微生物

DOI:10.18129 / B9.bioc.animalcules

交互式微生物分析工具箱

Bioconductor版本:版本(3.17)

微生物是一个R包利用最新的数据分析,可视化方法和机器学习模型来为用户提供一个易于使用的交互式微生物分析框架。它可以作为一个独立的软件包或用户可以探索他们的数据与相应的交互式R闪亮的应用程序。传统的微生物分析如α/β多样性和微分丰度分析增强,而微生物生物标志物识别等新方法。强大的互动和动态数据由微生物产生的让用户更好地理解他们的数据和发现新的见解。

作者:赵曰(aut (cre),安东尼费德里科•(aut)w·埃文约翰逊(aut)

维修工:悦赵< yuezh bu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“微生物”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(微生物)

HTML	R脚本	微生物
PDF		参考手册

细节

biocViews	报道,宏基因组,微生物组,软件,可视化
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	shinyjs为了,闪亮的,DESeq2脱字符号,情节ggplot2、rentrez reshape2, covr,猿,素食,dplyr, magrittr,MultiAssayExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors(> = 0.23.19)、XML、forcats尺度,晶格,glmnet, tsne, plotROC, DT,跑龙套,limma、方法、统计、宠物猫biomformat,矩阵,GUniFrac umap
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat usethis
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/compbiomed/animalcules
BugReports	https://github.com/compbiomed/animalcules/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	animalcules_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	animalcules_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64)	animalcules_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64)	animalcules_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/animalcules
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/微生物
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/animalcules/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/animalcules/
包下载报告	下载数据