methimpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.methimpute

Imputation-guided改造完成methylomes WGBS数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包实现函数调用所有基因组中胞核嘧啶甲基化。

作者:亚伦Taudt

维护人员:亚伦Taudt <亚伦。在gmail.com taudt >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methimpute”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methimpute”)

PDF	R脚本	甲基化状态与METHimpute调用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,表观遗传学,HiddenMarkovModel,ImmunoOncology,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges,ggplot2
进口	Rcpp(> = 0.12.4.5)、方法、效用,grDevices,统计数据,GenomeInfoDb,IRanges,Biostrings、reshape2 minpack。lm, data.table
链接	Rcpp
建议	knitr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	methimpute_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	methimpute_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	methimpute_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	methimpute_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methimpute
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methimpute
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methimpute/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methimpute/
包下载报告	下载数据