minfi

DOI:10.18129 / B9.bioc.minfi

分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列

Bioconductor版本:发行版(3.16)

分析和可视化Illumina Infinium甲基化阵列的工具。

作者:Kasper Daniel Hansen [cre, aut]， Martin Aryee [aut]， Rafael A. Irizarry [aut]， Andrew E. Jaffe [ctb]， Jovana Maksimovic [ctb]， E. Andres Houseman [ctb]， Jean-Philippe Fortin [ctb]， Tim Triche [ctb]， Shan V. Andrews [ctb]， Peter F. Hickey [ctb]

维护者:Kasper Daniel Hansen

引文(从R内，输入引用(“minfi”))：

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“minfi”)

超文本标记语言	R脚本	minfi用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，MethylationArray，微阵列，多通道，归一化，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	1.44.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostrings，bumphunter(> = 1.1.9)
进口	S4Vectors，GenomeInfoDb，Biobase(> = 2.33.2),IRanges，beanplot，RColorBrewer，晶格，nor1mix，siggenes，limma，preprocessCore，illuminaio(> = 0.23.2),DelayedMatrixStats(> = 1.3.4),mclust，genefilter，nlme，重塑，质量，quadprog，data.table，GEOquery，统计，grDevices，图形，utils，DelayedArray(> = 0.15.16),HDF5Array，BiocParallel
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPIC，FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit，消化，BiocStyle，knitr，rmarkdown、工具
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hansenlab/minfi
BugReports	https://github.com/hansenlab/minfi/issues
全靠我	BeadSorted.Saliva.EPIC，bigmelon，冠军，conumee，FlowSorted.Blood.450k，FlowSorted.Blood.EPIC，FlowSorted.CordBlood.450k，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，FlowSorted.CordBloodNorway.450k，FlowSorted.DLPFC.450k，IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation27kmanifest，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，methylationArrayAnalysis，methylumi，minfiData，minfiDataEPIC，REMP，shinyMethyl
进口我	deconvR，DMRcate，ENmix，epimutacions，funtooNorm，餐，肉，MethylAid，methylCC，methylclock，methylumi，missMethyl，quantro，recountmethylation，shinyepico，skewr
建议我	brgedata，CopyNeutralIMA，EnMCB，epimutacionsData，epivizr，epivizrChart，GSE159526，哈曼，mCSEA，MultiDataSet，地球，RnBeads
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测在R会话中使用此包的说明。

源包	minfi_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	minfi_1.44.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	minfi_1.44.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	minfi_1.44.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/minfi
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/minfi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/minfi/
软件包下载报告	下载数据