

1.0.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

基础知识

版本变化1.5.34 (2019-04-20)

• 修复错误的装饰图案

  版本变化1.5.33 (2019-04-19)

• 更新ERCC公式在装饰图案。

  版本变化1.5.32 (2019-04-17)

• 轻微的变化BASiCS_MCMC避免存储适应性的差异BASiCS_Chain对象的时候StoreAdapt = TRUE。

• 新的单元测试,以确保正确的输出BASiCS_Chain@parameters

• 轻微的变化总结方法BASiCS_Chain类来避免计算后总结的时候designMatrix的一部分参数槽

• 添加返回的docummentationBASiCS_effectiveSize。

  版本变化1.5.31 (2019-04-15)

• 更新装饰图案包括ERCC计算

  版本变化1.5.30 (2019-04-11)

• BASiCS_effectiveSize已创建的包装吗coda: effectiveSize。这是解决问题的时候Param =‘ε’因为它包含NA非常低表达基因,被排除在均值/ over-dispersion趋势。

  版本变化1.5.29 (2019-04-10)

• 单元测试相关BASiCS_Sim更新为使用一个固定的种子和检查是可再生的确切值

  版本变化1.5.28 (2019-04-09)

• 编辑的版本BASiCS_Sim允许没有峰值和多个批次

• 相应的文档更新

  版本变化1.5.27 (2019-04-08)

• 编辑BASiCS_TestDE为了避免低后验概率阈值来源于EFDR校准。这改变了一些相关的隐含功能。

• 在BASiCS_TestDE,默认值为EFDR_M,EFDR_D和EFDR_R改为0.05。

• 单元测试相应更新

  版本变化1.5.26 (2019-04-08)

• 相似的变化应用到utils_MCMCcppReg.cpp和utils_MCMCcppRegNoSpikes.cpp。

  版本变化1.5.25 (2019-04-07)

• 轻微的变化muUpdateNoSpikes(c++函数utils_MCMCNoSpikes.cpp)避免警告bioc-devel有关整数和无符号整数

  版本变化1.5.24 (2019-04-05)

• 小编辑的文档makeExampleBASiCS_Data(固定链接set.seed文档,因为它导致Bioc-devel警告)

  版本变化1.5.23 (2019-04-02)

• 小编辑的文档makeExampleBASiCS_Data(解释为什么一个固定的种子已不再使用)

  版本变化1.5.22 (2019-04-02)

• HiddenCheckValidCombination,HiddenGeneParams和HiddenGeneParams从Methods.R来HiddenUtils.R

• 酸式焦磷酸钠取而代之的是vapp在HiddenCheckValidCombination,HiddenThresholdSearchDetectHVL_LVG.R和HiddenThresholdSearchTestDE.R

• 使用set.seed从makeExampleBASiCS_Data

• 单元测试相应更新

• 补充缺失的例子运行Rds为了通过R CMD BioCheck

  版本变化1.5.21 (2019-04-01)

• 使用内置的链的例子BASiCS_diagHist和BASiCS_diagPlot

  版本变化1.5.20 (2019-04-01)

• 更新的文档BASiCS_MCMC,BASiCS_DetectHVG,BASiCS_DetectLVG和BASiCS_VarThresholdSearchHVG_LVG

  版本变化1.5.19 (2019-03-31)

• stats4增加进口以进口情节S4通用。

• KernSmooth从描述。

• 维护者领域从描述(仅使用Author@R)

• 特拉维斯的更新包括BiocCheck集成

  版本变化1.5.17 (2019-03-30)

• 小变化的依赖关系通过R CMD检查

• 小错误修复的文档newBASiCS_Data

• @export调用添加到所有方法

  版本变化1.5.16 (2019-03-30)

• SingleCellExperiment搬到依赖(描述)

• 显式的调用(如外部包。SingleCellExperiment::)

• 单元测试BASiCS_diagHist和BASiCS_diagPlot

• BASiCS_diagHist,BASiCS_diagPlot和BASiCS_showFit从函数的方法

• 内部函数标记为“隐藏”

• BASiCS_diagHist等进入单独的r文件

  版本变化1.5.15 (2019-03-27)

• 扩展信息密度取样器失败时显示额外的质量控制

  版本变化1.5.14 (2019-03-27)

• 括号去掉setGeneric哈德利韦翰调用(按推荐)

• 删除全部进口ggplot2在BASiCS_Package.R

• BASiCS_Package.R现在是按字母顺序排列

  版本变化1.5.13 (2019-03-27)

• BASiCS_D_TestDE从弃用废弃(遵循BioC指南)

  版本变化1.5.12 (2019-03-26)

• R(> = 3.6)现在是一个要求

  版本变化1.5.11 (2019-03-26)

• 在BASiCS_Package编辑。R,这样roxygen2创建名称空间

• testthat从进口

  版本变化1.5.10 (2019-03-26)

• 纠正下订单TestDE生产所以genenames总是匹配

• 小R CMD检查修复

• 下订单BASiCS_DetectHVG和BASiCS_DetectLVG只能在GeneNames GeneIndex和概率

  版本变化1.5.9之后(2019-03-24)

• 现在作者艾伦·奥卡拉汉

• diagPlot和diagHist收敛方法添加到便于诊断和混合密度链

• 添加显式的调用ggplot2在情节的方法。

• BASiCS_DetectHVG和BASiCS_DetectLVG编辑根据“回归”的方法(即使用ε检测HVGs /拉斯维加斯)。

• 在BASiCS_DetectHVG和BASiCS_DetectLVG,选择OrderVariable简化(只有原始顺序和基于概率)

• 临时的变化再也没有版本已经恢复

  版本变化1.5.8 (2019-03-22)

• 改变描述一个维护者

• 密度图添加到情节BASiCS_Chain对象的方法

• 输出阴谋情节BASiCS_Chain对象的方法

  版本变化1.5.7 (2019-03-22)

• 添加默认值为“BatchInfo”在“BASiCS_MCMC”

  1.5.6版本的变化

• 错误修复时不提供BatchInfo因素

• 额外的检查如果批次名称包含空格

• 添加换行符后个人错误消息

• 许多因素的Bug修复纠正BatchInfo向量

• 小错误修正“test_mcmc_arguments.R”

  1.5.5版本的变化(2019-03-14)

• 更新装饰图案包括推荐设置。

  1.5.4版本的变化(2019-02-12)

• 替换HPDinterval通过coda: HPDinterval在BASiCS_showFit方法

• 当要求同上密度

• 变化BASiCS_showFit这样符合线的点

• 额外的可选参数(markExcludedGenes,颜色,GenesSel和colourGenesSel)添加到BASiCS_showFit更多的灵活性

  1.5.3(2018-12-06)更正版本的变化

• 删除…论证BASiCS_VarianceDecomp

• 添加缺失的参数(旁边)的文档BASiCS_VarianceDecomp

  1.5.2版本的变化(2018-12-01)

• 修复使用BatchInfo当它不能被解析数值

• 重构的使用…参数(几个函数)

  1.5.1版本的变化(2018-11-29)

• ImmunoOncology中添加biocViews BioC核心团队的要求

bayNorm

1.1.6版本的变化

• 抑制来自BiocParallel警告消息。

  版本1.1.4的变化

• 顺畅的进度条,使用foreach代替BiocParallel。

bcSeq

1.5.11版本的变化

• 使用图书馆的新数据结构映射过程加快。

  版本1.5.9之后的变化

• 修正错误的例子

  1.5.7版本的变化

• 修正错误的例子

  1.5.3版本的变化

• 修复bug bioconductor新平台的装饰图案

beachmat

2.0.0版本的变化

• beachmat转换成一个只包括头文件的库来简化链接,避免ABI不兼容。

• 小API更改外部原生支持以避免使用c++类和C风格的联系。

BEclear

2.0.0版本的变化(2019-04-30)

• 代码重构的简化源代码修改API o提取的预处理功能损失函数现在出口o重命名函数o calcPvals和calcMedians的组合方法

• 文档的更新阿README o新装饰图案

• 现在默认的串行执行的方法

• 性能改进的使用阿RCPP进行进一步的性能改进

• 改变从GPL-2 GPL-3许可证

• 删除的弃用功能

• 测试o实现进一步的测试

bigPint

版本变化0.99.7 (2019-01-28)

BigPint Bioconductor录取(生物信息学开源软件)

版本变化0.99.0 (2018-09-30)

装饰图案github.io bigPint被释放

bioCancer

1.11.00版本的变化

• 改变cgdsr的地址:http://www.cbioportal.org/而不是http://www.cbioportal.org/public-portal/

BiocCheck

1.19版本的变化

新功能

• (1.19.33)添加Authors@R vs作者/维护人员检查

• (1.19.29)添加非评估代码块,没有执行,因为无效语法(,R,r)。有效的语法进行评估代码块的{r}或{r}”。

• (1.19.28)检查出现的元数据正确设置

• (1.19.27)检查Author@R或作者/维护者而不是两个

• (1.19.25)检查使用遥控器:描述

• (1.19.18)检查使用dontrun /不

• (1.19.15)检查vignetteEngine / vignetteBuilder minimially中声明的建议

• (1.19.9)检查使用不该和dontrun手册页文档

• (1.19.9)更新弃用检查检查Bioconductor释放和重击弃用包biocViews中指定

• (1.19.7)更有用的错误当使用一个非有效的命令行选项。

• (1.19.4)所有检查模块。与旗开/关的能力选择。见“R CMD BiocCheck - help”

• (1.19.1)新的检查选项关闭如果在凹口(-no-check-CRAN)和Bioconductor邮件列表和支持网站(-no-check-bioc-help)

用户显著变化

• 在装饰图案(1.19.8)更新的文档标记/代码/检查选项控制和重组。分组一起类似的检查和改变的顺序检查。

• (1.19.3)删除本地程序注册(使用国旗在R CMD检查R_CHECK_NATIVE_ROUTINE_REGISTRATION)

• 包大小的凹口(1.19.2)匹配标准< = 5 mb (4 mb更新)

错误修复

• 认识到NEWS.md(1.19.26)解决新闻检查

• (1.19.26)检查所有回购为现有包不仅仅是软件

• (1.19.23)信息性消息如果没有发现biocViews术语

• (1.19.22)修复系统2的输出使用支票

• (1.19.19)测试只对T / F闭包

• (1.19.14)当多个VignetteEngine发现修复错误

• (1.19.10)添加建议FormatR包格式

• (1.19.10)修正函数的长度是一个注意,只显示如果函数大于50行。

• (1.19.6)取代使用devtools::创建usethis:: create_package函数被弃用。

• (1.19.5)修复长度> 1在if语句逻辑比较

BiocFileCache

1.7版本的变化

错误修复

• (1.7.10)修复日期作为比较。POSIXlt代替as.Date。这有罕见的极端例子如果远程资源每天更新两次,下载发生在两者之间的。

• (1.7.9)使原子提交创建的数据库

• (1.7.8)使原子提交将资源添加到数据库

• 在RW(1.7.4)限制在可能的情况下打开数据库模式。可以随意使用只读模式可以避免数据库锁定

• (1.7.2)修复bug在多路径通过bfcadd / bfcrpaths。函数是假设所有文件相同rtype和行动。现在可以vectorize

• (1.7.1上)修复人的文档的例子。交互式和非交互式会话

BiocNeighbors

1.2.0版本的变化

• 现在findNeighbors()和queryNeighbors()接受一个向量的具体的阈值。

• 添加了一个副总裁树实现findVptree (), queryVptree (), buildVptree ()。泛型支持调度这些方法。

• 添加了一个HNSW实现findHnsw (), queryHnsw (), buildHnsw ()。泛型支持调度这些方法。

• 重命名buildNNIndex () buildIndex ()。

• 转换findNeighbors()和queryNeighbors()到S4的方法。创建特定rangeFind()和rangeQuery()函数KMKNN和副总裁树算法。

• 修改AnnoyIndex类来保存原始数据矩阵。创建bnorder (), bndata泛型()获得所有索引输入矩阵(可能重新排序)。

• 支持曼哈顿距离搜索算法。

BiocParallel

1.18版本的变化

用户可见的变化

• (v 1.17.6)首次使用注册BPPARAM不提前随机数种子,见https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2019-January/014526.html

• (v 1.17.7)加载包不提前随机数种子,见https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2019-January/014535.html

• (诉1.17.7)移除弃用功能bplasterror (), bpresume (), bpcatchError catch.error()和字段。

• (诉1.17.7)使logdir resultdir BiocParallelParam领域。

• (诉1.17.7)取代BatchJobs内部使用:::checkDir()(测试存在和读/写日志和其他目录)的能力与BiocParallelParam有效性检查。

• (诉1.17.7)公开“开发人员”界面,DeveloperInterface ?

• (诉1.17.11)在Windows上,强迫MulticoreParam (n)来MulticoreParam (1)= = SerialParam ()”

错误修复

• (v 1.17.4)端口1.16.3(没有“>”SnowParam()工作结束)和1.16.4 (bpRNGseed < -()接受NULL)

• (v 1.17.5)端口1.16.4 (bpRNGseed()可以重置种子为NULL), 1.16.5(可用内核的数量默认为1,如果不能确定)。

biocViews

1.51.11版本的变化

新功能

• (1.51.7)交叉检查意见清单文件所有预期bioconductor包在biocViews上市。新的参数write_VIEWS manifestFile

• (1.51.9)新参数write_VIEWS meatPath。包,不能建立在任何平台,使用克隆库文件填写尽可能多的信息来描述biocVIEWS条目。

• (1.51.10)添加新biocVIEW ImmunoOncolocy和ImmunoOncologyWorkflow。

• (1.51.12)允许在消息文件。海事格式。3.6 R开始允许新闻,新闻。Rd和新消息。md格式。相应地调整代码。

BioMM

0.99.13版本的变化

• 更新消息的格式

• 更新BioMMtutorial.Rmd

• 更新data4demo.R

• 取代的生成阶段数据BioMMreconData()与预处理stage2dataA减少运行时

• 增加了BioMM repeatA1 50()例子来避免任何NAs。

• 创建stage2dataA.rds

  0.99.12版本的变化

• 更新消息的格式

  0.99.11版本的变化

• 更新描述文件

  0.99.10版本的变化

• 小虫固定在getDataAfterFS ()

• 更新后的安装方法

  0.99.9版本的变化

• 删除uncessary打印语句

• 删除“返回”呼吁一些函数

• 删除不必要的“这”语句

• 取代了使用MulticoreParam ()

• 更新教程与较小的例子和更少的计算模型

  0.99.8版本的变化

• 作者更新,维护人员部分描述

• 更新核心并行计算中使用的小插曲

  0.99.7版本的变化

• 更新并行评估环境

• 在README.md更新安装方法

• 更多的内核(非windows)并行计算中使用的小插曲,以减少运行时

  0.99.6版本的变化

• 更新plotRankedFeature()和getMetrics ()

• 并行计算的核心数量增加

• *删除重复描述。Rd文件

  0.99.5版本的变化

• 通过使用formatR重新格式化代码

• 而不是mclapply bplapply ()

• 信息的打印()()而不是终端用户信息

• 改进使用的()

• 使用seq_along()而不是seq_len(长度())

• 更新后的安装方法

• 更名为R源文件

  0.99.4版本的变化

• 更新的例子BioMMreconData ()

  0.99.3版本的变化

• 更新的例子BioMM ()

  0.99.2版本的变化

• 更新R版本依赖(3.5.2至3.6)

• 删除文件许可

  0.99.1版本的变化

• 更新R版本依赖从3.5.0 (3.5.2)

  0.99.0版本的变化

• 删除该文件“BioMM.Rproj”

biosigner

1.11.26版本的变化

新功能

• biosign和情节的方法:“无花果。pdfC”和“信息。txtC的参数与其他包添加了兼容性原因;它们有相同的角色的文件。pdfC’和‘。sinkC”现在生成一个废弃的警告。

  1.11.24版本的变化

次要的修改

• 小内部修改

  1.11.22版本的变化

次要的修改

• 小内部修改

  1.11.20版本的变化

次要的修改

• 小内部修改

  1.11.18版本的变化

次要的修改

• 小内部修改

  1.11.16版本的变化

次要的修改

• 小内部修改ExpressionSet处理的实例

  1.11.14版本的变化

次要的修改

• 小内部修改

  1.11.12版本的变化

次要的修改

• 小ExpressionSet实例修改的例子应用程序

  1.11.10版本的变化

次要的修改

• 小更新的例子

  1.11.8版本的变化

次要的修改

• 装饰图案小修改

  1.11.6版本的变化

次要的修改

• dev.new()是由阴谋方法调用

  1.11.4版本的变化

错误修复

• 错误消息当y是一个性格但不是现在是固定的一个因素

  1.11.2版本的变化

新功能

• 现在应用程序ExpressionSet:层fData返回

breakpointR

1.1.2版本的变化

• 固定的错误在热点功能

• 改进处理小染色体/重叠群

• 固定错误掩蔽基因组的特定区域(maskRegions参数)

• 改进处理双跨细胞染色体SCE当同步读方向性

BUMHMM

1.6.2版本的变化

• 更新链接外部函数的手册页。

CAGEfightR

1.5版本的变化

• 集群添加新的功能空间分析:findLinks发现附近对集群(例如tss和增强剂)和计算表达它们之间的相关性。findStretches找到延伸到基因组,集群在一定的距离彼此(例如组增强剂形成一个超级增强剂),并计算平均之间的两两相关成员。

• 改变了集群的工作方式:CAGEfightR使用覆盖率()来计算全基因组信号,现在轮产生的信号一定数量的数字(这可以通过CAGEfightR修改。圆的选项),防止小积极或消极的价值观由于浮点错误。这使得集群更稳定意义tuneTagClustering功能现在已经弃用。这也应该增加大多数功能的速度。

• CAGEfightR现在使用gpo存储ctss农庄,这将导致内存性能的改善。

• 几个clusterBidirectionality变化:平衡是现在计算中点(防止一些罕见的情况下,中点可以掩盖一个高度表达CTSS),现在汇集CTSS信号预滤器双向性增加速度和自定义平衡功能可以提供(包括Bhattacharyya系数与安德森的D)。

• 增添了新的check-functions更容易检查对象是否正确格式化

篮球选手

1.26.0版本的变化

文档

• “笼子里资源”文档分割成一个单独的小插图。

相机

1.39.2版本的变化

错误修复

• 解决重复出现的名称

癌症

1.17.6版本的变化

• 删除RSvgDevice的依赖。这个包不是用于Windows操作系统。

• 删除GSEA.1.0。R /数据文件夹

  1.17.5版本的变化

• 从grDevice进口new.dev savePlot

• 删除/数据/ datalist

• 导入RSvgDevice(不用于windows操作系统?)

  1.17.4版本的变化

• cbind修改文档。na和rbind。na功能

  1.17.3版本的变化

• cbind修改文档。na和rbind。na功能

红衣主教

2.1.30版本的变化

错误修复

• 修复“spatialShrunkenCentroids”分类中会改变用户的选择(Cardinal.progress) '

  2.1.29版本的变化

错误修复

• 强迫“SpatialShrunkenCentroids2”现在滴空类分割(预计)

  2.1.28版本的变化

错误修复

• 固定的topFeatures方法“SpatialShrunkenCentroids2”,“统计”实际上是打印“中心”

• “收集”的方法,“MSProcessedImagingExperiment”现在保存稀疏当拉到内存中

  2.1.27版本的变化

用户可见的明显变化

• 添加“mzFilter”作为“peakFilter”的别名有更多适合non-peak-picked光谱的违约

错误修复

• 情节轻微的修复“打印”方法和图像

• 小修正为“colorkey”margin图像

  2.1.26版本的变化

错误修复

• 固定的“打印”方法对尊重更新策划的阴谋和图像参数通过“…”参数

  2.1.25版本的变化

用户可见的明显变化

• 添加“运行”参数“像素”“MSImagingExperiment”

• 添加“运行”参数“阴谋”“MSImagingExperiment”

错误修复

• 固定错误“ylab”在“阴谋”与片面的公式

• 轻松超出范围m / z值的错误“特性”

• 值范围的colorkey现在遵循“zlim”的论点

• NULL值情节限制不再给错误

  2.1.24版本的变化

用户可见的明显变化

• 记录新的默认选项(Cardinal.dark = FALSE)

错误修复

• 固定的线性构造子集模型使用“[”“SparseResultImagingExperiment”对象

• 检查长度“classControl”“segmentationTest”

  2.1.23版本的变化

新功能

• 添加“切片”切片成像数据集(如数据立方体)

• 添加的α。政权的“理由”形象的方法

用户可见的明显变化

• 添加文档选项()”?红衣主教的

  2.1.22版本的变化

新功能

• 添加新的“红衣主教2:统计方法”故事

  2.1.21版本的变化

新功能

• 还说“image3D新类的方法

  2.1.20版本的变化

用户可见的明显变化

• 更新文档和仿真例子

错误修复

• 固定错误“总结”“SpatialShrunkenCentroids2”

  2.1.19版本的变化

新功能

• colocalization补充说“与”方法

• colocalization补充说“与”方法

  2.1.18版本的变化

用户可见的明显变化

• 更新的红衣主教2:用户指南的装饰图案

错误修复

• 固定的错误在‘simulateSpectrum’n > 1

  2.1.17版本的变化

新功能

• 添加“topFeatures”方法,从统计分析中提取顶级特性

• 添加“总结”方法对新结果对象

• 还说“SummaryDataFrame打印结果摘要

用户可见的明显变化

• 弃用“topLabels”方法- >使用“topFeatures”

  2.1.16版本的变化

新功能

• 添加dplyr动词“DataFrame”和“XDataFrame

  2.1.15版本的变化

新功能

• 添加新的主成分分析的方法对“SparseImagingExperiment”

• 添加新的“请”“SparseImagingExperiment”方法

• 添加新的“OPLS”“SparseImagingExperiment”方法

用户可见的明显变化

• 现在“selectROI”方法将使用最后的情节如果没有额外的绘图参数给出

• 设置“分辨率”“MSProcessedImagingExperiment”现在将更新m / z值装箱方案

• “选择”和“过滤器”方法现在使用整数作为行/坳id没有”。id的论点

错误修复

• 固定错误“OPLS”导致交叉验证方法产生稍微乐观的结果

  2.1.14版本的变化

新功能

• 新的“mzAlign”处理方法对光谱对齐

• 新的“mzBin”谱面元的处理方法

• 新的“crossValidate”方法,清理“cvApply”输出

• 新的标准化方法:“rms”和“参考”

• 新的基线还原法:“locmin”

• 新的高峰挑选方法:“疯了”

• 新的“darkmode”和“lightmode”绘图选项

• 还说“cvApply新类的方法

用户可见的明显变化

• 形象策划现在使用不同colorkey的传奇情节放在床边,不再掩盖了图像

• 现在所有的策划使用不同的“脱衣舞”标签上面放置情节不再掩盖了图形区

• 现在策划接受隐藏“暗= TRUE”参数切换到策划新“暗模式”

• 更改/更新的预设为“presetImageDef”为“simulateImage”提供预设功能

  2.1.13版本的变化

用户可见的明显变化

• 添加消息当印刷SparseImagingExperiment的对象没有un-applied预处理步骤

错误修复

• 添加C程序注册为打电话给“C_”前缀

• 清理”。o '在事故/ src创建的对象

  2.1.12版本的变化

新功能

• 还说“meansTest mean-summarized图像的线性模型假设测试的方法

• 还说“segmentationTest spatially-segmented图像的线性模型假设测试的方法

  2.1.11版本的变化

用户可见的明显变化

• 添加选项集的概率正则化参数(p0)“spatialDGMM”方法

• 添加选项初始化“spatialDGMM”算法和k - means或高斯混合模型

  2.1.10版本的变化

用户可见的明显变化

• 改变默认colorscale图像“冬青”

• 更新“simulateImage”预设处理多个运行

  2.1.9版本的变化

新功能

• 还说“spatialDGMM方法拟合feature-wise spatially-aware狄利克雷高斯混合模型

• 添加“SpatialShrunkenCentroids2”“预测”方法

错误修复

• 固定的spatialShrunkenCentroids分类新方法(“SparseImagingExperiment”的)类

• 清除单元测试统计方法

  2.1.8版本的变化

错误修复

• 由于更改而更新的PositionDataFrame初始化在S4Vectors (<——DataFrame行为

• 由于更改而更新的MassDataFrame初始化在S4Vectors (<——DataFrame行为

  2.1.7版本的变化

错误修复

• “过滤器”签名由于dplyr变化更新

  2.1.6版本的变化

用户可见的明显变化

• 添加ImmunoOncology biocViews术语

  2.1.5版本的变化(2018-12-14)

错误修复

• 更新后的读/写‘物质’filemode变化的方法

  2.1.4版本的变化(2018-12-12)

用户可见的明显变化

• 在“readImzML”和“readAnalyze”,改变了默认的附加。只有= FALSE”到“attach.only = TRUE”

• 在“readImzML”和“readAnalyze”,改变了默认值从”= MSImageSet ' ' = MSImagingExperiment '

错误修复

• 构造子集大型SparseImagingExperiment的对象与sparse_mat imageData不应再挂

  2.1.3版本的变化(2018-12-12)

新功能

• 还说“ResultImagingExperiment类统计分析成像实验的结果

• 还说“spatialFastmap SparseImagingExperiment的方法

• “总结”接受“更新。group_by的论点

• 添加“simulateSpectrum”和“simulateImage”功能

用户可见的明显变化

• 自动检测和设置布局的新类

• 使用“布局”现在假设(行、列)顺序为新类创建方面的情节时(只)

• 更新示例文档使用新类

错误修复

• 固定错误“spatialKMeans”导致“spatialFastmap”失败的数据集特征少于组件

• 修复“阴谋”中没有在运行方面的“SparseImagingExperiment”当使用“加减符”

  2.1.2版本的变化(2018-11-30)

用户可见的明显变化

• 更新“spatialKMeans”使用新的“spatialFastmap”

• 更新“spatialShrunkenCentroids”使用新的spatially-aware判别分数计算

  改变版本2.1.1 (2018-11-30)

新功能

• 添加“spatialFastmap”方法来执行spatially-aware FastMap更容易预测

  版本变化2.0.2 (2018-11-30)

错误修复

• reduceDimension固定错误”。山峰的作废不正确导致峰值强度

  2.0.1版本变化(2018-11-14)

用户可见的明显变化

• 更新“peakFilter”检查freq.min > = 1容纳旧行为(计数)

cbaf

版本变化1.6.0 (2019-04-28)

新功能

• heatmapOutput现在使用更精确的算法确定利润。

• 条款的更新。包可以只有认识更多的癌症!

celaref

1.1.10版本的变化

更新

• 支持通过hdf5-backed SummarizedExperiment对象(内部转换为稀疏)

• 显式地处理多个summarizedExperiment化验()。必须有一个名为“计数”试验,或者,只是一个不知名的分析。

错误修复

• 二次抽样每组现在应该被使用。

  1.1.8版本的变化

更新

• 更新大数据处理的装饰图案。

• Doco更新

• make_ranking_violin_plot可以通过参数(如rankmetrics)与…

  版本1.1.4的变化

更新

• 方法/大型datatsets选择子集。

  1.1.3版本的变化

更新

• 一个也没有。凹凸版仅供构建。

  1.1.2版本的变化

更新

• 测试测试

  1.1.1版本的变化

错误修复

• 内部SingleCellAssay胁迫错误修复。应该不再需要图书馆(桅杆)调用。

更新

• 派对狂欢与单元测试吸引

  1.1.0版本的变化

更新

• 选择改变基因排名指标。也许有用的PBMCs等类似的细胞类型。

• 用稀疏matricies来支持更大的数据集在RAM。

  版本1.0.1的变化

更新

• 第一个bioconductor版本

celda

版本变化0.99.34 (2019-04-23)

• 次要的修改小插曲

  版本变化0.99.23 (2019-04-10)

• 删除pheatmap进口

  版本变化0.99.22 (2019-04-09)

• 包celda bi-clustering单细胞的组学数据。

  版本变化0.99.8 (2019-03-11)

• 第二次提交Bioconductor

  版本变化0.99.0 (2018-05-15)

• 第一次提交Bioconductor

CellBench

0.99.10版本的变化

• 录取Bioconductor

新功能

• 添加新小插曲Tidyverse喋喋不休和方法包装

修改

• fn_arg_seq()现在有一个.strict提供参数检查参数的实际使用功能。默认是假的,之前检查总是这样做,但它失败的调度函数的使用方法。- pipeline_collapse()现在有一个data.name理由如果数据集的名称应该保存在管道字符串。如果只使用一个数据集有用。- arrow_sep()现在使用ascii字符(只有左和右)而非unicode。Unicode箭头失败当ggplots rmarkdown被编译成PDF,这是有关的常见的足够的用例。

  0.0.7版本的变化

修改

• purrr版本号要求设置为(> = 0.3.0)由于部分()的参数名称更改,文档重组清理方案文档索引。——添加着陆页面? CellBench

  0.0.6版本的变化

新功能

• 增加了对错误的传播——添加task_error类错误添加打印task_error对象的方法

  0.0.5版本的变化

新功能

• 添加“时间”来解释time_methods小插曲——更改apply_methods()继续错误,返回错误结果列对象

  0.0.4版本的变化

突发的变化

• 改变了time_methods . name参数()和apply_methods()的名字

新功能

• 添加time_methods函数——添加set_cellbench_bpparam为更先进的并行性的选择

  0.0.3版本的变化

新功能

• benchmark_tbl实现并行应用程序的方法,以前只有在数据集列表,添加fn_list构造函数

• 添加data_list构造函数

  发布版本的变化

错误修复

• apply_methods()中固定错误导致失败当超过1线程使用

修改

• 缓存更新介绍小插图描述多线程和功能

  版本0.0.1的变化

• 最小功能包创建——符合BiocCheck: BiocCheck()和goodpractice:: goodpractice ()

CellMixS

0.99.9版本的变化

• 准备Bioconductor提交

冠军

2.13.2版本的变化

• 改变ebayesGSEA ebGSEA函数与一个新名字,并添加KPMT函数。

印度豹

版本变化0.99.0 (2019-02-28)

• 提交给Bioconductor

ChIPanalyser

1.4.1版本的变化

包更新

• 更新的绘图功能

• 模型质量评价已得到改进

• 噪声滤波器ChIP-seq预处理的方法

ChIPpeakAnno

3.17.2版本的变化

• 修复一个缺陷在toGRanges接受GTF文件。

  3.17.1版本的变化

• 修复bug annotatePeakInBatch不能接受bindingType参数。

ChIPseeker

1.19.1版本的变化

• 添加origin_label = " TSS "参数plotAvgProf(2018-12-12,结婚)
• https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/91

chromstaR

1.9.2版本的变化

修正

• 错误修复错误时输出空峰列表。

CHRONOS

1.11.1版本的变化

• pathwayMeasures取代RBGL: brandes.betweenness.centrality () () igraph::中间性(),因为前者是不再可用。

切肉刀

版本变化1.21.4 (2018-12-26)

• 使用“https”超链接(在可能的情况下)。

  版本变化1.21.3 (2018-12-26)

• 正确的乳沟规则“胃蛋白酶”和“pepsin1.3”。根据peptidecutter文档“pepsin1.3”更具体(劈开(FL))比“胃蛋白酶”(劈开[FLWY]);有关详细信息,请参阅https://github.com/sgibb/cleaver/issues/6。由于琼Manguyjean@manguy.eu报告这个错误。

  版本变化1.21.2 (2018-11-03)

• 将装饰图案从Sweave rmarkdown。

• 另一个尝试修复链接在手册页以避免警告窗口。

  1.21.1版本的变化(2018-11-01)

• 添加我的ORCID作者字段的描述。

• 修复在手动页面的链接,以避免在Windows上的警告。

CluMSID

0.99.13版本的变化

• 下载说明改为BiocManager:安装()

  0.99.12版本的变化

• Bioconductor审查II: R,第三部分

• 添加MS2spectrum MSnbase / ProtGenerics泛型方法

• 小代码更改为用户不可见的效果

  0.99.11版本的变化

• 固定错误在新distanceMatrix(),现在强制数字id的性格

  0.99.10版本的变化

• Bioconductor审查II: R,第二部分

• 取代了嵌套循环内部distanceMatrix ()

  0.99.9版本的变化

• Bioconductor审查II: R,第一部分

• 提供所有类型的向量参数选项

• 添加“…”参数specplot ()

• 改变函数转换MSnbase对象从“convertSpectrum (x)”到“as.MS2spectrum (x)“/”(x,“MS2spectrum”)

• 各种小代码更改为用户不可见的效果

  0.99.8版本的变化

• Bioconductor评论我:描述和命名空间

• 添加URL和BugReports描述

• 开始所有包导入命名空间

• 放弃了“CluMSID_”前缀,更名为各自的功能

• 改变了所有函数名骆驼以小写字母开始

  0.99.7版本的变化

• 进一步降低片段的大小

  0.99.6版本的变化

• 错误修复在MTBLS装饰图案

  0.99.5版本的变化

• 修改数据导入CluMSID MTBLS装饰图案

  0.99.4版本的变化

• 减少大小的小插曲

  0.99.3版本的变化

• 添加缺失的依赖关系的是()

  0.99.2版本的变化

• 开始避免类()函数检查类

• 小的代码风格变化

  0.99.1版本的变化

• 删除.RHistory

• 改变了进口“秀”

• 从GC_post.csv删除无效的字符在CluMSIDdatawhich caused errors on Linux and OS X

  0.99.0版本的变化

• Bioconductor提交

  0.1.14版本的变化

• 删除本月/ extdata CluMSIDdata(现在)

  0.1.13版本的变化

• 更新3.6 R版本依赖

• 代码风格的变化

  0.1.12版本的变化

• 更新装饰图案的依赖性

  0.1.11版本的变化

• 添加缺失的建议

• 更新文档和GC-EI-MS装饰图案

  0.1.10版本的变化

• 添加splitPolarities()函数

• 添加specplot()函数

  0.1.9版本的变化

• Featurelist()和writeFeaturelist()现在也使用“pseudospectrum”对象的列表

• 错误修复的强度提取extractPseudospectra ()

• 教程更新

  0.1.8版本的变化

• 添加“…”CluMSID_MDSplot (), CluMSID_HCplot (), CluMSID_OPTICSplot()允许定制的情节出现

  0.1.7版本的变化

• 加入极性槽MS2spectrum类和各自的节目()一般

• 加入极性访问器

• 添加提取极性信息从原始数据到extractMS2spectra ()

  0.1.6版本的变化

• 添加一个新闻文件

• 添加“宽容”理由m / z宽容cossim()和distanceMatrix ()

• 添加访问器功能“MS2spectrum”和“pseudospectrum”对象

• 对于所有的导出函数添加可运行的例子

• 一些格式和风格的变化

clusterProfiler

3.11.1版本的变化

• 网络参数(.compareClusterResult (2018-12-24, Mon)——https://github.com/GuangchuangYu/enrichplot/issues/17

CNVPanelizer

1.15.1版本的变化

• 解决测试由于样本函数的变化

CNVRanger

1.0.0版本的变化

• 最初版本的“CNVRanger”包

可乐

0.99.15版本的变化

• 支持t-SNE和UMAP。

  0.99.14版本的变化

• cola_report()支持mc.cores

  0.99.13版本的变化

• 配分函数都支持mc.cores

  0.99.12版本的变化

• 通过c++实现get_consensus_matrix ()

• 添加regiester_NMF()和register_SOM ()

  0.99.9版本的变化

• TEMPLATE_DIR搬到.onLoad ()。

  0.99.5版本的变化

• 减少包装的数量

• 改善方案根据评论在https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/941 # issuecomment - 452728439

  0.99.4版本的变化

• 固定在Rd警告文件

  0.99.3版本的变化

• 从描述删除venneuler

  0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

彗星

1.15.2版本的变化(2018-12-24)

• 更新装饰图案(添加警告= False)

  1.15.1版本的变化(2018-12-24)

• 更新脚本snp_ensembL

ComplexHeatmap

1.99.8版本的变化

• 添加title_gap在“传奇()

• 固定一个错误的错误的行标题空间当垂直连接多个热图。

• 固定一个bug的* _sub_title_side热图注释时第一个/热图列表中的最后一个元素。

• 支持零列/行热图。

• 改进的计算轴断裂

  1.99.7版本的变化

• 沮丧()支持添加补充集。

• make_comb_set ():添加universal_set和complement_size参数。

• 轴可以逆转anno_ *功能。

  1.99.6版本的变化

• 调整大小的热图注释和添加测试脚本。

• 多次运行k - means共识分区。

• show_heatmap_legend是设置为FALSE如果rect_gp = gpar (type = "没有")。

• 添加restore_matrix ()。

• 添加row_names_centered/column_names_centered参数热图()。

• 全科医生在anno_text ()支持填满和边境。

• 传说添加boxplot-style传奇。

• 根据注释扩展改进调整。

  1.99.5版本的变化

• 添加沮丧()和一些相关功能使难过的情节

• 固定的臭虫的传说

• 添加test_alter_fun ()

• HeatmapAnnotation ():设置固定一个bug高度当所有注释是简单的注释。

• default_col ():如果积极的分数值的矩阵(0.3,0.7),颜色映射是对称的为零。

• 检查NA值anno_boxplot ()和anno_density ()。

• 添加mc.cores在densityHeatmap ()。

  1.99.4版本的变化

• 在多个片anno_mark()现在计算。

• oncoPrint():自动分割的蚀变类型如果分隔符是一个“;:|”。

• 添加anno_zoom ()

  1.99.1版本的变化

• 添加cluster_row_slices和cluster_column_slices参数在热图()。

• 固定一个错误当annotation_height只有一个注释

• 的k - means片被切片的重新排序row_reorder/column_reorder如果他们提供的向量。

• 删除rsvg从建议。

  1.99.0版本的变化

这的一个主要更新包。主要的变化是

• 支持列分割

• 支持垂直对齐的热图

• 添加一个天真AnnotationFunction类处理注释的功能

• 添加更多的注释功能

consensusDE

版本变化1.0.7 (2019-03-01)

• RUV修正总结出口政府文件之前模型

• 选择总结阅读记录,外显子或cd buildSummarized

• 添加染色体合并结果的坐标注释

• 包括gtf或txdb总结对象的元数据

• 添加选项、htseq_dir进口文件buildSummarized HTSEQ计数

• 固定sample_table格式检查(refactorise)

  版本变化1.0.6 (2019-12-31)

• 添加multi_de_plots传奇和标签选项

• 修复bug配对模式模型矩阵multi_de_pairs RUV。没有政府

• 更新装饰图案

  版本变化1.0.5 (2019-12-16)

• 修复第一列名称写表时磨边机,轰,DEseq

• RUV模型系数固定政府完成

  1.0.4版本的变化(2019-12-12)

• 固定排名为组合数据错误

• 添加min_p合并表

  1.0.3版本的变化(2019-12-10)

• 固定multi_de_pairs ensembl_annotate选择

• 添加BiocGenerics是取决于

  变化在以前的版本1.0.2中(2019-12-09)

• 过滤错误更新buildSummarized

• 添加错误报告与不正确的或双人组数字

• 添加选项force_build buildSummarized

• 修复在diag_plots颜色错误

• 修复为multi_de_pairs注释文档

• 更新过滤器选项允许从总结实验

• 更新装饰图案

  版本1.0.1的变化(2019-12-07)

• 固定的错误——构建gtf的路径

警戒线

1.1.3版本的变化

• 实现codonTable构造子集用“(”和“[[”。

• Bug修复:保证的有效性codonTable当KEGG /齿轮注释一些DNA序列的失踪。

CoRegFlux

版本变化0.99.0 (2019-01-15)

• 提交给Bioconductor

csaw

1.18.0版本的变化

• 弃用的类型=参数normOffsets ()。

• 删除了弃用consolidateSizes()函数。

• 弃用的使用在readParam BPPARAM = ()。BPPARAM =参数添加到所有相关的功能。

• 修改csawUsersGuide()指工作流包。

cTRAP

1.0.3版本的变化

• 添加标签ImmunoOncology BiocViews

  在以前的版本1.0.2中变化

• 修复对提出的扰动比较使用基因集富集分析(结果分数的加法逆元的分数)

  版本1.0.1的变化

• 更新标题、作者名称、版本和自述-删除biomaRt依赖默认情况下,getL1000conditions现在显示提出扰动类型除了控制——比较提出扰动(compareAgainstL1000函数):——把“_t”从产生的列名(t统计量可能是也可能不是使用)——选择假定值调整方法在执行相关分析(Benjamini-Hochberg设置默认情况下)-文档:-修正过时的函数调用的函数文档隐藏non-exported函数参考PDF手册

cydar

版本1.8.0的变化

• 修改了plotSphere *()函数在颜色的选择更大的灵活性。

• 添加修复。0 =选项normalizeBatch基于范围规范化()。

cytofast

0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor(开发)

dagLogo

1.21.4版本的变化

• 修复bug如果有多个位置在一个fetchSequence肽。

  1.21.3版本的变化

• 更新grImport2

  1.21.2版本的变化

• 合并的变化叫海波。

  1.21.1版本的变化

• 文档由RoxygenNote生成。

• cleanPeptides添加功能。

dcanr

版本变化0.99.0 (2019-03-25)

• 提交给Bioconductor

debrowser

1.10.7版本的变化

• 更好的错误报告数据上传

• 更好的错误报告条件选择使用元数据

• 品管科alldetected基因矩阵downlad固定

  1.10.1版本的变化

• 轻轨交通在DESeq2违约。

• 标签在主要情节发生了变化。

德科

0.99.53版本的变化

• 错误修正。

  0.99.47版本的变化

• 错误修正。

• 注释适应新的“OrganismDbi”相关的包。

• 三个新的诊断(情节)功能。

• 扩大了装饰图案。

  0.99.42版本的变化

• 错误修正。

• 装饰图案转换为HTML格式。

• 在Bioconductor接受。

  0.99.0版本的变化

• 提交Bioconductor。

decompTumor2Sig

版本变化1.99.1 (2019-04-07)

• 改变了程序,将单个突变从强积金文件列表转换成肿瘤突变降低内存占用和允许更大的组肿瘤从文件读取。

• 当基因组读取文件:删除基因组没有SNVs(没有突变频率)

• 识别indels裁判或ALT的基地被指定为“-”

• 修复bug: o错误当quadprog返回最低限度的突变频率大于1(理论上是不可能的但可能发生由于舍入的浮点数)

  版本变化1.99.0 (2018-11-10)

• 当转录方向是考虑:排除基因突变与重叠区域的默认反对转录方向!以前版本的decompTumor2Sig pmsignature的方法,使用中遇到的第一个基因的转录方向记录数据库(而不是任意的);不包括这些突变似乎更合适。旧的方法仍然可以使用额外的函数参数。

• 从建议删除pmsignature包(不允许在Bioconductor)

• 减少肿瘤基因组的例子在extdata更快的处理和较小的包大小(从PMID 21的肿瘤:22608084)

  改变v1.3.3 (2018-09-24)

• 实现策划从pmsignature删除代码依赖自己的签名

• 从pmsignature代码解耦以下数据转换函数:o getGenomesFromMutFeatData getSignaturesFromEstParam阿()()

• 了一些常见的代码到一个新的内部函数易于维护。

• 固定的错误:o错误当一些中没有参考基因组序列的名称,例如,由于不同的名字诱饵序列。啊,小问题不可能只签名由变异的基础(没有侧翼基地)

  1.3.2版本的变化(2018-08-29)

• 固定一个小虫子mapSignatureSets()时发生的两套签名有相同的大小。

• 添加函数来验证签名的格式,基因组和曝光:o isAlexandrovSet (), isShiraishiSet (), isSignatureSet () o sameSignatureFormat isExposureSet阿()()

• 弃用的移动描述BiocInstaller BiocManager装饰图案。

  1.3.1版本的变化(2018-08-15)

• 更新描述文件o取代了作者和维护者Authors@R o BugReports添加URL

• 从手册名称空间和* Rd roxygen2文件创建

• 改变函数名称读取数据从“负载…”“读…”

• 缩短最长的函数名o getGenomesFromMutationFeatureData - > getGenomesFromMutFeatData o getSignatureListFromEstimatedParameters - > getSignaturesFromEstParam

• 创建健壮的序列使用seq, seq_len seq_along代替1:N等

• 坚持使用本机类检查如is.numeric ()

• 实现外部类的包装器函数不提供必要的访问器功能

• 取代酸式焦磷酸钠的实例()和unlist(拉普兰人())由vapp ()

• 更新后的装饰图案,使大多数代码块运行的

• 添加plotExplainedVariance贪婪搜索选项(显著加速)

  1.3.0版本版本的变化(2018-07-26)

• 提交给Bioconductor

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25)

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

  版本变化1.99.2 (2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

  版本变化1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

  版本变化1.99.0 (2013-04-30)

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DEGreport

在version 1.19.2变化

• 解决办法:错误当元数据不包含组列。感谢@hexaflexa。

• 解决办法:在degComb更新文档链接。

• 修正:修正错误时由@roryk因素额外关卡。

• 修复:修复截止degPattern总结。

  1.19.1版本的变化

• 特点:接受data.frame绘制自定义集群。

• 功能:添加集群一致性degPattern阴谋。

DelayedArray

0.10.0版本的变化

新功能

• 许多改进矩阵乘法(% * %)DelayedMatrix对象的亚伦Lun。还加上有限的支持(t) crossprod方法。

• 添加rowsum()和colsum为DelayedMatrix对象()方法。这些方法block-processed操作。

• 许多改进RleArray () contructor(见消息提交582234 a7和0 a36ee01更多信息)。

• 添加seedApply ()

• 仍然添加multGrids()实用程序(一个半成品,没有记录)

DelayedMatrixStats

1.5.1版本的变化

• 移动rowsum()和colsum DelayedArray包()。由于@hpages (https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/pull/56)。

DeMixT

0.99.0版本的变化

• 新包DeMixT细胞特定类型反褶积的异构肿瘤样本与两个或三个组件使用表达式RNAseq或微阵列平台的数据

derfinder

1.17.3版本的变化

新功能

• 在//www.andersvercelli.com/developers/package-guidelines/添加2021欧洲杯体育投注开户ORCID变化后的描述

  1.17.2版本的变化

错误修复

• 使用R的随机种子从版本3.5.0测试由于https://twitter.com/StrictlyStat/status/1103303028751372289

derfinderHelper

1.17.3版本的变化

新功能

• 在//www.andersvercelli.com/developers/package-guidelines/添加2021欧洲杯体育投注开户ORCID变化后的描述

  1.17.2版本的变化

错误修复

• 使用R的随机种子从版本3.5.0测试由于https://twitter.com/StrictlyStat/status/1103303028751372289

derfinderPlot

1.17.2版本的变化

新功能

• 在//www.andersvercelli.com/developers/package-guidelines/添加2021欧洲杯体育投注开户ORCID变化后的描述

DEsubs

1.9.1版本的变化

• 添加biocViews标签。

diffcyt

1.3.17版本的变化

• 添加额外的可选参数方法‘testDA_edgeR’,‘testDS_limma’,‘testDS_LMM’。

  1.3.12版本的变化

• 允许选择列experiment_info特征向量的列名称,当创建设计矩阵或模型公式。

  1.3.6版的变化

• 重命名和扩展摘要表函数topTable(之前“topClusters”)。

diffuStats

1.3.1版本的变化

• 固定的标题和引用小插曲——小修改文档
• 版本号不畸形了

DiscoRhythm

版本变化0.99.8 (2019-04-29)

• 新的公共服务器URL

  版本变化0.99.7 (2019-04-29)

• 写中间文件相同的目录中作为输出报告

  版本变化0.99.6 (2019-04-26)

• discoApp ncores和端口参数

  版本变化0.99.4 (2019-04-24)

• 增加更多的单元测试输入

• 错误修复

• 增加更多的单元测试输入

• 错误修复

  版本变化0.99.3 (2019-04-18)

• 错误修复

  版本变化0.99.2 (2019-04-18)

• 使用匹配。参数的参数选项

  版本变化0.99.1 (2019-04-09)

• 添加支持使用SummarizedExperiment对象

  版本变化0.99.0 (2019-04-04)

• 提交给Bioconductor

dmrseq

1.3.1版本的变化(2018-11-02)

• dmrseq现在要求输入BSseq对象进行排序(BSseq()构造函数不再自动订单位点)。

DNABarcodeCompatibility

版本变化0.99.8 (2018-11-25)

• 包被Bioconductor批准通知

• 固定所有Bioconductor评论家的评论和更新相应的文档部分。通过本地BioCheck 1.18

  版本变化0.99.7 (2018-11-19)

• 更新后的文档部分。通过本地BioCheck 1.18

  版本变化0.99.6 (2018-11-19)

• 修改安装过程,允许包安装在R < 3.6。通过本地BioCheck 1.18

  版本变化0.99.5 (2018-11-19)

• 远程BiocCheck强加R > = 3.6。通过本地BioCheck 1.18

  版本变化0.99.4 (2018-11-19)

• 改进的错误处理。通过本地BioCheck 1.18

  版本变化0.99.3 (2018-11-13)

• 固定的R版本3.5。通过本地BioCheck 1.18

  版本变化0.99.2 (2018-11-13)

• 新包闪亮的界面特性。通过本地BioCheck 1.18

  版本变化0.99.1 (2018-10-15)

• 通过本地BioCheck 1.17

  版本变化0.99.0 (2018-10-15)

• 准备方案提交到Bioconductor库(BioCheck 1.16)

DominoEffect

1.3.1版本的变化

UDPATE

• 从73年到75年的变化运用版本

  1.3.0版本版本的变化

新功能

• DominoEffect BioC 3.9开发版本

剂量

3.9.4版本的变化

• 导出parse_ratio(2019-03-29,星期二)

• 错误的固定get_enriched (2019-01-14, Mon)——https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/177

  3.9.2版本的变化

• mv浓缩小插曲clusterProfiler-book(2019-01-10,清华)

  3.9.1版本的变化

• 在[网络参数。enrichResult和[。gseaResult (2018-12-24, Mon)
• https://github.com/GuangchuangYu/enrichplot/issues/17

定量给料器

0.99.5版本的变化

• 解决biocCheck错误、警告和笔记。

• 完成SummarizedExperiment集成。

DropletUtils

在版本1.4.0变化

• 删除read10xMatrix ()。

• 支持在read10xMolInfo CellRanger v3输出文件(),read10xCounts (), write10xCounts ()。

• 修改barcodeRanks()返回一个DataFrame膝盖/变形估计在元数据。

• 细微的变化在emptyDrops随机数生成()是不可知论者数量的核心。

easyRNASeq

2.19.6版本的变化

• 在windows上更多摆弄文档链接的警告

  2.19.5版本的变化

• 在windows上固定更多的文档链接的警告

  2.19.4版本的变化

• 在windows上固定杆的警告

  2.19.3版本的变化

• 改为使用BiocFileCache测试和例子

  2.19.2版本的变化

• 添加体积和页面引用

• 每个请求添加ImmunoOncology字段从Bioc核心

• 固定在Windows文档警告

  2.19.1版本的变化

• 把RangedData支持这些现在已经弃用。

  2.18.4版本的变化

• 从curl_download download.file

• Bioc核心变化

  2.18.2版本的变化

• 每个请求添加ImmunoOncology字段从Bioc核心

• 添加体积和页面引用

• 固定在Windows文档警告

  2.18.1版本的变化

• 适应一个例子作为RangedData对象被弃用。

刨边机

3.26.0版本的变化

• read10X()现在从最新CellRanger版本自动检测文件的名字。

• 现在glmTreat()检查是否“对比”是一个与多个列,并使用第一列矩阵。

• TMMwsp TMMwzp方法已经被重命名,但调用方法=“TMMwzp”仍将得到尊重。calcNormFactors(对象)现在返回一个名为向量当“对象”是一个矩阵,与colnames(对象)的名称。

• 新的“随机”zscoreNBinom方法()。

• 添加参数“日志”和“前。数”cpmByGroup()和rpkmByGroup ()。

• 错误修复filterByExpr ()。

ENCODExplorer

2.9.0版本的变化

新功能

• ENCODExplorer分成2包:ENCODExplorer ENCODExplorerData

• 现在可以通过AnnotationHub encode_df对象

• 功能与ENCODExplorer API进行交互(搜索功能除外)搬到ENCODExplorerData

EnhancedVolcano

版本1.1.4的变化

• “colOverride”改为“colCustom”

• 添加一个新的形状的参数来控制绘制点的形状

• 增加了一个新的“shapeCustom”参数,类似于功能由“colCustom”(原名“colOverride”)

• 添加功能添加标题、副标题和标题(参数:标题、副标题、标题、titleLabSize subtitleLabSize, captionLabSize = 12)

• 添加功能来添加额外的垂直和水平线(参数:线、hlineType hlineCol, hlineWidth, vline, vlineType, vlineCol, vlineWidth)

• “colConnectors”默认从“黑色”改为“grey10”

• 添加额外的参数线连接器(参数:typeConnectors、endsConnectors lengthConnectors)

• “labhjust”和“labvjust”现在“transcriptLabhjust”和“transcriptLabvjust”,分别

• 用户现在可以指定画记录标签作为文本和文本框通过“boxedlabels”(真/假)

  1.1.2版本的变化

• 添加功能影情节空间中特定基因(参数:阴影,shadeLabel, shadeAlpha, shadeFill, shadeSize, shadeBins)

• 添加新的参数“labhjust”和“labvjust”微调标签的位置

• 抑制警告删除缺失值

• 现在更容易隐藏传奇通过legendVisible = TRUE / FALSE

EnrichedHeatmap

1.13.1版本的变化

• 更新包的新版本ComplexHeatmap (> = 1.99.0)

• 删除EnrichedHeatmap类现在丰富的热图是纯粹的的热图类对象。

• 添加flip_upstream论点normalizeToMatrix ()。

• pos_line和pos_line_gp使用的设置EnrichedHeatmap ()默认情况下。

• colSds- >matrixStats: colSds

enrichplot

1.3.2版本的变化

• dotplot支持设置x和其他变量,如NES(2019-01-10,星期四)- mv clusterProfiler-book装饰图案。

enrichTF

改变版本1.0.0 (2019-04-30)

• 转录因子丰富地区基于Bioconductor释放。

• 最初的发布版本包含管道和所有家属对于转录因子浓缩分析给定的区域。用户只需要提供一张床文件并可以获得大量丰富转录因子的三个统计测试假定值。

  版本变化0.99.0 (2019-03-21)

• 提交给Bioconductor

ensembldb

2.7.10版本的变化

• 出口getGenomeTwoBitFile(# 95)问题。

• 更新使用getGenomeTwoBitFile代替getGenomeFaFile装饰图案。

  2.7.9版本的变化

• 添加intronsByTranscript方法(问题# 94)。

  2.7.7版本的变化

• proteinToTranscript的性能改进。

  改变2.7.6版

• 提高性能的genomeToTranscript输入长度> 1的农庄。

  2.7.5版本的变化

• 修复类定义为R > = 3.6。

  第2.7.4版本的变化

• 更新perl脚本添加列tx_id_version和gene_id_version成绩单和基因数据库表。

  2.7.3版本的变化

• 实现mapIds multiVals = " CharacterList”选项(问题# 87)。

  2.7.2版本的变化

• 添加装饰图案与坐标映射用例

  2.7.1版的变化

• transcriptToGenome返回一个空的农庄组织如果输入范围以外的文字记录的序列而不是抛出错误。

ensemblVEP

1.26.0版本的变化

• 添加支持运用释放95/96

EpiDISH

2.0.0版本的变化

• 添加CellDMC和hepidish功能。

epihet

0.99.0版本的变化

改进和错误修正

• 更新检查

epivizrServer

999.999版本的变化

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrServer >

evaluomeR

版本变化0.99.81 (2019-02-26)

• 描述元数据更新

  版本变化0.99.8 (2019-02-19)

• 删除依赖与孤儿fpc的凹口包

  版本变化0.99.7 (2019-02-19)

• “相关性”现在“metricsCorrelations”方法

  版本变化0.99.6 (2019-02-19)

• 内部改进根据Bioconductor评论

  版本变化0.99.5 (2019-02-19)

• 删除一些@examples这样他们不Bioconductor逾期的检查

  版本变化0.99.4 (2019-02-16)

• 的相关性方法也使用SummarizedExperiment作为输出对象。

  版本变化0.99.3 (2019-02-16)

• 所有方法都依赖于SummarizedExperiment作为输入/输出对象。

  版本变化0.99.2 (2019-02-15)

• SummarizedExperiment现在可以通过处理seToDataFrame方法。添加SummarizedExperiment和气道依赖性。

  版本变化0.99.1 (2019-02-11)

• 提交给Bioconductor

ExperimentHub

1.9.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 已经更新(1.9.2)中心使用BiocFileCache作为后端管理工具和下载资源。这允许文件特定的缓存机制。这个用户是一个重大的改变,因为它改变了默认目录中心(AnnotationHub / ExperimentHub)以及基本目录不再隐藏。

ExperimentHubData

1.9.0版本的变化

新功能

• 添加多个RDataPaths id与单一中心密切相关的文件(如bam及其白索引文件)

FamAgg

1.11.5版本的变化

• 确保提供的相同顺序的血统和标签buildPed(问题# 19)。

  1.11.4版本的变化

• 修复bug和修剪buildPed = TRUE,导致一个失踪的父亲或母亲在某些复杂的家庭结构。

  1.11.3版本的变化

• 固定错误buildPed失去配偶在一些特殊的情况。

• 固定错误buildPed导致个体差异id和rownames data.frame的血统。

  1.11.2版本的变化

• 修复角落生成绘图数据血统。

• 添加家庭参数haplopainter,迷路了在重构(问题# 16之后)。

  1.11.1版本的变化

• 解决问题与ids的血统因素。

小伙子

1.3.1版本的变化

• 固定的论文主要装饰图案名称匹配

• 固定Unicode字符”(U + 301)错误(有波浪号\ \我在bibfile)

• 添加引用BMC文章

fgsea

1.9.6版本的变化

• 修复log2err计算中

• 小补丁plotGseaTable

  1.9.2版本的变化

• 添加更准确logPval fgseaMultilevel函数估计

鱼池

0.99.30版本的变化

• 添加了两个交互测试,描述?漂亮

• 纳入pvalue qvalue包,locfdr qvalue

• 添加plotMASwish()来促进策划

• wilcoxP被移除,而不是使用的意思是

  0.99.0版本的变化

• 鱼池Bioc准备提交

flowAI

1.12.5版本的变化

• 增加pen_valueFS默认值

  1.12.2版本的变化

• 修复bug和渲染功能

flowCL

1.21.1版本的变化

• 改变端点手册页,添加ImmunoOncology biocViews标签。

  1.21.0版本的变化

• 和以前的一样。由BioConductor撞。

flowClust

3.21.2版本的变化

• 固定一些测试和改写Rmarkdown的装饰图案。

FoldGO

1.1.2版本的变化(2019-04-12)

• 错误与失踪的背景基因固定

  1.1.1版本的变化

• 固定的错误与假定值校正之前过滤

  改变版本1.1.0 (2018-10-31)

• 第一个版本

GAPGOM

改变版本1.0.0 (2018-02-13)

添加

• 安装一章主要装饰图案。

• 额外的测试。

• 基本用户输入检查。

• 测试检查预先计算的矩阵的版本。

• 包添加到Bioconductor

• 未来潜在的增加额外的脚本(染色体位置计算。在本月文件夹文件:“chrom_pos.R”)

改变了

• 与去。db来提高性能(首先被转化为环境)。

• 计算出基因/ genelists TopoICSim,跳过某些不必要的计算,大大提高性能。

• 应用功能。

• 测试结果是如何存储- >他们现在存储在一个列表,而不是分开。

• 例子,测试和装饰图案的计算,以确保他们不会持续太长时间。

• 自述,更详细。

• 小插曲/文档-错误修复和一般小的改进。

删除

• 全球所有作业。

• 类访问器(在可能的情况下)。

固定

• “固定”新闻文件为纯文本格式。

• 预先计算的topoicsim矩阵。

• 符合R CMD检查。

• 符合R CMD BiocCheck。

• 依赖的问题。

• 幽灵数据的下载功能。

• 幽灵5功能。

• 计算时间输出(实际上现在以秒为单位)。

  版本变化0.3.0 (2018-11-22)

添加

• 重新添加数据lncRNApred的论文是基于。

• 支持所有关键AnnotationDbi类型。

• GAPGOM装饰图案。

• 装饰图案为基准/性能测量。

• 词算法导出的函数。

• 设置数据导出功能。

• 现在可以手动设置一些常用的参数(go_data All_Go_pairs)。

• 独立评分函数(如果人们想要做自己的浓缩/只有语义相似度得分)。

• 一些参数的算法来让用户有更多的控制。

• 自定义为topoicsim基因接口。

改变了

• 描述文件,现在坚持Bioconductor执行一些较小的要求。

• 数据准备功能,他们现在正在更新和更清晰。

• Topoicsim基因和geneset现在1泛型函数topo_ic_sim_genes。

• 文档和注释(再一次)。

• topoicsim参数解析。

• 一些测试及其结果。

• 在两种算法参数使用。

• 预先计算的值被弃用的这个版本,因此关闭,会显示警告如果试图使用。将在以后的版本中更新的值,可能坚持只有某些org.db包版本(警告如果使用了错误的版本)。

• 一些拉普兰人循环,循环,作为全球作业这是禁止他们使用/不利的约定。

• data-raw更新文件,他们现在正常工作的当前版本和更好的记录。

删除

• 所有形式的并行化支持。这是车/不一致,它可以实现微不足道的性能收益。

• Fantom5示例数据

• 直接从fantom5文件接口expsetfantom_load_expressionset ()。

固定

• 不一致的结果lncrnapred相比原算法。现在是完全相同的。

• 现在隐藏文档的内部函数。

• data-raw失踪.Rbuildignore。

• R CMD检查没有因为不同lncRNApred导致因素指标。通过将unnecesary因素转换为字符。

• R CMD检查失败,因为T和F使用,而不是真正的/假。

• fantom_to_expset ()不总是正确加载;老鼠和人类有不同的元数据。

  版本变化0.2.0 (2018-10-20)

添加

• TopoICSim性能改进。

• LncRNApred性能改进。

• Parallelisation相结合方法

• 一些额外的选项相似的预测。

• 预先计算的相似性得分之间频繁的术语。

• 前置数据文件,用于生成包数据描述方法。

• TopoICSim进度条。

• 基本测试(仅为主要算法)。

• 一些小测试的主要算法。

• 许可证文件。

改变了

• 的返回值主要TopoICSim基因集之间更好地匹配的返回值TopoICSim两基因之间。

• 所有的功能都现在预编译(data_gen.R除外)。

• 进口(每个函数)。

• 评论,很多人。

• entrez - > goid查找的实现。(一些ids抬起头两次)

• data.frame构造子集/ ddp函数更快的数据- >替换方式。表选择。

• 矢量化的部分还没有矢量化。

• 改变了一些循环回到for循环,而不是应用- >应用的一些并不是一个好的用例。

• 现在一些矩阵使用矩阵库。

删除

• 什么都没有。

固定

• R取决于版本(3.4.4 - > 3.5.1)。

• 性能错误TopoICSim (# 4)。

• 性能错误entrez - > goid查找(# 5)。

• 罗斯福错误(# 7)。

• 臭虫id_select_vector实际上是选择而不是过滤(# 8)。

• Topoicsim总内存占用,它留下了许多未使用的物品在ram中- >使用gc ()现在作为一个可选的参数。

• 换行加载条虫(# 9)。

  版本变化0.1.0 (2018-10-04)

添加

• 更新日志(NEWS.md)。

• 更好的输入接口和基于对ExpressionSet重构的系统。

• 替代当前示例数据fantom5 ExpressionSet类的注释数据(fantom5小子集)。

• 前面提到的新数据文档文件。

• EntrezID基础系统查找id,而不是硬编码转换表没有来源。

改变了

• 小重构开关在expression_prediction_function ()。

• 很多重构expression_prediction_function()和enrichment_analysis(),使它与ExpressionSets工作。

• lncRNApred相关功能的文档

删除

• 旧的例子/表达数据和文档,这将是以后重新添加一次适当的来源是已知的。

固定

• 撞了y版本号正确Bioconductor版本约定。

• 小错误zzz.R

• .gitignore错误(还包括.Rdata临时文件…这些非常大:()

• 文件错误data_preperation。R - > data_preparation.R

  版本变化0.0.1 (2018-09-25)

添加

• 表达指标预测算法由Rezvan Ehsani和芬恩Drablos。

• TopoICSim算法/测量由Rezvan Ehsani和芬恩Drablos。

• 文档前面表示的算法和指标。

• 默认的数据集来计算一些例子。

GateFinder

1.3.2版本的变化

• 固定的条件语句问题

  1.3.0版本版本的变化

• 错误修复re.removing flowUtils不必要的建议。

gdsfmt

1.20.0版本的变化

公用事业公司

• 优化的C实现packedreal8使用查表

新功能

• 新数据类型‘packedreal8u’,‘packedreal16u’,‘packedreal24u’和‘packedreal32u’

错误修复

• 压缩方法的LZ4_RA。马克斯不压缩数据

• add.gdsn ()失败如果一个因素变量没有水平

• add.gdsn(存储= index.gdsn ())接受额外的参数index.gdsn (),如packedreal8“抵消”和“规模”

  1.18.1版本的变化

错误修复

• 节点名称不能包含一个斜杠“/”

GeneNetworkBuilder

1.25.1版本的变化

• 更新作者的电子邮件。

《创世纪》

2.13.7版本的变化

• 删除所有单型的变异(包括所有杂合体)协会测试结果。

  2.13.3版本的变化

• 恢复选项运行pcair没有亲属关系矩阵。

  2.13.2版本的变化

• 在协会测试中添加选项使用估算剂量。

GENIE3

1.5.2版本的变化

• 添加检查重复rownames(基因id /名称)

• 错误修复getLinkList:诊断接头< - NA

GenomeInfoDb

1.20.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 更新genomeMappingTbl。csv, db内部使用genomeBuilds()和家庭。

错误修复

• 修复bug在seqlevelsStyle()(有关更多信息,请参见https://github.com/Bioconductor/GenomeInfoDb/issues/3)

• 修复fetchExtendedChromInfoFromUCSC (“hg38”),它打破了最近改变UCSC的一侧(有关更多信息,请参见https://support.bioconductor.org/p/117808/ # 117831)

GenomicDataCommons

1.7.4版本的变化

• 切片用于多个区域

• 重要的新查询功能

• 简单的体细胞突变(参见地对地导弹和ssm_occurrences)

• 拷贝数变化(见基因拷贝数异变和cnv_occurrences)

• 基因的细节(见基因)

GenomicFeatures

1.36.0版本的变化

新功能

• 出口和文档辅助函数tidyTranscripts (), tidyExons(),和tidyIntrons ()

• 添加支持mapToTranscripts()来映射范围跨内含子

错误修复

• 修复bug在makeTxDbFromGFF()当文件GFF3File或GTFFile对象

• 修复bug在makeFeatureDbFromUCSC()(参见https://github.com/Bioconductor/GenomicFeatures/issues/15)

• 修复makeTxDbFromUCSC () hg19 / refGene和hg38 / refGene表(有关更多信息,请参见信息提交ee575ee8)

GenomicRanges

1.36.0版本的变化

新功能

• findOverlaps()现在支持类型=“平等”GRangesList对象

弃用,已经

• BioC 3.8中被弃用后,seqinfo () setter, seqnames(),和findOverlaps()现在已经RangedData对象。

GenomicScores

版本1.8.0的变化

用户可见的变化

• 添加支持最新版本2.1升至GRCh38 gnomAD乘加数据的运用,MafDb.gnomAD.r2.1存储在包。GRCh38 MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38。

错误修复

• 错误修复的支持TOPMED加数据,抛弃变异的VCF过滤器没有设置为通过。

GEOquery

2.51.1版本的变化

改进

• 添加正式experimentData槽GSE记录。MIAME的类。(从@vlakam)

ggtree

1.15.6版本的变化

• 删除getChild getChild。df、getParent getParent。df、getSibling getAncestor getAncestor。df,而不是使用的孩子,父母,兄弟姐妹和祖先的方法实现tidytree和treeio(2019-01-30,结婚)——删除get.offspring。df和get.offspring。技巧,而是用tidytree::后代(2019-01-28,Mon)——facet_widths功能设置方面的相对宽度板(2019-01-28,Mon)——输出ggplotify:: as.ggplot (grid_object),所以它不是原始ggtree对象。

  1.15.5版本的变化

• 错误的固定theme_tree2 (2019-01-14, Mon)——https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/218——mv rescale_tree treeio(2019-01-11,星期五)

  1.15.4版本的变化

• 重装MRCA作为方法继承自tidytree(2019-01-10,星期四)- mv treedata-book小品文

  1.15.3版本的变化

• reroot treeio包和重命名方法移动到根(2018-12-28,星期五)——错误设置分支机构固定。长度= "没有"在拔起布局(2018-12-26,结婚)- bug引入https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/201

  1.15.2版本的变化

• 兼容宠物猫v = 2.0.0(2018-11-29,清华)

  1.15.1版本的变化

• 现在revts也扭转分支列(2018-11-11,太阳)——https://groups.google.com/d/msgid/bioc-ggtree/50765a34-53e5-44d2-bb8f-6d20a11fa890%40googlegroups.com
• 更好的味精当类群的名字不一致与msaplot序列和树文件。(2018-11-07,结婚)——https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/172 issuecomment - 436585370

GladiaTOX

0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

GNET2

0.99.13版本的变化

• 添加通过k - means回归树的启发式分割。

  0.99.6版本的变化

• 提高性能与R模块构建代码,现在build_moduleR相同级别的性能与c++版本。

  0.99.5版本的变化

• 提交Bioconductor。

  0.99.1版本的变化

• 最初的版本。

GOfuncR

1.3.4版本的变化

用户级的变化

• 每周更新GO-graph释放(27 - 3月- 2019年版)

• 解决问题“~”缩写在自定义本体主目录的路径

  v1.3.3变化

用户级的变化

• 更新GO-graph(26 - 3月- 2019年版)

gpuMagic

版本变化0.99.6 (2019-04-19)

• 添加更多的功能文档

  版本变化0.99.5 (2019-04-18)

• 解决语法问题

  0.1.19版本的变化

• 添加“定制opencl代码”故事

  0.1.16版本的变化

• 实现内存池

  版本变化0.1.7 (2019-02-15)

• 修复错误的本地线程数量

  版本变化0.1.3 (2019-02-15)

• 添加Mac builder标志

• 错误修复

  版本变化0.1.2 (2019-02-13)

• 试图解决构建错误

  版本变化0.1.1 (2019-02-13)

• 试图解决构建错误

  版本变化0.1.0 (2019-02-13)

• 提交给Bioconductor

葡萄

版本变化0.99.0 (2018-11-07)

• 提交给Bioconductor

石墨

版本变化1.29.3 (2019-04-17)

• 更新所有路径数据。

gtrellis

1.15.2版本的变化

• 固定在Rd警告文件。

  1.15.1版本的变化

• 使用新定义Legends-class。

吉他

版本变化1.99.0 (2019-04-24)

• 主要进行以下更改在这个版本:

• 1. 添加一个置信区间的曲线
• 1. 修改GuitarcoordinateTXDB删除本间隔的吉他的生成坐标系统。
• 1. 采样输入网站信息文件。
• 1. 改变坐标结构和规范化的横坐标间隔0 ~ 1的坐标系统。
• 1. 改变重量密度图的组成和计算方法。
• 1. 打开绘图过程中各种参数的用户选择。

Gviz

1.28.0版本的变化

错误修复

• 固定问题hg19基因组版本和BiomartGeneRegionTrack:用户需要提供biomart对象指向grch37.ensembl.org

• 固定IdeogramTrack使用用户提供的标题

HCABrowser

1.0.0版本的变化

• HCABrowser发布

HDF5Array

1.12.0版本的变化

新功能

• 添加前缀的参数保存/ loadHDF5SummarizedExperiment ()

• 添加quickResaveHDF5SummarizedExperiment()快速重新保存后初始saveHDF5SummarizedExperiment ()。看到了什么? quickResaveHDF5SummarizedExperiment以获取更多信息。

• 添加h5mread()作为一个更快的替代rhdf5:: h5read ()。现在extract_array背后的主力为HDF5ArraySeed对象()方法。这种变化应该大大加快块处理HDF5ArraySeed-based DelayedArray对象(包括HDF5Array对象)。

HiCBricks

1.1.5版本的变化

• HDF文件锁定选项已被删除。

• 数据。表警告现在残疾人在阅读整个矩阵。

• 装饰图案的文档被转换为限制型心肌病和BiocStyle html输出。

HilbertCurve

1.13.3版本的变化

• 集插入= FALSE在grid.raster ()

• 改进的hc_map ()

  1.13.2版本的变化

• 固定在Rd警告文件

  1.13.1版本的变化

• 更新新定义的传说

hipathia

1.5.1版本的变化(2019-02-21)

• 添加函数node_color

• 包括node_color_per_de函数的参数调整。正确设置为默认,以前认为是假的

• 允许node_colors_per_de接受任何实验设计接受limma:: makeContrasts。

• 删除后功能compute_difexp

• 添加id去注释,使它们的rownames go_vals矩阵

• 添加get_go_names功能,将Ids函数名

• 适应新的AnnotationHub RData名称,包括hpAnnot中的数据文件的版本。

• 限制名称到50个字符。

• 添加组。通过槽来metaginfo objects.

HIREewas

版本1.0.1的变化(2018-11-18)

• 纠正小品文的称号

HPAanalyze

1.1版本的变化

• 1.1.5 +重新格式化消息文件版本的变化。

• 版本1.1.4 +添加查询装饰图案的变化。

• 更改版本1.1.3 +固定问题,hpaVis hpaXml给错误的输出。+所有hpaVis函数以及hpaListParam hpaSubset现在使用绑定数据集参数是specifed defauft如果没有数据。+现在所有hpaVis函数有默认的参数和使用默认值时将创建一个警告消息。+深入装饰图案是重写,易于使用的新片段添加。+更新的主题hpaVis功能更好的清晰度。+文档更新。+十六进制贴纸现在可用。

• 的变化版本1.1.1 + HPAanalyze现在使用openxlsx hpaExport代替XLConnect ()。

• 更改版本1.1.0 +起始猛击Bioconductor 3.9

hpar

1.25版本的变化

1.25.1版本的变化

• 18.1版本更新HPA < 2019-01-21我>

1.25.0版本的变化

• 3.9新版本的Bioconductor重击

HTSFilter

1.23.1版本的变化

• ——添加ImmunoOncology biocViews在描述

理想的

版本1.8.0的变化

新功能

• labels_repel plot_ma获得一个额外的参数,更好的将标签标记的特性——两两相关情节现在可以使用对数刻度的轴,使用较小的快速检查数据的子集,并调整相关信息比例,其强度——keytypes之间的id类型可以选择相应的注释包(仍然理想启动时需要安装的)。其他输入字段指定id类型也以类似的方式(例如在签名Explorer选项卡)。这导致一个问题等场景常见的id类型的运用并不可用,在拟南芥(ids提供经常TAIR)——感谢马克•加接这在https://github.com/federicomarini/ideal/issues/1签名Explorer选项卡也有一个完全成熟的旅游首次用户,和一个可折叠的帮助小组简要描述其功能——放大MA-plot获得新的小部件来控制标签大小基因的名称——输入数据可以导出一起导致SummarizedExperiment对象相结合,可以无缝地送入iSEE (//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/iSEE.html)。利用一个新函数,wrapup_for_iSEE可用,从理想的出口。

其他的笔记

• 添加了一个信息框提供详细信息所需的输入格式,添加通知指定如何安装气道包出于演示目的如果没有可用——签名Explorer选项卡是现在显示在一个条件面板,即只有当提供所需的输入

infercnv

版本变化0.99.8 (2019-04-20)

• 修复缺失的标签的热图由于轴()如何处理重叠的变化。

• 改善汽车的热图的阈值颜色使用更强的降噪设置时仍然工作。

• 更新一些示例使用tempfile()的输出。

• 解决重复的代码,使用plot_steps时产生一个错误。

  版本变化0.99.0 (2019-03-15)

• 提交给Bioconductor

InPAS

1.15.2版本的变化

• 更新作者的电子邮件。

  1.15.1版本的变化

• 添加新的biocViews标签“ImmunoOncology”

检查

1.12.1版本的变化

• 检查重大更新,现在处理额外的功能和分析,如:(i)从只总RNA-seq数据中提取RNA动力学,(2)评估微分调节稳定状态之间的一种改进的统计数据,(3)评估的负担的处理响应速度一步成熟的RNA。

• 小更新方面从复制方差的估计,现在使用的包“DESeq2”(读计数时可用)或“plgem”(只表达数据可用时)# # # # # # # #检查数据集比这个版本不兼容了# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #,必须更新使用函数“convert_ids”,在# # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #包的“本月”文件夹。用法:# # # # # # # # # # # # # # >源(file.path(执行(包= '检查')' convert_ids.R ')) > new_ids < - convert_ids(称作old_id degDuringPulse = c(假,真))

感兴趣

版本1.8.0的变化

新功能

• 兴趣()和interest.sequential()函数支持BamFile可能定义其他参数设置()函数Rsamtools包的例如“qnamePrefixEnd”和“qnameSuffixStart”。

• annotateU12()方法可以返回PWM比赛成绩(如果要求)。混合AT-AG和GT-AC U12类型可以设置为被忽略。可以筛选该内含子/外显子坐标根据他们映射到另一组坐标。

错误修复

• referencePrepare()只给了警告并继续没有注释基因名称(annotateGeneIds = TRUE参数设置时)如果注释基因的名字是不可能的。

• 兴趣()用于返回错误如果单一映射读取根本不存在(尽管是requetsed)。这已经被修正。

IRanges

2.18.0版本的变化

新功能

• 添加一些方法CharacterList衍生品(nchar子字符串,字符串的子串,chartr, toupper,放低,子,gsub, grepl)。

错误修复

• 修复unlist SimpleRleList对象长度为0的()

• 修复FactorList衍生品()

• 解决删除rownames SplitDataFrameList后更换

弃用,已经

• 反对RangedData对象。使用RangedData对象一直不赞成农庄或GRangesList对象自BioC 2.12,也就是说,自2014年以来。2021欧洲杯体育投注开户开发人员需要将他们的代码迁移到使用农庄或GRangesList代替RangedData对象(农庄和GRangesList GenomicRanges包中定义的类)。

• 几种RangedData方法现在已经(被弃用后在BioC 3.8):——分数,分数< -,拉普兰人在countOverlaps;——强迫从列表,data.frame DataTable, Rle, RleList, RleViewsList, IntegerRanges或IntegerRangesList RangedData。

iSEE

版本就开始变化

• 添加ORCID标识符。

• 修复下标错误当表收到一个选择。

• 解决小组在小组组织selectize输入名字。

• 控制面板组织更新的应用程序使用一个操作按钮。

• 解决孩子改建套索关闭。

• 修复代码长度为零的DataFrame报告

  1.3.8版本的变化

• 支持多个选择。

• 避免与检查Javascript错误条件。

  1.3.7版本的变化

• 添加ImmunoOncology biocViews。

  1.3.6版的变化

• 控制点的大小。

  1.3.5版本的变化

• 在违约之旅的额外信息。

  1.3.4版本的变化

• 修复小组组织selectize。

  v1.3.3变化

• 更新默认访问步骤匹配更新用户界面。

• 解析引用符号在违约之旅的步骤。

• 修复name-to-index转换特性名称热图面板。

  1.3.2版本的变化

• 行动小组组织与selectize模态控制面板显示和排序,删除栏。

• 添加新面板的宽度和高度的控制。

• 启用语音控制。

• 重构内部函数。

  1.3.1版本的变化

• 修复无效的行索引表发来RStudio浏览器。

• 修正搜索字段表的初始化,初始化传入的选择。

• 修正常数字段名。

IsoCorrectoR

1.0.3版本的变化

• 添加与testthat自动化代码测试

• 固定的错误“biocViews”领域的描述

  版本1.0.1的变化

• 修正了校正会中止错误消息如果分子中化学公式文件包含磷(感谢马蒂厄Bousquet报告)

• 固定的问题可能会导致一个错误如果测量中测量id文件的后缀其他测量id(例如,cysteine_1和homocysteine_1)

• 在R控制台中显示的错误消息(他们总是出现在日志文件)是现在不再压制如果IsoCorrection详细设置为FALSE()函数调用

IsoCorrectoRGUI

版本0.0.1的变化

• 准备Biocoductor提交

IsoformSwitchAnalyzeR

• 文件不能被格式化的消息。请看到消息的链接文件包的着陆页的完整细节

isomiRs

1.11.3版本的变化

特性

• 结合样本和创建新的对象。有用的技术复制。

• 添加每个isomiR isoAnnotate函数来获得更多的信息。

• 添加isomiR命名和序列表的元数据对象。

• 除去isoPlot参考序列数据。

• 支持过滤isomiRs低%的重要性(统计支持)。

• 支持isoPLot只使用某些isomiRs。

  1.11.2版本的变化

修复

• 修复消息格式。

• 修复文档输入错误。

特性

• 过滤器isomiRs重要性比例。

• 允许选择情节isomiRs isoPlot函数。

karyoploteR

1.10.0版本的变化

新功能

• 添加新的颜色管理功能包括。和改进现有的颜色和透明的。

• 添加新功能根据不同颜色数据元素特点:染色体,位置,重叠的区域…

• 改进的基因和转录绘图功能。添加函数自动从OrgDb获得基因符号对象。改进的成绩单和基因定位。添加一个函数来合并所有记录的基因。

• kpPlotBigWig现在可以调整ymax值基于全球最大,每个染色体或只考虑地区可见。

用户可见的明显变化

• 现在可能要添加标签与kpAddLabels右边的染色体

• 改进的文档和装饰图案

• makeGenesDataFromTxDb不需要karyoplot了。改变参数的顺序。

漏洞修复

• 现在可以使用cex plotKaryotype大小指定染色体的名字

• 多个小bug修复

KEGGprofile

1.25.1版本的变化

• 修复bug在download_KEGGfile函数。

KinSwingR

1.0.4版本的变化(2019-04-24)

• 修正在scorePWM和viewPWM伪计数

• 添加选项图案着色的AA viewPWM属性

• 更新装饰图案

  1.0.3版本的变化(2018-11-12)

• 网络输出展开修复的缺陷

  变化在以前的版本1.0.2中(2018-11-09)

• 使viewPWM可见

  版本1.0.1的变化(2018-11-05)

• 固定的错误——矩阵分裂在buildPWM摇摆()和标签

• 修剪input_data ScoreSequences的输出跟踪序列

limma

3.40.0版本的变化

• 重大修改arrayWeights()来提高速度和稳定性。arrayWeightsSimple()函数被移除,其功能纳入arrayWeights ()。一个新的“var。组的参数被添加到简化方差设计矩阵的规范。重量现在挤略向单位和之前的新观点。n”已添加到控制数组的前体重重量挤压。arrayWeights()现在REML之间的选择和gene-by-gene算法自动默认情况下。REML选择在没有先验权重或失踪的价值观和gene-by-gene否则使用。现在arrayWeights()检查和跳过任何基因零剩余方差。

• 轰()现在检查实验,没有复制。在这种情况下,现在返回权重都是1,信息警告,但没有错误。添加了两个引用到轰帮助页面。

• classifyTests。Rd现在重点是嵌套的野生。函数函数()现在移除。这是一个方便的包装为classifyTestsF()函数。只有= TRUE但不经常使用来证明自己。classifyTestsP()不再是出口的,因为它并不是由用户。函数classifyTestsT()现在移除,已经被更复杂的多个测试方法取代。

• 现在contrasts.fit()删除任何测试数据或假定值找到合适的对象。这避免了任何潜在的人士之间的系数和测试统计如果ebay()之前一直在对象上运行。

  添加了更多的细节的警告近似contrasts.fit()帮助页面。

• 旧的ebay()函数,这是一年前弃用的ebay(),现在删除。

• 安装()和残差()方法现在MArrayLM对象给出的错误消息,如果对象包含对比而不是原始的系数。

• 重写过滤用户指南的一章。

• 添加研究领域中的biocViews条目包描述文件。

maftools

2.0.0版本的变化

显著地提高用户级

• Oncoplot, oncostrip和coOncoplot代码已经从ComplexHeatmap迁移到基本图形。一些参数的默认值被改变了。

• 改变subsetMaf mafObj参数的默认值为TRUE。问题:# 235

• 所有ggplots迁移为consistancy基本图形

• 每更新样本用于tcgaCompare TCGA突变更稳定的MC3队列从弃用广泛的管道。

改进

• tcgaCompare现在接受针对用户具体人群进行比较。问题:# 229

• 添加缺失的基因和样本oncoplot即使他们不改变。问题:# 254

• 添加MTRNR2L8蛋白质结构包含了数据库。问题:# 255

• 添加oncoplots addtionalFeature参数。问题:# 270

• 添加摘要和oncoplots对数尺度选择。问题:# 273

• 使蛋白质域数据库兼容R < 3.5问题:# 276版本

• 增加了画draw_titv,exprsTbl参数oncoplot

• 额外的编辑三甲可视化和additionalFeatures问题:# 289

• Cooncoplot改进问题:# 296

错误修复

• Oncoplot annotationOrder bug修复。问题:# 293

• 为AnnovarToMaf更新代码。公关# 288,# 234

• 固定的处理在生存状态。公关# 274

• 修复交换confidance间隔mafCompare功能问题:# 269

• 更新文档和矢量化代码问题:# 266 # 267

• 改善数字oncoplot注释类问题:# 263和# 203

• 在annovarToMaf读取. tsv文件考虑标题。公关# 259

• 修复传奇标题顺序。问题:# 253

• GISTIC样本容量问题修复。问题:# 249

• 错误修复和CNV oncoplots数据。问题:# 240

• 在没有smg plotApobecDiff更好的错误处理。问题:# 232

• 错误修复导致签名提取终止的零突变。问题:# 228

• 错误修复由于缺少应急表在临床水平浓缩。问题:# 225

• 添加showTumorSampleBarcodes PlotOncogenicPathways。问题:# 214

• 清理Oncoplot文档。问题:# 207

• 实现isNumeric和groupAnnotationBySize提高排序。问题:# 207

• 修复ComplexHeatmap更新。问题:# 205 # 210

• plotmafSummary addStats bug修复问题:# 204

• 降雨数据。表零修复。问题:# 201

• 支持非人类BSgenome。问题:# 197

• SampleID bug修复。问题:# 153

MAGeCKFlute

1.2.2版本的变化

• 修改ReadRRA函数。

• 添加ReadsgRRA函数读取sgrna_summary MAGeCK基本结果。

• 添加sgRankView函数可视化的秩sgRNA头脸选定的基因。

• 在FluteMLE和FluteRRA消除缺陷。

• 在FluteRRA添加额外的可视化功能。

• 添加EnrichedGeneView可视化核心丰富基因富集的通路。

• 整合WikiPathways, PID条款和EHMN途径进入浓缩功能。

• 导出所有隐藏的功能。

  这次1.2.1版本的变化

• 添加VolcanoView展示积极的和消极的选择基因。

• 改善EnrichedView EnrichedGSEView函数。

• 增加质量控制数据片段。

• 合并MsigDB KEGG,一起genesets并将它们集成到包中。

事

1.9.11版本的变化

错误修复

• 固定的文档链接到基地::拉普兰人的

  版本变化1.9.10 (2018-12-22)

用户可见的明显变化

• 向量可以用作virtual_mat的行/列了

  版本变化1.9.9 (2018-12-22)

用户可见的明显变化

• 构造函数的drle现在允许迫使δ= 0

• 更新显示“显示”方法的描述

• 检查时零维构造子集“virtual_mat”和“sparse_mat”类

  版本变化1.9.8 (2018-12-18)

错误修复

• 检查零维matter_arr构造子集

  版本变化1.9.7 (2018-12-18)

错误修复

• 固定错误在原子()“index_offset”和“index_extent”会溢出当创建长“matter_vec”对象

  版本变化1.9.6 (2018-12-14)

用户可见的明显变化

• 现在构造子集关系矩阵、数组和数据帧检查正确数量的维度

• 线性索引支持“matter_mat”和“matter_arr”

错误修复

• 在C类现在检查使用R_check_slot_etc()“物质”的子类对象应该继承正确的行为

• 固定其他索引问题构造子集+任务

  版本变化1.9.5 (2018-12-14)

用户可见的明显变化

• 文档更新matter-datatypes现在,大小的数据类型显式定义的

• 改变“filemode”槽是一个因素与水平c (‘r’,‘w’, rw)而不是一个字符串

• 数据访问现在使用c++ fstream代替C

错误修复

• 在Windows上,访问数据元素在大文件字节offets大于MAX_INT现在

• 在Windows上,数据模式的‘长’和‘ulong现在正确的64位整数类型

• 现在转让负检查“ulong”

  1.9.4版本的变化

新功能

• 增加了% %和% / %从数学组延迟操作

• 添加&和

  从逻辑组延迟操作

• 现在所有运维组泛型支持延迟操作

• 还说“拉普兰人”和酸式焦磷酸钠的功能“matter_list”

• 支持BiocParallel‘应用’,‘拉普兰人’,‘酸式焦磷酸钠

错误修复

• 解决浮点异常错误当除以整数0 l延迟部门操作

  1.9.3版本的变化

新功能

• 增加了对“sparse_mat”矩阵的矩阵乘法

• 增加了对“virtual_mat”矩阵的矩阵乘法

  1.9.2版本的变化(2018-11-12)

错误修复

• 重命名内部类“字节”由于Rcpp num_bytes”

  版本变化1.9.1 (2018-11-12)

错误修复

• 删除BiocGenerics“长度”名称空间

  版本变化1.8.2 (2018-12-13)

错误修复

• 固定大文件偏移错误在Windows(再一次)

  版本变化1.8.1 (2018-12-11)

错误修复

• 固定的错误导致大文件读取Windows上的错误

mbkmeans

版本变化0.99.0 (2019-03-08)

• 这是pre-submission版本。

• 改变默认在mbkmeans使用批处理大小等于5%的数据。

• 改变默认mbkmeans max 100次迭代。

• 修复blocksize()如果无法计算可用ram工作。

梅丽莎

0.99.0版本的变化

• 第一个包版本。新闻和更新将会在将来的版本中添加的细节。

metagene2

改变版本1.1.0 (2019-04-05)

• Bioconductor提交方案。

metagenomeSeq

1.25版本的变化

• 添加“wrenchNorm”功能

• 添加选项使用IHW假定值adustment方法“MRcoefs”

• 修改“expSummary”槽MRexperiment的对象的类的列表,而不是“环境”

MetaNeighbor

1.3.0版本版本的变化

• 添加内存MetaNeighbor和MetaNeighborUS的有效版本

• 添加内存有效版本支持功能

MetCirc

版本变化1.13.1 (2019-04-04)

• 检查如果包通过CMD构建和R CMD检查没有任何错误消息和装饰图案可以运行没有任何错误

methimpute

1.5.2版本的变化

修正

• 删除可运行的例子exportMethylome data.table(),因为内存问题::写入文件()自Bioconductor 3.9。

methylGSA

1.1.5版本的变化

• 支持并行选项

  1.1.1版本的变化

• 固定的错误小插曲——包括引用

methylKit

1.9.4版本的变化

新功能和特性

• calculateDiffMeth:介绍“midPval”快速测试方法不同的甲基化如果每组有一个样本,由@zellerivo贡献

改进和错误修正

• calculateDiffMeth:修复罕见案例问题无效假定值calculateDiffMeth调用,导致“qvalue”假定值调整失败https://github.com/al2na/methylKit/issues/90让用户选择新的或以上“midPval快。费舍尔“implemtation统计测试用于确定甲基化差异https://github.com/al2na/methylKit/issues/96介绍假定值查找表来减少多个测试相同的配置https://github.com/al2na/methylKit/issues/96减少代码重复和间接通过引入S3函数被称为S4的方法

• 更新装饰图案与部分使用methylKit亲和力的分析,基于数组的甲基化分析

• methSeg:如果使用对象具有多个染色体,去除铬少于两个范围

• 团结:解决问题,数字是用科学记数法https://github.com/al2na/methylKit/issues/130

• getCorrelation:解决问题getCorrelation NA当使用“min.per产生矩阵。集团“https://github.com/al2na/methylKit/issues/137

  1.9.3版本的变化

改进和错误修正

• getCorrelation:减少代码重复和开销通过引入S3函数S4的调用方法

• 从文件中读。gzip:重写建设与系统2模仿R.Utils shell命令::gunzip

• 提高有效性检查methylDB对象

• 池:检查治疗的长度和数量的样品是一样的

• headTabix:使用从文件中读。gzip只有当用户想要得到超过1 e6行

• test-1-read:检查如果methylRawDB一样当目录,即测试目录是否影响对象

• 在tabix methylRaw:检查内容文件,如果不打破

• calculateDiffMeth:处理的完整模型不是不同简化模型;打印警告,将南设置为1

• 池:检查治疗的长度和数量的样品是一样的

• 提高有效性检查methylDB对象

  1.9.2版本的变化

改进和错误修正

• 从文件中读。gzip:更新函数根据文件内容,并允许检查压缩解压.bgz文件

• headTabix:使用从文件中读。gzip直接在https://github.com/al2na/methylKit/issues/141 tabix文件修复问题

  1.9.1版本的变化

改进和错误修正

• 添加methylRawListDB构造函数修正https://github.com/al2na/methylKit/issues/134

• 更新验证函数methylRaw / methylRawDB:检查单一样本id

• 团结:写S3类methylRawList和https://github.com/al2na/methylKit/issues/132 methylRawListDB修复的功能

methylPipe

1.17.1版本的变化

• 更新或固定以下功能:+ getCposDensity:固定检查NA的警告消息列表

MetNet

1.1.2版本的变化(2019-04-16)

• 检查MetNet传递所有构建没有任何错误或警告

  变化的1.1.1版(2019-04-03)

• 纠正错误的装饰图案

MGFR

1.9.2版本的变化

• 添加一个参数类。vec功能getMarkerGenes.rnaseq()提供类样本的数据矩阵

• 改变默认的参数注释为FALSE

• 当没有找到标记固定一个错误引起的

微生物组

1.5.4版本的变化(2018-11-20)

• 固定错误merge_taxa2

• 固定的错误Pielou的均匀度

• 新功能:readcount bfratio aggregate_top_taxa

• 重写aggregate_taxa,顶部aggregate_top_taxa论证在新功能

• plot_composition功能:样本的新选项。排序和otu.sort

• 门级别添加分类表中示例数据集*新功能:占主导地位

• 现在取代α多样性函数函数。α更通用的,也可以返回其他α多样性指数。

• plot_frequencies函数现在只返回ggplot对象

• 改名为全局函数为α

• 重命名参数rarity.detection和罕见。患病率在罕见的功能检测和流行

• 添加丰富性Chao1指数函数

• atlas1006数据集,pseudocount + 1 otu表中被移除,以促进与测序数据集进行比较,避免混乱

• 在atlas1006数据集,选择只有一个复制/ subject-time组合(随机)

• 新功能collapse_replicates已被添加

• 丰度矩阵(otu表)对于所有示例数据集没有pseudocount现在从0开始

• 改变默认的检测参数在丰富函数检测= 0

• 罕见的删除。阈值和罕见。流行从阿尔法功能选项

• 各种小补丁;o的更多详细信息,请参见github犯了许多颜色顺序plot_landscape传说现在遵循的因素水平remove_samples坳论点o固定的例子

minfi

1.29版本的变化

• v1.29.4固定一个缺陷在detectionP函数始终返回NA 27 k数组。据Laurenz Holcik。

• v1.29.4固定一个缺陷在preprocessNoob函数错误当提供一组输入数据只有1样本(当使用默认参数)。报道了马特Oldach。

miRSM

版本1.1.4的变化

• 更新进口< 2019-04-19,星期五>

  1.1.1-1.1.3版本的变化

• 更新miRSM。R < 2019-03-08,星期五>

miRsponge

1.9.3版本的变化

• 更新Groundtruth < 2019-03-13,结婚>。

  1.9.2版本的变化

• 重命名叫做miRspongeR miRsponge包,并添加打鼾声。R文件来points users to the new package ‘miRspongeR’ <2019-03-07, Thur>.

Modstrings

版本变化0.99.0 (2019-01-15)

• 提交给Bioconductor

遐

版本变化0.99.0 (2019-01-25)

• 提交给Bioconductor

motifStack

1.27.5版本的变化

• 改变plotMotifLogo grob。

  1.27.4版本的变化

• 更新的作者信息。

• 改变d3-tip背景颜色。

• 调整字形大小的缺口。

• 改变标题的位置。

  1.27.3版本的变化

• 使用grImport2 grImport避免内容的安装。

  1.27.2版本的变化

• 添加knitr《天方夜谭》中通过窗口的建设者

  1.27.1版本的变化

• 试图通过窗口的建设者

mpra

1.5.3版本的变化

• 更新主要论文引证。

• 更新装饰图案与更好的等位基因研究的例子。

• 添加mpraSetAllelicExample可用的数据。

MSnbase

2.9版本的变化

2.9.6版本的变化

• 删除纯新闻文件现在支持NEWS.md R

2.9.5版本的变化

• 添加isolationWindowLowerMz和isolationWindowUpperMz方法< 2019-04-15星期一> -添加filterPrecursorMz方法< 2019-04-15星期一>添加filterIsolationWindow方法< 2019-05-16 >星期二

2.9.4版本的变化

• 删除NAnnotatedDataframe < 2019-04-10 >结婚

2.9.3版本的变化

• 修复bug ms2df (fcols顺序可以扰码)< 2018-12-04 >星期二——修复bug MSnSet构造函数(见问题# 386)< 2018-12-07 >星期五-添加filterPolarity方法(见问题# 388,特性requeste @zeehio) < 2018-12-10我>

2.9.2版本的变化

• 解决问题归咎于(x,方法=“资讯”)设置种子(问题# 380)。由江诗丹顿Ahlmann-Eltze < 2018-11-16 >星期五-节约光谱名字combineSpectra(见# 379)< 2018-11-15 >星期四
• 修复bug writeMSData -看到# 383 < 2018-11-22 >星期四

2.9.1版本的变化

• 添加清洁,色谱图(问题# 354)< 2018-11-07 >结婚——增加,光谱,列表,光谱,MSnExp和作为,MSnExp,光谱(问题# 370)< 2018-11-07 >结婚-添加filterMsLevel光谱< 2018-11-07 >结婚——修复回归bug在情节,Spectrum1 < 2018-11-14 >结婚

2.9.0版本的变化

• 新版本3.9 Bioc重击

MSnID

1.17.1版本的变化

• 扩大范围的工具ImmunoOncology——发现罕见的事件,反映在蛋白质序列。

msPurity

1.9.12版本的变化

• Troublshoot mac”[MSData:::: getMZIntensityPairs())大小不匹配”的错误

  1.9.11版本的变化

• 错误修复与复制grpids createMSP——现在处理metada

  1.9.10版本的变化

• 文档更新

  1.9.9版本的变化

• 新功能:createDatabase + create_database,使用一个更新模式的更新版本

• 新功能:spectralMatching + spectral_matching更新版本,允许更大的灵活性

• Vigenettes和文档更新

  1.9.8版本的变化

• 新功能:filterFragSpectra (purityA对象)+质/女士过滤的光谱(平均)

• 新功能:averageIntraFragSpectra averageInterFragSpectra, averageAllFragSpectra (purityA对象)+质/女士平均和过滤功能

• 新功能:createMSP +创建从purityA msp文件对象,XCMS与碎片光谱特性

• 更新create_database和光谱匹配可以选择使用平均分散光谱

  1.9.2版本的变化

• 错误修复groupPeaks和groupPeaksEx (ppm的论点是不工作,有不一致的行为更大的数据集)。感谢艾略特发现(https://github.com/litepalmer)

• 更新文档光谱匹配

mzR

2.17.4版本的变化

• 指向MSnbase更新文档,而不是直接使用低级类。< 2019-04-17 >结婚

  2.17.3版本的变化

• 提取分离窗口从mzML文件(# 193)问题:data.frame返回头涨幅列“isolationWindowTargetMZ”,“isolationWindowLowerOffset”、“isolationWindowUpperOffset”。

  2.17.2版本的变化

• 修复错误# 185:R_nc4_open误差:打开的文件太多

NADfinder

1.7.4版本的变化

• 修复computeLibSizeChrom的警告的文档。

  1.7.1上版本的变化

• 更新电子邮件作者。

NBAMSeq

版本变化0.99.1 (2019-02-13)

• 包了

NBSplice

1.1.1版本的变化

• 描述:添加ImmunoOncology BiocView标签

netboost

变化在0.99版本中(2019-04-02)

• Bioconductor最终提交更改。

NetPathMiner

1.19.1版本的变化

• 增加了一个新的函数来创建一个代谢物网络。

• 增加了一个新的函数来重建索引网络使用顶点属性。

• 编译器警告。

• 固定各种漏洞在网络操作。

ngsReports

版本变化0.99.8 (2019-04-03)

• 这是一个重大改变!重大改变大部分功能已经实现

• 提取模块不再是由个体功能,但现在使用函数getModule执行

• FastqcFileLists对象不再定义和类FastqcFile .FastqcFile已经到私有类

• FastqcDataList对象名称属性和现在可以使用子集名称

• 函数文件名被重命名为fqName澄清,它指的是底层Fastq Fastqc报告文件

• 所有日志文件导入importNgsLogs现在由单一功能

• 大部分情节功能已经更名为较短的名字,例如plotOverrepresentedSequences现在plotOverrep

• FastQC版本现在获得使用fqcVersion不是版本

• 功能基因组()和转录组()已被移除,这些信息是现在获得使用gcAvail(对象、类型)

• 函数getGcDistn()目前已更名为estGcDistn(),以避免任何混淆getGC TheoreticalGC工作对象()。

  版本变化0.99.1 (2019-02-03)

• 将遥控器从描述

• 添加getGcDistribution从FastaFiles使GC含量分布的计算

  版本变化0.99.0 (2019-02-01)

• 提交给Bioconductor

• 闪亮的应用已经被转移到一个单独的包,位于https://github.com/UofABioinformaticsHub/shinyNgsReports

OmaDB

版本变化1.99.3 (2019-04-15)

• 更新新闻的格式文件

  版本变化1.99.2 (2019-03-13)

• re-license GPLv3下

• 更新ipython笔记本例子从手稿OMA浏览器的新版本

• 改善方案根据bioconductor指南:o提高自述和描述各种清理的代码和数据

  版本变化1.99.1 (2018-12-28)

• 修复bioconductor CI失踪链接在弃用功能的警告

  版本变化1.99.0 (2018-12-21)

• 主要代码的重构:o getData分成getProtein getGenome getOMAGroup o重命名getAnnotation - > annotateSequence o getXref - > searchSequence

• getProtein允许检索许多蛋白质id

• documenation提高了很多。

OmicsLonDA

0.99.10版本的变化

• 修复FeatureSpline情节在自述和装饰图案

  0.99.9版本的变化

• 修复所有的凹口和Bioconductor检查

  0.99.1版本的变化

• 提交给Bioconductor

OncoSimulR

版本变化2.13.2 (2019-03-18)

• 改变行为的样本(见新闻和https://bugs.r-project.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=17494)是导致失败的一些测试。在一些测试中使用RNGversion。

  版本变化2.13.1 (2019-02-07)

• 撞到一个bioc - 3.9版本

onlineFDR

1.1.3版本的变化

修改

• 更新单元测试LOND, bonfInfinite LORDdep

  1.1.2版本的变化

修改

• 更新单元测试的耶和华说的

  1.1.1版本的变化

修改

• 添加主+ +程序在线罗斯福控制

• 更新的引用

• 更新后的装饰图案

oposSOM

2.0.3版本的变化

• 检查发现单点模块实现

  版本2.0.2的变化

• csv输出国际电子表格格式。

  2.0.1版本的变化

• 彩色边缘样本相关性网络&只是小修小补。

ORFik

1.3.7版本的变化

用户可见的明显变化

• mapToGRanges现在更快,使用更少的内存。一个c++重新实现pmapFromTranscripts GenomicFeatures。

OVESEG

版本变化0.99.2 (2019-01-14)

• 触发版本撞

  版本变化0.99.1 (2019-01-14)

• modifiy装饰图案来解决超时构建MAC

  版本变化0.99.0 (2019-01-10)

• 提交给Bioconductor

过去的

版本变化0.99.19 (2019-04-22)

• 错误修复

• 改进的速度

  版本变化0.99.18 (2019-04-22)

• 文档更新和次要代码清理

  版本变化0.99.17 (2019-04-18)

• 在其他方法更新路径函数来反映变化

  版本变化0.99.16 (2019-04-18)

• SNP功能和更新添加rtracklayer依赖

  版本变化0.99.15 (2019-04-17)

• 重命名LD添加列名称规范功能和改变

  版本变化0.99.14 (2019-04-16)

• 更名为合并功能和改变的方法描述输入类型

  版本变化0.99.13 (2019-04-16)

• 描述解决问题

  版本变化0.99.12 (2019-04-15)

• 手动更新

  版本变化0.99.11 (2019-04-15)

• 手动更新

  版本变化0.99.10 (2019-04-15)

• 添加类型的数据

  版本变化0.99.9 (2019-04-15)

• 分离的应用

  版本变化0.99.8 (2019-04-15)

• 纠正作者列表格式

  版本变化0.99.7 (2019-04-15)

• 纠正作者列表格式

  版本变化0.99.6 (2019-04-11)

• 修正文档

  版本变化0.99.4 (2019-04-08)

• 更新后的装饰图案

• 过滤选项添加到R闪亮的应用

  版本变化0.99.3 (2019-04-03)

• 纠正新闻

• 添加小插图描述

  版本变化0.99.2 (2019-02-28)

• 删除额外的代码

  版本变化0.99.1 (2019-02-28)

• 完成后关闭连接

  版本变化0.99.0 (2019-02-28)

• 提交给Bioconductor

PathoStat

1.8.1版本的变化

• 更新数据上传

• 修改可视化

• 添加生物标记选项卡

pathview

1.23.3版本的变化

• 修复错误和警告由geneannot.map引起()函数。如果(在变化。类型= = out.type)如果(所有。类型= = out.type))。改变biocLite BiocManager:安装:安装。做出类似的变化sim.mol.data()函数。

• 更新文件名称空间AnnotationDbi和BiocManager importFrom行。

pathwayPCA

0.99.1版本的变化

2019-02-01

我们提交Bioconductor很快,所以我们解决尽可能多的BiocCheck()错误,警告,和笔记。参见https://github.com/gabrielodom/pathwayPCA/issues/64

0.98.0版本的变化

2018-12-13

看到问题在“Bioconductor提交”和“小插图工作”的里程碑的详细描述这些变化,他们的讨论,和动机:https://github.com/gabrielodom/pathwayPCA/issues

• 标准化命名约定UpperCamelCase一致性——改变类名pathwaySet SubsetPathwayData - > pathwayCollection -添加功能,getPathPCLs, LoadOntoPCs, write_gmt, getSampleIDs, CheckSampleIDs, getTrimPathwayCollection, getPathwayCollection CheckPwyColl, CheckAssay,打印和子集的方法pathwayCollection对象——添加ID要求输入样本化验和表型数据。所需的表型改变类从任何一个数据帧。——拉斯实现更健壮。如果算法不收敛,那么我们默认回到常规的圣言——AESPCA函数可以返回pathway-specific香草PCA。同时,我们检查参数假定值相比permutation-based假定值。他们同余是近乎完美的我们测试的数据集。因此,我们改变了默认的假定值估计方法AESPCA参数。——方法函数(* _pVals())现在返回一个列表的假定值数据帧,PC向量列表(在数据帧),和列表加载向量(在数据帧)。getPathPCLs函数将子集这个列表返回个人电脑、载荷、和信件的PCA方法输出一个途径——从WikiPathways添加6月智人路径集合:wikipwsHS_Entrez_pathwayCollection——莉莉写了装饰图案适合展示的不同功能包,这是新的主要装饰图案。我断绝了第四章的情节到自己的章。 The five vignettes I wrote are now supplemental chapters - updated vignettes and website

  0.0.0.9000版本的变化

2018-03-20

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package. - Built website.

pcaExplorer

2.10.0版本的变化

新功能

• 添加额外参数topGOtable提供更多的控制方法,并选择正确的假定值的多个测试(通过Benjamini-Yekutieli过程)——pca2go已经一个选项来返回一个列表(早期)与高载荷向量的基因——更好的预览上传的数据与模态对话框窗口触发按钮,出现一次对应输入可用——改进的通知系统:除了进度条,所有输入信息是正确指定,或建议可选注释加载,增加了灵活性,可上传的文件为每个选择分隔符——两两相关情节现在可以使用对数刻度的轴,使用较小的快速检查数据的子集,并调整相关信息比例,其强度——样本的热图支持另外曼哈顿和correlation-based距离——有一个新的小插图详细的快速启动,“与pcaExplorer启动并运行”,指定如何将工作流与pcaExplorer样子,证明在气道数据集——指示面板上,我们添加按钮来访问完全呈现文档,当地或在线如果如部署到服务器。与此相关,pcaExplorer有了一个新的参数,runLocal,控制这种行为——一个额外的参数,annopkg,已经添加到pca2go()覆盖与有机体的行为参数时(这是有用的名称标注包不符合古典org.Xx.eg。db,如拟南芥);添加了一个详细的用例的主要装饰图案

其他的笔记

• 计算所需的对象现在需要明确的行动在专用按钮,和工具提示告知用户措施(包括正常化)——一个信息框添加了提供详细信息所需的输入格式,添加通知指定如何安装气道包出于演示目的如果没有可用-添加启动消息加载后包指令选项卡中的内容已经包含在可折叠的元素——pcaExplorer现在接受的文件格式与装饰图案在指定文本,以及在应用程序在运行时指令选项卡的内容更加紧凑,包含呈现“pcaExplorer启动并运行”的故事。完整的片段可以通过访问按钮在同一面板,添加指令安装通过webshot phantomJS包——将提高一个错误当预览报表

PCAtools

1.0.0版本的变化

• getLoadings添加新函数,它返回组件载荷

PepsNMR

改变版本1.1.3 (2019-03-11)

新功能

• 添加ZeroFilling函数

• 让每个打印文本预处理功能可选

  1.1.2版本的变化(2019-03-08)

错误修正

• 调试用桶装和InternalReferencing n = 1

PGA

1.13.3版本的变化

• reportGear.R修复缺陷的功能

  1.13.2版本的变化

• reportGear.R修复缺陷的功能

phantasus

1.3.5版本的变化

• FGSEA工具

• 缓存+静态文件优化

• 数据永久链接功能

  1.3.4版本的变化

• 切换到fgseaMultilevel

  v1.3.3变化

• 自定义订单注释

• 修改图表工具

• AnnotationDB优化

  1.3.2版本的变化

• PCA情节,GSEA情节和图表工具可以导出SVG

• 集团通过在列上下文菜单

• 数据开放的历史

• 由AnnotateDB标注数据集

• 开关列数据类型的上下文菜单

• GSEA阴谋使用一般的调色板颜色的热图\注释

• 小bug修复

钢琴

2.0.0版本的变化

新功能

• 添加了一个函数exploreGSAres()交互式地探索runGSA返回的结果对象()。这将打开一个闪亮的应用程序在浏览器中,用户可以查看不同的结果表和数据,得到特定组基因和基因的详细信息。

• 添加了一个networkPlot2()函数,这是一个提高旧函数networkPlot ()。

文档

• 增加了一个新的小插图关注基因片段的分析

Pigengene

版本变化1.9.26 (2019-04-24)

错误修复

• 在计算。pigengene函数,如果一个模块只有一个基因,它的名字是现在不省略的csv文件。

  版本变化1.9.24 (2019-04-24)

现有功能的变化

• pigengene-class现在可以有一个heavyToLow属性的对象。

  版本变化1.9.20 (2019-04-12)

现有功能的变化

• 在计算。pigengene功能、数据和模块名称的列可以是不同的。

  版本变化1.9.14 (2019-02-12)

现有功能的变化

• dOrderByW参数计算现在补充说。pigengene函数。

  版本变化1.9.8 (2018-11-22)

现有功能的变化

• 所有的学习。现在可以设置从one.step bn函数。通过bnArgs pigengene。

  版本变化1.9.4 (2018-11-16)

现有功能的变化

• 基因。映射可以输出多个约定。

pipeFrame

改变版本1.0.0 (2019-04-30)

• 生物信息学R管道框架基于Bioconductor释放。

• 最初的发布版本包含管道框架功能要素包括基类为每个管道一步,基因组相关数据设置,全局配置,配置初始化和管道管理流程图。

• 目前这个框架应用于包enrichTF。

  版本变化0.99.0 (2019-03-21)

• 提交给Bioconductor

聚酯

1.99.3版本的变化

• NB函数现在出口

• 注意,在GitHub上版本1.1.0版本1.99.3 Bioconductor。

  1.99.2版本的变化

• 错误修正片段一代(最后2基地的成绩单没有测序)

PoTRA

版本变化0.99.93 (2019-04-16)

• 更新了PoTRA算法

  版本变化0.99.92 (2019-04-16)

• 更新了PoTRA算法

  版本变化0.99.91 (2019-04-11)

• 从手动删除部分例子

  版本变化0.99.90 (2019-04-09)

• 示例部分添加到手册

  版本变化0.99.89 (2019-04-09)

• 更新的使用部分Rd文档

  版本变化0.99.88 (2019-04-09)

• Rd别名字段更新文档

  版本变化0.99.87 (2019-04-09)

• 更新的延迟加载字段描述文件

  版本变化0.99.86 (2019-04-09)

• 手动编辑和更新r文件中的代码

  版本变化0.99.85 (2019-04-08)

• 手动编辑

  版本变化0.99.84 (2019-04-08)

• 编辑文档

  版本变化0.99.83 (2019-04-08)

• 编辑脚本和导出功能

  版本变化0.99.82 (2019-04-08)

• R删除文件

  版本变化0.99.81 (2019-04-08)

• 手动编辑

  版本变化0.99.80 (2019-04-07)

• 手动编辑

  版本变化0.99.79 (2019-04-07)

• 手动编辑

  版本变化0.99.78 (2019-04-07)

• 手动编辑

  版本变化0.99.77 (2019-04-06)

• 小编辑PoTRA算法

  版本变化0.99.76 (2019-04-06)

• 小编辑的装饰图案

  版本变化0.99.75 (2019-04-06)

• 一个数据对象添加到包中

  版本变化0.99.74 (2019-04-03)

• 更新包安装指令的装饰图案

  版本变化0.99.73 (2019-04-03)

• 改进的装饰图案中的代码和编辑手册

  版本变化0.99.72 (2019-04-02)

• 更新了着陆页抽象

  版本变化0.99.71 (2019-04-02)

• 添加devtools repmis安装脚本的故事

  版本变化0.99.70 (2019-04-01)

• 接受Bioconductor

  版本变化0.99.0 (2019-02-21)

• 提交给Bioconductor

pqsfinder

2.0版本的变化

新功能

• qsfinder算法~快100倍比以前在现实世界的序列。优化的主要想法是停止的穷举搜索,当我们肯定不能找到更好的pq。优化应用只有在非重叠模式。

• 新布尔参数称为“深度”。一旦设置为TRUE, pqsfinder将禁用优化和运行完整详尽的搜索。

用户可见的明显变化

• 默认最小pq分数从26日提高到52岁。比分52显示最好的平衡精度G4测序室提供的数据et al . 2015。

错误修复

• 固定的分辨率重叠序列。当多个中pq重叠,最短的一个选择。

婴儿车

0.99.17版本的变化

• 婴儿车是Bioconductor

  0.99.13版本的变化

• 第一个版本

profileplyr

版本变化0.99.0 (2019-03-29)

• 提交给Bioconductor

pRoloc

1.23版本的变化

1.23.4版本的变化

• 删除普通新闻现在支持NEWS.md R

1.23.3版本的变化

• 链接到TAGM F1000工作流< 2019-04-11 >星期四- ref添加到TAGM F1000引文和README < 2019-04-11 >星期四-更新biomart接口数据和AnnotationParams-related代码< 2019-04-12 >星期五

1.23.2版本的变化

• 增加获得辅助功能。——新logPosteriors MAPParams对象的访问器。——新的plotConsProfiles函数,由汤姆·史密斯(见公关# 131)。——更新TAGM装饰图案,参照工作流< 2019-03-14 >星期四

1.23.1版本的变化

• 添加注意缺失数据QSep人< 2018-10-31 >结婚-添加mcmc-helper文档< 2018-11-04太阳>修复柯列斯基分解的数值不稳定(见# 124)< 2018-11-30 >星期五——添加选项来显示或不显示网格plot2D < 2018-12-12 >结婚
• mrkHClust现在使用mrkConsProfiles hclust对象并返回,看到细节和背景问题# 130 < 2018-12-19 >结婚

1.23.0版本的变化

• 新版本3.9 Bioc重击

PureCN

1.14.0版本的变化

新功能

• 支持copynumber包及其multisample分割

• β支持PSCBS权重

• 支持在FilterCallableLoci基因符号过滤。R(例如排除“^ HLA”)

• 添加segmentationHclust功能集群提供分割使用log2-ratio和b频率

• min.target。宽度和小。目标preprocessIntervals自动处理目标太小了

• 为细胞分数计算置信区间

• 把额外的警告当样本标记为NON-ABERRANT和选择二倍体与纯度最低最好的解决方案

用户可见的明显变化

• 重要的运行时改进

• callLOH现在报告所有段,即使没有信息SNPs因为一些用户没有意识到从该输出部分人失踪。使用keep.no.snp。段= FALSE来恢复旧的行为。

• callLOH更详细的输出

• 重命名num.snps。段在callAlterations num.snps输出

修正

• 固定在PureCN崩溃。R基因符号间隔缺少文件时

• 固定在runAbsoluteCN法线和高匹配测试。纯度最低(# 74)

qckitfastq

0.99.12版本的变化

• 解决Bioconductor评审点:https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/753

• 添加适配器使用RSeqAn和Rcpp制表和情节内容实现

• 添加检查gzip文件(而不是原始fastqs)和自动检测质量分编码(桑格,Solexa、Illumina1.3 Illumina1.5)。

  0.99.0版本的变化

• 第一个版本

qPLEXanalyzer

版本1.1.4的变化

• 固定错误coveragePlot - github问题15:以前每个肽序列的功能开始打扫gsub (“^ [] ([a - z] +)。(。)”、“美元\ 1”)。然而,这并非总是如此,终端氨基酸由方括号包围。我把一个更一般的正则表达式,删除一切第一”。后,一切都过去。。

  1.1.3版本的变化

• 添加到BiocViews ImmunoOncology。

  1.1.2版本的变化

• 更新装饰图案,以避免构建错误当试图连接到Uniprot

  1.1.1版本的变化

• 固定错误maVolPlot - github问题12:以前的selectedGenes参数用GeneSymbols匹配基因强调情节。并不是所有的财产增益有GeneSymbol,有些GeneSymbols与一个以上的加入。这可能导致不正确的情况下基因被强调了由于重复的条目或NAs。现在的函数接受和火柴到达现在——这是指出手册页。

• 固定错误convertToMSnset - github问题11:函数之前把和错误如果元数据是一个宠物猫,因为它需要设置行名称。现在的功能转变的元数据对象数据帧。

  1.1.0版本的变化

• 第一个Bioconductor猛击(Bioconductor 3.9)

qsmooth

版本变化0.99.11 (2019-04-09)

• 固定错误YAML bioc构建装饰图案导致一个错误

  版本变化0.99.10 (2019-04-04)

• 固定错误ORCID

  版本变化0.99.9 (2019-04-04)

• 添加ORCID斯蒂芬妮·希克斯,赫克托耳Corrada布拉沃和拉斐尔·伊

  版本变化0.99.8 (2019-04-03)

• .Rmd固定头的一幕

  版本变化0.99.7 (2019-03-31)

• 更新在qsmooth用法示例。所以R CMD检查运行5分钟以下

  版本变化0.99.6 (2019-03-30)

• 减少小插图R CMD检查运行5分钟以下

  版本变化0.99.5 (2019-03-30)

• 更新用法示例R CMD检查下运行5分钟

  版本变化0.99.4 (2019-03-29)

• 运行R CMD BiocCheck给我一个警告,除非我用R 3.7版本,但这未能通过0.99.3 qsmooth版本。所以回到R 3.6版

  版本变化0.99.3 (2019-03-29)

• 创建一个显示方法中只显示第一个和最后一个三个值qsmoothWeights函数和qsmoothData规范化矩阵

• 更新所有的例子和装饰图案使用ExperimentHub bodymapRat数据包

• 更新文档的阴谋。R文件

• 包括qsmooth参数检查。R文件。现在检查如果对象是一个矩阵,data.frame或SummarizedExperiment。

• 包括功能为用户提供一个SummarizedExperiment和提取试验槽的数量(如果它存在的话)。

  版本变化0.99.2 (2019-03-29)

• 删除硬编码描述文件的日期

• 包括Bioconductor README安装说明。md文件

• 改变了装饰图案所以用户可以使用的名称vigentte (“qsmooth”)

• 男人。改变了返回的描述反映了实际产出

  版本变化0.99.0 (2019-02-07)

• 提交给Bioconductor

QuasR

1.24.0版本的变化

新功能

• 添加支持拼接比对使用HISAT2(通过Rhisat2包)

• 从Rsamtools迁移到对bam Rhtslib C库的操作文件

• 单元测试从RUnit testthat迁移

• 忽略引用删除(BAM_CDEL) qCount (…, reportLevel =“结”)

r3Cseq

版本变化1.29.0 (2018-12-08)

• 所有代码迁移到支持BioC3.9 !这是因为BioC3.9不会再支持r3Cseq所使用的“RangedData”主要在前面的版本。

Rbowtie

1.23.2版本的变化

新功能

• 1.2.2版本更新的领结。p1 +修复从github(主分支提交58 c6ac9从9月5日,2018年,unmerged拉请求# 74)

RcisTarget

1.3版本的变化

• 添加功能:getMotifAnnotation

RCM

0.3.0版本的变化

• 重要参数ψ再次启用时使用非参数响应函数,但不能用于绘图。

• 二维样本与非参数响应函数约束任命的阴谋已被禁用,因为它们不是解释。可变块是唯一的2 d绘图还是允许的

• 解释异常和惯性可以绘制轴不到ψ的使用“plotPsi”参数plot.RCM()函数。

• 可能提供低维符合已被禁用。RCM是足够快,以适应整个模型。

  0.2.0版本的变化

• 重要参数ψ不再当使用非参数响应函数计算。

Rcpi

变化在version 1.19.2 (2019-02-24)

错误修复

• 固定的问题calcTwoProtGOSim()和calcParProtGOSim()使用最新的GOSemSim API来计算基于语义相似度。

  版本变化1.19.1 (2018-11-21)

错误修复

• 固定API端点不工作因为他们在时间变化(# 5)。——固定装饰图案的例子QSRR研究(# 6)。

改进

• 重新格式化代码与tidyverse风格装饰图案。

RcwlPipelines

版本变化0.99.11 (2019-03-27)

• 10添加了更多的工具。

  版本变化0.99.10 (2019-03-27)

• 提交给Bioconductor

• 27日收集的工具。

RCy3

版本变化测试盒框

• 新样式设置功能- setEdgeFontFaceDefault setEdgeFontFaceMapping - setEdgeFontSizeMapping setEdgeLabelDefault
  • setEdgeLabelColorDefault - setEdgeLabelColorMapping setEdgeLabelOpacityDefault setEdgeLabelOpacityMapping - setEdgeOpacityDefault setEdgeSourceArrowShapeMapping setEdgeTargetArrowShapeMapping - setEdgeTooltipDefault setNodeBorderOpacityDefault setNodeBorderOpacityMapping - setNodeFillOpacityDefault setNodeFillOpacityMapping setNodeFontFaceDefault - setNodeFontFaceBypass setNodeFontFaceMapping setNodeFontSizeMapping - setNodeHeightDefault setNodeHeightMapping setNodeLabelDefault - setNodeLabelColorMapping setNodeLabelOpacityDefault setNodeLabelOpactiyMapping - setNodeTooltipDefault setNodeTooltipBypass - setNodeWidthDefault setNodeWidthMapping

• Bug修复- createSubnetwork # 43网络suid i / o的名字- openSession与当前工作目录- # 50 + Doc修复改善视觉。道具处理mapVisualProperty - # 49岁# 53用户报告——添加文件覆盖警告所有出口和保存功能

  2.2.7版本的变化

• 医生修复——装饰图案的进化树

  2.2.6版本的变化。

• Bug修复,saveSession exportXXX - # 39默认工作目录createNetworkFromDataFrame和.edgeNameToSuids - # 41油印支持BiocCheck错误和警告- # 42

• 医生为油印修复——添加测试

  2.2.5版本的变化

• Bug修复- createXXXFilter和applyFilter - 40 #网络参数

• 医生修复-新过滤器装饰图案

  2.2.4版本的变化

• 医生修复——小插曲

  2.2.3版本的变化

• 医生修复——小插曲

  2.2.2版本的变化

• 医生修复——新的自定义图形装饰图案

  2.2.1版本的变化

• 医生修复——小插曲,自述和测试

重新计票

1.9.7版本的变化

用户可见的明显变化

• 清理的文档add_metadata()和改变了默认源从recount_brain_v1来recount_brain_v2。

  1.9.6版本的变化

新功能

• 引用(“讲述”)[5]现在列出了recount-brain bioRxiv预印引用信息。

  1.9.5版本的变化

新功能

• 我们现在FANTOM-CAT / recount2交易所公布的文件,你现在可以访问通过download_study(类型=“rse-fc”)。看到Luidy-Imada E,桑切斯DF, et al, bioRxiv 2019的更多信息。

  1.9.4版本的变化

错误修复

• 我让geo_characteristics示例代码()更加强健,因为目前rentrez偶尔会失败。

  1.9.3版本的变化

新功能

• 在//www.andersvercelli.com/developers/package-guidelines/添加2021欧洲杯体育投注开户ORCID变化后的描述

  1.9.2版本的变化

错误修复

• 添加参数异步snaptron_query(),可以设置为FALSE来解决这个问题在https://github.com/ChristopherWilks/snaptron/issues/11报道

regionReport

1.17.2版本的变化

新功能

• 在//www.andersvercelli.com/developers/package-guidelines/添加2021欧洲杯体育投注开户ORCID变化后的描述

RepViz

0.99.14版本的变化

释放

• 执行最后一个评论家的评论

rGREAT

1.15.1版本的变化

• plotRegionGeneAssociationGraphs ():固执错误错误的值票面价值(mfrow)。

• 固定的警告Rd文件。

rgsepd

1.15版本的变化

• 散点图的新传奇。

• 自定义点颜色PCA情节函数。使用sampleMeta CustomColor美元和禁用内置的传奇。

• 自定义基因的阴谋。看到ExtractProjection()非常有用,没有计算在装饰图案投影在定制基因集。

• 添加lfcThreshold DESeq例程,所以假定值调整正确。(1.15.1实现)这改变的行为,大多数的系统。期待一个不同的基因集。

• INIT()称为renormalize新选项,允许用户指定优先矩阵规范化模式而不是默认DESeq2:: varianceStabilizingTransform(当renormalize = FALSE)。

• =“黑洞”)使用p.adjust(方法GOSeq结果缩短GO术语列表。使用“padj”列。

• 新选项DESeq,威仕特与盲目= TRUE / FALSE用户自行决定。

• 在1.15.13添加引用文件

• 调整装饰图案在1.15.15调试bioconductor OSX构建服务器乳胶版本。,从biblatex转向natbib 1.15.16。

rhdf5

2.28.0版本的变化

新功能

• 功能测试和设置文件锁定了。这些可以帮助识别和解决问题在光泽和ZFS文件系统。

用户可见的变化

• 阅读一个数据集的排名将返回一个R向量,而不是一个一维数组。

错误修复

• 大的改善表现在选择使用的数据集的子集指数论点。

• 解决大型数据集将超过HDF5 4 gb的限制最大的块大小。默认选项现在将检查是否这将发生,自动调整组块。

• 一排数据集大于2 ^还有条目现在可以读入R向量。

Rhisat2

0.99.0版本的变化

• 初始版本

Rhtslib

1.16.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 包括各种附加文件从Samtools 1.7: bam_aux。c, bam_endian。h, bam_cat.c

• 添加C函数faidx_fetch_seq_forced_lower HTSlib代码()。这是一个替代HTSlib C函数faidx_fetch_seq(),使用以下区别:如果坐标超出实际的顺序,写N,而不是调整开始,结束。用于seqbias包(seqbias写的,原来的作者和维护者,丹尼尔·琼斯)。

错误修复

• 在Windows上修复长期kvsprintf()错误。这种低级错误负责打破“scan_bcf_header”打电话给Rsamtools入口点,进而负责臭名昭著的“无效类VCFHeader“对象”VariantAnnotation bug:: readVcf ()。

• 解决Solaris:不要建立独立的可执行文件(例如bgzip、tabix等…)。他们不需要,似乎在Solaris造成问题。

RMassBank

2.11.2版本的变化

• 避免写出空的出版物

  2.11.1版本的变化

• 修复错误的工作流程与rcdk > = 3.4.9步骤2和7

rmelting

0.99.7版本的变化

• 固定在withWE缺失值。

  0.99.6版本的变化

• 删除装饰图案从git库构建产品。——更新安装说明。——固定的所有实例停止(粘贴(…))。——stringsAsFactors = FALSE添加到eopts数据帧。——在meltingBatch扩大了嵌套函数。——更新错误和/或警告(s)处理通过实现withWE内部函数。与单一序列输入meltingBatch——固定问题。

  0.99.5版本的变化

• 第一次审查。——改变了R和rjava依赖性。

  0.99.4版本的变化

• T / F转换真/假。——记录换取融化。

  0.99.3版本的变化

• 固定小BiocCheck警告。——订阅邮件列表。

• 固定gitignore问题

  0.99.2版本的变化

• 固定失踪Tables.xlsx

  0.99.1版本的变化

• 第一个BioC提交

RNASeqR

1.1.3版本的变化

• 解决所有版本疙瘩;添加新的biocView标签”ImmunoOncology " < 2018-12-4 >星期四

  在以前的版本1.0.2中变化

• 添加新的biocView标签”ImmunoOncology " < 2018-12-3 >星期四

  版本1.0.1的变化

• 更新RNASeqR.Rmd。< 2018-12-3 >星期四

RnaSeqSampleSize

1.15.1版本的变化(2018-11-12)

错误修复

• 修复一个缺陷掌权estiamtion (cumsumBorder.cpp),使k不等于1时结果不正确。

RnBeads

2.1.2版本的变化

• 修复在as.RnBeadRawSet

• 添加新论文引用

  2.1.1版本的变化

• 增加了对粘计算集群架构。很多的支持

的方式

2.11版本的变化

2.11.2版本的变化

• 修复失败的测试< 2019-04-16 >星期二

2.11.1版本的变化

• 添加ImmunoOncology biocView

2.11.0版本的变化

• 新版本3.9 Bioc(猛击)

ropls

1.15.26版本的变化

新功能

• 绘制方法:dev.new()不是内部;因此“parDevNewL”参数被移除;布局可以是1 x1或2 x2,根据“typeVc”论点的长度;无花果。pdfC”和“信息。txtC的参数与其他包添加了兼容性原因;它们有相同的角色的文件。pdfC’和‘。sinkC”现在生成一个废弃的警告。

  1.15.24版本的变化

次要的修改

• 绘制方法:关闭椭圆显示单个样本的类

  1.15.22版本的变化

内部修改

• imageF功能:小修改日志参数

  1.15.20版本的变化

新功能

• imageF函数可视化数值矩阵

  1.15.18版本的变化

内部修改

• 小内部修改

  1.15.16版本的变化

内部修改

• 修改的方式附加列添加到pData和fData ExpressionSet实例

• Biobase的包现在是“取决于”(不是“进口”)

  1.15.14版本的变化

内部修改

• 小内部修改

  1.15.12版本的变化

内部修改

• 次要的修改示例定义ExpressionSet实例

  1.15.10版本的变化

内部修改

• “分野”现在是“opls”类的槽(时使用“opls”方法应用于一个ExpressionSet实例)

  1.15.8版本的变化

新功能

• “阴谋”方法:parPaletteVc参数来指定颜色

  1.15.6版本的变化

新功能

• 应用程序ExpressionSet:首先2分数和载荷,以及拟合值和VIP现在pData和fData返回

内部修改

• 单元测试从“RUnit”转向“testthat”

  1.15.4版本的变化

内部修改

• 检查数据矩阵不包含任何无限或NaN值

  1.15.2版本的变化

内部修改

• 添加到biocViews ImmunoOncology标签

• 小修正诊断图标签

rpx

1.19版本的变化

rpx 1.19.4

• 删除普通新闻现在支持NEWS.md R

rpx 1.19.3

• 解决新闻

rpx 1.19.2

• 提到设置方法在Windows < 2019-04-16 >星期二

rpx 1.19.1

• 添加ImmunoOncology biocView

rpx 1.19.0

• 新版本3.9 Bioc

Rsamtools

2.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 迁移Rsamtools Rhtslib。看到Rsamtools / migration_notes。md的更多信息关于这个迁移。

• 从BamRangeIterator删除未使用的字段

• 删除BAM头散列init连环相撞(已经在Rhtslib memoize的)

RSeqAn

1.3.1版本的变化

• CharString /包装包装和测试。

Rsubread

1.34.0版本的变化

• 新功能:simReads()和scanFasta ()。simReads()生成仿真RNA-seq读取记录。

• 对齐()和subjunc()估计片段长度映射读对,使用估计的长度来协助报告最好的对齐。

• 对齐()和subjunc()喜欢比对没有indels包括在indel-containing比对相同数量的匹配的基地。

• 对齐()和subjunc()检查是否索引文件被成功加载开始前阅读映射。

• 对齐()和subjunc()检测indels因不正确的转移时种子序列映射到低地区并从阅读变更及排除这种indels indel报告。

• buildindex(),()和subjunc对齐()支持gzip FASTA格式。

• featureCounts()允许映射读取‘*’作为染色体的名字。

• removeDupReads()支持BAM-format输入和输出。

RTCA

2009-07-13版本的变化

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

rWikiPathways

在版本1.4.0变化

• Bug修复-固定createSubnetwork # 43网络suid i / o的名字

• 医生修复-固定在装饰图案在构造子集函数用户问题bioc论坛-添加XML导入添加丢失的参考资料部分中的一个小插曲——BioSchemas注释添加到小插曲

S4Vectors

0.22.0版本的变化

新功能

• 递归参数添加到扩大()方法

• 支持DataFrame成对(或任何表格对象)

• 列表衍生品现在支持x[我]< - NULL

• 向量(< -衍生品现在支持附加

错误修复

• (< -,DataFrame才使得新行rownames rownames礼物

• DataFrame()懒洋洋地deparses参数

scAlign

版本变化0.99.0 (2019-02-05)

• 提交给Bioconductor

嘘

1.12.0版本的变化

• 最后版本中删除了所有功能弃用。

• 添加选项runTSNE()来执行外部最近的邻居与BiocNeighbors检查。删除了弃用兰德。种子=参数。

• 添加text_by =和相关选项plotReducedDim(),覆盖注释标签到情节。

• 转向BSPARAM =从BiocSingular控制计算参数。弃用的近似=参数runPCA ()。

• 切换runUMAP()使用uwot:: umap。添加支持提供一组预定义的最近的邻居。

scds

版本变化0.99.4 (2019-03-21)

• 添加消息文件

• 扩大的自述

• 扩大装饰图案

scMerge

0.99版本的变化

scMerge 0.99.24

• 由于PNAS验收ciation更新信息。

scMerge 0.99.23

• 基于反馈的固定分配

scMerge 0.99.21

• 代码覆盖率提高到85%。

scMerge 0.99.20

• 更新装饰图案之后,和手册

scMerge 0.99.19

• 固定的拼写-添加详细的选项代码覆盖率为75%(在错误处理需要更多的测试)

scMerge 0.99.17

• 固定的README install_github装饰图案的问题。——固定pkgdown组织问题。——主要更新scReplicate函数:更多的消息。——使用向量矩阵进行奇异值分解加快计算速度。——添加测试脚本。——固定装饰图案文本输出问题。

scMerge 0.99.11

• 减少数据大小scMerge BioC检查通过

食物

1.12.0版本的变化

• 添加选项quickCluster()集群日志表达式配置文件。修改默认为使用基于集群log-expression-derived电脑上。

• 修改默认选择的computeSumFactors ref.clust = ()。降低悄悄地图书馆当集群规模因素是小池大小。

• 小改变旋风()在并行随机数生成的一致性。

• 添加BPPARAM = correlateNull()的并行化。轻微的变化在并行随机数生成的一致性。

• 小改变parallelPCA()在并行随机数生成的一致性。

• 创建correlateGenes()函数来计算每个基因相关统计数据。

• 修改correlatePairs()来计算预期ρ毕竟可能打破僵局的排列。弃用缓存。大小=所有等级现在返回内存中表示。弃用每。支持外部调用的基因= correlateGenes ()。弃用托尔=现在关系直接决定了rowRanks ()。

• 转向BiocSingular PCA计算所有功能。弃用近似=和电脑。约支持BSPARAM = =参数。

• 弃用所有批处理回调函数确定的情况下准备迁移到。

scRecover

改变版本1.0.0 (2019-05-01)

• 包发布

  版本变化0.99.15 (2019-04-20)

• 正确的在scImpute并行化(imputation_model.R)

• 简历中使用set.seed scImpute (imputation_model.R)

• 更新小插曲

  版本变化0.99.10 (2019-04-03)

• 添加单元测试功能

• 更新小插曲

• 提出以下重大变化改变默认outputDir临时目录o scRecover添加参数详细功能

  版本变化0.99.0 (2019-02-21)

• 提交给Bioconductor

  版本变化0.1.0 (2018-05-30)

• 包了

scTensor

0.99.22版本的变化

• newCCSParams、getParam setParam, cellCellSimulate补充道

• 提出(连接地图)的超链接是嵌入在HTML报告

  0.99.21版本的变化

• 一些错误是固定的

  0.99.18版本的变化

• 富集分析添加cellCellReport ()

  0.99.15版本的变化

• 接受BioC 3.9

  0.99.6版本的变化

• 修订和修改部分

  0.99.0版本的变化

• 包发布

seq2pathway

1.15.0版本的变化

• 添加函数plotTop10

SeqArray

1.24.0版本的变化

新功能

• 一个新的函数seqResetVariantID ()

• 一个新的选项seqRecompress(压缩=“没有”)解压所有数据

• seqGetData ()在第一个参数允许GDS文件的名字

  1.22.4-1.22.6版本的变化

错误修复

• seqSetFilter sample.id = ()未能正确地选择样本在罕见的情况下(因为SeqArray > = v1.22.0使用所选样本的分布优化基因型的数据访问,见https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/48)

• bgzf VCF文件截断seqGDS2VCF ()因为文件不适当的关闭

• 无效染色体和位置的输出seqMerge ()当合并不同的样本,但相同的变异

  1.22.1-1.22.3版本的变化

公用事业公司

• 更多的信息在seqDelete ()

新功能

• 一个新的选项“场景”seqVCF2GDS ()和seqBCF2GDS ()

错误修复

• 导出一个单倍体VCF文件使用seqGDS2VCF ()

• 出口已没有任何格式的数据seqGDS2VCF ()

• 出口没有基因型在GDSseqExport ()

• 解决并行文件写作seqVCF2GDS(),当没有基因型

seqCAT

1.6.0版本的变化

特性

• 使变体caller-specific过滤可选(默认)和重命名的相关参数名称增加清晰度

• 添加一个检查寻找gVCF文件作为输入,包括的存在 等位基因(常见gVCF文件)

• 添加检查是否输入正确的vcf包含DP,广告和GT数据

seqcombo

1.5.1版本的变化

• 固定的R检验进口dplyr: n(2019-01-02,结婚)

SeqVarTools

1.21.5版本的变化

• getGenotype和getGenotypeAlleles为单倍体基因型工作。

  1.21.4版本的变化

• 添加描述迭代器的装饰图案。

  1.21.1版本的变化

• 添加方法返回估算剂量。

sevenbridges

1.13.5版本的变化

改进

• 最近推出了新平台选项添加环境。现在我们可以选择“aws-us”、“aws-eu”、“ali-cn”,“公司治理文化”、“cavatica”,和“f4c”身份验证()调用。

  1.13.4版本的变化

新功能

• 增加了对标记的支持API(预先访问特性)。请标记API部分装饰图案的细节。——增加了对行动的支持的API。参见操作API部分装饰图案的细节。

改进

• 添加一个新的字段描述最近的API改进后的文件类。——更新API描述反映平台的默认设置,更新为spot实例(现货现在默认启用)。

  1.13.3版本的变化

新功能

• 增加了对企业的支持的API。详情请参见企业API部分的装饰图案。

改进

• 删除不必要的包依赖关系优化包安装和加载所需的时间。——新寻找文档网站改进文本可读性。

  1.13.2版本的变化

新功能

• 支持文件夹添加API。参见文件夹API部分装饰图案的细节。

改进

• 添加浮动TOC和更改HTML片段上可用的装饰图案主题Bioconductor,改善长片段的浏览体验。

错误修复

• 固定码头工人形象建设问题,兔子版本更新。

  1.13.1版本的变化

新功能

• 添加支持设置执行提示每个任务运行时起草新的任务。

签名者

1.9.3版本的变化

• 在一些vcf genCountMatrixFromVcf解决解析问题

  1.9.2版本的变化

• 修复与阶段性genCountMatrixFromVcf失败基因型

• 添加one-vcf-per-sample例子来装饰图案

  1.9.1版本的变化

• 修复模型失配问题

• 修复情节错误:非谓语形式的ylim当pvalue = 0

singscore

1.3.2版本的变化

• 允许连续和离散plotDispersion和projectScoreLandscape注释。注释可以得分的一部分data.frame然后指定的列名,情节主题更新

• 引用更新:引用singscore手稿——数量的垃圾箱在plotLandscape hexbin情节决定从数据——固定错误计算分数。边界计算以前完成所有基因的基因簇。应该是完成了基因在基因簇和数据(即过滤掉那些不测量后数据)。——TotalDispersion现在估计的意思是分散的,和抑制基因集,而不是总和(先前估计除以2)

  1.2.2版本的变化

• 创建一个网站的包——添加了作者ORCID id添加贴纸包

sitePath

0.99.28版本的变化

• 错误修复:内部索引错误“multiFixationSites”

• 默认为“makePlot”“sneakPeak”改变为False

• 默认的“宽容”“fixationSite”改为0.01

• 改进的可视化fixationSites返回

  0.99.27版本的变化

• 提高“multiFixationSite”双向贪婪算法

• 用虚线排除“lineagePath”“plotSingleSite”

  0.99.26版本的变化

• Bug修复:“nodeAAsum”下标绑定的“multiFixationSite”

  0.99.25版本的变化

• 使用“plotSingleSite.fixationSite”氨基酸的颜色

• 添加“排除”传说“plotSingleSite”

• 更新描述和新闻

• 使用BiocStyle小插曲

  0.99.6版本的变化

• 新功能“multiFixationSites”

• 重写修剪工具函数

• 添加“minPath”理由“sneakPeek”

• “sitePath”函数的名称改为“lineagePath”

• 最小熵

• 底层数据结构

  0.99.5版本的变化

• 添加新功能“addMSA”

• 避免“根。phylo”功能

SNPRelate

1.18.0版本的变化

• snpgdsBED2GDS ()允许一个文件名扩展文件名(。床上,.fam .bim)

SpatialCPie

改变版本1.0.0 (2018-08-17)

• 最初版本

specL

版本变化1.17.22 (2019-01-24)

• 代码化妆品来消除错误和警告的R CMD BiocCheck 3.9版。

飞溅

版本变化1.8.0 (2018-04-18)

• 添加一个长条木板装饰图案参数

• 重命名的长条木板路径。path.nSteps长度参数

• 修复一个缺陷在setparam参数顺序

• 修复一个缺陷在长条木板组被模拟的字母顺序

• 防止整数溢出在模拟功能

sRACIPE

版本变化0.99.0 (2019-04-01)

• 提交给Bioconductor

ssrch

0.99.0版本的变化

• 添加到Bioconductor 3.9

statTarget

2.0版本的变化

新功能

• 新的GUI o鼠标悬停帮助信息o . log文件

• 新的信号校正o战斗QC-free信号校正o QC-RFSC代谢组学和蛋白质组学数据的方法

• 新特性选择只o随机森林和基于排列的变量重要性措施o新MDSplot基于随机森林o假定值的重要情节

• 新的数据预处理o PQN /金额/没有正常化o中心/没有一个扩展方法

  1.13.7版本的变化

• 火山阴谋的结果(添加log2 (FC)和log10 (p.adjust)值)

Structstrings

版本变化0.99.0 (2019-03-01)

• 提交给Bioconductor

StructuralVariantAnnotation

版本变化0.99.0 (2019-04-05)

• 提交给BioConductor

SWATH2stats

1.13.6版本的变化

更新

• aLFQ弃用在凹口,因此装饰图案不能再依赖aLFQ包。

  1.13.5版本的变化

新功能

• 更新plot_variation和plot_variation_vs_total功能

  1.13.4版本的变化

新功能

• pyprophet JPP更新版本(新版本)

  1.13.3版本的变化

更新

• 描述:移动PECA增强

  1.13.2版本的变化

更新

• 装饰图案:PECA块eval = FALSE,以防止错误当BioC PECA包不可用

  1.13.1版本的变化

新功能

• 添加ImmunoOncology biocViews

  1.13.0版本的变化

新功能

• SWATH2stats BioC 3.9开发版本

SynMut

版本变化0.99.12 (2019-04-29)

• 重要的bug修复功能“dinu_to”:固定错误导致样本的方法。

  版本变化0.99.11 (2019-04-29)

• 重要的bug修复功能“get_du”:在oligonucleotideFrequency固定步骤参数。

  版本变化0.99.10 (2019-04-23)

• 更新文档。

  版本变化0.99.9 (2019-04-23)

• 减少依赖seqinr。

  版本变化0.99.8 (2019-04-23)

• 更新描述。

  版本变化0.99.7 (2019-04-23)

• 更新的名称空间。

  版本变化0.99.6 (2019-04-23)

• 更新了Bioconductor安装说明在自述和装饰图案。

  版本变化0.99.5 (2019-04-23)

• 添加bioconductor安装说明自述和装饰图案。

• 添加评论装饰图案,使工作流程更清晰。

• 重复代码在以下功能转换为辅助函数。o codon_random。R o codon_to。R o dinu_to。R o codon_mimic.R

• region_related补充道。R来存储相关的辅助函数提取或合并区域。

• 消除在dinu_to.R 67行重复代码

• 在input_seq.R消除重复代码

  版本变化0.99.0 (2019-04-16)

• 提交给Bioconductor

TargetSearch

1.40.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 图形用户界面(TargetSearchGUI)被弃用。这是由于旧的源代码,缺乏维护,和缺乏兴趣。GUI仍然是这个版本的一部分,它将被删除在接下来的版本中,即1.42.0

错误修复

• 修复quantMass NA处理方法。

TCGAbiolinks

2.11.2版本的变化

• 添加GISTIC2环球数码创意准备和手册

TFEA.ChIP

1.3.5版本的变化

新功能

• 整合浓缩分析结果通过与rankTFs特遣部队()。函数使用getCMstats的输出()来执行Wilcoxon rank-sum测试或GSEA芯片下令距离得分。

新的默认数据库

• 包含在TFEA TF-Gene数据库。芯片建成使用重新映射的ChIP-seq集合(v . 2018)和GeneHancer双精英监管区域(v . 4.8)。由于内存限制,内部数据库包含在TFEA。芯片只有商店从1060 ChIP-seqs ChIP-gene信息编码项目包括2018年重新映射。下载完整的数据库,以及其他现成的数据库为TFEA生成。芯片,请访问:https://github.com/LauraPS1/TFEA.ChIP_downloads

tofsims

099.1版本的变化

用户可见的明显变化

• 改变函数在整个包从call-by-ref behvaiour顺道访问值。调整相应的例子和装饰图案。

内部

• 现在取决于ProtGenerics,它使用“mz”

• 与消息交换各种print () ()

topconfects

改变版本1.1.4 (2018-12-29)

• 准备Bioconductor提交。

  改变版本1.1.3 (2018-11-14)

• 添加“全部”输出选择limma_confects normal_confects,增加,df, fdr_zero列。

  1.1.2版本的变化(2018-06-30)

• 添加DESeq2支持。

• 代码与非线性效应大小已经移动到“ql”分支在github上,等待发表的基本方法和可能的思考和使用一个简单的方法。

  版本1.0.1的变化(2018-02-04)

• 最初的版本。

  版本变化0.99.5 (2019-02-18)

• 包括一个装饰图案给包的功能的概述。

  版本变化0.99.4 (2019-02-06)

• 减少构建时间的装饰图案。

  版本变化0.99.3 (2019-02-05)

• 地点::使用,使用requireNamespace首先给一个信息的错误消息。

• 使用匹配。在edger_confects参数。

• 更多的测试。

  版本变化0.99.2 (2019-01-15)

• 版本测试web-hook撞和Bioconductor自动构建系统。

  版本变化0.99.1 (2018-12-30)

• 切换到Bioconductor提交所需要的版本号。

• 订阅bioc-devel开关电子邮件地址。

• 需要3.6 R。

topdownr

1.5版本的变化

• 新版本3.9 Bioc(猛击)

1.5.6版本的变化

• 恢复变化的零指数DataFrame介绍1.5.4 (a419f59 c4bfc1c),因为他们在S4Vectors上游是固定的。保持单元测试。[2019-03-27]

1.5.5版本的变化

• 取决于R > = 3.5.0现在,因为在R seralization格式发生了变化。

1.5.4版本的变化

• 解决内部.makeRowNames / .colsToLogical /。colsToRle DataFrame没有任何数字或字符列。——修复单元测试使用set.seed R-devel升级期间(顺序改变)。

1.5.3版本的变化

• biocViews: ImmunoOncology Kayla-Morrell添加kayla.morrell@roswellpark.org [2019-01-04]。

1.5.2版本的变化

• 添加expandMs1Conditions、expandTms2Conditions createExperimentsFragmentOptimisation函数允许更多的灵活性在创作方法;参见# 77 [2018-12-07]。——修改接口/ writeMethodXmls适应新方法的参数创建工作流(旧接口将已经在Bioconductor 3.10和3.11中移除)。[2018-12-07]。-适应新的工作流的数据生成描述[2018-12-07]。——弃用defaultMs1Settings和defaultMs2Settings。他们将已经在Bioconductor 3.10和3.11 [2018-12-07]。

1.5.1版本的变化

• readTopDownFiles收益参数条件来控制定单的“FilterStrings”或给定的条件是id用于创建条件;看到# 77 [2018-11-07]。

TPP2D

版本变化0.99.0 (2019-03-12)

• 提交给Bioconductor

trackViewer

1.19.28版本的变化

• 适合小号的画布。

  1.19.27版本的变化

• 添加安全的颜色主题。

  1.19.26版本的变化

• 更新的作者信息。

  1.19.25版本的变化

• 改变为browseTracks保存和加载名称。

  1.19.24版本的变化

• 为browseTracks添加保存和加载。

• 添加立刻蒲公英高度方法browseTracks(意味着或数)。

  1.19.23版本的变化

• 为饼添加颜色选择器。browseTracks堆栈。

  1.19.22版本的变化

• 修复bug browseTracks传奇。

  1.19.21版本的变化

• 修复bug的可以不设置颜色为browseTracks未定义。

  1.19.20版本的变化

• 修复bug的标签是browseTracks未得救。

  1.19.19版本的变化

• 修复bug的browseTracks svg输出。

  1.19.18版本的变化

• 添加旋转45 browseTracks颜色选择器。

  1.19.17版本的变化

• 为browseTracks添加适用于所有在颜色选择器。

  1.19.16版本的变化

• 修复小插曲的语法。

  1.19.15版本的变化

• 更新小插曲。

  1.19.14版本的变化

• 更新为browseTracks撤销。

  1.19.13版本的变化

• 为browseTracks添加撤销。

  1.19.12版本的变化

• 添加删除所有准则函数。

  1.19.11版本的变化

• 解决出口png browseTracks字体错误

  1.19.10版本的变化

• 删除所有svg browseTracks之前

  1.19.9版本的变化

• 为browseTracks构建闪亮的输出对象

  1.19.8版本的变化

• 添加蒲公英browseTracks情节

  1.19.7版本的变化

• 修复bug跟踪班上

• 改善browseTracks一步可视化

  1.19.6版本的变化

• 改善browseTracks一步可视化

• 尽量避免VariantAnnotation造成的误差

  1.19.5版本的变化

• 改善browseTracks一步可视化

  1.19.4版本的变化

• 为browseTracks添加一步可视化

  1.19.3版本的变化

• 调整y viewTracks标签位置

  在version 1.19.2变化

• 调整为dandelion.plot雷劲公司位置

  1.19.1版本的变化

• 添加featureLayerID dandelion.plot

transcriptogramer

1.5.6版本的变化

• 所有数据被更新以匹配数据从STRINGdb发布11。

  1.5.1版本的变化

• 变化对differentiallyExpressed()方法返回:现在包含原始的假定值输出。

• 变化对clusterEnrichment()方法返回:现在包含原始的假定值输出。

• 一段称为“常见问题”中添加了装饰图案。

石棉水泥板

在以前的版本1.0.2中变化

• 更新roxygen2

• 更新许可证

• 阐明论点SPMA的描述

• 与多线程集群环境固定问题

  版本1.0.1的变化

• 固定的错误在装饰图案

• 添加代码示例drawVolcanoPlot函数

• 圈的大小增加motif-associated k-mers drawVolcanoPlot功能

treeio

1.7.4版本的变化

• 更新测试根据违约的改变提高输送辊道r - 3.6(2019-04-02,星期二)

  1.7.3版本的变化

• 从ggtree rescale_tree(2019-01-11,星期五)

  版本是1.7.2变化

• MRCA phylo方法和treedata(2019-01-10,星期四)- mv小品文treedata-book——从ggtree根方法::reroot(2018-12-28,星期五)——重命名为进口猿根:根一般

  1.7.1上版本的变化

• 兼容宠物猫v = 2.0.0(2018-11-29,清华)

tRNA

1.1.2版本的变化(2018-03-27)

• 错误修复填充未配对地区在干细胞序列

• 错误修复空序列不存在的变量的循环

• 固定的手册页的问题

  变化的1.1.1版(2018-12-01)

• 添加Structstrings依赖

• getBasePairing现在从Structstrings包使用

• 优化

tRNAdbImport

变化的1.1.1版(2019-01-26)

• 添加Modstrings和Structstrings依赖性

• 根据选定的tRNA序列的数据库将作为DNAStringSet或ModRNAStringSet返回

• 现在使用的DotBracketStringSet Structstrings包存储结构信息

tRNAscanImport

1.3.2版本的变化(2018-02-16)

• 现在退出错误消息,如果空行分隔符的tRNA条目

  1.3.1版本的变化(2018-01-26)

• 现在使用的DotBracketStringSet Structstrings包存储结构信息

TVTB

1.9.2版本的变化(2019-02-20)

错误修复

• 修复通过更新BiocCheck需求。

tximeta

1.1.18版本的变化

• 指定基因在addIds = TRUE()当行记录将尝试使用IDs gene_id列映射。这通常可以让我们更好地映射。

tximport

1.11.1版本的变化

• 添加参数‘稀疏’和‘sparseThreshold允许稀疏数导入。对于初始implemenation:只适用于txOut = TRUE;countsFromAbundance“不”或“scaledTPM”;不使用推论复制,只有进口数量(丰度如果countsFromAbundance =“scaledTPM”)。

Ularcirc

1.1.3版本的变化

新功能

• 添加上传CIRI2和circExplorer2输出的能力

• 新的分析功能:PCA情节、热图分析、分布分析

错误修复

• 修改TwoSzabo数据集

• 修正工作流来减少系统崩溃

Uniquorn

2.3.5版本的变化(2019-02-27)

固定一个windows VCF解析错误

• 固定另一个VCF相关文件解析错误VariantAnnotation R包解析器。

  版本2.3.4的变化(2019-02-25)

固定窗VCF解析错误

• Uniquorn经历了一个错误当解析内部测试已在Windows系统上的文件。

  2.3.3版本的变化(2019-02-22)

将测试vcf文件解压缩

• 解压缩测试vcf VarriantAnnotion以来文件解析器未能读取压缩文件在未来R版本3.6

  2.3.2版本的变化(2019-02-04)

删除依赖

• 删除依赖data.table

• 删除数据。由于biocondcutor请求表导入

universalmotif

1.2.0版本的变化

新功能

• 新motif_peaks()函数:测试主题网站明显的过多了山峰的一组序列。

• 新get_bkg()函数:字母序列的频率计算的背景,包括高阶背景。字母表可以作用于任何序列。还可以创建MEME背景格式文件。

• read_meme()有一个新的选项,readites。元,它允许个人阅读主题站点位置和假定值,以及结合假定值序列。

• shuffle_sequences(…,方法=“马尔可夫”)适用于任何设置的字符而不是DNA / RNA。

• shuffle_sequences():新的洗牌方法,欧拉。这允许k > 1洗牌,保存准确的信,而不是“马尔可夫”。此方法设置为新的默认洗牌的方法。

• create_sequences()有一个新的选项“频率”,允许从高阶背景和任何序列生成序列字母表(选项“monofreqs”、“difreqs”和“trifreqs”现在已经弃用)。

• universalmotif对象现在可以持有高阶背景。

• motif_pvalue与use.freq > 1()可以从提供高阶计算假定值背景,而不是假设一个统一的背景。

• add_multifreq()添加相应的高阶概率背景图案。

• 新的get_klets()效用函数:生成所有可能的k-lets的字符集。

• 新的score_match()效用函数:分数匹配一个特定的主题。

• 新的get_matches()效用函数:获取所有可能的主题匹配超过一定的分数。

• 新的count_klets()效用函数:所有k-lets任何字符串的字符数。

• 新的motif_score()效用函数:从输入阈值计算主题的分数。

• 新的shuffle_string()效用函数:洗牌一串字符使用三种方法之一:欧拉,线性和马尔可夫。

• 本机write_motifs () / read_motifs () universalmotif是基于现在YAML格式。主题写过v1.2.0仍然可以阅读read_motifs ()。

微小的变化

• 增加输入字符类型的安全参数。

• 扩大motif_pvalue (), scan_sequences (), motif_tree()部分例子。

• 新装饰图案部分motif_peaks()和get_bkg()添加到SequenceSearches.Rmd。

• 调整不同的一幕。

• 固定各种拼写错误,增加了语言字段描述,并增加了拼写检查测试。

• 文档的“随机”洗牌方法已被删除,当用于告诉用户显示一个警告,它将被删除在接下来的小更新。

• 通常增加测试覆盖率。

• “k = 1”,“线性”和“马尔可夫”洗牌方法快得多。

• create_sequences(高阶)背景要快得多。

• 快add_multifreqs():轻微的改进进行DNA图案,非DNA图案的巨大的进步。

• sample_sites()已经重写了use.freq > 1:每个字母在这个网站现在的概率依赖于前面的字母(也更快和更高效use.freq)的记忆。

• 改进计算主题从假定值输入分数:不再猜测不同的分数,而不是评估分数的正态分布。这种新方法多,效率更快和更大的内存。然而它假定一个统一的背景。

• “分数。pct”列在scan_sequences()结果现在代表分数基于百分比的总可能得分,而不仅仅是分数之间的零和最大可能的得分。

• summarise_motifs()要快得多。

• 对象数据/保存使用序列化格式版本3。

• convert_motifs(主题、类=“universalmotif-universalmotif”):执行validObject()检查是否“主题”是一个universalmotif对象。

• universalmotif对象的显示()方法执行validObject()检查。

• “忽略motif_rc()有一个新的选项。字母”,用于打开或关闭字母表检查(检查DNA / RNA的主题)。

• 添加“覆盖”和“附加”选项write_ *()函数。

• return.scan enrich_motifs (…。结果= FALSE):使用一个缩减版的scan_sequences () data.frame跳过建设完成的结果,节省一点点的时间在大的工作。

• compare_motifs()现在包括日志假定值。这种方式比较仍然可以正常排名即使他们假定值低于机器限制。

• 从MotifList convert_motifs () (MotifDb)数据源。

• 如果一个迷因的主题有两个名字,第二个将被指定为“altname read_meme ()。

• 实用程序的文档已经分裂成两个:? utils-motif和utils-sequence ?。

错误修复

• 从字符输入固定IC得分计算create_motif ()。

• DNA内部共识信计算以前没有分配模棱两可的信> 0.5,另一个是当一个PPM位置> 0.25。这是意想不到的行为,现在将输出适当的ambigous DNA字母。

variancePartition

1.13.5版本的变化

• 添加plotContrasts()梦想的小插图

  1.13.4版本的变化

• 出口类修复bug和类“varPartResults”没有被定义

• 由于梅根百灵达

  1.13.3版本的变化

• 添加plotContrasts ()

  1.13.2版本的变化

• 启用随机边坡模型在梦中,但不是估计方差分数

• 由于乔纳斯Zierer

  1.13.1版本的变化

• 添加进度条在埃塔

VennDetail

版本变化0.99.18 (2019-04-25)

• 地址的警告

  版本变化0.99.17 (2019-04-25)

• 地址的警告

  版本变化0.99.16 (2019-04-25)

• 解决问题

  版本变化0.99.15 (2019-04-23)

• 重写vennpie函数

  版本变化0.99.14 (2019-04-22)

• 重写venndetail函数

  版本变化0.99.13 (2019-04-20)

• 更新装饰图案

  版本变化0.99.12 (2019-03-29)

• 更新装饰图案

  版本变化0.99.11 (2019-03-27)

• 修改函数基于评论

  版本变化0.99.10 (2019-02-25)

• 添加宽输出格式

  版本变化0.99.9 (2019-02-20)

• 添加宽输出格式

  版本变化0.99.8 (2019-02-10)

• 修复错误、警告和笔记

  版本变化0.99.7 (2019-02-09)

• 更新男人医生

  版本变化0.99.6 (2019-02-09)

• 添加显示为泛型函数

  版本变化0.99.5 (2019-02-08)

• 更新得到的函数

  版本变化0.99.4 (2019-02-07)

• 更新名称空间

  版本变化0.99.3 (2019-02-07)

• 修改得到函数得到

  版本变化0.99.2 (2019-02-07)

• 修改了测试函数

  版本变化0.99.1 (2019-02-07)

• 删除Rproj文件

  版本变化0.99.0 (2019-02-05)

• 提交给Bioconductor

xcms

3.5.5版本的变化

• 添加目录名和目录名< - OnDiskMSnExp方法改变原始数据文件的路径。

• 添加部分“Subset-based对齐”xcms装饰图案来描述对齐可能执行校准基于样本的一个子集(例如QC样品)。

  3.5.4版本的变化

• 解决问题与包括featureChromatograms = " feature_only "可能返回一个无效的对象。

• 确保XCMSnExp对象更新如果有必要在所有分析方法。

  3.5.3版本的变化

• 修复单元测试。

  3.5.2版本的变化

• 小fillChromPeaks变化,XCMSnExp减少内存需求。

• 解决问题# 359。

• 解决问题# 360:rawEIC跳过最后扫描/频谱rtrange是否提供。

• filterMsLevel阻止现在色谱峰和特征定义指定的水平(问题# 362)女士。

• 修复错误的xcmsRaw导致netCDF错误消息(问题# 363)。

• 添加参数msLevel chromPeaks XCMSnExp对象。

• 添加chromPeakData允许任意注释添加到色谱峰。

• 更改默认参数值的featureValues值=“指数”价值=“成”。

• 添加参数isFilledColumn chromPeaks允许旧的行为包括色谱峰中的is_filled列矩阵。

  3.5.1版本的变化

• 解决问题# 349。

• 添加XCMSnExp updateObject函数对象(问题# 347)。

• 添加dropFilledChromPeaks XChromatogram和XChromatograms对象的方法。

• 添加参数填充色谱和featureChromatograms函数= FALSE。

• 修复matchedFilter空谱峰检测问题(问题# 325)。

• featureChromatograms提取默认情况下只色谱峰特性。

• 色谱,XCMSnExp提取一个XChromatogram含有色谱峰和特征定义。

• 添加featureValues方法XChromatograms对象(问题# 336)。

• 添加对应分析(峰值分组)对色谱数据(目前只有PeakDensity方法;问题# 336)。

• 添加featureDefinitions槽XChromatograms对象和相关的访问器方法。

• 添加子集对齐选项subsetAdjust =“平均”调整忽略时样品(空白或只是non-subset样本)基于插值的结果之前和随后的样本子集。

• 添加参数subsetAdjust PeakGroupsParam允许切换不同的方法来调整样本对齐过程中排除。

• 对齐基于峰组的样本子集方法问题(# 335):样本子集参数可以定义的子集,不包含在样本子集将对齐调整保留时间的基础上最接近的样本子集。

• 添加findChromPeaks XChromatograms(问题# 332)。

• 添加processHistory XChromatograms。

• 添加情节,XChromatograms方法自动峰值突出问题(# 334)。

• 添加hasChromPeaks XChromatograms方法。

• 添加XChromatograms类构造函数和强迫的方法。

• 添加hasChromPeaks XChromatogram方法。

• 添加filterRt、XChromatogram filterMz XChromatogram。

• 添加情节,XChromatogram函数支持高亮/绘图识别色谱峰。

• findChromPeaks色谱返回一个XChromatogram对象(问题# 329)。

• 添加chromPeaks XChromatogram(问题# 329)。

• 添加XChromatogram对象(# 329)问题。

• 修复higlightChromPeaks类型=“多边形”:峰填代表现在完整的检测峰,不再减少所提供的rt。

• 添加参数peakIds highlightChromPeaks允许指定id的山峰突出显示。

• 聚类的基础上添加示例色谱峰的装饰图案(问题# 328)。

• 装饰图案的小解决(问题# 327)。

• 添加参数groupval exportMetaboAnalyst(问题# 296)。

• 在显示修复bug, XCMSnExp会抛出一个错误如果没有历史过程。

Xeva

0.99.7版本的变化

• 这是新版本

zinbwave

1.5.3(2019-04-19)更正版本的变化

• 装饰图案的更新以反映新的与修拉的交互方式。

• 说明使用近似zinbsurf函数。

  1.4.2版本的变化(2019-03-11)

• 在computeObservationalWeights修复bug。

新闻来自新的和现有的数据实验包

bodymapRat

版本变化0.99.8 (2019-04-04)

• 添加ORCID斯蒂芬妮·希克斯

  版本变化0.99.7 (2019-04-03)

• 固定的错误在头的装饰图案

• 引用添加到包

  版本变化0.99.6 (2019-03-29)

• 通过示例添加文档bodymapRat对象

  版本变化0.99.5 (2019-03-27)

• 添加.onLoad ExperimentHub文档中()函数如前所述

• 转换从ExperimentHub vignette和单元测试加载数据

  版本变化0.99.4 (2019-03-27)

• 现在已经成功删除.rda对象从数据/文件夹

• BFG Repo-Cleaner删除大量数据文件和清洁git树

  版本变化0.99.3 (2019-03-19)

• 数据包转换为ExperimentHub包

• 从数据/文件夹删除.rda对象

• 从描述文件删除维护者

• 更新的自述。md包括bioconductor安装

• 移动和重命名文件来创建数据对象到本月/脚本/ make-data.Rmd

• 创建了一个make-metadata。R文件

  版本变化0.99.1 (2019-02-23)

• 压缩和重新保存数据对象

  版本变化0.99.0 (2019-02-07)

• 提交给Bioconductor

CluMSIDdata

0.99.5版本的变化

• 添加一些更多的数据CluMSID MTBLS装饰图案

  0.99.4版本的变化

• 从GC_post.csv删除无效的字符

  0.99.3版本的变化

• 更新3.6 R版本依赖

  0.99.2版本的变化

• 3.5.1 R版本更新的依赖

  0.99.1版本的变化

• 开始忽略CluMSIDdata.Rproj

• R版本更新的依赖

  0.99.0版本的变化

• Bioconductor提交

  0.1.0版本的变化

• 迁移数据所需的装饰图案和例子CluMSID CluMSIDdata

curatedAdipoChIP

版本变化0.99.0 (2019-03-26)

• 提交给Bioconductor

curatedAdipoRNA

版本变化0.99.0 (2019-02-06)

• 提交给Bioconductor

dsQTL

2.17版本的变化

用户可见的变化

• ch2locs(可收回通过dsQTL:: getSNPlocs)已经改变了在1850位置rs号码已经与hg19地址;dsQTL地区作为都是chr2 hg18…SNP地址。以前发现rs数据用在芝加哥分布从http://eqtl.uchicago.edu/dsQTL_data/GENOTYPES/映射通过SNPlocs…20111119,但现在他们直接来自芝加哥的文本文件。

FlowSorted.CordBloodCombined.450k

版本变化0.99.0 (2019-01-21)

• 提交给Bioconductor

• 添加消息文件

• 初始开发版本

HCAData

0.1.0版本的变化

新功能

• 最初版本的包!

HDCytoData

1.3.4版本的变化

• 添加Samusik_01、Samusik_all Nilsson_rare, Mosmann_rare数据集

• 添加Krieg_Anti_PD_1数据集

• 包括额外的信息在“描述”槽flowSet Bodenmiller_BCR_XL数据集对象

• 更新文档

  1.3.2版本的变化

• 添加Levine_32dim和Levine_13dim数据集

• 包括额外的信息在“描述”槽flowSet Bodenmiller_BCR_XL数据集对象

  1.3.1版本的变化

• 更新为Bodenmiller_BCR_XL flowSet对象数据集包括原始通道名称

mcsurvdata

版本1.0.1的变化

• 匈牙利瑞士比分

MOFAdata

版本变化0.99.0 (2019-01-25)

• 提交给Bioconductor

mtbls2

1.13.1版本的变化

• filePaths原始文件现在修补匹配的位置安装mtbls2包在onAttach(),是符合staged-install的方法

NestLink

版本变化0.99.96 (2019-04-24)

• 添加DOI 10.1038 / s41592 - 019 - 0389 - 8在引用。

  版本变化0.99.83 (2018-12-20)

• 新的Dockerfile。

• 新装饰图案make-data.Rmd。

• 使用< URL: //www.andersvercelli.com/packages/devel/bioc/html/ExperimentHub.html >。

• 所有包的数据转移到aws s3。使用ExperimentHub现在可用的数据。

  版本变化0.99.50 (2018-09-25)

• bioconductor准备提交。

PtH2O2lipids

2016-04-21版本的变化

• 初始释放Bioconductor

qPLEXdata

1.1.1版本的变化

• 固定破碎的小插图中的代码

来自新的和现有的工作流的新闻

BgeeCall

1.0.0版本的变化

• 公开发布的BgeeCall包。享受! ! !

recountWorkflow

版本是1.7.2变化

错误修复

• 修复调用bumphunter: annotateTranscripts ()。

• 详细信息,请参阅https://gist.github.com/lcolladotor/196dabeb1ac628c35656bfa94b5d9577。

  1.7.1上版本的变化

错误修复

• 修复的ftp url Gencode 25节gtf文件。

SingscoreAMLMutations

版本变化0.99.0 (2019-03-25)

• 提交给Bioconductor

弃用和已经包

十三个软件包被从这个版本(Bioc 3.8中被弃用后):推动,GeneSelector, BiocInstaller, RamiGO, prot2D, ampliQueso,加乌乔人,mQTL。核磁共振、facopy cytofkit、GoogleGenomics pbcmc IrisSpatialFeatures

13个软件弃用这个版本,将被删除Bioc 3.10: flowQ, rMAT, TSSi, flowQB, rSFFreader, ProCoNA, spliceSites,哥特式,DOQTL, NGScopy, SVM2CRM, miRsponge htSeqTools

两个实验数据包被在此版本中(BioC 3.8中被弃用后):iontreeData MSBdata。

两个实验数据包弃用在此版本中,将被删除在Bioc 3.10: PGPC flowQBData

两个注释包被这个版本:MafDb.gnomADex.r2.0.1。hs37d5 MafDb.gnomAD.r2.0.1。hs37d5(他们MafDb.gnomADex.r2.1所取代。hs37d5 MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5)

两个注释包弃用在此版本中,将被删除在Bioc 3.10: MafDb.gnomADex.r2.0.1。GRCh38 MafDb.gnomAD.r2.0.1。GRCh38(他们用MafDb.gnomADex.r2.1所取代。GRCh38 MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38)