enrichTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichTF

转录因子浓缩分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

转录因子(TFs)发挥着至关重要的作用在调节基因的转录过程绑定单独或组合的方式,TF富集分析是一种有效和重要的程序来定位候选功能TFs监管区域定义的一组实验。虽然普遍接受结构相关的TFs可能有类似的绑定优先序列(即主题)和一个特遣部队可能有多个主题,TF富集分析比主题浓缩分析更具挑战性。这里我们提出一个R包TF富集分析,结合主题浓缩与PECA模型。

作者:郑魏、Zhana Duren,闪亮的马

维护人员:郑魏< wzwz stanford.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“enrichTF”)

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文档

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细节

biocViews	GeneTarget,GraphAndNetwork,MotifAnnotation,软件,转录
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	pipeFrame
进口	BSgenome,rtracklayer,motifmatchr,TFBSTools,R。跑龙套、方法JASPAR2018,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,BiocGenerics,S4Vectors跑龙套,平行,统计、ggpubr heatmap3, ggplot2,clusterProfiler,grDevices rmarkdown magrittr
链接
建议	knitr、testthat webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/enrichTF
BugReports	https://github.com/wzthu/enrichTF/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	enrichTF_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	enrichTF_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64)	enrichTF_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64)	enrichTF_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enrichTF
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/enrichTF/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/enrichTF/
包下载报告	下载数据