InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

识别小说从RNA-seq数据替代聚腺苷酸化网站(PAS)

Bioconductor版本:版本(3.16)

可变聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制发生在大多数人类基因。InPAS有助于发现小说APA网站和微分APA网站从RNA-Seq数据的使用。它利用cleanUpdTSeq微调了APA网站通过消除虚假网站。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),叫海波刘(aut),丽华朱莉·朱(aut) Sungmi m .公园(aut),迈克尔·r·格林(aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

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细节

biocViews	可变聚腺苷酸化,微分聚腺苷酸化网站使用,基因调控,RNA-seq,软件,转录
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbi,batchtools,Biobase,Biostrings,BSgenome,cleanUpdTSeq,depmixS4,dplyr,群,未来,future.apply,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeatures,ggplot2,IRanges,limma,magrittr、方法、平行,plyranges,preprocessCore,readr,reshape2,RSQLite统计数据,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	BiocGenerics,BiocManager,BiocStyle,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,EnsDb.Hsapiens.v86,EnsDb.Mmusculus.v79,knitr,减价,rmarkdown,rtracklayer,RUnitgrDevices,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
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包档案

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源包	InPAS_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	InPAS_2.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	InPAS_2.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	InPAS_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InPAS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/InPAS/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/InPAS/
包下载报告	下载数据