miRspongeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.miRspongeR

miRNA海绵调控的鉴定与分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包提供了几个功能，从假定的miRNA-靶标相互作用或/和转录组学数据(包括批量、单细胞和空间基因表达数据)探索miRNA海绵(也称为ceRNA或miRNA诱饵)调控。提供了8种常用的识别miRNA海绵相互作用的方法，以及整合不同方法中miRNA海绵相互作用的综合方法，以及验证miRNA海绵相互作用、推断miRNA海绵模块、对miRNA海绵模块进行富集分析、对miRNA海绵模块进行生存分析的功能。通过使用样本控制变量策略，它提供了一个函数来推断样本特异性miRNA海绵相互作用。在样本特异性miRNA海绵相互作用方面，采用三种相似度方法构建样本-样本相关网络。

作者:张俊鹏

维护人员:Junpeng Zhang

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“miRspongeR”)

超文本标记语言	R脚本	miRNA海绵调控的鉴定与分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，GeneExpression，微阵列，NetworkEnrichment，RNASeq，SingleCell，软件，空间，生存
版本	2.2.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	corpcor，海绵平行,igraph，制程，clusterProfiler，ReactomePA，剂量，生存， grDevices，图形，统计，linkcomm跑龙套,Rcpp，org.Hs.eg.db，foreach，doParallel
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/zhangjunpeng411/miRspongeR/issues
全靠我
进口我	miRSM
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	miRspongeR_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	miRspongeR_2.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	miRspongeR_2.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	miRspongeR_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miRspongeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ mirsponge
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/miRspongeR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/miRspongeR/
软件包下载报告	下载数据