scRecover

DOI:10.18129 / B9.bioc.scRecover

scRecover归责的单细胞RNA-seq数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

scRecover是归责的R包的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据。它将检测和转嫁辍学值scRNA-seq原始读计数矩阵同时保持真正的零不变,因为都是辍学0和真正的零scRNA-seq数据。通过结合scImpute,储蓄者和魔法,scRecover不仅检测辍学和真正的零更高的精度,而且提高下游集群和可视化的结果。

作者:逸苗,Xuegong张< zhangxg tsinghua.edu.cn >

维护人员:逸苗族< miaoz13 tsinghua.org.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scRecover”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	scRecover
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	统计数据、跑龙套、方法、图形、doParallel foreach,平行,惩罚,kernlab, rsvd,矩阵(1.2 > = -14),质量(> = 7.3 -45),pscl (> = 1.4.9) bbmle (> = 1.0.18) gamlss (4.4 > = 0), preseqR(> = 4.0.0),储蓄者(> = 1.1.1),BiocParallel(> = 1.12.0)
链接
建议	knitr rmarkdown,SingleCellExperiment,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://miaozhun.github.io/scRecover
BugReports	https://github.com/miaozhun/scRecover/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scRecover_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	scRecover_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scRecover_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scRecover_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scRecover
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scRecover
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scRecover/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scRecover/
包下载报告	下载数据