qckitfastq

DOI:10.18129 / B9.bioc.qckitfastq

FASTQ质量控制

Bioconductor版本:版本(3.17)

评估FASTQ文件格式与多个指标包括质量分数、序列的内容,过多和Kmers序列。

作者:Wenyue兴(aut),光(aut (cre) 8月

维修工:8月广< 8月。光在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“qckitfastq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“qckitfastq”)

PDF	R脚本	使用qckitfastq质量控制分析和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	质量控制,测序,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	magrittr、ggplot2 dplyr,seqTools,zlibbioc、数据。表、reshape2 grDevices、图形数据,跑龙套,Rcpp, rlang,RSeqAn
链接	Rcpp,RSeqAn
建议	knitr、rmarkdown kableExtra testthat
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	qckitfastq_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	qckitfastq_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64)	qckitfastq_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qckitfastq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qckitfastq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/qckitfastq/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/qckitfastq/
包下载报告	下载数据