methylGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylGSA

利用差异甲基化结果的基因集分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

甲基gsa的主要功能是甲基glm和甲基rra。methylGSA实现逻辑回归，调整探针数量作为协变量。methylRRA通过鲁棒秩聚合调整每个基因的多个p值。有关更详细的帮助信息，请参阅小插图。

作者:徐仁[aut, cre]，裴芬宽[aut]

维护人员:徐仁

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“methylGSA”)

超文本标记语言	R脚本	methylGSA: DNA甲基化数据集的基因集分析
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细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，通路，回归，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5)
进口	RobustRankAggreg，ggplot2，stringr统计数据,clusterProfiler，missMethyl，org.Hs.eg.db，reactome.db，BiocParallel，GO.db，AnnotationDbi，闪亮的，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，enrichplot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/reese3928/methylGSA
BugReports	https://github.com/reese3928/methylGSA/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylGSA_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	methylGSA_1.16.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	methylGSA_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	methylGSA_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylGSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylGSA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methylGSA/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylGSA/
软件包下载报告	下载数据