德科

DOI:10.18129 / B9.bioc.deco

使用Omic数据分析分解异构队列

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包通过包括子抽样LIMMA和NSCA在内的两步方法发现异质和同质组学数据中的差异特征。DECO揭示了与隐藏子类的特征关联，而不完全与更高的去监管级别相关。

作者:Francisco Jose Campos-Laborie, Jose Manuel Sanchez-Santos和Javier De Las Rivas。生物信息学和功能基因组学组。癌症研究中心(CiC-IBMCC, CSIC/USAL)。萨拉曼卡。西班牙。

维护者:Francisco Jose Campos Laborie

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“装饰”)

超文本标记语言	R脚本	德科
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，BiomedicalInformatics，聚类，DifferentialExpression，ExonArray，FeatureExtraction，GeneExpression，MicroRNAArray，微阵列，MultipleComparison，蛋白质组学，RNASeq，测序，软件，转录，转录组，mRNAMicroarray
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (>= 3.5.0)，AnnotationDbi，BiocParallel，SummarizedExperiment，limma
进口	统计数据、方法ggplot2，外国、图形、BiocStyle，Biobase，集群，gplots，RColorBrewer，locfit，made4，ade4，sfsmisc，scatterplot3d，gdata， grDevices, utils，reshape2，gridExtra
链接
建议	knitr，curatedTCGAData，MultiAssayExperiment，Homo.sapiens，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fjcamlab/deco
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	deco_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	deco_1.14.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	deco_1.14.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	deco_1.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deco
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/deco
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/deco/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/deco/
软件包下载报告	下载数据