r3Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.r3Cseq

分析染色体构象捕获和下一代测序(3 c-seq)

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包是用于远程染色质交互的分析从3 c-seq化验。

作者:Supat Thongjuea, MRC WIMM计算生物学中心,因此分子医学研究所、英国牛津大学< Supat。在imm.ox.ac.uk thongjuea >

维护人员:Supat Thongjuea < Supat。在imm.ox.ac.uk thongjuea >or

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“r3Cseq”)

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文档

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PDF	R脚本	r3Cseq
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文本		新闻

细节

biocViews	预处理,测序,软件
版本	1.46.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(11.5年)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges,Rsamtools,rtracklayerVGAM,qvalue
进口	方法,GenomeInfoDb,IRanges,Biostrings、数据。表、sqldf RColorBrewer
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked
SystemRequirements
增强了
URL	http://r3cseq.genereg.nethttps://github.com/supatt-lab/r3Cseq/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	r3Cseq_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	r3Cseq_1.46.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	r3Cseq_1.46.0.tgz
macOS二进制(arm64)	r3Cseq_1.46.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/r3Cseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ r3Cseq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/r3Cseq/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/r3Cseq/
包下载报告	下载数据