amplican

DOI:10.18129 / B9.bioc.amplican

CRISPR实验的自动化分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

amplican执行扩增子的对齐的读取,实现收集数据规范化,计算多个统计(如降息、转移)和呈现在形式的汇总报告。由实验数据和统计数据可以分解,条形码,用户定义的组织、指导和扩增子允许快速识别潜在的问题。

作者:Kornel Labun (aut),大船瓦伦(cph, cre)

维护人员:瓦伦大船<大船。瓦伦gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“amplican”)

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文档

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细节

biocViews	对齐,CRISPR,ImmunoOncology,软件,技术,qPCR
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2)数据。表(> = 1.10.4-3)
进口	Rcpp跑龙套(> = 3.4.1),S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1)gtable (> = 0.2.0) gridExtra (> = 2.2.1), ggplot2 (> = 3.3.4) ggthemes(> = 3.4.0),华夫饼干(> = 0.7.0)stringr(> = 1.2.0),数据(> = 3.4.1)matrixStats(> = 0.52.2),矩阵(1.2 > = -10),dplyr (> = 0.7.2) rmarkdown (> = 1.6), knitr(> = 1.16),集群(> = 2.1.4)
链接	Rcpp
建议	testthat,BiocStyle,GenomicAlignments
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/valenlab/amplican
BugReports	https://github.com/valenlab/amplican/issues
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	amplican_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	amplican_1.22.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	amplican_1.22.1.tgz
macOS二进制(arm64)	amplican_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ amplican
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/amplican/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/amplican/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档