bcSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.bcSeq

高通量shRNA和CRISPR屏幕中的快速序列映射

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个基于rpcp的包实现了一种高效的数据结构和算法，用于从CRISPR或shRNA屏幕到参考条形码库的短读取对齐。考虑测序误差，并根据Phred评分评估匹配质量。采用贝叶斯分类器来预测读取的原始条形码。该包支持提供用户定义的概率模型，用于评估匹配质量。该包还支持多线程。

作者:林嘉兴[aut, cre]， Jeremy Gresham [aut]，谢继春[aut]， Kouros Owzar [aut]，王同荣[ctb]， So Young Kim [ctb]， James Alvarez [ctb]， Jeffrey S. Damrauer [ctb]， Scott Floyd [ctb]， Joshua Granek [ctb]， Andrew Allen [ctb]， Cliburn Chan [ctb]

维护者:林嘉兴<嘉兴。林在duke.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“bcSeq”)

PDF	R脚本	bcSeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，对齐，CRISPR，ImmunoOncology，MultipleSequenceAlignment，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.12),矩阵，Biostrings
链接	Rcpp，矩阵
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jl354/bcSeq
BugReports	https://support.bioconductor.org
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	bcSeq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	bcSeq_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	bcSeq_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	bcSeq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bcSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bcSeq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/bcSeq/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/bcSeq/
软件包下载报告	下载数据