TFEA.ChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFEA.ChIP

分析转录因子浓缩

Bioconductor版本:版本(3.17)

包分析转录因子浓缩在一组基因利用ChIP-Seq实验数据。

作者:劳拉朋地Santamaria, Luis del比索

维护人员:劳拉朋地Santamaria < lpsantamaria在iib.uam.es >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TFEA.ChIP”)

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文档

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HTML	R脚本	TFEA.ChIP: a tool kit for transcription factor enrichment
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5)
进口	GenomicRanges,IRanges,biomaRt,GenomicFeaturesgrDevices dplyr,统计,跑龙套,R。跑龙套、方法org.Hs.eg.db
链接
建议	knitr rmarkdown,S4Vectors、阴谋、尺度、tidyr ggplot2,DESeq2,BiocGenericsggrepel rcompanion,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit
SystemRequirements
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取决于我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	TFEA.ChIP_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	TFEA.ChIP_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TFEA.ChIP_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TFEA.ChIP_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFEA.ChIP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFEA.ChIP
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TFEA.ChIP/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TFEA.ChIP/
包下载报告	下载数据