GeneNetworkBuilder

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneNetworkBuilder

GeneNetworkBuilder:使用ChIP-chip/ChIP-seq数据和基因表达数据构建调控网络的生物导体包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

应用ChIP-chip或ChIP-seq，以及microarray或RNA-seq基因表达数据发现转录因子的直接或间接靶点。从ChIP-chip或ChIP-seq中输入一个TF的潜在靶点基因列表和基因表达结果，GeneNetworkBuilder生成该TF的调控网络。

作者:欧建宏，刘海波，Heidi A Tissenbaum, Julie Zhu

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GeneNetworkBuilder”)

超文本标记语言	R脚本	GeneNetworkBuilder装饰图案
超文本标记语言	R脚本	从基因列表生成网络
超文本标记语言	R脚本	与BioGRID, STRING合作
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork，微阵列，测序，软件
版本	1.40.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.15.1)，Rcpp(> = 0.9.13)
进口	plyr，图，htmlwidgets，Rgraphviz，rjson，XML，方法，grDevices，统计，图形
链接	Rcpp
建议	RUnit，BiocGenerics，RBGL，knitr，simpIntLists，闪亮的，STRINGdb，BiocStyle，魔法，rmarkdown，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	GeneNetworkBuilder_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	GeneNetworkBuilder_1.40.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GeneNetworkBuilder_1.40.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GeneNetworkBuilder_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeneNetworkBuilder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GeneNetworkBuilder/
软件包下载报告	下载数据