TCGAbiolinks

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinks

TCGAbiolinks:用于与GDC数据整合分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

TCGAbiolinks的目标是:i)促进GDC开放访问数据检索，ii)使用适当的预处理策略准备数据，iii)提供进行不同标准分析的手段，iv)轻松再现早期的研究结果。更详细地说，该软件包提供了多种分析方法(例如，差异表达分析，识别差异甲基化区域)和可视化方法(例如，生存图，火山图，星爆图)，以便轻松开发完整的分析管道。

作者:Antonio Colaprico, Tiago Chedraoui Silva, Catharina Olsen, Luciano Garofano, Davide Garolini, Claudia Cava, Thais Sabedot, Tathiane Malta, Stefano M. Pagnotta, Isabella Castiglioni, Michele Ceccarelli, Gianluca Bontempi, Houtan Noushmehr

维护者:Tiago Chedraoui Silva ， Antonio Colaprico

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TCGAbiolinks")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TCGAbiolinks”)

超文本标记语言	R脚本	1.简介
超文本标记语言	R脚本	10.分类器
超文本标记语言	R脚本	10.TCGAbiolinks_Extension
超文本标记语言	R脚本	11.具备干细胞分
超文本标记语言	R脚本	2.搜索GDC数据库
超文本标记语言	R脚本	3.下载和准备文件进行分析
超文本标记语言	R脚本	4.临床数据
超文本标记语言	R脚本	5.突变的数据
超文本标记语言	R脚本	6.TCGA分子亚型的编译
超文本标记语言	R脚本	7.分析和可视化TCGA数据
超文本标记语言	R脚本	8.案例研究
超文本标记语言	R脚本	9.图形用户界面(GUI)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，GeneRegulation，MethylationArray，网络，通路，测序，软件，生存
版本	2.25.3
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.0)
进口	下载器(>= 0.4)，biomaRt，dplyr、图形、宠物猫，GenomicRanges，XML(> = 3.98.0),data.table，jsonlite(> = 1.0.0),plyr，knitr、方法、ggplot2，stringr(> = 1.0.0),IRanges，房车(>= 0.3.0)， stats, utils，S4Vectors，R.utils，SummarizedExperiment(> = 1.4.0),TCGAbiolinksGUI.data(> = 1.15.1),readr、工具、tidyr，purrr，xml2，httr(> = 1.2.1)
链接
建议	jpeg，png，BiocStyle，rmarkdown，devtools，maftools，parmigene，c3net，minet，dnet，Biobase，affy，testthat，芝麻，AnnotationHub，ExperimentHub，pathview，clusterProfiler，修拉，ComplexHeatmap，circlize，ConsensusClusterPlus，igraph，supraHex，limma，刨边机，股东价值分析，EDASeq，survminer，genefilter，gridExtra，生存，doParallel平行,ggrepel(> = 0.6.3),尺度、网格
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks
BugReports	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues
全靠我
进口我	埃尔默，miRLAB，MoonlightR，musicatk，SingscoreAMLMutations，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我	重新发现
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	TCGAbiolinks_2.25.3.tar.gz
Windows二进制	TCGAbiolinks_2.26.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	TCGAbiolinks_2.26.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	TCGAbiolinks_2.25.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAbiolinks
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TCGAbiolinks/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TCGAbiolinks/
软件包下载报告	下载数据