proBatch

DOI:10.18129 / B9.bioc.proBatch

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

工具,用于诊断和修正蛋白质组学的批处理效果

Bioconductor版本:版本(3.17)

这些工具促进批在高通量实验中影响分析和校正。质谱仪是开发主要是为蛋白质组学(DIA /片),但也可以适用于大多数使数据和次要的适应性。包包含功能诊断(蛋白质组/全基因组和特性)、校正(正常化和批处理影响校正)和质量控制。基于非线性拟合的方法还包括处理复杂,质量spectrometry-specific信号漂移。

作者:伊莲娜Cuklina < chuklina。伊莲娜gmail.com >, < chloe.h克洛伊·h·李。在gmail.com lee94 >,Patrick Pedrioli

< chloe.h维护者:克洛伊·h·李。在gmail.com lee94 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“proBatch”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	BatchEffect,MassSpectrometry,归一化,预处理,蛋白质组学,质量控制,软件
版本	1.15.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	Biobase,dplyr corrplot数据。表、ggfortify ggplot2、grDevices lazyeval, lubridate, magrittr, pheatmap,preprocessCorepurrr,pvca,reshape2 RColorBrewer rlang、尺度数据,股东价值分析tidyr宠物猫,工具,跑龙套,冬青,wesanderson WGCNA
链接
建议	knitr、rmarkdown devtools, ggpubr、gtable gridExtra, roxygen2, testthat(> =魅惑,拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/symbioticMe/proBatch
BugReports	https://github.com/symbioticMe/proBatch/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	proBatch_1.15.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proBatch
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ proBatch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/proBatch/
包下载报告	下载数据