嘘

DOI:10.18129 / B9.bioc.scater

基因表达数据单细胞分析工具箱

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一组工具，用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析，重点是质量控制和可视化。

作者:Davis McCarthy [aut]， Kieran Campbell [aut]， Aaron Lun [aut, ctb]， Quin Wills [aut]， Vladimir Kiselev [ctb]， Felix G.M. Ernst [ctb]， Alan O'Callaghan [ctb, cre]

维护者:Alan O'Callaghan < Alan。Ocallaghan在outlook.com>上写道

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“嘘”)

超文本标记语言	R脚本	散射器功能概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，DataRepresentation，DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，基础设施，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.26.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment，天窗，ggplot2
进口	统计，utils，方法，网格，gridExtra，矩阵，BiocGenerics，S4Vectors，SummarizedExperiment，DelayedArray，DelayedMatrixStats，beachmat，BiocNeighbors，BiocSingular，BiocParallel，rlang，ggbeeswarm，冬青，Rtsne，RColorBrewer，RcppML，uwot，pheatmap，ggrastr，ggrepel
链接
建议	BiocStyle，一口，cowplot，biomaRt，knitr，scRNAseq，robustbase，rmarkdown，testthat，Biobase
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/scater/
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我	netSmooth
进口我	airpart，BayesSpace，催化剂，celda，CelliD，CellMixS，ChromSCape，conclus，截然不同的，火焰，IRISFGM，米娅，miaViz，马斯喀特，peco，pipeComp，scDblFinder，scTreeViz，singleCellTK，猎犬，spatialHeatmap，spatialLIBD，飞溅，三轮车，VAExprs
建议我	APL，后面;，咆哮，ccImpute，CellaRepertorium，CellTrails，Cepo，CiteFuse，科拉尔，curatedMetagenomicData，dittoSeq，DuoClustering2018，ExperimentSubset，fcoex，ggspavis，Glimma，HCAData，InteractiveComplexHeatmap，iSEE，iSEEhex，iSEEu，M3Drop，桅杆，mbkmeans，miloR，miQC，单片眼镜，MuData，mumosa，muscData，Nebulosa，netDx，SC3，SCArray，scds，schex，散粒，scMerge，司康饼，scp，scPipe，食物，scRepertoire，simpleSingleCell，SingleCellMultiModal，单，激流回旋，关注的焦点，standR，SummarizedBenchmark，TabulaMurisData，tidySingleCellExperiment，traviz，肺结核，UCell，伶盗龙，“航行者”号，waddR
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	scater_1.26.1.tar.gz
Windows二进制	scater_1.26.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scater_1.26.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scater_1.26.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scater
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scater/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scater/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档